至于贪婪财物、疯狂抢掠，不仅仅是普通日本兵，就连日军上层军官也到富有殷实人家，掠走珍贵文物、字画等，带回日本借以炫耀。南京大屠杀罪魁之一的中岛今朝吾，因名声太臭、被召回东京时，就把从南京掠夺的大批赃物带回国内。国民政府的总统府、蒋介石的公馆均遭洗劫。南京市博物馆及收藏许多珍奇矿物标本的南京地质矿产博物馆均遭破坏。地质博物馆内的贝壳、树叶的化石、珊瑚、古代容器，等等，任何一件都是稀世珍品，瞬间即被掠走或毁坏。
安全区内的外侨住宅、各国使馆也未逃脱这场浩劫。英、美等国的使馆，甚至日本的盟国德国使馆，也不断受到日军的骚扰和抢劫。德国驻南京大使馆临时代办罗森，在12月8日与随员为躲避日机轰炸乘船驶入长江。12月18日，罗森和英、美等国的外交官想返回大使馆，遭日军拒绝。罗森写道：“因为日本人不愿让我们看到恐怖的日本军队对南京市民失去理智的报复行为。”至翌年1月25日，罗森从上海返回南京，看到的是市区商业中心完全毁坏了，市内到处有火光。罗森不仅把看到的日军破坏南京的情况写成报告寄回国内，还把美国传教士麦奇拍摄的胶片记录资料送往柏林。直至1938年3月4日，罗森还不断将日军在南京的暴行材料发回德国，称日军是“兽类的集团”。这位法西斯德国的外交官，站在纳粹德国的反动立场上，认为日本法西斯军队的残暴行为“制造了一种有利于共产主义的危险气候”，对德、日的全球战略极为不利，是丧失了“理智”。但他发回柏林的报告，则真实地反映了南京大屠杀中日军的暴行和对六朝古都南京的蹂躏，成为真实而珍贵的佐证。
在南京大屠杀的过程中，可以说没有一片安全的地方，就连国际慈善机构与日军统一设置的安全区，也成了不安全的安全区。
南京失陷前，在南京的未撤退的各国人士、教会神职人员等，效仿上海沦陷后的做法，自愿组织了国际救济委员会，在南京市内设立一个安全区，以使南京市民有避难之处。安全区的总负责人是德商雷伯，总办事处设在国民党外交部长张群的公馆内。安全区的范围，南起汉中路，东为中山路，北为山西路及其以北一带，西为西康路。每一条出路口，都以红十字会会旗为标志。安全区内有几个难民收容所。实际上，安全委员会是一个难民救济机构。在南京沦陷前，原南京市长马超俊选拔450名警察协助维持秩序，还拨米、面、盐等生活必需品和现金，供国际委员会救济难民使用。因此，直到沦陷前，南京难民区内秩序井然。当时在难民区避难的男女老幼约30余万人。国际救济委员会曾向中日双方交涉，要求承认安全区的中立地位，不驻扎军队，不设军事机关，不轰炸，使留在安全区的难民可以避难。中国当局完全同意并承认安全区，日本方面也表示安全区内不驻扎军队。可以说，日军基本上是同意安全区的存在的。
但日军攻城开始后，其行动根本不受任何限制。他们完全违反1929年7月签订的《日内瓦国际公约》中有关在战争中对待俘虏的规定，闯进安全区残暴地屠杀俘虏和无辜市民。
12月11日上午，日军炮弹便打中了安全区内法籍人开的福昌饭店，当即炸死40余名难民。13日南京陷落后，未来得及逃出的士兵纷纷跑到安全区内要求保护，据当时在安全区服务的一位外籍人士记述道：“我们忙着解除他们的武装，表示他们缴械后可以保全生命。”与此同时，国际委员会主席亲赴汉中门，与进城的日军说明难民区的情况，并交上一份公函和保护难民的计划，同时也向日方提出“望贵军当局重视人道，保护俘虏”并“避免牵累无辜平民”的要求。可就这天上午11时，一队凶神恶煞般的日军官兵进入安全区，20多个难民见后惊慌奔跑，日军举枪便射，奔跑的难民当即毙命。当时，不管在哪儿，“凡遇见日军而奔跑者”，一概格杀勿论。此后，日军按照上级指令，在难民区内大肆搜捕和押走已放下武器的中国士兵和青壮年男子，甚至一般市民，将其驱至屠杀场所杀害。
12月16日，日军从司法院内难民所中搜捕散兵和青壮年男子、警察2000余人，押至汉中门外集体屠杀。晚上，日军又把附近一个难民所中的1300余人押走，还从五条巷4号难民区内抓走数百人，在中山路法官训练所内抓走100多人，从华侨招待所抓走全部中、青壮年男子，他们当中有散兵，但大部分是普通市民。他们被押到大方巷塘边，被机枪射死。在农村师资训练学校收容所内的70多个难民，也被无辜拖出枪毙了。任何一个人，只要发现手上有硬茧，日军就认为是当兵的证据，必杀死无疑。因此，黄包车夫、木匠和其他体力工人，往往被捉去杀死。安全区内，被杀的难民尸体横陈街头。
逃入安全区内的妇女亦未幸免于难，她们常被闯入的日军奸淫蹂躏，或被掠走作为日军官兵奸淫行暴的工具。失去人性的日军，只要碰见妇女，不分场合和时间便行奸施暴，竭尽野蛮之行为。金陵女子大学内住有数千名妇女，有外国人负责把门看护，使日本兵白天不能闯进去行奸。但每当夜晚他们便翻墙进去，抓住妇女即行奸污。12月15日夜，大批日军闯入金陵大学校舍，当场强奸30名妇女，有几名妇女被6名日兵轮奸。而金陵大学与日本大使馆近在咫尺，隔街相望。试想，一向标榜有严明纪律的“皇军”，若不得最高当局的认可，胆敢肆无忌惮地行奸施虐？这一天，在安全区内一昼夜间发生的强奸、抢掠、殴打事件有100件以上。被强奸的妇女有11岁的小女孩和53岁的老妇，人数至少有1000人，有一位妇女被强奸达17次之多。一个兽兵在强奸时，旁边一个5个月的婴儿哭声不断，兽兵竞活活将婴儿闷死。
1937年12月20日，国际委员会致日本大使馆公函，指出：“难民区内每天有许多妇女横遭蹂躏，其中有牧师的妻子，有青年会工作人员的妻子，有大学教授的妻子，他们平时都是洁身自爱，清白无瑕。”国际委员会先后向日本大使馆递交了428件《日军暴行报告》，1937年12月13日至年底，向日本当局递交170件《日军暴行报告》；1938年1月1日至1月12日，又递交了17件《日军暴行报告》，这些报告所述日军暴行都发生在安全区内。
侵华日军的所作所为，见不得天日。为掩盖大屠杀的罪证，日军在血腥屠杀的同时就销尸灭迹。
曾在12月17至19日参加屠杀燕子矾被俘军民并处理被害者尸体的日军第13师团山田旅团第65联队的一名下士说：“为了对尸山进行善后处理，特别动员了别的部队。在善后处理阶段，用整桶的汽油把尸体全部烧掉了。这是因为把枪杀、刺杀的尸体原封不动地扔进江里，总会留下某些形迹，所以必须尽可能地把尸体‘换换装’再抛入长江。”
曾为南京日军第二碇泊场司令部少佐部员的太田寿男被俘后供称：他于16至18日奉命处理尸体。碇泊场司令部拨出运输兵800名，专门进行运输和处理尸体。太田寿男与另一名军官安达少佐各率400名。经太田寿男直接处理的尸体有1.9万具，经安达处理的尸体有8.1万具，估计其他部队投入江中的尸体有5万具，以上合计处理的尸体共有15万具。这只是日军开始大屠杀不久集中处理的中国军民尸体。
由于侵华日军在最初6周内疯狂大屠杀，致使城内城外、农舍民宅、街道田野、江边沟旁被杀中国军民的尸体比比皆是，尸堆如山。日军销尸灭迹的工作，难以单独完成，他们不得已才允许一些慈善团体和个人参与收尸埋尸。参与的团体有红蛎会、崇善堂、南京红十字会分会、同善堂、回民掩埋队等，还有一些个人及伪职人员。
“南京特务班”进入南京后，曾协助1月5日刚成立的伪自治委员会进行收尸埋尸工作。他们写给满铁株式会社的第二份报告，称赞红蛎会收尸埋尸工作成绩昭著。报告中说：“红蛎会的尸体埋葬队（队员约600人），1月上旬以来，在特务机关指挥下，连日涉足城内外掩埋死尸，截止到2月末，埋葬的尸体约达5000具。”在第三份报告中又说：“至3月15日为止，已把城内1793具、城外29998具、共计31791具尸体收容在城外下关地区及上新河地区的指定地点。”但仍有不少尸体需要收埋，“现在每天需要卡车5—6辆，民工200—300名”。
直到5月份，红蛎会共收埋43123具尸体；崇善堂共收埋113267具尸体，其中男尸109363具、女尸3091具，孩尸813具；红十字会收埋13722具尸体；回民掩埋队在3个多月中，共收埋回民尸体400余具；南京市民芮芳缘、张鸿儒、杨广才等在雨花台、花神庙等处，组织难民掩埋7000余具尸体。
伪南京市政公署令卫生局将灵谷寺、马群一带无人认领之尸骨3000余具，葬于灵谷寺之东，并立了“无主孤魂碑”。
收埋尸体的工作至1938年5月才告结束。经慈善机构收埋的尸体有15万具之多，连同被侵华日军用机枪集体射杀及焚尸灭迹的19万余人，在南京大屠杀中，被害者总数达30万人以上。
侵华日军在南京犯下的累累罪行，受到世界各国舆论的谴责。在各国舆论的压力下，日本政府不得不召回松井石根及其部下柳川平助、中岛今朝吾等将校80余人。他们回国后，没有受到任何处罚，反而受到奖励。松井石根被任命为内阁参议，日本政府为他授勋。1944年，松井又担任了“大东亚开发公司”总裁，参与对中国的经济掠夺。柳川平助被召回东京后，裕仁天皇还亲自接见了他，奖给他一对雕有皇家菊花纹章的银花瓶。松井石根的参谋长武藤章亲自指挥了南京大屠杀，召回东京后被东条英机重用，提升为第14方面军参谋长，协助东条英机偷袭珍珠港。
历史是公正的。南京大屠杀的罪魁凶手最终没有逃脱历史的惩罚。南京大屠杀首犯松井石根及帮凶武藤章，受到东京远东国际军事法庭的正义审判，被判处死刑，得到了应有的惩罚。南京大屠杀罪犯谷寿夫，进行杀人比赛的凶手向井敏明和野田岩，还有用军刀杀死300人的田中军吉，战后经南京国防部军事法庭审判，判以死刑，1947年4月26日被押至雨花台枪决。
南京大屠杀是震惊中外的历史事件，是侵华日军最凶残的血腥暴行之一，中国人民和世界人民是不会忘记的。侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆院内13块小型碑雕，记载着南京各处大屠杀地点的情况，它们与馆内收藏的大量真实史料、图片及血泪控诉书，及尸骨陈列室内的累累白骨，是对日军血腥暴行的永久控诉。
