南北朝的开端
凑川合战，“军神”楠木正成永远地消失了，足利尊氏腾出手来，立刻调集所有部队进攻新田义贞。在尊氏绝对优势兵力的围攻下，新田军彻底瓦解，义贞的战马也被箭矢射杀，最后徒步退到一个名叫“求女冢”的坟冢上。已经突出敌围的义贞同族部将小山田高家见状，毫不犹豫地冲回敌阵，将自己的马匹让予义贞，然后徒步掩护主公突围，直至战死。
延元元年（公元1336年）五月二十七日，新田义贞在5千名残兵的保护下，带着战败的消息返回京都。后醍醐天皇此时再慨叹楠木正成的策略有多正确，后悔自己不用其人之计，已经来不及了，只好携带着三种神器，率领皇族、公卿、武士数万人撤离京都，重上比睿山——给尊氏下过院宣的光严院在途中假称患病，转身折回京都。
足利尊氏于五月二十九日杀进京城，六月五日，他派足利直义率大军对比睿山发动攻击，建武功臣千种忠显奋战而死。二十日，一队从宇治方向出现的官军突然袭击驻在东寺的足利尊氏本阵，正在围攻比睿山的部队顿时陷入恐慌，在当日的大战中被全面击溃，狼狈退回京都。
三十日，各方向汇集来的官军在新田义贞的统领下，对京都展开反攻，尊氏军收缩防线，采取守势，形势再次倒向后醍醐天皇一边。然而，官军终究人数较少，在发动过几轮攻击后，因后援枯竭而被迫后退。撤退过程中，新田义贞主力遭到细川定禅的追击，大将名和长年战死。
八月二十八日，新田义贞调动全部兵力组织了最后一次京都攻击战，又被高师直击退。为了瓦解敌人，足利尊氏进呈了一份奏折，宣称这次战争完全是针对新田义贞的，只要后醍醐天皇下山并交出三种神器，自己可以既往不咎，依然奉他为天皇。此时比睿山上粮草将尽，士卒疲惫无助，后醍醐天皇万般无奈之下，只得答应了尊氏的要求。
十章纷乱南北朝 然而他刚一下山，就被足利直义率领重兵以“护送”为名，押解到京都的花山院软禁起来。跟随出行的公卿大臣全部被捕，只有新田义贞等武士保护着东宫恒良亲王与尊良亲王渡过琵琶湖，逃往越前敦贺。
经过反复协商，足利尊氏拥立光严上皇的弟弟丰仁亲王号令天下，就是光明天皇。后醍醐天皇答应退位，并将三种神器授予光明天皇，唯一的条件是，让自己的儿子成良亲王入主东宫。
当年十一月，足利尊氏开设幕府，为了稳固自己的统治，他编成新的武家法典《建武式目》，减轻“建武新政”以来压在农民身上的沉重负担，奖赏有功武士，惩治贪官污吏，打击贵族、寺院势力，禁止他们参与国政。在这一法典的约束下，政治开始走向清明，各地武士也逐渐安定下来。
可惜乱局却并没有自此平定，在进入花山院隐居两个月后，不甘失败的后醍醐天皇再次施展出看家本领，化装成女人逃了出去。他跑到大和吉野地方，修建临时宫殿，再次即位，自称为“南朝”，而称京都政权为必须讨伐的“伪朝”。相应的，京都方面则自称“京方”，也骂后醍醐天皇的吉野政权为“伪朝”——“一天两帝南北京”，日本从此进入了长达50余年的南北朝时期。
南北朝直到明德三年（公元1392年）十月，才在足利尊氏的孙子义满的努力下，和平归于一统。此后的日本天皇，都是光严、光明天皇的子孙，自然坚持自己的正统地位，不过民间也有很多反对者——因为后醍醐天皇当初交给光明天皇的三种神器竟然都是赝品，神器始终保存在南朝天皇手里，直到南北朝结束才交给北朝天皇，那些反对者们坚持认为，神器在谁手里，谁才算是正统。
数百年间的官方论调，北朝是正统，南朝是伪朝，既然如此，那么楠木正成、新田义贞等人也都是侍奉伪朝的“朝敌”了。然而到了16世纪，德川光国编纂《大日本史》，为了宣扬楠木正成的所谓忠义精神，公然和官方大唱反调。德川光国是江户幕府德川氏将军的同族，是当时声名卓著的“贤侯”，因此他的论调受到了很多人的追捧。
因为民间百姓对楠木正成这一历史形象的喜爱，更因为日本官方大力宣扬武士道精神，宣扬以忠为主体的日式儒家思想，所以南北朝孰为正统的争论一直延续到近代，明治天皇在位期间竟然引发了全社会的大争论和大动荡。最后明治天皇干脆连祖宗都不要了，正式宣告南朝为正统，他本人的祖先们都是叛逆，北朝天皇不再列入天皇系谱——这真是世界各国都从来没有过的大笑话。
显家奋迅
且说保护着东宫北上敦贺的新田义贞，此时手下只有土居、得能等人所率300名伊予兵，被迫翻越崇山峻岭而行，路逢大雪，不断有士卒因为冻饿而倒下，真是极度的艰苦。好不容易到达敦贺，受到了金崎大宫司气比氏治的热情迎接，义贞等人总算是有了一个落脚的地方。
以金崎城为基地，义贞凭借东宫之名征集部队，并派其弟胁屋义助前往要隘杣山城，儿子义显远赴越后进行联络工作。义助刚离开金崎城，杣山城城主瓜生保、义鉴兄弟就在母亲的授意下，搜集了数千兵马赶来会合。
忙于稳定畿内局势的足利尊氏在得知新田义贞图谋北陆的消息后，急命越后守斯波高经率军包围了金崎城。此时，胁屋义助刚离开杣山城，正在返回金崎途中，主从仅16骑，当晚，他趁着夜色苍茫，率领从骑绕着敌军的阵地狂呼：“北国武士、僧兵两万骑前来支援官军！”士气并不高昂的斯波军立刻慌乱得四散奔逃。于是义助兵不血刃地解了金崎之围。
足利尊氏闻报大怒，遂于延元二年（公元1337年）元月，再派大将高师泰统率精锐杀向北陆。此时新田义贞没有足够的军队，又不愿放弃这来之不易的根据地逃往他处，正在苦无对策之时，突然接到后醍醐天皇的使者，报称天皇已在吉野复辟，并且召集到了一定数量的部队，很快便会赶来支援，金崎城中军民士气顿时万分高昂。
不过希望很快就落空了，后醍醐天皇连保守吉野都感觉困难，哪有力量奔驰数百里来支援北国呢？只有胁屋义助比较迅速地点起数千杣山军赶来，不幸于半途遭到高师泰的阻击，激战一天后，瓜生保兄弟为保护义助逃进金崎而奋勇战死，杣山军全部覆没。
金崎包围战从一月一直打到三月，最终矢尽粮绝。新田义贞、胁屋义助等数人保护着东宫恒良亲王乘小船逃走，结果恒良亲王还是在途中被京方军队擒获，押回京都处死，而义贞子义显、13岁的尊良亲王以及气比一族、城兵300人则留下坚守到了最后一刻，城破后纷纷自杀。义贞兄弟逃到杣山城，集结热血武士3千余人，屡次出击，连败京方军，北陆战事暂呈胶着状态。
然而这个时候，奥州猛虎北畠显家却又开始行动了。足利尊氏进入京都后，后醍醐天皇行踪不明，北畠显家就在陆奥灵山奉戴义良亲王为主，积极备战，准备东进复国。延元二年（公元1337年）八月，他接到了新田义贞的求援书和后醍醐天皇从吉野发来诏书后，遂与结城宗广、伊达行朝等奥州豪族从灵山出发，大举侵入关东地区，连战连胜，势如破竹。
留守镰仓的千寿王足利义诠派兵出利根川迎击，被陆奥军杀得全军尽没。而同时奉父命在上野搞煽动活动的新田义贞之子义兴也举兵响应，上野一国皆反，甚至连曾经发动过“中先代之乱”的北条时行也不知道从哪里突然冒了出来，率其党羽在伊豆举兵，宣布加入南朝方，给予义诠以致命的打击。十二月，显家、义兴、时行三面围攻镰仓，义诠弃城而逃。
拿下镰仓后，北畠显家于次年（公元1338年）元月挥师西下。不甘失败的足利义诠聚拢败兵，尾追南朝部队求战，在美浓的青野原再度全军覆没。就这样，足利尊氏起家的老窝、整个关东平原全都落到了北畠显家手中，后醍醐天皇的吉野朝廷总算有了一块还算成规模的领地。
然而，由于得不到关东地方豪族的支持，经过连番大战，北畠显家有限的兵力已经消耗殆尽，而足利尊氏则调遣高师泰、高师冬等部队依托畿内地区，层层递进地冲击陆奥军。在这种波浪式的消耗攻击面前，北畠显家终于抵挡不住了，只得绕过京都，屯兵奈良。二月下旬，兵力得到恢复的陆奥军再度攻击京都，同闻讯而来的京方军在奈良的般若坂发生战斗，结果北畠显家战败，率领残部遁入河内，义良亲王则逃往吉野。
连遭挫败的北畠显家始终没有离开畿内。三月八日，在敌军重重围困下、粮草断绝的显家对驻扎在摄津四天王寺的细川显氏军发起突击，并凭着孤注一掷的精神奇迹般地在河内的石川河原打败了显氏的部队，显家之弟显信更趁机攻取了山城的男山城，直接威胁京都安全。
足利尊氏怎么也没料到竟会后院起火，马上调遣高师直以下畿内所有部队反扑男山城。高师直在攻打显信坚守的男山城受挫后，改变战术，除留下部分部队围城外，主力从各个方向朝一马平川的四天王寺合围过来。十五日，京方军队在四天王寺附近和北畠显家的部队遭遇，拉开了阿部野战役的序幕。十六日晨，从两翼进行包抄作战的细川显氏、高师冬加入战团，遭到夹击的显家军一败涂地，本阵四天王寺陷落。
然而，顽强的北畠显家竟然又一次从失败中爬了起来，当年五月，他带着不知道从哪里变出来的军队，再度出现在了和泉的堺。五月二十二日，高师直闻讯而来，在石津与北畠显家展开最后的激战，这次，年仅21岁的显家再也没能从遍地尸骸中站立起来……
北畠显家战死后的当年七月，坚守长达四个月的男山城终于被攻破，北畠显信遁走河内。
