此疏一上，自然得到方从哲的首肯。
东林党人、给事中周朝瑞奋起还击，将贾继春斥为奸党。在时人看来，凡敢为李选侍说情者均被视为奸邪人物。
贾继春又上疏反驳，疏中称“皇八妹孤苦伶仃，被推入井中，谁来可怜？先帝的贵遗孀李选侍的委屈又向谁诉说？”一时流传甚广。
一些大臣信以为真，开始站在方从哲一边批评东林党人。不少人请求安抚李选侍，给她正名分，并提高待遇。
这时，刚即位的朱由校亲自降下谕旨，为自己辩解，并表明了自己的态度。他说：“李选侍太坏，她曾经生气殴打我的母亲，致使皇太后含恨而死。又要挟皇帝传旨封她为皇后，还妄想垂帘听政。虽然这样，我仍然赡养她很优厚，现在哕鸾宫中奉养李氏，尊敬她并不敢有丝毫的懈怠。这事一定要使朝臣们知道。”
朱由校还褒扬了杨涟、左光斗等人。最后对李选侍的处理结果是：“停选侍封号，以慰圣母在天之灵，厚养选侍及皇八妹，以示尊敬遵先帝的旨意。”
恰在此时，哕鸾宫发生火灾，又有大臣认为此是天意示警，甚至有人认为是人为纵火，意图灭口。
皇帝的态度让贾继春等很是难堪。
杨涟也专门写了《敬述移宫始末疏》，对移宫案的前因后果作了分析，并称：“李选侍自杀，皇八妹落井，流言蜚语来自何方，我不可不说，我宁可今天得罪李选侍，也不愿让移宫不快点进行，不这样的话，就会使得女后独揽大权，造成垂帘听政的事实。”
朱由校又下诏褒奖杨涟对安定国家所作的贡献，又降旨详细陈述了宫中的事情。
于是，贾继春又上疏攻击杨涟勾结内监王安，企图入阁。
杨涟非常愤怒，十二月上疏乞求离职，立即到城外等候命令。皇帝又一次褒奖他的忠诚耿直，却同意他回家。
最后，贾继春也被“除名永锢”，革除官职，终身不得入仕。
此后，围绕移宫案、梃击案和红丸案的争论仍在继续，成为党争的重要内容。争斗从唾沫飞溅的唇枪舌战，发展到鲜血淋漓的杀戮--因为一代权监魏忠贤已经粉墨登场了。
9颠倒黑白的《三朝要典》与三案余波
朱由校即位后，重新启用杨涟，信任左光斗等人，在他们的建言下，起用了一大批正直官员，出现了天启初年“东林士盛、众正盈朝”的局面。只是这个局面太过短暂，很快就被迅速飙升的魏忠贤搅了个天翻地覆。
魏忠贤目不识丁，却极有权谋，歹毒阴险。他与朱由校的乳母客氏狼狈为奸，迅速爬到了司礼监秉笔太监的位置，控制了内宫，并逐渐操控了贪玩的朱由校。随后开始侵入外廷，四处安插亲信党羽，不择手段打击异己。那时有着数不清的阿谀奉承之徒，令魏忠贤非常轻松地把外廷群臣弄得落花流水、七零八落。他的周围，聚拢了一大批死党，有名号的就有“五虎”“五彪”“十狗”“十孩儿”“四十孙”，等等。他们狗仗人势，为虎作伥，无恶不作，制造了累累冤狱，手段之残忍令人发指。更重要的是，随着势力的扩大，他们还要钳制舆论，为镇压异己提供支持。为此，魏忠贤阉党开始全面推翻“三案”。
追随魏忠贤的人在“三大案”中大多被东林党人斥为奸党，遭到弹劾而贬谪、流放。他们始终怀恨在心，借机翻案，获取舆论的支持。在魏忠贤死党、刑部给事中霍维华的倡议下，阉党开始修撰《三朝要典》。编撰该书的宗旨是，配合打击东林党，对万历、泰昌、天启三朝发生的“三大案”进行重新论述，仿效《明伦大典》，命史官编写成书，以公示天下，控制舆论，垂范万世。
阉党首先从梃击案入手开始翻案。梃击案发生后，王之寀质疑疯癫一说，自己私下调查，尽管查出了事情真相，却让明神宗朱翊钧和郑贵妃很下不了台，局面几乎失控。逼得20多年没有上过朝的朱翊钧不得不召见群臣，平息众怒。朱翊钧本人对王之寀甚是不满，万历四十五年（1617年），就有人弹劾王之寀，朱翊钧就趁机削去了王之寀的官籍。天启初年，王之寀才重新被东林党举荐入京为官，做了刑部侍郎。
阉党得势后，翻案的第一步就是诬陷王之寀“捏造案情、用以敲诈”，在阉党的轮番攻击下，王之寀终于被除名。后来又诬陷王之寀曾向郑国泰逼索赃银二万两，将其逮入刑狱，需缴纳白银八千两赎身，最后王之寀含恨死在狱中。当初支持王之寀的人员也轻重不同地遭到廷杖、流放等处罚。
对于红丸案，阉党把罪魁祸首认定为孙慎行。天启二年（1622年），红丸案已经过去许久，耿直的孙慎行又上疏攻击方从哲难逃弑君罪名，把进药的责任全部算到方从哲头上，又称方从哲与郑贵妃相互勾结，里应外合，为此，“陛下应该惩办方从哲，以雪不共戴天之仇”。
孙慎行威望颇高，此时上疏令方从哲很是难堪恼恨，只好自请去职。魏忠贤党羽攻击孙慎行蔑视先皇，无人臣礼，将其削夺官职封号，流放宁夏边关。阉党又搜捕其他官员。在红丸案中与方从哲唱反调攻击崔文升、李可灼的多是东林人士，如邹元标、李三才、高攀龙等，均列入被捕名单。邹元标、李三才当时已经去世，就削夺了他们的封号。高攀龙则在被抓捕时跳湖自尽，他的儿子也被逮入京师，流放边疆。
对于移宫案，因为魏忠贤本人在此案中最为李选侍卖力，且领头盗宝，饱受失败之苦，于是翻案更加彻底。杨涟、左光斗被并列为罪魁祸首。二人在移宫案中出力最多，言语最激。杨涟还曾上疏弹劾魏忠贤有24条死罪。为了彻底打击东林党，魏忠贤又重新起用了被“除名永锢”的贾继春。
贾继春随即上疏称移宫案中杨涟与光斗目无先皇，罪不容诛，并在阉党授意下，将二人扯入当时的大案。这样，杨涟、左光斗都被定罪为“党同伐异、招权纳贿”，均追赃二万两。与他们一起被逮的有周朝瑞、魏大中、袁化中等4人，都被残忍害死，史称“六君子之狱”。之后，阉党又制造了“七君子之狱”，把支持杨涟的周顺昌等人用“欺君蔑旨”的借口逮捕入狱，严刑拷打至死。
阉党还编造了《东林点将录》、《东林党人录》，按图索骥，企图将东林党人一网打尽。为使翻案一举成功，确保查不出漏洞，阉党还把《神宗实录》、《光宗实录》等都重新改写，力图做到天衣无缝。
血雨腥风之中，“三大案”的真相已经被掩盖得面目全非。
以上这些都为《三朝要典》的编纂准备了良好素材。天启五年（1625年）底，魏忠贤认为编纂《三朝要典》的条件已经成熟。他假托皇帝谕旨下令开工，谕旨中将杨涟、高攀龙、左光斗等称为奸人，“使天下万世无所疑惑”。
经过数月辛劳，次年年初，《三朝要典》终于出炉。该书从万历四十三年（1615年）写到天启元年（1621年），共28卷。内阁首辅顾秉谦代熹宗朱由校写了“御制序”，使该书完全一副钦定的派头。
“三大案”的主要人物，在此前已经被定罪。《三朝要典》中又列出了许多从属人物，都应逮狱治罪。不过，这一庞大的任务还没完成，年仅23岁的天启帝朱由校就驾崩了，由其18岁的弟弟朱由检继位，就是著名的崇祯帝。
崇祯目睹了魏忠贤一党的胡作非为，即位之初，就以迅雷之势处置了魏忠贤，并在即位仅3个月就一举粉碎阉党。不久，他又颁布了《钦定逆案》，将阉党262人按罪行分为6等，依律处置。崇祯还对遭到阉党打压的大臣，一一平反，赠官抚恤，人心大快。
对于如何处置《三朝要典》，群臣的意见并不一致。按理，该书颠倒黑白，不实之词充斥其中，应该将之销毁或者是删改。但因该书前有“御制序”，表明该书是先帝钦定，如果销毁，则是“失孝”，对先帝不敬。
东林党人、翰林院侍读倪元璐上疏称《三朝要典》是魏忠贤指使人编辑的私书，应该销毁。
崇祯读过此疏，深有同感，决定销毁此书，并降旨：“从今而后，官方不再从这本书中是非依据，使用人才也不再以这本书的定性为依据。”
至此，围绕“三大案”的主要争论已经基本结束。在南明小朝廷，还有人重拾“三大案”攻击政敌，甚至拟再修《三朝要典》翻案。可以说，“三大案”被作为党争的题目，一直伴随着明代走完了最后的年月，直到它彻底寿终正寝。
三案背后是宫廷权力的斗争，影响大，时间久，范围广。三案使明末党争火上浇油，对“三大案”的态度和立场成为辨别忠奸正邪的惟一标准，尽管这个标准在人为操纵下随时更易，而且每次更易都造成不可避免的争斗。站在今天，反思“三大案”，我们不由不惊叹，“三大案”中一些东林党人所表现出的血性和坚韧及展现出来的与奸邪斗争的凛然正气和坦荡胸怀，令人心向往之。
另一方面，门户之争又使明朝的君臣们围绕小事，争论不休，睚眦必报，而置国家政局于不顾，牵制了本来就已经奄奄一息的明朝的不少精力，甚至影响到边关战局，加速了明朝的灭亡。
