据说大塔宫与楠木正成一直都和被流放隐岐岛的后醍醐天皇密通书信，因此后醍醐天皇虽然身处僻远，对于全国倒幕形势的掌握却非常准确，当他看到时机成熟后，就在亲信千种忠显等人的保护下，于元弘三年（公元1333年）闰二月二十四日乘船逃离隐岐岛，为了躲避追兵，最后在伯耆国的名和凑登岸。
当地的倒幕派豪族名和长高赶来会合，建议后醍醐天皇移驾到地势比较险要的船上山坚守，待机而动。幕府军大将佐佐木清高率3千人马来攻，被四方赶来的勤王部队全数歼灭，清高仅以身免。船上山之战后，后醍醐天皇嘉奖名和长高之功，授予其从四位下伯耆守之职，并改名为名和长年。
天皇逃离隐岐岛的消息很快便传遍全国，各国的守护、地头、豪族们纷纷派遣使者前来表示愿意接受节制，于是各国的作战势力趋于统一指挥，避免了乱世中常见的军阀割据局面的产生。
元弘三年（公元1333年）三月初，幕府大军还在围攻金刚山上的千早城，突然后院起火，后醍醐天皇的身影出现在山阴道上，很快就聚集了数万兵马，任命千种忠显为主将，东进直逼京都。播磨豪族赤松则村自愿率部担任先锋，他是天下知名的勇士，一路上势如破竹，顺利突破了幕府军的重重防线，甚至在三月十二日一度攻入京都。由于兵力单薄，赤松则村最终在巷战中落败，退往山崎、八幡地方屯扎，等待千种忠显的大部队赶来会合。
虽然赤松军对京都的突袭以失败告终，但已经使掌握幕府实权的前执权北条高时惊恐万状。这时围攻千早城的部队还未撤回，六波罗探题极为空虚，于是高时急命名越高家与足利高氏各率7600人和3千人西征，进攻船上山。足利高氏此时患病未愈，正请假在家中休养，突然，一道接一道的命令纷至沓来，他被逼无奈，不得不带病和弟弟直义及细川、今川、吉良等源氏一门，于三月二十七日踏上了征途。
足利本是源氏的名门，这位足利高氏正是上文提到过在霜月骚乱后自杀的足利家时的孙子，虽为次子，但因长兄早亡，遂成为一门总领。足利一门虽非御内人，但和执权北条氏的关系却很亲密，多代通婚，高氏本人的名字也是得蒙执权北条高时下赐“高”字而确定的。
因此北条高时对足利高氏相当器重。然而器重归器重，在得宗专制下，非御内人是很难有机会渗入到幕府权力中心的，这肯定会引发很多外样包括足利高氏本人的不满。元弘元年（公元1331年），幕府征发大军攻打笠置山，九月二日下达的命令，五日就要出发，使父亲刚刚过世，还没来得及做法事的足利高氏戴孝出征，其心中的愤懑更是可想而知。
到了这一年的三月受命进攻船上山，高氏再次不情不愿地被拉上了幕府的战车，而他率兵才走到丹波的篠村，就听说前方的名越高家已被赤松则村击败。高氏本来就因在父丧和患病期间被幕府提勒到前线而憋了一肚子火，现在眼见进退无路，索性横下一条心，于四月二十七日在八幡神宫前宣布起义，并向全国的源氏发出檄文，要求联合倒幕。
五月七日，千种忠显、赤松则村、足利高氏等人合兵一处，据称将近10万大军，从三个方向对京都发起了猛攻。六波罗探题分兵6万迎击，结果全军覆没，北条仲时、时益等人挟裹着光严天皇及皇族向镰仓方向逃跑，但在近江国内被追兵赶上，南探题北条时益在守山战死，北探题北条仲时在番场自杀，可怜的光严天皇等人均被擒获。正在围攻千早城的幕府军在得知六波罗探题陷落的消息后解围退走，楠木正成的部队也终于冲下了金刚山，全面转入反攻。
畿内风云变幻，瞬间易主，关东地区也猛然蹿起烈火——五月八日，足利高氏的同族新田义贞、胁屋义助兄弟在上野生品名神神社前举兵。由于义贞奉高氏之子、4岁的千寿王（后来的足利义诠）为首领，甲斐、信浓、上野、下野、上总、常陆、武藏等地的源氏陆续引兵来合，浩浩荡荡向镰仓挺进。
五月十日，幕府军在大将金泽贞将、樱田贞国的统带下，于武藏的入间川迎击新田义贞所部。全国形势都对北条氏执权不利，幕府军士气涣散，稍一接兵就溃不成军。十五日，在武藏的分倍河原，两军再次展开大战，幕府军也再度失败，主力至此丧失殆尽。于是新田义贞将部队分成三个集团：右翼大馆氏明向极乐寺方向进发，左翼堀口贞满向洲崎与巨福坂方向进发，义贞自己和兄弟胁屋义助为中央军向化装坂方向进发，合围镰仓。十八日早晨辰时，与北条氏的最后决战终于打响了。
据说北条的武士们在最后关头打得非常英勇——虽然这已经无补于大局了——其中洲崎方向的抵抗最为惨烈，堀口贞满进行了65次艰苦的突击战，最后幕府执权北条守时在大势已去的情况下与全体士兵集体自杀，洲崎才被攻克。极乐寺方向的大馆氏明甚至被敌将大佛贞直杀伤，右翼军几乎崩溃，新田义贞在得知消息后，亲率主力向大佛贞直后退的片濑、腰越方向杀去，将其击败。
眼看大势已去，幕府前执权北条高时在四面楚歌的绝望中烧毁了官邸，然后带着北条一族870人在东胜寺集体自杀，许多深受北条氏恩典的武士也纷纷自杀殉主——高时这一年只有31岁。
新田义贞的关东大军在北条一族灭亡的当天也就是二十二日进入了镰仓城。末代将军守邦亲王被废，自源赖朝开幕以来历经了142年风雨的镰仓幕府至此落下剧终的幕布。
建武中兴
元弘三年（公元1333年）五月二十二日，千种、赤松、足利等将领联名奏请后醍醐天皇御驾回归京都主持政务。二十五日，后醍醐天皇在进京的途中，下诏宣布废黜光严天皇。三十日，赤松则村父子率领一门郎党500人在摄津的兵库迎接了御驾，六月二日，在摄津地区活动的楠木正成率其部下7千人于路拜接。后醍醐天皇将正成召到御驾前，感慨万分地说：“今日之成功，全赖卿家的忠诚敢战呀！”
后醍醐天皇命令楠木党列队于御辇之前，为大队开道。不久，从镰仓匆匆赶来的新田军的使者向天皇报告了幕府灭亡、北条一族自杀的消息，君臣上下尽皆大喜。五日，京都举行了盛大的入城仪式，千种忠显率500名带刀武士分成两列，徒步警戒街道，足利高氏、直义率领骑马武士5千人为前驱，楠木正成、赤松则村、名和长年及百官穿戴甲胄环绕着御辇，旗幡飞扬，缓缓步入皇宫。前来观礼的百姓和各地勤王军队塞满了沿途街道。
此刻的后醍醐天皇，达到了他政治生涯的巅峰，眼看幕府灭亡，无论公卿、武士还是平民百姓都拜倒在自己脚下，他心中的得意可想而知。如果此公就此咽气的话，大概会成为日本历史上罕见的一代英主吧，只可惜，他随即展开的所谓“建武中兴”，却彻底毁灭了这一切。
建武是后醍醐天皇复位次年（公元1334年）所改的年号，但实际上各种改革措施从他本年进入京都后就开始了。他首先重开记录所，并设“恩赏方”以颁布奖赏措施，发布“诸国平均安堵法”，随即废黜摄政关白之职，将行政权力彻底集中到自己手中。
刚从河内志贵山回归的大塔宫护良亲王被任命为征夷大将军，辅助改革——当然，此时这一职务已经变成了荣誉头衔。足利高氏因为临阵倒戈，并煽动各国的源氏起义，被宣布为功勋第一，命他放弃北条高时所赐的“高”字，另赐予后醍醐天皇御名中的“尊”字，更名足利尊氏，任为正三位参议，封地武藏、常陆、下总三国，为镇守府将军。新田义贞叙从四位上职，封地越后、上野、播磨三国。楠木正成叙从五位下职，封地摄津、河内二国。名和长年、千种忠显以下诸人根据功劳大小赏赐不等。
值得一提的是，在大塔宫很有远见的建议下，特任北畠显家为陆奥守，命显家与其父北畠亲房一同辅佐皇子义良亲王镇守奥州，任足利直义为相模守，辅佐皇子成良亲王镇守关东——在未来的时间里，这两个人由于地位重要，都将成为历史的关键。
应该说，这一分封格局还是有利于中央集权的，然而倒幕战争的迅速胜利，使积压了数十上百年的各阶层的矛盾并未因战乱而被逐一扫清，只是暂时缓解而已，必须通过缓慢、执着的变革才有可能彻底平复。那么对于后醍醐天皇的改革又将作如何评价呢？恐怕只有“天晓得”三个字才可以形容吧。
当时的日本社会，武士阶层有最广泛的经济基础和最强大的军事力量，朝廷公卿本无卷土重来的社会基础，后醍醐天皇之倒幕成功，本是利用了武士阶层和广大百姓对镰仓幕府及北条氏腐败统治的厌恶，那么在天下大定以后，就该建立清明的政治，并且还武士阶层与百姓们安定、富足的生活才对吧？然而后醍醐天皇初靠朱子学得以专政，后来也因朱子学而倒了大霉。
宋代的朱子学于镰仓中期经留学僧传入日本，这种学说鼓吹“三纲五常”、“大义名分”，宣扬掌握王权的“王者”击败有实力的“霸者”乃是正义之举。后醍醐天皇极为推崇朱子学，曾特召禅僧玄惠入宫讲解《新注》，北畠亲房、日野资朝和日野俊基等人就都是玄惠的门徒。在朱子学的指导下，似乎只有天皇才是日本真正的统治者，公卿百官是其辅弼，而武士不过是公卿们豢养的看门狗而已——然而历史真能倒退回幕政以前的平安时代去吗？答案当然是否定的。
后醍醐天皇刚刚复位，就立刻收回皇族和公卿们失掉的土地，恢复他们对庄园的统治，对帮助他打倒幕府的武士们反倒处处设限，很少赏给实际利益。而原本被幕府和各地守护、地头们压榨得喘不过气来的百姓们也并没能从新政中得到好处，甚至后醍醐天皇为了充实国库和扩建宫殿，税收更为繁杂和沉重。
于是，所谓的“建武新政”很快就使得原本被压制住的种种弊端，没隔一年就全部暴露出来。失望至极的武士们纷纷聚拢在源氏名门足利尊氏身边，怂恿尊氏扫除“恶政”，重新开创一个武士掌权的时代。
由于无论在官职上还是兵力上，朝廷中唯一可同尊氏匹敌的只有新田义贞，所以要想创造出军事上尾大不掉的先决条件，尊氏必须先将屯扎在关东、监视着镰仓足利直义的义贞拔掉。他计划的第一步是散布传言“义贞乃是借着尊氏之子千寿王的威名才号令群豪攻破镰仓的”，在朝廷中掀起究竟谁才是真正的“中兴第二功劳者”的讨论热潮。后醍醐天皇早想拉拢尊氏，于是顺手将“中兴第二功劳者”的荣誉加到了千寿王头上。各国源氏豪族眼见尊氏势大，又有天皇偏袒，纷纷脱离义贞控制而倒向尊氏一方。义贞是个很情绪化的家伙，负气之下索性带着一族移住京都——从此，关东地区彻底变成了足利一门的天下。
“中先代之乱”和尊氏的反乱就由此揭开序幕。
