中央政府从被动到主动介入市场发展进程
1990～1991年两个证券交易所和一个报价系统（两所一网）的建立，意味着中国证券市场基础性制度安排的形成，是中国证券市场初期具有决定意义的制度创新。这种制度安排，在前台更多的是地方政府、企业和个人，中央政府只是幕后的推动者和认可者。这和中国改革由下而上的路径依赖有关，也和当时的政治与意识形态背景有关。
正因为如此，在证券市场孕育诞生的初期，是地方政府、交易所、中介机构和投资者个人这些市场利益主体在主导市场的发展。最早的股票发行和交易，以及国债的流通交易，更多的是企业和个人的自发行为。在证券交易所成立之前和成立之后相当长的一段时间里，民间的黑市交易是股票和债券二级市场重要的甚至主要的组成部分。其中最著名的是四川成都“红庙子市场”。它兴于1992年，止于1993年5月。因集中交易股票的市场位于名为红庙子的街上而得名。当时，人们交易的是四川省内公司发行的尚未到证券交易所正式上市的股票。这个市场发展到1993年3月初时，每天有数万人次来这里交易。几乎所有四川境内（除重庆外）的公司，无论是公众公司还是定向募集股份公司所发行的股票、内部股权证，都陆续进入自发交易市场，甚至债券、股票认购收据都在市场上“炒”，交易品种最多时达70～80种。此时，政府开始干预，采取了一些禁止该种形式交易的措施。1993年5月，红庙子市场销声匿迹。至于柜台交易则是地方政府和中介机构参与的结果。中央政府的作用仅体现于批准了证券市场的试点，划定了试点的范围和界限，具体的市场和制度创新工作主要由那些市场利益主体，尤其是交易所和地方政府承担。
在证券市场发展的初期，中央政府对证券市场采取了比较谨慎的态度。这与中央政府和地方政府在证券市场中所具有的不同利益取向有关。
因为在证券市场中，某些地方政府是更多的获利者，它可以不需要担负更多的政治和经济责任，却可以获得诸如印花税等市场收益的大头。交易所对柜台交易和黑市交易制度的成功替代，其根本原因是地方政府和部分市场监管部门充分认识到了建立交易所的巨大潜在收益。比如中央政府放权和地方财政包干出现的地方投资扩张冲动与地方财政结余不足的现实矛盾，急需地方政府寻找资金集聚和市场融通所带来的财富效应。所以初期的市场存在着自我约束、竞争约束、行业自律、诉讼约束和监管约束的巨大空白，市场参与者未受节制的贪婪和各种不当行为导致资本市场出现严重的无序。
但中央政府的处境却明显不同，它在证券市场发展初期的利益非常小，相反它却要承担证券市场的全部风险。所以，我们看到这一时期中央政府对证券市场基本上采取了以防范风险为主的政策。
这样的社会背景和制度基因，决定了行政控制成为伸手可及的现成工具，也是一种便捷地替代和填补市场缺失的约束机制的重要战略选择。
于是在1992年10月12日，国务院证券委员会及其执行机构中国证券监督管理委员会成立之后，中央政府开始初步介入证券市场，进行了大量具体制度设计，原有的市场利益主体的制度供给空间逐渐丧失。向地方收权、加强市场监管力度，加紧建立较完整的市场监管法律体系，成了这段时期中国证监会的主要工作。
在两个证券交易所成立后不久，1991年8月28日，中国证券业协会便在北京成立。不过从1992年中国证监会成立以后，中国证券业协会就开始“接受中国证监会指导和监督管理”，其高层管理干部大多来自中国证监会系??，属于所谓的“（证监）会管干部”。如前任会长庄心一，原在1995年受中国证监会委任为深圳证交所总经理，1997年去职后于2002年成为中国证券业协会会长，2005年初在会长任上提拔为中国证监会副主席。现任会长为原中国证监会湖北证监局局长黄湘平。
1992年12月13日，国务院发布了《关于进一步加强证券市场宏观管理的通知》，全国人大也开始了有关制定《证券法》的讨论。
但总的来说，到1995年为止，中央政府只是被动地针对证券市场的具体问题予以干预。直到1996年，中央政府才正式把证券市场纳入国家发展规划，形成明确的发展战略和方针，积极主动地全面介入证券市场，成为证券市场发展的主导力量，证券市场从此开始步入由中央政府主导、为完成“国企改革”政治目标、为满足中央政府的利益需要的方向。
这标志着全国统一的证券市场体系开始构建，同时中央政府也开始以它的监管机构为代表，正式成为中国证券市场的利益主体之一。
印花税成为中央和地方政府利益博弈的焦点
在中央政府逐渐替代地方政府，将自己演变成市场利益主体之一的过程中，作为市场利益焦点之一的证券交易印花税，就非常充分地表现出了中央政府和地方政府之间利益博弈的特征。
我国证券交易的印花税最初是由证券交易所所在地的地方政府开征的，证券交易的印花税课征始于1990年。1990～1994年，所有的相关文件都将此项税目称为“印花税”；从1995年之后，才开始在相关文件中将此项税目称为“证券交易印花税”。
1990年6月28日深圳市颁布的《关于对股权转让和个人持有股票收益征税的暂行规定》、1991年10月3日上海市税务局颁布的《关于对股份转让书据征收印花税的实施办法》，以及1992年6月12日国家税务总局和国家体改委颁布的《关于股份制试点企业有关税收问题的暂行规定》，是迄今为止有关证券交易印花税可以查到的最早的官方公开的行政规章。深圳开始征收证券交易印花税时，我国税法中有关印花税的法规只有1988年8月国务院（而非立法机构）颁布的《中华人民共和国印花税暂行条例》，而其中并无证券交易印花税这一税目。
印花税在税收法律定义中最基本的含义是对经济活动和经济交往中书立的凭证加贴印花而征收的税种。
我国有关印花税所依据的法律，至今仍只是1988年8月6日国务院颁布的《中华人民共和国印花税暂行条例》。
《中华人民共和国印花税暂行条例》规定“产权转移书据”为应纳税凭证。在财政部1988年9月29日发布的《中华人民共和国印花税暂行条例施行细则》中，解释为：“条例第二条所说的产权转移书据，是指单位和个人产权的买卖、继承、赠与、交换、分割等所立的书据。”
这说明，印花税是一种凭证税，凭证是一种纸质载体，即法规中所说的“书据”。
而《中华人民共和国印花税暂行条例》所附的“印花税税目税率表”中所列举的13类税目，税率都在万分之零点三至千分之一之间（绝大多数在万分之三到万分之五之间，详见表5-1）。
印花税是凭证税，目前我国长期用它来代替证券交易环节的行为税，无论名实关系、税率设置、法理依据，显然都并不十分科学。
印花税身不由己扮演市场调控角色
1990年上半年，沪市和深市证券交易所尚未创设成立，缺乏控制和监管的场外证券交易活动却日益活跃。证券市场上的经济活动必然产生经济利益，而经济利益必然包含一定量的税收。但设立证券交易印花税这个税目的最初出发点绝非仅仅为了财政收入，而更主要是地方政府为了调控初创伊始的证券市场上所出现的“过热的投机行为”。
1990年5月25日到6月27日的一个月中，深圳5种上柜交易的股票价格增幅为：深发展100%，万科380%，原野210%，金田140%，安达380%。
于是《人民日报》编发了《深圳股市狂热，潜在问题堪忧》的情况汇编，说股票市场使机关人去楼空。国家体改委、中国人民银行总行、国家外汇管理局组成联合调查组，从1990年5月中旬起对深圳证券市场进行调查。
这就是深圳市政府创造证券交易印花税的大背景。当时地方政府的出发点主要是为了稳定正在发展的证券市场及适度调节炒股收益。
1990年6月28日，深圳市政府参照香港证券市场制定的《关于对股权转让和个人持有股票收益征税的规定》中，就同时包括了对个人持有股票收益征收个人收入调节税的规定。由于印花税属于地方税种之一，是凭证税而非行为税，所以地方政府可以自行决定征收与否。因此证券交易印花税实际上是深圳市地方政府在经济体制改革以及股份制和证券市场发展过程中的发明创造，套用了印花税的书据印花而设立的一个实际上完全不同于印花税的新税目，中央政府当时只是默认了地方政府收取这个税目来抑制市场的过热行为。
证券交易印花税最先于1990年7月1日在深圳证券市场开始课征，由卖出股票者按成交金额的6‰单向缴纳。同年11月，深圳市对股票买方也开征6‰的印花税，我国证券市场双边征收印花税的历史开始。正因为如此，1990年12月8日起深市指数开始往下走，自此开始9个月的长跌。9个月中，深市总市值抹去七八个亿，市值只剩35个亿。于是，深圳市政府在1991年9月初动用2亿元资金秘密救市的同时，又于1991年10月将印花税率下调到3‰。上海在深圳试征证券交易印花税取得经验的基础上，于1991年10月3日发布《关于对股份转让书据征收印花的实施办法》，也开始对股票买卖实行双向征收印花税，税率为3‰。
