在医院里，真嗣签写了转病房的填表，决定将明日香转移到NERV的直属医疗室。这样，真嗣就不用每天走那么远到医院看望明日香了。
一切都转移工作都做完了。真嗣坐在病床旁，温柔的抚摸着她的脸。
但是，为什么突然就把明日香转移到了NERV的医疗室呢，并不只有NERV离医院远的原因。
因为NERV的高层下达了全面禁止出入总部命令，并且一直保持着第一战斗状态。但是渚薰已经死了，所有的使徒本都应该被消灭了，应该已经恢复和平了。而EVA会被怎样处置也无从得知。
依现在来看，NERV大概会被解散，而NERV中的所有人以后会怎样也不知道。
另一边，SEELE发现死海文书早已被替换。失去了死海文书和朗基努斯，最终SEELE意识到碇源堂的真正目的，其实碇源堂早已背叛组织。SEELE恼羞成怒，将《人类补完计划》告知给全球政府并嫁祸给碇源堂，请求政府消灭NERV的日本分部。
废弃学校那，巧站在天台上，意识到了什么，通知了其他人。说“要开始了”
多国政府迅速出击，准备袭击日本NERV。
没过多久，NERV发出警报，连接外界的所有网络数据线路都被截断，无法与外部取得联系。不仅如此，所有的外部终端机都有被数据入侵，确定目标为MAGI。
通过被侵入的数据来看，确定至少有五台MAGI。敌方与我方兵力差距五倍，形势极恶。
侵入的速度越来越快，情况愈发严重，MAGI一旦被完全侵入的话就等于直接控制了整个NERV。
这时消失一段时间的赤木再次出现，帮助NERV防止MAGI被完全侵入。
而发生了这样的事真嗣也不会不管，在去往作战指挥部的路上真嗣寻问现在的状况。
日向：不久前第2东京已下达了A-801命令。
真嗣：801。
日向：废除特务机关NERV的特殊法律保护，并将其指挥权移交给日本政府。
真嗣：这样啊。
日向：不仅如此，现在MAGI正在被入侵，我方处于劣势。现在赤木博士在进行着防御作业。
真嗣：好的，我马上到。
另一边，赤木正在进行防御措施，她一边打着代码一边思考着自己是否在做蠢事。
一会后，地面线路修复已完成了0.2%，依照进度应该来得及。
真嗣站在一旁，想着他们只侵入MAGI？不，他们并没有那么的善良。侵入MAGI也只是前哨战，真正的目的要么是占领NERV要么是毁了NERV。并夺取NERV所拥有的所有EVA。
老人们想借此机会强迫碇源堂启动《人类补完计划》。但是没过多久，赤木启动了B型防火墙，对MAGI施加了666号防护，之后的62小时里将无法被外部入侵。
即是这样，政府也没有放弃，通过协商会议，决定使用武力强行占领NERV。
各国相继派出许多特殊精英部队，对其展开全面轰炸。混乱中趁机潜入NERV。各个防卫线接连失去，许多部队侵入NERV。
真嗣：看样子是真的急了，想要强行占领的话首先肯定会先从EVA下手，那目标就上驾驶员了。绫波在哪。
青叶：行踪不明，无法确认。
真嗣：这样会被杀掉的，明日香怎么样了。
青叶：在303号病房，现在有一队部队往哪里去了。
真嗣：靠。这先交给你们，我去找明日香和绫波。
NERV的内部里，多个通道发生爆炸部队的侵入速度极快，现在被占领也只是时间的问题了。
碇司令：冬月老师，这交给你了。
冬月：明白，代我向唯问好。
现在NERV中，所有的通道都被侵入，连战斗机，坦克等等都侵入了，在走廊上躺在许多尸体，伤亡无数，血流成河。
美里：非战斗人员尽量避免白刃战，对手各个都是战斗专家。如果无法反抗的话就投降吧。
现在的情况十分不妙，而且NERV又没有专门对人的防御系统，最多充其量只能防范下恐怖分子，而真要开战的话这里不堪一击。
突然一声爆炸，敌方已侵入到了作战指挥部，开始交火。
敌方高层下令见到EVA驾驶员就射杀，允许非战斗人员无条件开火。
而那队前往病房的部队绕开了哪里，只留下了三人去病房那里探查。真嗣也在赶往病房。
三位士兵将所有病房逐个排查，最后发现了明日香所在的病房。一位士兵将手枪对着明日香的头部准备开枪。
士兵：对不起了，小妹妹。
这时，真嗣冲入病房偷袭了三名士兵。
士兵：发现第二和第三适格者，现准备射杀。
真嗣：想杀我？那可难了。EVA装甲，启动。at立场，全开。
真嗣分分钟将三名士兵打到，以为他们死了，突然，他们站起。三名士兵也喊出装甲启动。
真嗣：什么！
士兵：没想到吧，我们已经将EVA装甲投入量产了，而且，装甲可没有副作用。
三名士兵与真嗣开始白刃战，面对三人的联合攻击，真嗣陷入苦战。而这时，加持出现了，他用枪掩护真嗣，真嗣趁机带走了明日香与加持一起逃走了。
他们逃到了更衣室，真嗣把明日香放了下来，解除了装甲。真嗣感到虚弱，跪在地上吐了口血。
真嗣：切，一对三，在加上这装甲的副作用，真是吃力。对了加持先生，你怎么在这。
加持：当然是救你们，现在联合国对你们发起全面进攻，我怎么能袖手旁观呢，而且，他们现在已经占领了初号机。
话音刚落，一阵剧烈的震动，是他们使用了N2核炸弹，他们投放了多个，将地下都市上面的所有防护甲板都炸开了。
真嗣：既然这样，我就跟他们拼了！
加持：真嗣，你想干嘛。
真嗣：他们既然占领了初号机，那我用二号机，我要跟他们拼了！
加持：真嗣！你疯了吗！
真嗣：我没疯，我只是，想让她活着。
说完就往外跑，加持也只好让他这样。
这时，巧从时空壁中走出，看见如此情形，索性用他那神秘的力量将明日香唤醒。
明日香醒后，巧也回去了。明日香对现在的情况一无所知，在加持的解释下明日香明白了来龙去脉。
明日香：对了，真嗣呢。
加持：他，去与联合国战斗了。
此时，碇源堂找到了绫波。
碇源堂：预定的时间到了，走吧。
真嗣成功的登上二号机，强制解除了拘束，到达战场。敌方发射一枚导弹，顺势拿起边上的坦克挡下了。
二号机跳到水中，将战舰举起向部队扔去，一声爆炸，一排的坦克都被炸没了。
真嗣：不用担心，明日香的母亲，即使搭上生命，我也会全力保护好您女儿的。
几台战斗机飞来，向二号机发射导弹，二号机一个弹跳，飞到高处。完美的躲过了所有导弹，落下时顺手拉了两台战斗机下去，一声爆炸，烟雾缭绕。
二号机一抬头，一枚导弹砸脸，随后又飞来一枚。二号机一拳将飞来的导弹干炸，一声巨响，眼睛闪着亮光的二号机从烟雾中走出。
现在敌方导弹用尽，只能用普通武器与二号机战斗。面对普通武器的二号机直接开启at立场，武器完全无效了。
二号机缓缓的走向敌军，但敌军对EVA还是有一定了解的，他们集中火力打脐带电缆，现在二号机只有五分钟的活动时间了。
真嗣：切，就算没有脐带电缆供电，二号机的全身可覆盖着整整1万2千块特殊装甲，以及at立场，怎么可能输给你们这帮家伙！
真嗣的眼睛闪出红光。
真嗣如同发了疯似的不断攻击，爆炸声接连不断，没过多久，真嗣将敌军所有的大型军事武器都消灭了。
SEELE不想被坏了计划，要对付EVA就要用EVA。SEELE投下多台量产机。雪白量产机在空中张开翅膀，宛如天使降临一般落到地面。
真嗣：EVA量产机？切，没想到居然完成了呢。
指挥部那，冬月见到了量产机。
冬月：居然将9台搭载S2机关的量产机投入战场，太小题大做了吧。难道是想在这里引发吗。
废弃学校那，巧走向一栋教学楼里，打开了灯，他们的初号机和二号机就存放在此。巧走向初号机，他望着初号机，对初号机说了一句话。
巧：一切都快结束了，辛苦你了，Mark.06。
巧离开了这栋教学楼，向另一栋教学楼走去。到了另一栋里后，巧打开灯，映入眼帘的是一个巨大的类球型的东西。巧拿出一个遥控器，按下按钮，类球的东西打开了，而在里面的是一台粉色的EVA和一把巨大的狙击枪。
这时，外面有几个人走来，灯一开，他们几个分别是碇唯，蓝格雷，阿诺斯，还有武藏和雾岛。还有一位穿着粉色战斗服的女人。
巧：看来全员到期了，准备出发！
众人：是！
巧又一次按下按钮，外面那一栋最大的教学楼倒下，烟雾四起，当烟雾散尽时，映入眼帘的又是一台EVA。
巧：也是时候让你出来透透气了，EVANGELION最终号机。
再次切换到NERV，九台量产机落地，围成一个圈将二号机包围。
真嗣：看来得把你们都灭了才行呐，时间还剩下3分半，一共九只，解决一只最多也只能用20秒。切，烦人。
二号机先向一台量产机冲去，纵身一跃，一把将量产机的头部压倒在地，随后又一击重拳打向头部，血液向四处喷涌。
真嗣：This one。
刚打到一只量产机，二号机立刻转身冲向下一台量产机，顺势扑倒，拿出高振动粒子刀刺向量产机的头部。
真嗣：This Two。
一小会后，真嗣已经解决了四台量产机，接下来就是第五台了。
二号机撞向第五台量产机，把量产机手上的武器撞飞，准备用粒子刀杀死量产机时，粒子刀断了，量产机一把抓住二号机的脸。趁其不备，另一台量产机从后面袭来，二号机注意到了，将抓着二号机脸的量产机当做盾牌挡住了攻击。
二号机向后退了几步，将掉在地上的量产机的武器捡起使用。与剩下的几台量产机开始搏斗。
真嗣：都给我去死！
而在真嗣与量产机战斗的同时，NERV最底下的中央教条也有事情发生。
碇源堂带着绫波来到了莉莉丝的面前，而在一旁的赤木说她在这里恭候多时，她站了起来，从口袋中掏出一把手枪指着碇源堂。
赤木：抱歉呐，刚刚在编写防御程序时顺便改写了MAGI的程序，现在是要按下按钮，整个NERV都会爆炸，这是最后的请求，与我一同死去吧。
赤木按下按钮，但是没有触发爆炸，赤木一看，是MAGI中代表女人的那一人格否定了自爆，最后在MAGI中的赤木妈妈选择了自己的男人，而不是自己的女儿。
碇源堂拿起手枪对准赤木，说道“这回是你输了。”随着一声枪响，赤木以为自己的生命到此结束，但是她发觉自己没有死，睁眼一看，是碇唯！碇唯抓着碇源堂的手，而这时的赤木与碇源堂二人十分惊讶，那个本应死了的人此时正站在他们面前。
唯：已经够了，源堂。
碇源堂：唯。
赤木：怎么可能，你不是融合到初号机里面了吗，你怎么还活着？
唯：这个之后再解释。源堂，已经够了，停止《人类补完计划》吧。我已经回来了，可以放弃了吧。这些年，因为我，让你们父子俩不能好好的在一起，是我的错。没能让真嗣有一个好的童年。我希望，我们可以重新开始，还给真嗣一个好的时光，也还给你一个好的家庭。
碇源堂迟疑了一下，最后决定放弃计划，他放下手枪，抱住了碇唯，说了一句“谢谢你，唯。I need you.”
碇唯也抱住碇源堂，唯她笑了起来。突然碇唯意识到上面还在战斗，赶紧和源堂，赤木，绫波赶到上面。
而在上面的战场上，真嗣一人面对着五台量产机的围攻，体力渐渐不支，连站着都摇摇晃晃的，眼睛上的红光也渐渐退去。
NERV中，加持带着明日香来到存放初号机的位置，这里有几个士兵把守，两人偷偷的潜入进去。但还是被发现了，也只好应战。但当士兵们启动装甲时，装甲却不受控制的乱动。加持回头一看，是雾岛同学。
加持：雾岛，你怎么在这？
雾岛：之后再解释，明日香同学，快登上初号机，我这个装置也只能短时间维持现状，快来不及了。
明日香：谢谢你，雾岛同学。
明日香登上了初号机，神经元链接正常，脑回路清晰，成功启动了初号机并赶到了战场。
在上面，真嗣已经没有了体力，被两台量产机偷袭压倒在地。当一台量产机准备杀死真嗣时，明日香驾驶着初号机，随手捡起量产机的武器砍了过去，成功解救真嗣。
明日香：没事吧真嗣。
真嗣：明日香！你怎么。
明日香：一会再解释，剩下的量产机就交给我吧。
初号机缓缓起身，拿起一旁的武器向量产机攻去。明日香毫不留情的挥舞着武器砍向量产机，没过多久，量产机被一一击败。明日香向真嗣走去，扔下武器将真嗣扶起。本以为全都结束了时，电脑检测到刚刚被击败的量产机再次发出反应，所有的量产机都像没事的一样站了起来。
一只量产机捡起武器，向他们扔去，两人打开at立场抵挡攻击，但是武器突然幻化成朗基努斯之枪的样子，瞬间穿透了at立场向两人刺去。突然，天空上面出现了一个巨大的口子，如同穿梭时空的隧道，一颗子弹射出，挡住了伪-朗基努斯的攻击。
在隧道里飞出一艘巨大的飞机，在上面还站着几台EVA。
碇唯：终于来了。
真嗣：那是，四号机！
当飞机飞过隧道后隧道就关闭了，飞机停留在NERV的正上空，并发出通告。
武藏：下面的联合国国军听着，我们是WILLE。
真嗣：这声音，是雾岛的朋友。
武藏：我们现在得到了联合国的通知，已证实《人类补完计划》的始作俑者是SEELE，与NERV毫无关系，请立刻停止占领，重复，请立刻停止占领。
联合国的国军听到消息后停止了占领，但量产机可不是联合国的，它们仍然要启动计划。
武藏：搞定了，到你们登场了。
巧：了解，全员行动。
在飞机上的几台EVA一个接一个的跳下来，落到地上，溅起阵阵尘埃。
粉色EVA驾驶员：现在怎么办啊，9台量产机，怎么分啊。
巧：诸位先请。
阿诺斯：我要两台。
蓝格雷：两台。
粉色EVA驾驶员：嗯...我拿的是狙击枪，近距离不好打，一台好了。
巧：那剩下的四台就是我的了。那么，战斗，开始！
开始的一瞬间，阿诺斯直接冲向他的两台量产机，在冲出去的瞬间启动了粒子刀，直接刺向量产机。并且冲击的力巨大，直接向前冲了好一段距离。
粉色的EVA也开始行动。她与量产机拉开了一段距离，使用远程武器打消耗战。
巧提醒他们一句“要把核心打爆才能杀死量产机！”
蓝格雷：那么接下来就到我了。隐藏模式启动，Beast Form！（野兽形态）
隐藏模式启动后，蓝格雷的二号机的肩部拘束器弹开，身体长出了许多管装东西。背部的装甲也被弹开，尾骨部位长出长长的尾巴。嘴部也随之张开，露出了獠牙与舌头。也从双脚站立变成了四肢着地，不断的咆哮着，如同真的野兽一样。驾驶舱内，蓝格雷的眼睛泛出绿色的光。
蓝格雷驾驶二号机向她的目标冲去，野兽模式启动后不仅样子变得像野兽，攻击方式也变得像野兽一样。利用利爪和獠牙撕咬着量产机。
巧：虽然不想，但是为了节省时间也只好杀鸡用牛刀了。回来吧，朗基努斯。
电脑检测到宇宙外的朗基努斯以高速冲向地球，突破大气层掉落在巧驾驶的最终号机面前。
最终号机拔出插在地上的朗基努斯。巧的眼睛也变成了一红一蓝。
巧：不要以为就这，还有后手呢。
最终号机将手举起，上边又开启了一个刚刚那样的隧道，从中缓缓的落下一把与最终号机等身长的武士刀。
巧：就让你们体验一下我背前长船的威力吧。（长船，全称“背前长船”日本刀的一种，其长度一般有73.63cm）
巧：还不止，让你们见识一下，我这神的力量！光翼，开！
最终号机一只手拿着朗基努斯，一只手拿着长船，背后长出两对光芒四射的翅膀。这时，NERV的幸存的所有人都赶到战斗的第一现场。美里看见了那两对翅膀，想起了自己小时见到的第二次冲击时的景象。
美里：就是那两对翅膀，那第一使徒亚当的翅膀！
此时，其他五台量产机都被击毙，核心也被破坏。现在只剩下巧那四台量产机了。
巧：那么，现在你们要完了！量产机们！
巧的眼睛又变了，一红一蓝变成了一对紫色的眼睛。巧的战斗正式开始。
最终号机快速的冲向量产机，以极高的速度不断来回的砍着量产机，把量产机从地上砍到半空。最后在一个瞬间，四台量产机排成一排，最终号机手握朗基努斯顺势丢出，直接将四台量产机贯穿，核心也遭到破坏。现在九台量产机一台不剩。全数歼灭。
最终号机缓缓降落，打开了舱门。其他EVA也随之开启舱门，驾驶员都出来了。
战斗结束。硝烟之中，许多人从中走出。美里率领所有人跑去迎接他们。两对人马碰面。
（接下来基本都是对话）
美里：真嗣，明日香，你们没事吧。
真嗣：没事。
明日香：没事。
美里注意到了巧和蓝格雷
美里：诶！怎么有两个真嗣和明日香啊。
巧：也是时候介绍一下自己了，你好美里小姐，我叫巧，碇巧。
蓝格雷：你好，我叫蓝格雷，全名“式波-明日香-蓝格雷”
美里：诶？你也叫明日香。
蓝格雷：对，不过为了区分还是叫我蓝格雷好了。
美里：哦~，明白了，那么这位又怎么称呼？
美里指向粉色EVA驾驶员问到
驾驶员：我叫真希波。真希波-玛丽-伊兰崔亚斯。
碇唯：嘿，玛丽。
真希波：学姐！
美里：学姐！？
真希波：对呀，我跟学姐是在大学认识的，同为冬月教授的学生。
美里：冬月教授？
冬月：唯，玛丽。
唯，玛丽：教授。
两人跑向冬月
玛丽：冬月教授，好久不见。
冬月：嗯，好久不见，不过唯你还活着真是太好了。
碇唯：这都是巧的功劳，他用自己的力量将我的灵魂从初号机里抽出三分之二，又把灵魂植入这和原本一模一样的身体里。
冬月：这样啊，不过灵魂怎么是三分之二？
巧：因为这是黄金分离线，计算得出，向EVA里注入三分之一的灵魂就足够了，不仅可以让EVA内部拥有灵魂又可以让人保持自我意识。
冬月：居然还有这种事。
巧：毕竟这可是我用了十年的时间所得出的结果。
真嗣：十年？敢问阁下今年多大。
巧：26。蓝格雷也一样。
众人：26！
阿诺斯：但你俩怎么看都只是个十几岁的青年啊。
巧：因为这是EVA的诅咒
阿诺斯：EVA的诅咒？
巧：对，因为我们的EVA有着诅咒，当驾驶员登上EVA的那一瞬间，身体就停止了成长，随着时间的流逝，周围的人愈发苍老，而自己却不会改变。
阿诺斯：那我的EVA...
巧：放心，你们的EVA没有诅咒，身体还是会成长的。
阿诺斯：那就放心了。
真嗣：对了，你不是说过，你是我，我是你吗。那为什么这世上会同时你我。
巧：我们虽是同一个人，但来自不同的世界。
真嗣：不同世界？
巧：对，我习惯把现在的世界叫做新世界，而我所存在的世界叫旧世界。应为某些原因，旧世界毁灭，诞生了新世界，为了防止新世界经历旧世界的事后毁灭，所以我们才介入这里。
巧：不仅如此，旧世界中，受到过EVA诅咒的人来的新世界会保留原本的记忆，所有真希波阿...
真希波：你说什么啊，小巧。（核善的笑容）
巧：真希波姐姐才会记得我跟蓝格雷。但是那些旧世界受EVA诅咒的人来到新世界后虽然会保持原本记忆，但不在受到诅咒，身体再次开始生长。
明日香：那你们也一样？
蓝格雷：不，我们是因为旧世界毁灭后我们任然存活这，然后来到新世界，所有诅咒仍然对我们有效。
明日香：这样啊。
巧：时间差不多了，雾岛，武藏，你们也该走了。
巧打开时空道，雾岛和武藏回到了原本的地方。
真嗣：这是？
巧：时空道，与时空壁不同，时空壁只能穿梭于这个世界，而时空道不仅能穿梭世界，还能穿梭时间。
真嗣：原来如此。
巧：好了，以现在来看，老人们也活不了多久，我们也该走了。
当巧刚要起步时，碇唯接到了一通电话。
碇唯：喂，是我，什么，已经好了，谢谢你。
滴（挂断）
巧：怎么了吗。
唯：没什么，就是你们俩的结婚礼服和戒指都到货了而已。
巧：哦......
此处除碇唯外的都还没反应过来
巧，蓝格雷：诶！（大叫）
众人：你们要结婚了！？
碇唯：对了，既然你跟真嗣可以说是同一个人，那以后就别叫姐姐了，改叫妈好了。蓝格雷也是。
蓝格雷：但但但......但这也太突然了吧。
真希波：好了，你们这对青梅竹马也是时候结婚了，年纪也不小了。
真嗣，明日香：青梅竹马！？
巧：这个...因为新旧世界的原因，两者有一定的大区别。
碇唯：好啦，就别耍脾气了，听大人的话，把婚结了。
虽然两人一脸的不情愿，但最后还是同意了这桩婚事。
碇源堂：你，真的要结婚吗。
巧：答都答应了，能不结吗。
碇源堂：我不是问你，我是在问你，蓝格雷。
蓝格雷脸红的回了一句“嗯”
碇源堂：儿媳啊，我的好儿媳啊。
巧：你人设崩的也太快了吧！
几天后，NERV修复的差不多了，也挑好一天黄辰吉日做为结婚的那一天。
最终，那一天到了，巧和蓝格雷在NERV中举办了婚礼。巧穿着帅气的礼服，蓝格雷则穿着美丽的婚纱。
eva新世纪福音战士也随着这婚礼进行曲种结束了......是不可能的。当两人准备进行誓约之吻时，大门被打开了。一位男子站在门口大喊道“老爸！”
哪位男子走到巧的面前，对着巧说道“我终于找到你了，老爸”
巧：诶？
男子：诶，老妈也在啊，抱歉现在有急事相求。
巧：不是，你谁啊，谁是你爸啊，我可还是处男。
男子：你不记得我了吗老爸，我是你未来的儿子-碇终翼。
巧：碇终翼？
终翼：对啊，因为在未来，你想让我继承你最终号机的光翼，所以起名为碇终翼。
巧：这样啊，那你找我有什么事吗。
终翼：老爸，你跟我来。
终翼拉着巧跑到外面，到了外面一看，天空上有一个巨大的怪物。
巧：终翼，那是什么。
终翼：是第18使徒，其代号为“Neo Angel”
巧：怎么会，死海文书中只说到17位使徒，哪来的第18位啊。
终翼：据说是应为你当年对新世界的介入所导致的。
巧：不管什么，敢打扰老子结婚的，一律格杀勿论！最终号机，启动！
随着巧与18使徒战斗的打响，本篇eva新世纪福音战士-完结
作者的话：第一部已经完结了，感谢大家的支持。接下来将会在1月13号开启丽篇（注：丽篇与这次的香篇无关）并且会在更新丽篇的同时与本篇幅的第二部-《EVA福音战士-回忆》一起更新。（丽篇预计是没有第二部衍生作的）
丽篇的人物设定和世界观也是会大幅度改动的
敬请期待两部续作
《EVA新世纪福音战士-丽》
《EVA福音战士-回忆》
最后祝大家，2021
新年快乐！
