公元1279年二月，元朝灭亡了南宋，完全统一中国，势力更为强盛。到了公元1281年，忽必烈再次下诏东征，派出两路大军：一路由忻都、洪荼丘率领4万作战部队，战船900艘，从朝鲜出发；一路由范文虎率领携带农具、稻种的10万江南屯田部队，战船3500艘，从扬子江口出发。两军约定于六月中旬在壹岐会合，作战部队主管作战，屯田部队在被占领区屯田，以为长久之计。
六月初，负责作战的元东路军进展神速，不待江南军到来，先绕过了对马和壹岐，直接南下侵入博多湾，攻克了志贺岛。然而因为日本幕府方面预先做好了比较充分的准备，在博多附近建起了牢固的石堤，使元军的战舰在到达日本近海时，竟找不到一处可以登陆的地点，只好停泊在海面上等待时机。
在停泊于海上的一个月里，元军进行的几次强行登陆作战都宣告失败，并且一直遭到河野通有、草野四郎等人所组成的海上敢死队的袭扰。船上作战，全靠个人水性和武力拼斗，元军的步兵集群战术根本无从发挥，因此双方互有损伤，谁都无法真正改变战局。元军被迫退到肥前的鹰岛，等待江南军赶来会合。
六月底，元江南军的先遣部队攻入壹岐，七月初，南北两军终于完成会合。然而就在即将发起总攻的七月三十日，元军再次遭到台风的猛烈袭击，大部分兵船沉没，生还者还不到1/10——这次对日本的失败远征，史称“弘安之役”。
元军两次来侵，都因台风骤起而遭到惨败，这只能说明忽必烈敌情搜集和出征的准备不充分，以及指挥官不知天时风候，颟顸无能。然而在日本方面看来，两次骤起的台风如有神助，因此尊称为“神风”，认定日本岛国有天神庇佑，永远不会沦亡——就是这种愚蠢而骄傲的心理，600多年后才会让他们欲哭无泪。
拉回来说欢庆胜利的幕府。战争虽然打赢了，敌人虽然退去了，但幕府却从此背上了沉重的负担。元朝是如此庞大，随便发动一两次远征，扔个数万人，对国民生计都不会造成太大影响，而面对这样的敌人，数年来积极备战的镰仓幕府，却已经库房空虚，财政紧张了。
更要命的是，战斗既然打赢了，总该奖赏有功之将吧。按照幕府的传统，御家人应当一心“奉公”，而幕府要公平“恩赏”，恩赏的内容则不外乎土地和庄园。比如“承久之乱”的时候，北条泰时就流放了大批公卿，没收其庄园和土地以赏赐有功的御家人。然而这次打的是防御战，根本没能获得新的土地，又拿什么来赏赐那些奋战在第一线的九州武士呢？
幕府无力行赏，御家人们或许可以暂时咽下这一口气，然而这些御家人自己也有一族，有家来，有临时拉出来的领地上的农民，不可能要求这些人也都秉持着对幕府或主家的忠心不要赏赐。于是御家人只好大量侵占公地以奖赏臣下，这些新被侵占的土地和庄园，并非幕府恩赏，也不可能得到幕府的承认，而是独立于幕府经济体系之外的。就这样，幕府对御家人和对全国大小庄园的控制力开始减弱。
饶是如此，仍有大批武士破产，而相对的，“百姓名主”中倒有相当数量因发战争财而上升为武士阶层。这些新武士和旧的御家人不同，和镰仓幕府并无严格意义上的主从关系，他们为了保护自己的土地以及土地上的产品，经常阻碍幕府对年贡的征收，甚至武装袭击和夺取运送年贡的车队。当时称这些新武士集团为“恶党”，恶党首先出现在近畿地区，逐渐蔓延到日本各地，甚至很多不满幕府统治的地头和守护也逐渐与恶党们暗中勾结起来——后来声威赫赫的楠木正成，本就是河内的恶党头子。
以上所述，都是文永·弘安两次蒙古来侵给日本社会造成的不安定因素，这些不安定因素旧已有之，因为战争的刺激开始泛滥并且日益严重。此外，日本家族制度的变更，也给幕府统治带来了相当大的影响。
日本古代家族，表面上看是属于家名继承制，实际上则属于诸子析产制，也就是说，一门总领世代相传给嫡子（没有嫡子的情况则另论），并且只传一人，然而老子隐居或去世，名下财产却是平均分配给各个儿子的。本家的一门总领挂个家督的空名头，他的实力未必比得上那些分家，分家只是在家族完整的前提下听命于总领而已。
正因为这样，御家人的领地经过很多代以后才越分越细，就算分家没有离心倾向（打败元军以后，基于财政上的考虑，这种离心倾向越来越严重），一百只羊集合在一起，也比不上一头狮子。于是很多家族逐渐从诸子析产制向总领继承制方向转化，即老爹隐居或死后并不分家，财产都由一门总领继承，别的儿子都得靠这个新总领养活。
为了保持御家人的活力，镰仓幕府鼓励这种新的转变，而在执权北条氏内部也加强得宗专制。事实上，从北条时赖直到镰仓幕府灭亡，一共有12名执权粉墨登场，但是握有实权的却只有出身得宗的时赖、时宗、贞时与高时4人而已。
然而北条氏可以这样搞，别的家族若也这样搞，那势力就会越滚越大，甚至逐渐强大到足以和北条氏相抗衡。这种继承制从诸子析产向总领继承方向的转化，事实上经过了近300年的漫长时间才得以彻底完成，新旧轮替所产生的动乱先后搞垮掉两个幕府——第一个就是镰仓幕府。
霜月骚乱
对抗元军入侵的战争耗尽了幕府的资金储备，幕府不但无力奖赏在战争中有功的御家人，甚至连战争时御家人所花费的军饷都无力报销，许多御家人因此而破产——这虽然相当无奈，却也是情理中事。然而，事实上幕府资金储备的相当数量却并非消耗于战争，而是为了祈祷胜利，寄存在了各地的神社、寺院中，这才是真正使御家人愤慨不已的。
为了拉回日益远去的御家人的心，摆脱困境，幕府不得不于永仁五年（公元1297年）颁布《德政令》，允许御家人在向商人借款后赖账，于是这不但引起了商人们的愤怒，更使得此后御家人告贷无门。再加上农民负担加重，全国各地恶党林立，交通断绝……种种弊端丛生，镰仓幕府和北条执权体系，从此日薄西山，难以复振了。
且说北条时宗死于弘安七年（公元1284年）四月四日，年仅34岁。时宗是幸运的，他能被誉为明君，全因担任执权的大部分时间都在想方设法抵御元军入侵，等到战事平息，他就留下一个烂摊子，然后咽了气，人生再无污点。他把烂摊子留给了儿子、年仅14岁的北条贞时，贞时也算是一位中规中矩的统治者，然而统合人心外战则易，统合人心内治却难，他在位的第二年就爆发了“霜月骚动”。
这次骚动来源于因得宗专制而使“御内人”与御家人的严重对立。所谓御内人，即北条得宗的家来，相对而言，作为幕府家来的“御家人”也被称为“外样”。弘安八年（公元1285年）十一月，北条贞时的外祖父、代表外样权益的肥后守安达泰盛与代表御内人利益的内管领平赖纲发生冲突，十七日，赖纲突袭安达泰盛在镰仓的府邸，经过激战，将安达一族尽数剿灭。日本古称十一月为霜月，这就是“霜月骚动”一词的来源。
这一次冲突与其说是骚动，不如说是战争，整个镰仓都卷入战火，连幕府将军惟康亲王的府邸也在战斗中焚为灰烬。因为安达一族的覆灭，外样势力受到沉重打击，上野、武藏等幕府统治中心地区的大批御家人受此牵连，纷纷被杀或者自杀，据说总数超过了500人。从北条氏执权的角度考虑问题，得宗专制因此事件更为强化，独裁更为稳固，但把目光放长远一些，从整个幕藩体制考虑问题，镰仓幕府的力量却因此遭到了重大的削弱。
传说有一位名叫足利家时的武士也在此后不久自杀。家时乃是源氏的八幡太郎义家的七世孙，义家想将源氏势力伸入陆奥，结果失败了，据说他曾留下一篇文书，称“我七代以内的子孙要替我取得天下”。到了足利家时的时代，他羞愧于无法完成先人的意愿，于是切腹自尽，并在临终前向八幡大菩萨祈祷说：“自我以下，三代以内子孙必将取得天下。”
后来家时的孙子足利尊氏果然推翻了镰仓幕府，建立室町幕府，此乃后话。我们要说的是，家时的祈祷颇为可信，源义家的“七代取天下”的文书却仅仅是传说而已，考究家时的自尽，大概也是起因于“霜月骚动”的余波，他为了一肩扛起来自于北条得宗的迫害，所以含恨饮刃。
“霜月骚动”使平赖纲的势力更为膨胀。赖纲此人，本是平氏一门平资盛的后人，其祖父盛纲是前执权北条泰时的家臣笔头（笔头指首席），被任命为执事，也就是家族事务长官。泰时本是北条得宗，所以执事就是负责管理北条得宗的土地、统领御内人的重要职务，同时在相关幕府政治的很多方面，执事也是北条得宗的代理人。
平盛纲以下，三代承袭执事的职务，到了平赖纲担任此职的时代，这个职位已被改称为内管领，随着得宗专制的加强，内管领的权力也日益膨胀。文永九年（公元1272年）二月，也就是元军来侵前不久，北条一门的名越时章、教时兄弟被诬阴谋推翻得宗统治，遭到讨伐，讨伐军主帅正是内管领、同时担任侍所所司的平赖纲。然而时隔不久，这个案子就被彻底翻了过来，讨伐方有功之臣5人被斩，若没有安达泰盛相助，恐怕连平赖纲本人也要吃不了兜着走了。
当时幕府的重臣合议制已形同虚设，代之以得宗内部的重臣合议，北条时宗经常在其私邸山内殿举行秘密会议，称为“寄合”，参与人除时宗本人外，还有平赖纲、安达泰盛和问注所执事太田康有、得宗的被官（也是代理人）佐藤业连。站在不同阶层立场上的赖纲和泰盛无疑会在各种大政方针上针锋相对，矛盾频繁，所以赖纲才终于不顾救命之恩，对安达泰盛下了黑手。
“霜月骚动”以后，平赖纲成为了幕府实际上的统治者，他大肆迫害与安达一族有关联的御家人，比如吉良、三浦、小笠原、二阶堂等有力御家人家族。到了永仁元年（公元1293年），执权北条贞时已经19岁了，对赖纲的专权表示强烈不满。当年四月，平赖纲长男宗纲密报幕府，说赖纲阴谋策划立其次子饭沼宗助为幕府将军，于是贞时趁着镰仓大地震的机会，派兵剿灭了赖纲一族，杀死90余人（宗纲被流放）。因为赖纲此时已经出家为僧，故此史称“平禅门之乱”。
