1938年7月12日，党中央组织部恢复了郭化若的党籍，背了七年的沉重历史包袱终于卸下来了。不久，郭化若重操旧业，调到军委一局任局长。军委一局是军委参谋部的作战局，是管理作战指挥的业务部门，下设作战、情报、机要、管理四个科。对一局的工作，毛泽东评价说：“一局的动作还是蛮快的，情况也弄得比较准确，很好。”“一局的文章做得还可以。”这期间，除了准确掌握全国各战略区的情况、起草各种作战文电之外，郭化若还按照毛泽东的要求创办与负责主编《八路军军政杂志》，这是八路军办的第一本杂志，是八路军总政治部的机关刊物。面对组织体制的不断变化，郭化若到一局后一是建立必要的制度，二是抓好在职干部学习，大大提高了参谋工作的质量。他还要机要科保存好毛泽东起草的文电稿，认为这是宝贵的历史文献，应该永久保存下来才好。
在军委一局工作期间，郭化若对我国古代兵法进行了系统学习、研究，先后写了《赤壁之战及其对民族抗战的启示》、《齐燕即墨之战的初步研究》、《孙子兵法之初步研究》、《孔明兵法之一斑》等有分量的论文。1957年人民出版社出版了郭化若重新编排、翻译的《新编今译孙子兵法》。这些论文挖掘、整理、光大了我国古代的宝贵军事宝藏，为传播我国古代军事理论知识，提高我军指挥员领导作战能力，促进我国军事科学发展立下了汗马功劳。
1941年下半年，郭化若奉命离开了军委一局，又回到了军事教育工作岗位上，从事军队院校的教学工作，直到抗战结束。他先是出任抗大第三分校校长，后又在军事教育委员会和军事学院工作。1944年冬，经他提议，我军组建炮兵学校，他出任校长。他和同志们一起克服各种困难，使我军历史上第一个炮校很快开学了。遗憾的是，由于他疲劳过度，没等“七大”会议开完，就病倒了。以后他另有任命，就再也没有能够回到他一手创办的炮校工作，连补开的开学典礼也没能参加。
1946年5月底，国民党策划的内战已迫在眉睫。郭化若6月6日带着妻儿离开了生活、战斗近10年的延安，辗转几千里，于7月初到达山东解放区首府临沂，被任命为鲁南军区副司令员兼人民武装部部长，分管作战、后勤、民兵等方面的工作。全面内战爆发后，鲁南是山东的前沿，首当其冲，山东战场尤其是鲁南地区在全面粉碎国民党反动派向解放区进攻作战中具有举足轻重的地位与作用。郭化若又回到了战场上。
内战爆发前期，郭化若一方面积极协助司令员、政委作好战前准备工作，一方面根据战争需要，抓紧时间训练民兵，指挥民兵执行作战任务。郭化若根据领导民兵工作的体会，提出在民兵中开展立功运动，对鼓舞士气起了重要作用，被称为是“人民自卫战争中的一个创举”。关于民兵工作的具体经验，郭化若还上升到理论高度，在文章中进行了总结。
1947年8月，郭化若经渤海区赶赴第6纵队就任副司令员。沙土集战役后，陈毅、粟裕率领1、3、4、6、8纵队向豫皖苏进军。郭化若带领6纵队先后占领亳县、太和、界首、沈丘、临泉、新蔡、阜阳、项城、颖上、蒙城等县城，圆满完成了华野首长交给的任务。随后，郭化若率部队到达河南漯河地区，开始进行土改教育、诉苦教育和“三查三整”新式整军运动，通过在部队中进行整顿思想、整顿组织、整顿作风，使部队精神面貌焕然一新，提高了战斗力，为彻底消灭蒋匪军奠定了基础。
1948年8月，郭化若调至第4纵队任政治委员兼党委书记。此时，正是中央军委和华野筹划济南战役的时候。4纵和8纵负责阻击来自徐州的援敌，由于济南被我军迅速攻克，阻击任务并没有执行。之后，著名的淮海战役拉开了序幕。郭化若所率领的第4纵队奉命由兖州向东南开进，攻占邳县，进占运河车站，攻取尤家湖，围歼黄伯韬，配合兄弟部队取得了淮海战役第一阶段的胜利。
1948年11月23日，淮海战役进入第二阶段。郭化若所领导的4纵的主要任务是统一指挥第1、第12纵队，组成东路阻击集团，配合友邻部队坚决阻击徐州南援之敌。尔后，又协同各兄弟部队合围杜聿明集团，获得了巨大胜利。12月15日，中原野战军附华野一部在双堆集地区全歼黄维兵团，顺利结束了淮海战役第二阶段的战斗。
1949年元旦过后，我淮海战役总前委下达了对杜聿明集团发起总攻的号令，我军从北、东、南三个方向同时进攻，第4纵队俘虏了杜聿明本人。当这个黄埔一期的学长被押送到他的师┑堋—黄埔四期的郭化若面前时，开始还摆出一副骄横高傲、不肯认输的姿态，经郭化若一番训斥、开导以后，才低下头来。在历时66天的淮海战役中，第4纵队共参加大小战斗约五十次，歼敌7.2万余人，并活捉了敌剿总司令长官杜聿明。
淮海战役结束后，郭化若即根据华东野战军司令部的指示，指挥部队进行渡江前的备战。2月9日，华东野战军正式改称第三野战军，所属部队整编为第7、第8、第9、第10兵团。郭化若任第9兵团政治委员、党委书记。第9兵团下辖四个军，即第20军、第27军、第30军、第33军等四个军，被安排在芜湖两侧地段渡江。接到任务后，郭化若率部队到达无为、含山地区后，在全兵团开展了形势任务教育和新区政策、城市政策的学习。同时，命令部队筹集船只、训练水手、排除部队中存在的渡江顾虑、解决渡江作战的战术问题、派侦察人员渡江侦察等，做好渡江前的各项准备工作。值得一提的是，郭化若所领导的侦察工作在了解敌情、里应外合等方面都做出了不可或缺的贡献。50年代引起全国轰动的电影《渡江侦察记》，就是依据第9兵团第27军先遣大队渡江侦察事迹原型创作的。
根据总前委的命令，第9兵团的任务是：从姚沟至裕溪口进行渡江突击，派一部分兵力在芜湖、裕溪口至和县段择机渡江后，迅速控制当涂南北地区，钳制芜湖守敌，主力则从龙王庙至泥叉镇段渡江。渡江后，留一部分兵力配合第7兵团渡江，主力沿南陵、宣城等地区，经郎溪东西地区向东挺进，各部前进至预定地区后，待命配合野战军主力夺取上海，然后担任凇沪警备任务。
遵照总前委的指示，郭化若和第9兵团的其他同志一起研究作战计划，明确任务。4月20日晚，随着“渡江开始！”一声令下，万炮齐鸣，万船齐发，我军以摧枯拉朽之势，抢渡国民党长期苦心经营的长江天堑。郭化若乘坐一叶小舟，听着炮火隆隆之声，看着天上繁星点点，脱口咏成《渡江夜·调寄菩萨蛮》。
渡江任务完成后，第9兵团参加了解放上海的战役。5月底，上海解放。解放了的上海，警备任务非常繁重，它关系到保证军事接管，维护社会治安，稳定社会秩序，保护民众安危等大问题。身为警备区党委书记的郭化若继续抓好部队的政治教育，为巩固新生政权做出新的贡献。
9月，中央军委任命郭化若为凇沪警备部队司令员兼政委，他带领部队，肃清残敌、匪特，有力打击犯罪活动，仅在6、7两个月内，即破获敌“京沪杭警备总部”、“反共救国军第1纵队”、“东南反共救国军”、“青年救国军第5纵队”等反动组织40余个，同时破获了约3626起各类刑事案件，捕获罪犯近1.4万人，其中敌特案件825起，捕获罪犯7350余人。另外，郭化若还领导部队加强防空力量，防止敌机的空袭，指挥部队解放了上海附近的一些岛屿，在部队中开展生产节约运动和思想文化建设。这一系列的工作，为大上海的顺利接管、繁荣稳定起着至关重要的作用。
1955年，中共中央、中央军委将全国战略区重新划分，将华东军区改为南京军区，郭化若被任命为副司令员。5月，郭化若上任，具体主管部队的军事训练工作。他先后在南京军区开展了射击训练、战术训练和对抗训练，大大提高了军队的军事水平和战斗能力。
1958年，全军正式开展编写战史工作。南京军区的战史编写工作由郭化若负责。1973年12月，中央军委任命他为军事科学院副院长。其间，他把自己全部精力投入到了编写中国人民解放军战史的工作中，为军事科研发挥自己的余热。1982年，郭化若从领导岗位上退下来后，仍对军事科研痴心不改，写了一批军史文章。郭化若对我国长期战争历史的研究、总结，给我们提供了宝贵的资料。
1995年11月26日4时14分，一代红色儒将、毛泽东的军事高参走完了他为革命事业奋斗一生的光辉历程，享年91岁。
【作者点评】
郭化若同志是毛泽东、朱德的得力助手和军事高参。早在苏联读书时，他为了能回到国内参加轰轰烈烈的革命战争，想尽一切办法。回国后，他主动请求参加毛泽东、朱德领导的红4军。他先后担任第2纵队司令部参谋、参谋长、纵队长、红一方面军参谋处长等重要领导职务。在这段时间内，他一直在毛泽东、朱德身边工作，以出色的参谋襄赞军机，是毛泽东、朱德指挥作战、建设红军的得力助手。他浑身充满力量与智慧，拟电文、写文稿挥洒自如，出主意、提建议，见地往往高人一筹。他积累了丰富的司令部工作经验，为我军的胜利作出了贡献。他白手起家，负责创建了红军第一个工兵队、无线电队和第一所炮校。
郭化若同志曾经从事军事教育工作长达10余年，是一位优秀的军事教育家。他把自己深厚的理论知识和丰富的作战经验，创造性地传授给学员。他先后担任过防空、炮兵射击、参谋业务等科目的教学。他还编写教材、总结军事教育规律，创办新的军事院校，直到现在，这些做法对我军仍具有非常重要的借鉴作用和指导意义。
郭化若同志具有精深的理论造诣，他不断研究军事理论，成果颇丰。他曾经负责编辑《抗日战争丛书》、《八路军军政杂志》，发表了一系列著名的军事理论文章，撰写了我军最早的军事辩证法论著——《军事辩证法浅说》，对全军用辩证唯物主义的世界观和方法论研究和指导战争起了带头作用。解放后，他指导编写了《新四军抗日战争战史》、《中国人民解放军战史》等著作，为我国的军史研究开创了先河。他精通我国古典兵法，古为今用，研究成果卓著。他对《孙子兵法》的研究是对军事理论的一个巨大贡献，被认为是当代最有影响的《孙子兵法》研究专家。
郭化若同志能文能武，参加了反围剿、抗日战争、解放战争，指挥了多起著名战斗。鏖战于沙场，纵横捭阖，他吟咏的一首首气势磅礴恢弘的诗词就诞生在战场上，尽显一代红色儒将的风采。
郭化若，无论在军事实践上还是在军事理论上都取得了重大成就，他把毕生精力和智慧都奉献给人民的革命事业。他作为我军杰出的军事理论家、教育家和统军将领，惟一的心愿只是想留点墨迹在人间。这是何等高尚的情操和谦逊的美德！
郭化若同志无愧于党、国家和人民给予他的崇高评价！
(顾楠华)
