青海和硕特蒙古是顾实汗在1636年击败却图汗后自乌鲁木齐地区移居过去的。后来，顾实汗虽然立足于西藏，但青海仍为其根据地。顺治六年（1649年），清政府分别赐给协助清军作战有功的顾实汗第二子鄂木布、第七子瑚噜木什以“土谢图巴图尔岱青”、“巴图尔额尔德尼岱青”的称号，以示对青海和硕特部的笼络。顾实汗死后，其留在青海的诸子相互纷争，并不断率番众抢掠内地，抗拒清兵，使清廷颇感头痛。康熙三十六年（1697年），康熙派额驸阿喇布坦到青海召谕和硕特部领袖人物归附。阿喇布坦与顾实汗当时仅存的幼子达什巴图尔、塔尔寺大喇嘛察罕诺门汗召集青海和硕特部诸台吉在察罕托罗海会盟，号召诸台吉归附清朝中央政府。此后，达什巴图尔又率青海诸台吉到北京入觐，康熙帝封达什巴图尔为和硕亲王，对其余诸台吉则赐以多罗贝勒、固山贝子及辅国公等爵位。至此，青海和硕特蒙古虽然被清朝招抚，但地方割据势力仍然十分强大。
康熙四十四年（1705年），在西藏的和硕特部首领拉藏汗杀死其政敌第巴桑结嘉措，废黜达赖六世仓央嘉措，另立伊希嘉措为达赖六世。这件事为清政府所支持，却引起了青海和硕特部一些领袖人物的强烈不满。康熙五十三年（1714年），达什巴图尔去世，其子罗卜藏丹津袭亲王爵位，为青海和硕特部首领中爵位最高者。罗卜藏丹津等人拥立理塘出生的噶桑嘉措为达赖喇嘛。当清政府下令将噶桑嘉措护送入藏坐床时，罗卜藏丹津参加了清军的这一行动。罗卜藏丹津等青海蒙古王、贝勒、台吉各自率所部兵，或数千，或数百，于康熙五十九年（1720年）春随大兵护送达赖喇嘛入藏，军容强大。当时，罗卜藏丹津等人之所以如此踊跃协助清军，是因为“先经阿穆瑚郎汗有旨，取了土白忒国，将尔等内中立汗。”在康熙五十九年（1720年）秋到康熙六十年（1721年）春这段时间内，罗卜藏丹津曾参与管理西藏地方政府事务，然而时间不长，清政府为了加强对西藏的治理便趁机正式废除了和硕特汗庭在西藏的统治，任命康济鼐、阿尔布巴等藏官为噶伦，共同负责西藏事务。这样，罗卜藏丹津就无权再过问西藏政务了，其再建和硕特汗庭在西藏的统治的美梦化成泡影。
在罗卜藏丹津看来，和硕特汗庭统治西藏已经十八年，驱逐准噶尔以后，恢复和硕特汗庭在西藏的统治地位是理所当然的事情；而他作为当时唯一有亲王爵位的和硕特部首领继拉藏汗之后而成为统治西藏的汗王，也是无可非议的。可是，清政府当时政局稳定，势力蒸蒸日上，已经有力直接过问西藏政务了，当然不会再赐给罗卜藏丹津“汗”的封号，使之接替拉藏汗的位置统治西藏了。罗卜藏丹津等人由于在达赖七世坐床典礼上受到冷遇等原因，已经对清政府心怀不满，在佛像前发誓一定要恢复和硕特部的“霸业”。并且，清政府对青海和硕特蒙古本身也采取了“众建分治”的政策，以防其权限过大。雍正元年（1723年）二月，清政府封赏参加入藏驱逐准噶尔战争的察丹津封为亲王、原为贝勒的额尔德尼额尔克托克托鼐封为郡王，从而严重削弱了罗卜藏丹津的权力，致使罗卜藏丹津与清朝中央政府的矛盾愈加尖锐。
雍正元年七月，罗卜藏丹津迫使青海蒙古各台吉于察罕托罗海会盟，他自称“达赖浑台吉”，强令青海诸台吉都使用旧时名号，一律不准称王、贝勒、贝子、公等封号。郡王额尔德尼额尔克托克托鼐与亲王察罕丹津因拒绝听命于罗卜藏丹津，遂遭到罗卜藏丹津的武装进攻，寡不敌众，不得不向清政府求援。清政府得知变乱的消息后，一面命令川陕总督年羹尧前去坐镇西宁，密切注视罗卜藏丹津的动向；一面命令兵部侍郎常寿前往罗卜藏丹津驻地沙拉图，宣布清廷谕旨，令其罢兵和睦。罗卜藏丹津虽然对清政府怀有怨恨、忿懑之心，但尚无与清廷争雄天下的志向。然而，他进攻清廷所支持的察汗丹津和额尔德尼额尔克托克托鼐，拘禁常寿，并且在西宁周围制造骚扰，这样便将自己置于清政府的对立面。
在罗卜藏丹津煽动之下，青海各地喇嘛寺院的僧人起而响应叛乱。青海境内两座最大的格鲁派寺院——湟中的塔尔寺和互助的郭隆重寺都卷入了这场叛乱之中。塔尔寺的大喇嘛察罕诺们汗在青海威信极高，他站到叛乱势力一边后对青海僧人影响尤大。郭隆寺是清朝有名的章嘉呼图克图的寺院，由于章嘉一世的转世灵童当时年仅七岁，所以也被该寺上层喇嘛裹胁参加了叛乱。为了不使叛乱继续蔓延，清政府决定采取断然措施进行镇压，派抚远大将军年羹尧、奋威将军岳钟琪攻打青海地区；派平逆将军延信驻守甘州、靖逆将军富宁安驻守安西，以防罗卜藏丹津与准噶尔合兵；派总兵周瑛领兵两千驻藏，以截断罗卜藏丹津逃往西藏的道路。在完成这些部署之后，清军集中优势实力逐个攻破西宁附近叛军盘据的据点和寺院。其中，清军在雍正二年（1724年）正月攻打郭隆寺一役最为激烈。该寺僧人负隅顽抗，清军浴血奋战，“以兵三千，破贼万余”，将该寺院建筑全部焚毁，故而年羹尧说：“自三藩平定以来，未有如此大战者。”
在西宁附近的叛乱被镇压下去以后，清军便转入进攻罗卜藏丹津驻牧地的战斗阶段。年羹尧采纳岳钟琪“乘春草未生”而“捣其不备”的作战方案，于雍正二年二月八日分兵三路进剿罗卜藏丹津，这三路清兵分别是：总兵吴正安所率领的北路，总兵黄嘉林、副将宋可进所率领的中路，岳钟琪与侍卫达鼐所率领的南路。二十日，清军探知罗卜藏丹津驻扎在乌兰穆和尔一带，于是岳钟琪率军连夜前去偷袭，到罗卜藏丹津驻地时，叛军刚刚入睡，因清军的突然攻击而惊慌得手足无措，纷纷抱头鼠窜。清军在这次战斗中俘获了罗卜藏丹津的母亲和妹妹，此后又在乌兰白克地方的一次战斗中俘获叛军头目吹拉克诺木齐等人，战果辉煌。罗卜藏丹津在清军的穷追猛打之下走投无路，不得不携带妻妾逃往准噶尔部策妄阿拉布坦处。乾隆二十年（1755年），乾隆帝派兵攻灭准噶尔部达瓦齐的割据势力，当时逃到准噶尔部的罗卜藏丹津被迫向清政府投降。由于全国局势已经稳定，所以清政府将罗卜藏丹津押解到北京后并没有将其处死，只是将其软禁至死。
罗卜藏丹津叛乱平定后，清政府于雍正二年（1724年）五月采纳年羹尧提出的《青海善后事宜十三条》和《禁约青海十二事》，对青海地区的政治、经济、宗教等方面进行了大刀阔斧的改革。在政治上，清政府对青海地区蒙古族各部编旗设佐领，并规定了会盟与朝贡制度；在经济上，清政府采取了发展农业生产、安定人民生活的各项措施，对西宁周围可耕之地实行屯垦；在宗教方面，清政府严格限定塔尔寺等寺院的规模、僧俗总数，以防成为藏污纳垢之地。青海地区从此完全被置于清朝政府的直接统辖之下，和硕特汗庭从此退出了历史舞台。
年羹尧之死
雍正三年十二月（1726年1月），原任川陕总督，贵戚重臣年羹尧在京城刑狱中奉旨自绝，年仅47岁。他的死，引得朝野议论，私下里纷纷传说皇上兔死狗烹，功高盖主的年大将军成了牺牲品。
年羹尧字亮工，号双峰，汉军镶黄旗人。康熙三十九年（1700年）进士，改庶吉士，授检讨，任内阁学士，后擢四川巡抚。康熙五十六年（1717年），噶尔丹之侄策妄阿拉布坦遣军进攻西藏。四川提督康泰等官不能将兵御敌，年羹尧自请驻松藩办事督军；授四川总督。康熙五十九年（1720年），随平逆将军宗室延信入藏，因军功受皇帝赐弓箭，再授川陕总督。康熙帝病危之际，谕召贝子、抚远大将军允禵回京，以年羹尧代管抚远大将军印务，主持西北用兵。
年羹尧年羹尧的胞妹是雍正帝的贵妃。胤禛为和硕雍亲王时，为在诸皇子中夺得皇太子的地位，官至封疆大吏的年羹尧即为拉拢对象之一。年羹尧虽然久任在外，却经常与雍正书信往来，置康熙帝谕大臣不得私自结交皇子的禁令于不顾。如果有一段时间不来信，胤禛就去信责怪年羹尧：“六七个月无一问安启字，视本门之主已成陌生人矣。”年羹尧在川陕总督任上，随抚远大将军，十四阿哥允禵左右，多少起到了为胤禛通风报信、牵制政敌的作用。
年羹尧的官运是在康熙帝在世的时候，他“实心用事”、“治事明敏”，用兵颇有韬略，故而十几年间，从词臣升任一品封疆大吏。雍正帝即位之后，朝中依靠的主要力量是“舅舅”隆科多，因为他掌握着京城卫戍部队两万人；地方上依靠的便是年羹尧。雍正帝让他统率着西北数十万雄兵，使政敌不得不有所顾忌。嗣皇帝登极之初，对年羹尧倍加赏识重用，几乎到了炽热颠狂的程度。首先命其接替允禵管理抚远大将军印务，寻实授。以后几年，年羹尧一直在西北前线为朝廷效力。因平定西藏时运粮及守隘功，封三等公爵，世袭罔替，加太保衔，因平郭罗克功，晋二等公；叙平青海功，进一等公，给一子爵令其子袭，外加太傅衔。雍正二年（1724年）八月，年羹尧入觐时，御赐双眼孔雀翎、四团龙补服、黄带、紫辔及金币，恩宠到了无以复加的地步。不但年的亲属倍受恩宠，连家仆也有通过保荐，官做到道员、副将者。皇帝对羹尧的奏章皆批“如所请”，甚至标榜他们之间的关系是“千古君臣之遇的榜样”。
就在年羹尧红得发紫的同时，雍正帝却偷偷开始收罗年羹尧的种种不法行径，费尽心机地寻找治其于死地的借口。所以，后人多认为，与其说雍正帝是对年羹尧宠爱，不如说是纵容。雍正三年（1725年）三月，机会终于来了。是月，受年羹尧迫害的四川巡抚蔡珽跑到京城状告年羹尧，年羹尧也有弹劾蔡的奏章到京。皇上就此谕曰：“蔡珽系年羹尧参奏，若置之于法，人必谓朕听年羹尧之言杀之矣！朝廷威福之柄，臣下得而操之，有是理乎？”一改对年言听计从的态度。年羹尧保荐的庸才胡期恒来京述职，皇上对胡评价说：“人甚卑鄙，奏对荒谬，岂特不胜巡抚，即道员亦属所玷”，下吏部议，革职。四月，上谕曰：“年羹尧曾妄举胡期恒，妄劾金南瑛等……又是青海蒙古饥馑匿上不闻。年羹尧从前不至于此，或自恃己功，故为怠职；或诛戮太过，致此昏愦。岂可仍居总督之任，念其尚能操兵丁，可补授杭州将军。”
雍正帝指责年羹尧变了，实际上翻脸的正是他自己。年羹尧早有喜怒无常，杀戳任性的脾气，受到雍正帝宠用后更加骄横。在西宁时，曾霸占了蒙古贝勒七信之女，还曾军前斩杀提督、参将多人。雍正二年（1724年）十月，他进京面圣，到京时令直隶总督李维均、巡抚范时捷跪迎跪送。到京师后，王公大臣于郊外迎候，他旁若无人，傲然策马。在边疆时，蒙古王公见年羹尧必须先跪，额驸也不例外。雍正帝将这些都看在眼里，迟迟不加治裁，以待其走向反面。
年羹尧失宠的消息一传出去，爱好落井下石的人，纷纷弹劾。山西巡抚伊都立劾年羹尧私自占用国家税盐；都统范时捷劾年羹尧捕盗滥杀无辜，并欺罔、贪婪五事。此时，年羹尧正在赴杭州将军任途中，接到圣旨，削太傅衔。到杭州不久，又被追回赏给的补服、黄带、花翎、紫辔等物。一月廿七日，革去杭州将军职，降为闲散章京，之后又连连降职。雍正帝还将发给年羹尧的朱批奏折追回，以掩饰当年同年羹尧的不寻常关系。
在雍正帝的怂恿下，内阁、詹翰、九卿、科道合词奏言年羹尧的罪恶“罄竹难书”，于是部议尽革年的官职。雍正三年十月，命逮年羹尧来京审讯。十二月，案成。此距发端仅有九个多月。议政王大臣等定年羹尧罪：计有大逆之罪五，欺罔之罪九、僭越之罪十六、狂悖之罪十三、专擅之罪十五、忌刻之罪六、残忍之罪四，共九十二款。从这些条款的内容来看，大半实有其事，未必出于罗织。如虚报军功、仪仗奢华，收取贿赂等很难说不是事实。但皇帝包容官员以权营私是清朝的“国策”，康熙帝就对大臣说过：“为官之人，凡所用之物，若皆取诸其家，其何以济。”这就等于告诉官员，占公家便宜是可以的。又说：“人当秀才时，负笈徒步，及登仕版，从者数十人，乘马肩舆而行，岂得一一问其所来耶？”这就等于说谋私利可以不择手段。其实，雍正帝早就了解年羹尧的所做所为，甚至在一些批示词中令人怀疑他唯恐年不贪婪，不腐化。但转眼之间，这些行为全成了年羹尧的罪名。
雍正三年十二月，皇帝差步兵统领阿尔图，来到关押年羹尧的囚室传旨说：“历观史书所注，不法之臣有之。然当未败露之先，尚皆为守臣节。如尔公行不法，全无忌惮，古来曾有其人乎？朕待尔之恩如天高地厚，愿以尔实心报国，尽去猜疑，一心任用。尔乃作威作福，植党营私，辜恩负德，于心果忍为之乎？……尔悖逆不臣至此，若枉法曲宥，曷以彰宪典而服人心？今宽尔磔死，令尔自裁，尔非草木，虽死亦当感涕也。”年羹尧接旨即自杀。此案涉及年家亲属及友人，其父年遐龄、兄年希尧罢官，其子年富立斩，诸子年十五以上者遣戍极边，子孙未满十五者待至时照例发遣，族中文武官员俱革职。幕宾邹鲁、汪景祺皆斩。
