元中六年（北朝康应元年，1389年），山名时义去世，其子时熙继承了一门总领之职。山名氏同族的丹波、和泉守护氏清与丹后、出云守护满幸为了争夺家督之位，在足利义满面前进时熙的谗言。于是义满遂于次年（公元1390年）命令山名氏清、满幸讨伐山名时熙及其弟氏幸，并且承诺说：“如果成功，就将时熙兄弟的守护国赏赐给你们，但马给氏清，伯耆和隐岐给满幸。”义满很想趁着这个天赐良机一举击垮山名本家，所以还给蛰居赞岐的细川赖之写了密信，要他从四国出兵，协助平定备后。
山名时熙兄弟猝不及防，战败被迫隐居，足利义满削弱山名氏的计划完成了第一步，而细川赖之也因此功勋，得以重新参与幕政，其子赖元继任为将军执事。下一步，足利义满准备把下野的时熙兄弟再抬出来，反过来利用他们去打击得势的山名氏清和山名满幸。于是元中八年（北朝明德二年，1391年）十一月，借口山名满幸侵夺后元融院在出云横田庄的御料地，突然解除其丹后守护一职，并下令追放。山名氏清、满幸被迫举兵叛乱，于十二月间率领5千兵马直逼京都。
足利义满亲率直属武士“奉公众”及在京各大名的军队，总数估计近万，前往讨伐。在大内义弘、细川赖之、畠山基国等守护的奋战下，山名军很快就全线崩溃，山名氏清战死，满幸逃亡——是为“明德之乱”。战后，造反的山名氏被全数剥夺了领地，而站在幕府方的山名时熙兄弟只讨回了但马、伯耆、因幡3国——“六分之一殿”的后代，势力萎缩了七成还不止。
北畠亲房和《神皇正统记》
北畠亲房出自村上源氏，镰仓初期的政治家源通亲是其祖先。后醍醐天皇初继位时，就有三位重要的臣子辅佐他并推进复兴皇室、推翻镰仓幕府的改革，此三人即为吉田定房、万小路宣房和北畠亲房。后醍醐天皇召禅僧玄惠入宫讲解朱子学，北畠亲房也就拜在玄惠门下，他可以说是推动日本朱子学发展成形的重要代表。
后醍醐天皇非常信任北畠亲房，他有意立次子世良亲王为嗣，就把世良亲王托付给亲房教导。然而元德二年（公元1330年），世良亲王突然病逝，北畠亲房因此引咎出家，法号宗玄。
元弘三年（公元1333年），镰仓幕府灭亡，六月，后醍醐天皇回到京都，随即任命北畠亲房的儿子、年仅16岁的北畠显家为陆奥守，辅佐义良亲王镇守东北地区，亲房也跟随其子到了陆奥。足利尊氏发动叛乱，南北朝开始以后，亲房提出“东国经营”的策略，亲自前往关东地区，想要分化瓦解跟随足利尊氏兄弟起兵的关东豪强们。
从延元三年（北朝历应元年，1338年）直到兴国四年（北朝康永元年，1342年），北畠亲房一直转战关东各地。然而他的努力却是徒劳的，建武新政早就令地方武士心寒了，关东豪强纷纷内通足利氏，亲南朝的据点被逐一拔除，北畠亲房最终被迫回归吉野。此后他跟随在后村上天皇身边，继续指挥对京方的战斗，正平九年（北朝文和三年，1354年）病殁于贺名生，享年62岁。
就在转战关东的那5年中，北畠亲房完成了他的重要著作《神皇正统记》。这是一部以朱子学为指导思想，以朱熹的《通鉴纲目》为模本的史书，记述从所谓“神代”直到南朝后村上天皇继位这千余年的历史，更明确地说，是这千余年的天皇史。亲房在书中宣扬“大义名分”，笔伐“乱臣贼子”，主张天皇必须拥有三种神器，并且具备神器所对应的正直、慈悲、智慧这三种道德，而公家、武士们则应当遵守传统秩序、辅佐天皇，这样才能使政治稳定、社稷安康。
《神皇正统记》系统地阐明并且发展了传到日本的朱子学，将许多神道内容也糅合其中，宣扬日本“肇国悠久”、“皇位神圣”。可以说，北畠亲房的这种思想是近世日本神国体系以及在此基础上产生的军国主义思想的滥觞。
十一章室町幕府的兴衰
日本国王源道义
第三代室町幕府将军足利义满成功地削弱了山名氏的庞大势力，并在不久后统一南北朝，当真是声威显赫，无人可比。他从此就抖了起来，连天皇、朝廷全都不放在眼里。应永元年（公元1394年），义满就任太政大臣，把征夷大将军的职务让给儿子义持。在第二年（公元1395年）元月的拜贺会上，太政大臣义满居于群臣之首，连关白一条经嗣都得毕恭毕敬地跟在他身后。
可是在当年六月，足利义满却又辞去了太政大臣一职，出家入道——公、武双方的最高职位他都当过了，大概要向天下人宣告，他本身是超越于公、武双方之上的最高统治者吧。
足利义满一直想恢复和明朝的友好关系，应永九年（公元1402年）八月，他下令严禁边民入寇明朝，为此，明惠帝（建文）派使臣前往宣诏抚慰。足利义满在北山殿接见明使，跪接诏书，诏书上说：“尔日本国王源道义，心存王室，怀爱君之诚，逾越波涛，遣使来朝……”这位所谓的“日本国王源道义”究竟是谁呢？原来就是指的足利义满。
次年（公元1403年）明使归国，足利义满在回书中也不客气地自称“日本国王臣源”，这说明无论在日本国内，还是在国际上，室町将军都已经是日本国家权力的最高代表了，镰仓以来公武二重政权的性质逐渐开始转换，历史真正迈入了武家号令天下的时代。
为了建立真正的武家政权，同时制约各地守护的势力，足利义满设置了“三管四职”。所谓“三管”，是指将作为将军家总管的“执事”一职上升为幕府总管的“管领”一职，由细川、畠山和斯波三个家族的成员轮流出任；“四职”则是指幕府要职侍所头人，由京极、一色、山名、赤松四个家族的成员轮流出任。
十一章室町幕府的兴衰 但是足利义满终究无法彻底解决各地守护坐大的问题，只能暂时遏止这种趋势的继续发展而已。应永六年（公元1399年），他又挑起了“应永之乱”，算是继削弱土岐、山名两家后的第三次也是最后一次大规模行动。
“应永之乱”的主角是大内氏。传说大内氏乃是百济圣明王的儿子琳圣太子的后代，当年琳圣太子渡来日本，在周防国的多多良浜登陆，此后就居住在同国的大内村，世代繁衍，自称姓多多良，氏名大内——传说是否真实，已经完全不可考了。大内氏就这样在周防国内逐渐膨胀起来，镰仓时代乃是幕府的御家人。南北朝初期，一门总领大内弘幸从属于南朝，而其叔父大内（鹫头）长弘则跟随京方，发生严重对立。最终弘幸之子弘世获胜，完全统一周防、长门两国。
有大内氏这只老虎雄踞西方，阻断了中国通往九州的道路，这使足利幕府大为头疼。于是，在足利尊氏、义诠父子的不断策反下，正平十三年（北朝延文三年，1358年），大内弘世终于归属京方，并上洛谒见将军义诠。
其后大内弘世之子义弘跟随九州探题今川了俊，屡建奇勋，于“明德之乱”中又协助讨灭山名氏清，最终受封周防、长门、石见、丰前、和泉、纪伊六国守护职。他不仅领土广大，还有兵有钱，利用对明朝和朝鲜的贸易大发了几笔横财，这就引起了足利义满的侧目。
于是在幕府的蓄意挑衅下，大内义弘于应永六年（公元1399年）举兵谋反。义弘勾结仍在九州闹事的南朝残余菊池党，并且联合对足利义满不满的关东将军足利满兼，发兵进驻摄津的堺。早有准备的足利义满亲率大军出兵讨伐，包围了堺，在围攻40余天后，终于将其攻克，大内义弘自杀。经此“应永之乱”，大内氏势力受到极大压制，守护领又退回到最初的周防、长门两国。
应永十五年（公元1408年），足利义满去世了，朝廷甚至一度打算为其上尊号“太上天皇”。自此以后，各地守护势力继续膨胀，历代幕府将军仍想采用义满的分化、瓦解等策略逐渐削弱之，却因没有义满的才能而屡屡失手，甚至搞到最后，守护们的争斗结束了室町幕府本身。
