那蚩尤布下九九寂灭大阵，此时更是发挥出惊人的优势，那些修士都隐隐动摇了，而天庭的昊天和瑶池见人族有溃败的迹象，马上派出十万天兵天将来助，刑天等巫族急了，毕竟大多数九黎族人也都是凡人而已，可挡不住天兵天将的攻击，只能舍弃各自的对手奔向那些天兵天将，而修士们则尽力阻止着。九黎族也因为失去了刑天等几个大巫的顶级战力又与人族打的堪堪平手，不过蚩尤的九九寂灭大阵太过厉害，阐教修士也不能破之。
在昆仑山上的原始天尊也知道只凭他们识破不了这大战的，所以很是无奈的叹了口气，一挥手将他的证道之宝意如玉传道广成子身边，而广成子也发现了这意如玉，也知道是师尊之意，随手接过后，瞬间击出，击中大阵主阵蚩尤，将他打出阵中，这九九寂灭大阵不攻自破了，而那些散修看见这大阵已破，顿时一拥而上。九黎族的八十一位长老也是巫族人，也因为阵法的反噬，大都重伤，能战的没几个了，而现在又被这些散修不停大都，死伤大增。而阐教的修士都十分羡慕又嫉妒的看着广成子已收回到手中的意如玉了，他们也知道这可是师尊的证道之宝呀。燃灯道人更是极度非常，要知道他也是紫霄宫中客，不惜委身于阐教中就是希望有个好的地方容身，可是他只能看着原始天尊的徒弟得到灵宝，更是大多是先天灵宝，而他只有得到一件后天的灵宝，这让他心中很是不平，更何况他坐着阐教副教主之位而原始让其弟子称呼他为老师，更是将勀勀业业的为阐教奔波，到头来却不能等到元始天尊的赏识，更让他气愤的是，原始天尊平时只讲一些粗显的道法，从不在燃灯面前将更深奥的道法，而这些也只有他弟子时才讲，可见这燃灯在阐教尴尬的局面。
蚩尤也知道在大阵被迫，刑天等大巫被引开后，被打败也是在所难免的了，所以只能尽量保存实力，意图战后聚集大巫们再来过。不过轩辕大军没了那大阵阻碍立即杀向蚩尤大军。两军混战，那蚩尤的兄弟由于被破了大阵，受伤不浅却是没了战力，那些大巫被十二金仙拖住，所以蚩尤更是败的迅速。最后蚩尤只能将大军藏在了大雾中，轩辕率军前往追击，不想落进大雾中人族士兵看不见对方，这仗也没法打下去，轩辕大军被困在那大雾之中寻不到方向。那轩辕更是焦急，只能看着那些族人被大雾困死的族人。轩辕部落众人却是在阵中被困了七天了，许多都饥饿难耐了，活活饿死，可见战争之残酷。这时有一招贤而来的人族之人，他造出一辆始终指向南方的车，而轩辕见到此车就如路甘露一样甜美，马上就带上剩余的人马，依着被轩辕命名的指南车的战车，冲进了大雾之中。随后救下很多人族战士，轩辕马上命一部分将士照看好这些战士，其他的依然靠着指南车冲出大雾，继续追击着蚩尤部队。不过蚩尤部队虽然强悍，但是经过几天几夜的奔波也是累的筋疲力尽了，只能停下来休息了，不想这时的轩辕部队已经冲出大雾向他们而来了。
轩辕大军有了指南车指明方向，这大雾被破，轩辕大军也找到了蚩尤的残余势力。本来这蚩尤想将这轩辕大军困死在那大雾阵中，不想这轩辕竟然破了大阵找到了出路。蚩尤见得轩辕破阵仰天怒吼道：“天不助我。九黎儿郎随我杀。”“杀”杀声震天，九黎族最后的军力全部在这里了，蚩尤只能与轩辕一决雌雄，虽然明知失败，却也不愿退缩。轩辕，带领人族大军与蚩尤决战逐鹿，两军大战三日，最后蚩尤力衰被抓。那蚩尤也是一霸，凭一己之力杀了人族数十万人，最后力衰被抓，心中却是不甘。轩辕抓回蚩尤准备将其斩杀，可惜那蚩尤身为大巫之身，一身铜头铁骨，寻常刀剑却是伤不得他半分，那轩辕也杀他不得，那蚩尤见众人杀不死自己，便在那里大骂轩辕。这时老子的徒弟玄都师前来，广成子等自然见礼后，玄都师将一把剑教与轩辕后，就道：“人皇可用此剑将此大巫诛杀。”轩辕接过那剑，剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木；剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策。此剑就是妖族炼制的屠巫剑，威力无穷，比起那先天灵宝也不遑多让，只是最后落于老子之手，后又因为人族之事，将此剑重新在炼制一番后，就变成了这幅摸样了。
轩辕得到此剑走到蚩尤面前，那蚩尤笑道：“轩辕小儿，凭你手中这破铜烂铁也想斩杀我。”轩辕也不回答，走上前去挥剑砍向蚩尤，那剑划过蚩尤项间，一道血光闪过，那蚩尤一身精血被那剑吸收干净，而蚩尤的头颅也落在地上。后又听到玄都师说出此剑的来历后，轩辕沉默一下，毕竟这可是先辈人族的精血炼制而成的，随后就说道：“天地若有灵，神剑若有识，请听轩辕之言：轩辕掌此剑，当内修文德，外练武功。对内广布仁德，使人族安居乐业，无有忧患；对外多施威慑，使化外之地尊吾民，敬吾国。若轩辕不肖，人族三祖可凭此剑斩之；若子孙不肖，人族三祖可凭此剑斩之。”天地感于轩辕誓言，却降下无边玄黄之气，直落入‘轩辕’剑中，使此剑成为人教圣器，更可斩人间不肖帝王，而不沾因果。轩辕成为人皇后便按照自己所发誓言而为，人族的轩辕的誓言而得繁荣兴盛，而其南部九黎族也被轩辕安抚袭来，没有赶尽杀绝，九黎族人也知道轩辕之意，也不再再起战事。自此三皇时代完毕，而轩辕也自称黄帝，史称轩辕黄帝。在大战不久后轩辕也举行了人婚，自此天地人三婚圆满，女娲的红绣球也解禁完毕，完全炼化。
