不久，司礼监禀报：“启奏陛下：上奏章的大臣中有一多半都在‘大礼议之争’中被责令痛打过，他们难免对陛下心生怨恨。”
“果然不出所料！看来必须立即重新审讯张寅案。”嘉靖认为。
“群臣内外勾结，想报复议礼派诸臣，请陛下明断！”桂萼、张璁二人趁机再一次上奏。
这明显是护礼派官员们在挟私报复！嘉靖马上这样认定。他由犹疑而至愤怒，由冷静而至偏执，由维护国家的法律而转向维护议礼和自己的尊严。
“速速提取李福达到京审问！”嘉靖下命。
接到圣旨，山西官员就提取李福达案涉及的证人共三十余人立刻动身，尽管再过几天就是新年，但谁也不敢稍作停留，这个新年他们都是在路上过的。当这三十余人被提到京师时，已经到了嘉靖六年的正月初六。
山西官员、李福达、相关证人刚入京，嘉靖帝就迫不及待地下旨，诏令此案由三法司于京畿道会审。按照明朝的制度，刑部负责侦破审理案件，都察院负责督察官吏，大理寺则负责审核刑部所审案件。一般的案件，只需要刑部审理即可结案，遇到圣旨钦定的案件或者久审难结的疑案才交三法司会审。
遵照圣旨，三法司开始着手调查审理李福达案。
这时候的所谓再审，嘉靖的本意就是要翻案，以维护、保护议礼派的郭勋，但群臣并不明白嘉靖皇帝的意思。
刑部尚书颜颐寿、都察院左都御史聂贤、大理寺卿汤沐等及锦衣卫、镇抚司各官在京畿道会审，经过三推六问，引证质对，与原来的审判结果并没有不同的供词，最终还是指证张寅就是李福达。李福达见证人语气坚决，证据确凿，一时哑口无言，只好低头认罪。
三法司会审的结论很快由刑部尚书颜颐寿奏报皇帝，确认李福达与张寅是一人，李福达罪迹昭著，依法应处磔刑。
嘉靖一听，还是原来的审判结论，非常生气，他每天在寻思着如何对付三法司的官员。
三天后，嘉靖下达谕旨，命九卿大臣在朝廷会审，而且要求不得徇情回护。显然，皇帝对三法司会审的结果表示怀疑，或者根本不信任这一结果，才要求九卿大臣重新会审。
这次九卿鞫讯又称圆审，指吏、户、礼、兵、刑、工六部及都察院、大理寺、通政寺九部门的一把手对案件进行会同审理，只有极少数的重大案件和疑案才会采用这一审理方式。
九部门接旨后自然不敢怠慢，更加认真仔细地查对了卷宗，不放过任何蛛丝马迹。在做了充分的准备后，三月二十六日，刑部尚书颜颐寿会同其他八部门开始在午门前审理李福达一案。
原山西巡抚毕昭曾审讯出李福达是被仇人所诬，当时毕昭提供的证人是戚广，这次把戚广找来，戚广说：“我根本就没出过庭，怎么会作证。”这说明，薛良并非诬告李福达。
毕昭当时说李福达身上并没有文有龙虎，颜颐寿早做过调查，在当时，去掉身上的文身非常容易，所以，毕昭提供的为李福达翻案的证据不能成立。
这样，该案已没有任何疑点，颜颐寿就上奏嘉靖皇帝九卿审讯结果：张寅与李福达实为一人。
嘉靖帝却依然不相信，说颜颐寿等人无视律法，徇情回护，并对颜颐寿严厉斥责，表示要亲自审理此案。
首辅杨一清对嘉靖皇帝的这一决定感到非常震惊，他急忙上疏劝阻，说审案是刑部等司法部门的职责，陛下贵为天子应把握全局，怎么能去审讯一介草寇呢？
嘉靖这才作罢，称九卿“不从公分理”，而是“朋谋捏告，泛言奏饰”，就再令他们戴罪办案，并警告他们如有袒护偏信，必将“重治不饶”。
四月四日，九卿进行了第二次会审，结果还是没有什么变化。颜颐寿思来想去想不出问题到底出在哪里，他想是否皇帝嫌判罚太重了。为了能顺利通过皇帝审查，他与其他审讯官员商量，减轻对李福达的判罚，由磔刑改为斩决，并取消了连坐李福达亲属的惩罚。
这个结果奏报皇帝后，嘉靖帝依然暴跳如雷，说九卿官员朋比为奸、袒护薛良，同时，又下旨让锦衣卫赶赴山西将原审官员、山西巡按御使马录逮赴进京，就连山西巡抚江潮、已经致仕在家的毕昭也要进京配合调查。
此时，颜颐寿已经模模糊糊察觉到此案背后定有背景，但还是以尽职尽责的态度来审理，想凭自己的公正之心打动皇上。
同时，因李福达智慧过人、行踪不定、姓名多变、身世不详等特点，也有不少人怀疑张寅是否是李福达，纷纷上疏分析此案的疑点，表明对此案的态度。这些人提出的疑点大致有五个：
一、传闻李福达有朱砂痣、龙虎文身，但张寅没有。
二、山西五台县一户户主为张子真的人家中，有张寅的名册，而张寅幼时走失，不知生死。
三、到崞县调查时，发现了李福达的坟地。
四、原告薛良品行不端，在乡里不务正业游手好闲，是个无赖，因此有诬告的可能。
五、通过对证人们调查询问，发现他们都是张寅的仇人，因此不排除有作伪证的可能。
然而，刑部主事唐枢却一一指出以上五点不能成立。他上疏嘉靖，力斥上述几点，并在疏中条分缕析，言之凿凿，他的剖析贴合实情，深刻精辟，很有说服力。最后他认为李福达罪状甚明，拟死不枉，请求嘉靖皇帝立即将李福达明正典刑，以为圣世一大快。
没想到嘉靖帝被这一奏疏触到痛处，当即大发雷霆，严指切责唐枢轻率狂妄，出位奏扰，将他削职为民。
戴罪办案的颜颐寿越来越觉得此案不好处理，想来想去还是尽快与这个案子脱离关系好，他经过深思熟虑，不敢再坚持定罪之说，而是摘引审理过程中前后不同的情节和证词，称这个案件有许多疑点，应作为疑案，然后小心翼翼地上疏表示：此案经过十次审讯，均不能明辨是非，就此为止不能继续审讯。
嘉靖帝立即严厉责备了颜颐寿等三司审案大员。
颜颐寿不得不又进行几次审讯，并安排李福达与马录对质，得出的结论依然与前几次一样。
刑部尚书颜颐寿见到了如此地步，便毅然上言，不仅说李福达谋反的罪证确凿，还提到他以神奸妖术蛊惑人心，表示自己纵然死也不敢姑息奸恶。
可嘉靖根本听不进去。颜颐寿所指的神奸妖术，让他觉得非常不自在，这显然是在讽刺自己，于是勃然大怒，斥责颜颐寿朋奸肆诬，叫他戴罪重审。
颜颐寿再次会审，让马录与李福达对质，结案仍与往常一般，再一次上奏嘉靖。
嘉靖仍然是不问青红皂白，严厉斥责。
七月十日，颜颐寿终于撑不住了，就假称有病，请求退休，却没被批准。
案件一次次审讯，一次次上奏，一次次被驳回。各个审讯官员都极尽其能地认真仔细、客观公正，却依然无法通过。案子已经无法下手，似乎陷于停滞，无法打开僵局。
八月三日，嘉靖帝撇开刑部、大理寺、都察院三法司，又安排锦衣卫进行了一次审讯，结果却依然照旧，这让嘉靖大失所望。
5 议礼派倒转乾坤迎圣意嘉靖帝借机报复护礼派
“这帮专横固执的旧臣们，欺负朕年纪小，朝中无人支持，一直不把朕放在眼里，看朕怎么收拾你们！”很快，嘉靖发动了一场规模空前的人事变革，下达了一份对原审讯官员的处理意见：因为原三法司官员不用心推究，辗转支调，朋比罔上，将颜颐寿及刑部侍郎刘玉、王启，左都御史聂贤，副都御史刘文庄，大理寺卿汤沐，少卿徐文华、顾伈逮捕入狱，要求刑部追查他们是否串通徇私舞弊。原审问此案的刑部郎中、都察院御史、大理寺寺正等官，也都逮捕待罪。朝中掌刑法的三个主要部门的首脑都因审案入狱，这在中国历史上极其罕见。此外，将山西巡抚马录逮捕入狱后，还查抄了他的家产。其他涉嫌舞弊、情节较轻的官员，则等候谕旨发落。
同时，桂萼、张璁、方献夫分别被安排掌管三法司，这三个人均是在大礼议中支持嘉靖帝的中坚人物。礼部右侍卿桂萼被封为刑部尚书（三法司之一刑部的长官，掌管全国司法和刑狱的大臣，正二品），兵部右侍郎张璁掌都察院，少詹事方献夫任大理寺卿（三法司之一大理寺长官，正三品，掌握全国刑狱的最高长官）。这样，桂萼摄刑部，张璁摄都察院，方献夫摄大理寺，三人主掌的新一届三法司开始运行，主持重新审理李福达一案。
当审案大权完全落入议礼派诸臣的掌中时，接下来的审讯自然不同于之前的审讯。
桂萼、张璁、方献夫等人很清楚嘉靖要干什么，而嘉靖的目的也正是他们的目的。他们不从验证张寅、李福达是否是同一个人这个核心问题着手，而是从原审案诸官员对于郭勋等议礼派诸臣的态度入手进行调查。
他们很快搜查出了马录的秘密书信，内阁贾咏及都御史张仲贤、工部侍郎闵楷、御史张英、大理寺丞汪渊等写给马录的秘密书信相继被发现。
