打击往往是接踵而至的。就在郑成功得知父丧后不久，他的“君父”却也横遭劫难。南明永历十七年三月。南明最后一位皇帝——永历帝朱由榔，在败逃缅甸后被清朝“平西王”吴三桂捕获，一个月后被吴三桂用弓弦勒死在云南府。他的就义，也意味着自明朝崇祯十七年开始，持续近二十年的南明抗清风暴，此时已然尘埃落定，改朝换代的大幕，已经悄然落下。
永历帝的死，是郑成功在短短几个月里遭到的第二场打击，甚至一开始，他都不肯相信是真的。他最后确认消息后，与记录说他当场呕血，也有记录说他再次痛哭失声，无论哪种说法，悲痛万分却是真的，他一生恪守忠君信条，而今“君”已蒙难，却还能忠谁？曾经意气风发的郑成功，他身体健康的每况愈下，就是从这段时期开始。
然而在郑成功却依然在坚持，纵然是永历帝没有了，但明郑政权的年号却不改，跟随他来台湾的各路英杰中，还有同为明朝皇室的鲁王朱以海一家，但对这位皇族，郑成功只是做贵宾一样好生奉养起来，并未再做拥立的事情。但不拥立皇帝，理想却终未改。在历经千百次失败后，他依然不曾动摇，没有了老师，没有了父亲，甚至没有了誓言殊死效忠的君父，为之奋斗一生的理想，却依然还要坚持下去。
这时期最让郑成功振奋的，就是从此开始明郑政权勃勃繁荣的工商业，从扎根台湾起，郑成功就选择了一条不同于传统中国文化理念的发展思路：以商为本。凭台湾的特殊地位，郑家船队北至日本，南抵印度洋，甚至与此时刚刚在亚洲站住脚的英国人，也建立了贸易往来关系，郑家多年以来积攒的海王贸易网络，从此后二十年里尽数交汇于台湾。尤其是明郑政权所独有的“六符银币”，此后因其对外贸易规模的扩大，竟一度成为东南亚地区流通的主要货币。清王朝为困死郑成功所采取的“迁界禁海”，却反而帮了倒忙，因为你禁了大陆的海，反而方便物产丰富的台湾岛，垄断整个东亚海洋的航线。
随着台湾屯田的稳固，农业生产的勃兴，这个曾经蛮荒的孤岛，终成沃野千里的家园。以其丰富的物产，强大的生产能力，取代之前的福建，成为整个东亚海洋上贸易网的核心。即使是作为对头的清政府也不得不承认“通洋之利，唯郑氏独操之，而国用饶。”郑成功更知道，要掌控这样一条航线，没有强大的海军是不可能的，收复台湾之战，更让他看到了与荷兰舰队的差距。在占领台湾后，他就开始着手打造新式战船，特别是他将荷兰人留在台湾的武器，装备，军火制造图纸，尽数收入自己囊中，并且命令部将研究仿制。经过他和他的后人的苦心经营，郑家终于拥有了一支更加强大的海军。这支海军的规模，火力，远远强于之前中国本土的任何一支海上力量。
在收复台湾的短短几个月里，郑成功以惊人的耐心和决心，完成着经营台湾的大业。而台湾的力量，也从此不断上涨。仅仅是在他大行屯田数月后，台湾就出现了“田筹日盛，不让内地”的繁华局面。而按照江日升《台湾外记》里的记录，这也是郑成功一生里最繁忙的一段时期，他每日奔走在台湾各地，劝课农桑督促生产，并整顿吏治，严查贪墨害民的劣迹。而且他每日活越干越多，饮食起居也越来越马虎，吃的越来越少。能干的活，能受的累，收复台湾后的郑成功全受了。值得一提的，还是他和台湾高山族的关系，在收复台湾之后，郑成功采取了开明的民族政策，废除荷兰统治时期对高山族的残暴法令，严禁部下侵扰当地高山族住民，尊重各民族生活习惯。比起荷兰人时常召开的忽悠大会来，郑成功则非常重视保护各族同胞利益：比如他的屯垦法令中，就严禁擅自侵夺高山族的财产土地，并鼓励汉民与高山族人互通杂居。荷兰占据台湾时期一度恶化的岛内民族关系，此时起重归融洽。
台湾岛内很融洽，郑成功个人的家庭生活，却陡然出现了危机，在相继失去了父亲和母亲后，他人生里又一场决裂到来了，这次的主角，就是他的儿子郑经。
在郑成功收复台湾的战争里，做为郑成功的长子，郑经还是很卖力的，他率军镇守厦门，在陈永华的辅佐下多次击败清军侵扰，虽然中间也发生了叛乱，但好歹没有功劳，却也有苦劳。
可郑经虽不是个能者，却也多劳，更“劳”到了不该“劳”的地方去。趁郑成功远在台湾的机会，他居然胆大包天，与自己弟弟的乳母通婚，并生下了一个儿子。按照封建伦理道德说，这属于“乱伦”大罪，从小恪守儒家礼仪的郑成功自然不会容忍。但有留守厦门的郑成功夫人董酉姑从旁遮掩，娘俩一道唱双簧，谎称这孩子是郑经的小妾生的。并派人给郑成功报喜。这样，一件原本是见不得人的丑事，报到郑成功那里，就成了一件壮年得孙的大喜事。郑成功自然喜出望外，立刻派人给夫人董酉姑和儿子郑经送彩币，热热闹闹的庆贺了一番。
但世界上是没有不透风的墙的，偏偏郑经的岳父唐显悦，也是个有性格的人物。此人曾做过隆武帝的兵部尚书，以刚直不阿著称，素来眼里不揉沙子，很得郑成功敬重。眼看亲家公如此糊涂，唐显悦愤然给郑成功写了一封信，不但详细的叙述了郑经私通弟弟乳母，乱伦败德的经过，还顺带着挖苦了郑成功几句，大体意思是说：你治家都治成这样，还谈什么匡扶大明啊。
但这一挖苦，就挖苦出祸事来了。
郑成功本就是个脾气火爆之人，又兼撞上这么个丑事，被亲家公这番羞辱，当下就出离愤怒了，然后接着“冲动是魔鬼”，他居然下令厦门的部将，除了立刻把那个没廉耻的乳母和杂种孩子处死外，连丢人的儿子郑经，串通郑经一道糊弄他的结发妻董酉姑，也一并都杀了，到时候提头来见。
郑成功的命令，是直接下到明郑驻厦门守将黄廷，洪政，王秀奇等人，这几个都是郑成功的亲信部将，对郑成功的脾气知之甚多，但即使这样，郑成功命令下来时，众人还是给雷傻了：天底下哪有这样的爹，一怒之下要杀自己的老婆孩子？这几个人都是郑成功的老班底了，除了熟悉郑成功脾气外，更熟知“疏不间亲”的道理，你可以说杀就杀，真杀了，难保你将来不会迁怒于我。所以对郑成功的命令，几个人来回推三阻四，竟把郑成功给推急了，他又叫来族兄郑泰，企图让郑泰来做这个“恶人”，但老谋深算的郑泰非但不干，反而暗中和黄廷等人订立攻守同盟。相约一旦郑成功苦苦相逼，就干脆反了他娘的。而闯下大祸的郑经，在众人的拥立之下，也老老实实的窝在厦门静待时机。眼看着，如当年郑成功与郑芝龙反目一般的悲剧，又要在郑家上演了。但还好郑成功胸中的这口气就顺过来了，外加正是建设台湾的关键时期，后方不能起火，也就忍下了这口气，收回了处死郑经的成命。但即使如此，郑经还是窝在厦门不敢去台湾。明郑集团从一开始，就闹起内讧来了。
而对于郑成功来说，这桩丑事，却也是压垮他的最后一根稻草。
这之前的郑成功，承受着很多压力，比如要开发台湾，通商四海，样样都很忙，也遭受过很多打击，永历帝的死，父亲一家的被抄斩，样样都锥心刺骨，但没有哪一件比自己儿子的背叛，更让他伤心了。痛苦之下的郑成功，偏又感染了风寒，只得暂且休息两天。却偏在这时候，坏消息又传来了：当年从他这里叛逃的黄梧，竟然带人掘了他家的祖坟，这更将郑成功气得几乎昏厥，誓言他人一定要挖黄梧的祖坟。连番打击之下，他终于支撑不住了。
据台湾当地的说法，在进入是年五月后，台湾本土突刮飓风，席卷海岸线。按照迷信的说法，这是郑成功这位大英雄去世的先兆。
然而郑成功本人，也似乎有所预感，从五月初一病倒后，养了几天病，五月八日那天，他突然似想起来什么似的，一反常态的找出抛弃了十多年的冠带儒服，板板正正的穿在身上，然后恭恭敬敬的捧出明朝开国皇帝撰写的《太祖训》，供在香案上庄重的行礼。然后上酒，坐在床上一边饮酒，一边翻读，时而朗声大笑，时而高声呼喝，时而泪流满面。
对于他的这一番一反常态。后人的说法也颇多，有说是他心情忧郁，纵酒泄愤，也有人说他忧怀时局，情系抗清大业。但可以确信的是，这个一生忠义，流血不流泪的汉子，此时此刻所读的，绝非是《太祖训》里刻板的教条，却是他波澜壮阔的一生。
被人辱骂的海盗儿子，骄奢淫逸的富家子弟，指点江山的热血文士，挺身而出的少年将军，匡扶南明的耿耿忠臣，只手擎天的铁血将军，虎踞东南的海上枭雄，收复台湾的民族英雄。别母，求学，立志，尽忠，然后是父子反目，家破人亡，转战东南，孤军奋战，扬威靖海，震撼清廷，挥师东进，再造台湾。一切，只为一个从青年奋斗到此时的理想：精忠报国，匡扶社稷。
多少磨练，多少忍耐，多少辗转，多少彷徨，换来多少辉煌，多少风光，多少气概，多少锋芒。却又有多少失去，多少愧悔，多少扼腕，多少迷茫。
在那个深夜里，郑成功与其说在读《太祖训》，不如说是一个苦苦坚持到最后的人，在人生的最后时刻，回首一生走过的道路。他坚持到底的人生，在这个夜晚走到了尽头。就在是夜，在几番的喟叹，感慨，流泪后，郑成功怆然昏厥，在一番抢救苏醒后，他自知病入膏肓，不但拒绝吃药，更长叹一声，说出了一个孤忠臣子，人生最后的呐喊。
自国家飘零以来，枕戈泣血，十有七年，进退无据，罪案日增，今又屏迹避荒，遽捐人世，忠孝两亏，死不瞑目，天乎天乎！何使孤臣至于此极也。
南明永历十七年五月初八，一代民族英雄，南明永历王朝延平王郑成功，因感染伤寒病逝于台湾，享年三十八岁。
如果单看郑成功临终时的时局，以及他个人的愤懑，他的一生显然是很失败的，奔波一生的抗清大业，屡屡功败垂成，至此已前路渺茫，辛苦经营的郑氏军团，此时也隐隐有分裂的危险，连他的长子都敢和他唱反调，部将也敢不听号令。算是要多失败有多失败，然而在这一切的背后，却是他继承郑芝龙的事业，称霸东亚海洋的风光，是彼时亚洲海洋上抗击欧洲殖民者入侵的第一人，他离去的背影里，更有一个已然欣欣向荣，贸易繁华的台湾岛，他人生中最后的，最壮丽的一笔，都永远的留在了这片国土上。
