孙文宣布北上计划后，革命阵营内，有人欢喜有人愁。“（中共）党内对这个问题有各种不同的看法。广州的同志和一部分俄国同志认为孙中山北上是必要的，但是中央反对这一点。” 中央既不相信冯玉祥是真心革命，对孙文北上的动机，也有所怀疑。蔡和森形容冯玉祥是“英美帝国主义的宠儿”，召开所谓的“和平会议”，不过是替天（帝国主义）行道。孙文北上，必然导致右派抬头。他声色凌厉地警告说：“中山先生现在若上午入北京，我可断定他在革命上的信用下午便要破产。” ③
但与陈独秀、蔡和森等人相反，鲍罗廷对孙文北上，却欣然支持。别人给你搭好了舞台请你去，你不去未免太笨了。这是把国民党的革命势力，扩张到北方的大好机会。试想一下，孙文若在北京，召集国民大会，高喊出打倒帝国主义的口号，岂不壮哉！
在鲍罗廷、维经斯基的要求下，中共也不得不转变口风，改为“利用孙文北上机会，迅速开展国民会议运动”。但对于孙文的动机，始终不太放心。直到几年后，蔡和森还用怀疑的口吻说：“如果孙中山不死，则很难说他会做出什么其他事情，是否会同帝国主义达成协议。”
孙文主意已决，无论鲍罗廷、陈独秀说什么，都已不产生什么影响了。11月初，马超俊奉命先行北上，乘英国皇后轮赴沪，召集在沪的国民党人及工运领袖，筹备欢迎孙文北上大会。各省区工人相率北上，在京筹组“全国各省工会联合会”。
11月12日，广州各界两万多人，举行提灯游行大会，欢送大元帅北上。灯潮如海，把夜空照得通亮。孙文站在财厅楼上，向群众脱帽致意。他对大家说：“北京可以作革命的好地盘。革命要在北京成功是可能的……大家聚精会神都把力量集中到北京，将来自然有机会把革命得到彻底的成功。这次北京的变动，不过是中央革命的头一步；头一步走通了，再走第二步、第三步，中央革命是一定可以大告成功的。”
11月13日。孙文启程北上了。胡汉民奉命留在广州，代理大元帅职务。座舰经过黄埔岛时，孙文最后一次巡视军校。他对蒋介石说：“我这次到北京，明知道是很危险的，然而我为的去革命，是为救国救民去奋斗，有何危险之可否呢？况今，我年已59岁了，亦已经到了死的时候了。”
蒋介石惊问：“先生今日何突作此语？”
孙文回答：“我是有所感而言的。我看见你这个黄埔军校精神，一定能继续我的革命事业。现在我死了，就可以安心瞑目了！如果前二三年，我就死不得。现在有这些学生，一定可以继承我未竟之志，能够奋斗下去的。”孙文突然提高声调说：“这次北上，不论成败，决不回来，革命大任，交黄埔军校同志负之！” ③
他明确表明了放弃广东的意图。
11月17日，孙文抵达上海，受到十几万人的热烈欢迎。孙文原拟由陆路北上，但津浦路受军事影响，尚未通车。而在两星期内，也没有船直航天津，“此时日本朝野有电邀请总理先往日本，商洽中日合作问题。总理乃作绕道日本之决定。” 于是，孙文于21日启程赴日。途经日本时，孙文向人们讲解中国的南北问题，这是中国近代政治、经济、文化的症结所在。
中国在满清的时代，南北是统一的，只有一个政府。但是另外还有主人，要听外国人的话，对于本国的人民，就是杀人放火，也是要做。像这样的政府，虽然在名义上是统一，但是在事实是，对于南方人民，只有害而无利，又何贵乎有这种统一政府！假若在满清的时候，中国政府不是统一，北京政府的压力不能达到南方，以南方的强悍，专就香港而言，便不致失去那些领土。
这是孙文一个非常重要的思想，对于一个国家来说，统一并不一定比分裂好。如果北方政府是专制反动、倒行逆施，那么，分裂比统一更有利于国家。
有人问孙文是否打算做大总统，他说：“南北是不是统一，就在北方政府能不能赞成我们南方的主张，废除不平等的条约，争回主人的地位，从此以后，再不听外国人的话，来残害南方的人民。如果这一层做不到，南方人民还是因为北方政府怕外国人的关系，间接还是受外国人的害，南北又何必调和？何必统一？我又怎么情愿去执政权？”
然而，孙文在北上途中，肝病突然急剧恶化。抵京后，经协和医院专家会诊，结论是“肝脏痈伤”，即晚期肝癌。
1925年1月26日，孙文被抬进了协和医院手术室。但医生们把他的腹部切开后，发现肝脏坚硬如木，无法施行手术。切开的伤口又被匆匆缝合上了。
药石无效，群医束手。2月17日，协和医院宣布放弃治疗。孙文搬到铁狮子胡同行辕静养，改用中药治疗，最初似乎有点小效，但很快便回天乏术了。二十多年来，孙文一直致力于推翻北洋政府，但最终却倒在北洋政府的老巢，静候死神的降临，人生还有什么比这更残酷的结果？
孙文病危时，鲍罗廷约汪精卫、马超俊到苏联使馆见面。鲍罗廷开门见山地对汪精卫说：“孙先生的病已经绝望了，今后中国国民党的领袖，除了你更有谁敢继承呢？” 汪精卫且惊且喜，顿感责任重大，心情愈加凝重了。
3月初，孙文的精神已极其衰弱，他对侍疾榻前的汪精卫、孙科、邹鲁等人说：“吾若留下说话给汝等，诚有许多危险。当今无数敌人，正在围困汝等，我死之后，彼辈更将向汝等进攻，甚至必有方法，令汝等软化。如果汝等不被敌人软化，强硬对抗，则又必将被加害，危险更大。故吾仍以不言为佳，则汝等应付环境，似较为容易也。”
当时大家都没有听明白，孙文所说的敌人指谁，谁能够软化这些“追随先生，奋斗数十年，从未被人软化”的响当当革命党人？邹鲁后来说：“当时我们听了，有些莫名其妙；由今看来，知道总理已经看穿汪兆铭要被敌人软化了。” ③弦外之音，孙文所说的“敌人”，乃指苏联与中共。
但这只是他一家的训诂。国民党的敌人多得很，北洋军阀、帝国主义、买办阶级、土豪劣绅皆是，更有陈炯明陈兵于东江，邓本殷负隅于南路，杨希闵、刘震寰反侧于肘腋之下。孙文所说的“敌人”是指他们吗？3月10日，国民党中央执行委员会，根据汪精卫等人从北京发来的电报，作出开除冯自由、马素、江伟藩等320名“右派”党员党籍的决定。如此大规模开除党员，而时间就在孙文逝世前两天，或者，孙文所说的“敌人”是指他们？
孙文至死没挑明，这成了永远没有答案的问题。
3月11日，孙文强打精神，在由汪精卫、孙科等人起草的遗嘱上签了字。随后，他突然面呈喜色，对身边的人说：“吾久为恶魔所扰，然今者吾已悉驱而去之矣。吾明晨将行，行时当有天使来迎也。”时左右及家属，闻此皆为之悚然。
当天在铁狮子胡同上空，突然出现成千上万的乌鸦，密布天空，盘旋聒噪。据马超俊形容，“群鸦飞集益多，行馆全为遮黑，顿时不见天日”。梁启超来探访孙文，竟被乌鸦袭击。暗示伟人将逝，天呈异象。
孙文又对大家说：“我这次放弃两广北上，实为和平统一而来；我所主张的统一方法，就是开国民会议，实行三民主义、五权宪法。现在为病所累，不克痊愈。生死本不足念，惟数十年致力国民革命，所抱定的主义，未能完全实现，不无遗憾。希望诸位同志努力奋斗，使国民会议早日开成，达到实现三民主义、五权宪法的目的，那我死也瞑目了。”
他再一次使用了“放弃两广”这样的措辞，足令言者伤心，闻者落泪。
最后孙文长叹一声又说：“我死了以后，四面都是敌人。你们是很危险的，希望你们不要为敌软化。” ③
3月12日，清晨。孙文神志逐渐模糊，不断呓语，并用英语与粤语呼“和平、奋斗、救中国”。上午9时30分，一代革命元勋，魂归道山。
中国国民党中央执行委员会向全党发出通告：
敬启者：
本党总理孙中山先生，客冬北上，本求贯彻主义、倡导国民会议及废除不平等条约，以谋民族之独立，与民权之确定，乃自抵津京，肝疾日剧，医疗无效，于本月十二日上午九时三十分，在北京铁狮子胡同行辕逝世。革命尚未成功，同志遽失导师。曷胜痛悼，哀此奉闻。
中国国民党中央执行委员会启
三月十二日
孙文逝世后，国民党中央执行委员会组织治丧委员会，以汪精卫为主任委员，19日，举柩至中央公园社稷坛大殿。护灵致哀者多达十余万人。“灵榇所到之处，高呼口号，声震遐迩。花圈挽联，布满通衢”。天下缟素，今日是也。20日后，在中央公园祭奠，瞻仰遗容者，有数十万民众。负责护灵的马超俊记述：
关于总理遗体之棺柩选材，治丧委员会计划在美订制铜棺，以期保持久远，惟制运需时，乃决议先用香沙木棺大殓，俟铜棺运到后，再行更换。这时鲍罗廷及苏联大使加拉罕，自告奋勇，谓将由莫斯科赶制与安葬列宁同样之棺柩，运送来华，以安总理之灵。治丧委员会当表示嘉纳，惟向美订制铜棺，亦未中辍。
总理灵榇移至中央公园社稷坛不久，苏联赶制之棺柩运到，加拉罕宣称，此系最新式之佳制，并大事宣传。经我与数同志加以检查乃系用锑铝皮制成，外漆白银色，片片浮起，颇似鱼鳞。我用指在上轻捺，即现裂痕，其不适用，一望便知，故摒置未用。
镇悲风寒日萧萧起，算此日，真归矣。4月2日，移灵于西山碧云寺。“是日参加执绋者十余万人，民众扶老携幼，罗列于天安门至西直门，以迄燕京大学途中；尤以青年学生、军人及工人为多，途为之塞。”
孙文去世了，一座山倒下了，一个时代结束了。
国民政府开张大吉
在国民党的历史上，这个政党的组织形式，一直介乎秘密会党与现代政党之间。它有两次告别会党的机会，一次是民国初年宋教仁在北京组织国民党，搞议会政治，另一次是孙中山在广州改组国民党，搞联俄容共。第一次“以英美为师”，结果碰得头破血流；第二次“以俄为师”，走“一个主义、一个领袖、一个政党”的道路。这种政治主张，在血缘上，与秘密会党本来就是近亲，因此，转型得以顺水而行。
孙文去世后，1925年5月18日，国民党召开一届三中全会，由戴季陶起草的《接受总理遗嘱宣言》，开始把孙文称作“唯一的崇高伟大仁慈之父师，不可复作”；对于孙文的既定方针，“吾党同志惟有全体一致奉行总理之遗教，不得有所特创”。在《关于接受遗嘱之训令》中，则更进一步宣称：“盖总理实为世界之圣哲，中国之救主，而本党同志之父师。”并明确规定：“以后本党一切政治的主张，不得与总理所著建国方略、建国大纲、三民主义、第一次全国代表大会之宣言政纲及九月十三日宣言、十一月十三日宣言之主旨相违背；凡违背上述主旨之议案，无论何级党部，概不得决议。”
孙文遗教，即国民党之圣经，只能无条件服从、执行，不能怀疑，亦不能创造发展。这一造神运动的模式，在中国的政治史上，陈陈相因，乃至登峰造极，实在不能完全归咎于领袖个人性格，而是一种潜伏于中国文化的基因使然。要消除这种基因，没有几代人的努力，恐亦难以见功。
孙文一生是武力统一论者，但他始终未能统一中国，不特如此，连广东也未能统一。孙文生前曾多次发动东征，1923年4月至9月，围攻惠州古城长达五个多月，无功而退。1924年3月至8月，二度围城五月。惨烈的兵燹，使惠州四乡几成废墟，飞鹅岭下，西湖之侧，原有小黄塘、大黄塘各乡，人口稠密，现在已经满目荒凉，一片凋零，人民不知去向。1925年1月，滇桂联军第三次围攻惠州。
2月，蒋介石率领粤军主力，开始东征。军校两个教导团，加上第二期在校生组成的一个步兵总队、一个炮兵营、一个工程队和一个辎重队，还有第三期学生组成的“入伍生营”，人马威仪，浩浩荡荡，随军出发。
2月15日，东征军与陈炯明的救粤军，在淡水镇开战，救粤军败走数十里。东征军乘胜追击，不费一枪一弹，占领了海丰，然后长驱直进。3月13日，两军在普宁以西的棉湖镇相遇，一场混战，直杀得鬼哭神嚎，天愁地惨，救粤军不支溃退。3月16日，东征军直逼五华县城，守城敌军不战而去。3月21日，东征军兵临兴宁。战祸之烈，从当时报纸的报道，可以窥其大概：
