自从敌军撤至南海子，袁崇焕就开始考虑御敌于塞外的问题。他知道如果不给敌人致命一击，如果不彻底摧毁敌军的战斗力，即使侥幸将他们逐出塞外，后金兵还会一次又一次闯入中原，大肆骚扰。据袁崇焕估算，1.5万名步师再过三四天就将抵达京师，加上原来的骑兵，几近两万。到那时他将抽出大部分军队交给祖大寿、何可刚，令祖、何二将分驻良乡、固安，一方面断敌西进、南下之路，使敌不得蹂躏燕南平原；另一方面择机进攻、袭扰敌后，让驻扎在南海子的皇太极日夜不得安宁。同时他还要发一封六百里加急的快信给山海关总兵朱梅，简派一支劲旅渡过辽河直捣辽东，突袭守备空虚的沈阳，把战火引到皇太极的家门口。当首尾难顾的入侵者急于回师辽东以解沈阳之围时，驻扎在通州的孙承宗便会给无心恋战的敌军予致命一击，不付出惨重的代价，皇太极就休想夺路而逃。
1月13日已时，有太监抵达广渠门外明军驻地，宣召蓟辽督师袁崇焕、总兵祖大寿即刻入宫，商议筹饷。袁崇焕只是向何可刚做了一些简单的交待，就揣上那份连夜草拟出来的进击南海子的用兵部署，同传谕的太监，一起奔向矮小狭窄的城门（外城城门均比内城的矮小）。他知道皇帝最关心的还是追击敌军，乘此机会呈请御览，以便在议饷之余商讨用兵方略。袁崇焕急匆匆地朝早已设好的陷阱走去，接之而发生的就是那幕崇祯自毁长城的悲剧，历史会永远记住这一酿成千古奇冤的日子。
1月13日下午。袁崇焕、祖大寿在太监的指引下，来到文华殿。刚一跨入这座便殿就被一股阴森、冷酷的气氛所笼罩，只须用眼睛一扫，他便把周围的一切看得一清二楚：端坐在御座上的皇帝满脸怒色，坐在御座下脚的满桂等则是一脸杀气，侍立在皇帝身后的太监却是皮笑脸不笑，至于临时增派的十几名侍卫则个个剑拔弩张。大英雄袁崇焕和祖大寿的心不禁一震，他来不及细想，急趋几步，双膝跪地，叩见皇上。传入袁崇焕耳际却是崇祯“袁崇焕你可知罪！”的厉声斥责。仓促之间，他竟一时语塞，如果说“知罪”确实不知身犯何罪，如果说“不知罪”则不免有抗旨之嫌，他稍稍沉吟了一下，便平静地答道：“臣知罪，但不知身犯何罪。”紧接着文华殿内就响起太监所特有的不男不女的腔调：
“大同总兵臣满桂等上奏折，为蓟辽督师袁崇焕阳奉阴违，逍遥城下，逗留不前，观望避敌，以城下之盟，了五年复辽之局一事，恳乞圣明，立奋乾断……”
“袁崇焕遣喇嘛吊丧，擅杀岛帅毛文龙以示信……”等等某须有的罪名像飞刀一样向袁崇焕的头上飞来。
这时殿内死一般的寂静，充满敌意的目光毒箭一般纷纷射向袁崇焕，可以听见它们呼啸的声音。这一切发生的是那样突然，毫无思想准备的袁崇焕惊呆了。仿佛置身梦中，不相信眼前的一切。自己舍生忘死抵抗金兵，换来了他们在这里要对自己下毒手。袁崇焕尽量让自己清醒下来，必须用事实戳穿上述谎言。他必须让所有在场的人了解事情的真相。于是他说派遣李喇嘛去沈阳吊丧，主要是为修复宁锦防线赢得时间，是迷惑敌酋的一种手段。对毛文龙他并无私情，直至抵达双岛与毛文龙会晤时，他仍希望毛文龙能接受从觉华岛转饷的建议，仍希望毛文龙能痛改前非，接受法纪的约束。但由于毛文龙一意孤行，无视朝纲，才不得不斩之。况且崇祯皇帝在他的题奏上曾明确批道：“毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命颇违，节制不受。跋扈有迹，卿能声罪正法，事关封疆安危，自是行军纪律……”“袁崇焕休得巧辩！你说说为何要抗旨不遵，逗留城下！”，一听这声音他就知道发难的是满桂。对于满桂的过去，他的确太熟悉了，四年戍边，两次血战（宁远之战、宁锦之战），他们生死与共；然而对于满桂的现在，他又的确茫然无知。两年的分隔使得他们形同陌路，也许连陌路还不如，当一个人遇到危难时路人虽不能援之一臂，倒也不至投石下井，如今满桂却……局面容不得袁崇焕多想，他赶紧从怀里掏出草拟的进军计划，双手托过头顶，平和地说道：“罪臣于四天前跪读圣谕，几经思索、修改、已将进军南海子的计划拟完，恭请……”不容他说完，十几个侍卫已一拥而上，将他扭押锦衣卫大狱。
6 千古冤案——袁崇焕之死
两国交战，各为其主。如果没有这个千古奇冤大戏的上演，中国的历史也许是另外一个写法。在狱中的袁崇焕是如何度过最后的囹圄生涯的？
尽管袁崇焕蒙受不白之冤，但他却无暇为自身的不幸而感叹，那早已同生命融为一体的忧国忧民意识，使得他身在牢房，却时刻牵挂着危如累卵的战局，惦念着生死与共的将士，这忧心如焚的挂念将伴随他走完人生的最后历程。袁崇焕太了解手下的将士了。他们生于辽，长于辽，由于后金扩张与明军的溃败，流离失所，无家可归。所以他们把全部的爱与恨都凝聚在保家卫国这一质朴的举动之中。在他们那朴实无华的思绪中，“忠”所引发的并不是狭隘而迂腐的忠君意识，却是实实在在的抵御后金、收复失地的抱负。眼前所发生的事变，将同他们的信念产生尖锐的冲突，他们那单纯而又善良的心灵无法承受这一刺激。安抚这些被伤害、被激怒的心，刻不容缓，迫在眉睫！
要想安抚辽军，非老臣孙承宗不可。然而崇祯皇帝不知是出于对通州战略地位的考虑，还是由于其他什么原因，并未责成孙承宗代管辽军。不仅如此，反任命与辽军将士有宿怨的满桂接管辽军。立有大功的袁崇焕被逮入狱，如此赏罚不公早已激起辽军将士的强烈不满，崇祯又偏偏命满桂接管辽军，简直是火上浇油！
此刻袁崇焕最为牵挂的就是祖大寿，辽军能否渡过目前的危机在很大程度、取决于祖大寿。祖大寿出自辽东望族，据说系东晋名将祖逖之后，其家族世代习武，娴于兵书战策。祖大寿素以作战勇猛著称，临战身先士卒、舍生忘死，足以令将士折服。但他也有一个致命的弱点，遇事容易冲动，勃然一怒不顾后果。当年孙承宗为了使袁崇焕能降服这员骁将，煞费苦心，亲设计了“活命之恩”的那一幕。督师关外的孙承宗要将偶犯过失的祖大寿正法，袁崇焕得知以身家性命力保，祖大寿因此得免一死。此后这位颇有点跋扈的将军，对袁崇焕心悦诚服，成为袁崇焕扼守关外的得力部将。如今这“活命之恩”很可能会使祖大寿铤而走险，当袁崇焕被侍卫拿下的瞬间，祖大寿的眼睛立刻迸发出令人不安的光。在当时一些有头脑的人都已预感到祖大寿必然为变，而祖大寿之所以不骤然采取行动，仍然希望皇帝能在震怒之后开释他们的督师。
袁崇焕终于听到了最令人痛心疾首的消息，1月16日凌晨，祖大寿在感情的驱使下拥众而去，就连刚刚抵达京城的1.5万名步兵，也被翻滚的怒涛裹挟着奔向山海关。自从袁崇焕踏上勤王的征程，他就盼望着后续部队的到来，如今后续部队竟也随祖大寿而去，他为京城筑起的这道血肉防线，已然土崩瓦解。
祖大寿率军出关所引起的震骇并不亚于皇太极入塞，京城内外人心惶惶，种种讹言传遍大街小巷，或言祖大寿将出关投敌，或言祖大寿将据山海关称王自立，或言祖大寿将率宁锦之师杀入关内，兴师问罪，自京城至山海关，朝野上下都被这骇人听闻的传言惊得目瞪口呆。辽军激变对于刚愎自用的崇祯犹如当头一棒，在敌军兵临城下的情况下，他只能两害相权取其轻。为了安抚辽军急令老阁臣孙承宗立即从通州开拔，日夜兼程，直奔关门而去。崇祯帝发起急来了：京城空虚，毁在旦夕！他赶忙派内阁全体大学士与九卿到狱中，轮番劝说袁崇焕，要他写出谕书，把祖大寿招回。
袁崇焕不写，说：“我本是督师，祖大寿得听我的。然而，现在我已是阶下囚，无权指挥他了。就算我写了，祖大寿也不会听我的。当然，皇上如有诏书，非要我书谕祖大寿不可，我还是会奉旨而写的。”崇祯帝不肯屈就，不肯正式下旨命袁崇焕手谕祖大寿，只是不断派人到狱中去劝说和催促，袁崇焕也便因此顶着不办。
然而，袁崇焕最终还是写了。原因是有一位在兵部任职名叫余大成的人，是袁崇焕的故旧，他对袁崇焕说：“贵臣之忠心与大功，天下皆知。但，君要臣死，臣不得不死，望贵臣终须以国家为重。”
“以国家为重？！”袁崇焕铁死了的心，被这几个字敲动了，震撼了，自己奋斗一辈子，为的就是国家啊！自己不是曾有诗云“杖策只因图雪耻，横戈原不为封侯”么？他终于克制了倔强的脾气，执笔写了一封极其诚恳的书信，要祖大寿赶快回兵防守北京。
祖大寿叛归，除了不满崇祯帝无辜将袁崇焕逮捕入狱以外，还有一个重要的原因，祖大寿害怕因此而一起被捕被杀，就率众叛归了。崇祯帝得到袁崇焕的手谕后，立即派人急急送来，还派出一小分队快马予以护送。这个时候，祖大寿已率兵冲出了山海关，正望北飞奔而去。忽见军后有兵马迫来，即令本军停止前进，准备迎战。
祖大寿骑在马上向后大声喝令道：“来者停步，否则看箭！”为首的扬起了手中的书信，说：“别放箭！我们不是朝廷派来的追兵，而是奉袁督师之命，给祖总兵送信来的。”祖大寿听说是送信的，立即用手压住阵头，示意他们不要放箭，自己便立在马上，等着来者过来。
祖大寿坐在马上拆信而读，读罢，禁不住悲痛得滚下马来，捧信大哭。他既被袁崇焕的赤胆忠心所感动，更为他的冤屈不能伸展而悲愤。士兵见状，也全都哭了。一时间哭声呜咽，如一股汹涌着愤怒的江水蔓延开来。
但是，军中也有一人不哭，那便是祖大寿八十多岁的老母亲。老太太安慰着伤心不已的儿子，说：“原以为督师已被处死了，咱们才反出关来。现在看到他的书信，才知他并没有死。谢天谢地。现在既然督师要我们重返关内，继续戍卫京师，我们就回去吧！你要多打几个胜仗，再去求皇上赦免督师，皇上就会答允。否则，如此下去，只加重督师的罪名，加快督师被处死的进程。”
祖大寿听了母亲的话，当即回师入关，含愤与满军接战，大败满军。收复了永平、遵化一带，切断了满军两条重要的退路。崇祯帝将袁崇焕下狱后，又见祖大寿东溃，就一方面设法将祖大寿、何可刚等人招回，一方面下诏书把满桂任命为武经略，尽统入卫诸军。并赐尚方剑，紧急催促他出战。
满军十二月初一攻克良乡后，得到了袁崇焕被捕下狱的消息。皇太极大喜过望，立即自良乡回军。至卢沟桥，击破明副总兵申甫的军营，逼近北京永定门。
满军兵临城下，崇祯帝又催得很急，满桂只得仓促出城应战，不然势必与袁崇焕一样下场。满桂与总兵孙祖寿、麻登云、黑云龙等诸将，集骑兵、步兵四万之众列阵于城外，等皇太极来战。
哪知皇太极此次却精灵鬼怪，令部属全部冒穿明兵服饰，扛的也是明军旗帜，于黎明时分，趁天还黑时突然攻来。明军敌我不分，阵势顿时大乱，满桂、孙祖寿不幸战死，黑云龙、麻登云被擒，明军大败而归，京师大震。其时，距离逮捕袁崇焕时才半个月。祖大寿、何可刚得知满桂战死，又有袁崇焕狱中手书谕示，就更加急急回师来救。
皇太极获悉，对袁崇焕的部下有些忌怕，感到后路受到的威胁严重，恐无退路；，不敢在北京城外恋战，更不敢进攻北京城，匆匆忙忙写了两封议和的书信，放在安定门和德胜门的城门口外，取道冷口，悻悻地回兵辽东去了。袁崇焕蒙冤入狱一事，牵动了朝野各方面的人，有为他力谏无罪的，有为他请命代死的，更有落井下石的，形形色色。
内阁大学士周延儒和成基命等大臣，主持公道，不怕连累，陆续上疏，设法解救袁崇焕；总兵祖大寿亦上书，愿削职为民，为皇上死战尽力，以官阶赠荫请赎袁崇焕之“罪”；袁崇焕的部属何之壁率领全家四十余口人，到宫外申请，愿以全家入狱的代价，替代袁崇焕一人坐牢；关外的将士官民，也不断到总督孙承宗的府上去哭号，为袁崇焕喊冤叫屈，并愿以身代；孙承宗深信袁崇焕无罪，便一方面安抚祖大寿，劝他立功，为袁崇焕雪冤，一方面上书崇祯帝，企望能以祖大寿之功来赎袁崇焕之“罪”。这些，情感之真，举动之大，足以催人泪下。然而，崇祯帝一意孤行，一概不准。
更有布衣程本直，此时显示了罕有的侠义精神。他原与袁崇焕素不相识，曾慕名三次求见也没有见上。后来见到了，他对袁崇焕敬佩不已，就投在袁崇焕幕下办事，并拜袁崇焕为师，一生无功也无过，无职亦无位。袁崇焕无辜入狱后，他写了一道《白冤疏》，直言上书崇祯帝，列举种种事实为袁崇焕辨白。
程本直请求释放袁崇焕，让他带兵戍京卫国，然后再定功罪，崇祯帝不予同意。但程本直请求为袁崇焕坐牢，为袁崇焕而死，崇祯帝竟然成全了他“义不独生”的意愿，将他下狱并处死了。只是没让他与袁崇焕“骈收于狱”，“骈斩于市”，致使他无法“含笑有余荣”。
