为了大权独揽，她还以谋叛罪诛杀了孝文帝的外祖父南郡王李惠。李惠的弟弟、儿子和妻子也同时被杀。为了清除隐患，冯太后不惜大开杀戒，以致因猜忌嫌疑被覆灭者十余家，死者数百人。不过，冯太后对那些明显没有政治野心者，往往能加以安抚笼络。如献文帝的亲信任内三郎的娄提，曾因献文帝被害愤然拔刀自刎，幸而未果。冯太后不仅不怪罪他，反而下诏嘉奖他的节义。有些心怀不满的大臣被她的举动所感服，这在很大程度上化解了潜在的不安定因素。
冯太后为了充分施展自己的政治抱负，还特别注意培养扶植一些贤能之士做亲信，组成一个效忠她的领导核心。在这个领导集团中，有拓跋氏的贵族，也有汉族名士，有朝廷大臣，也有内廷宦官。而其中的汉族名士，不少又是她的宠幸之臣。
李弈被杀后，冯太后的私生活依旧毫无顾忌，不少健美强壮的男子成为其新宠。冯太后对其中的才干之士，任以要职，委为心腹，这些人多成为她政治上的得力帮手和股肱之臣。
如自称出身太原（今山西太原）的王叡，自幼传承父业，精通天文卜策之术，公元476年（承明元年）后，因姿貌伟丽得到冯太后宠幸，一下就被越级擢升为给事中。不久，又被拜为散骑常侍、侍中、吏部尚书，赐爵太原公。其后，王叡还曾勇退猛虎，保护了太后与孝文帝，因而更受亲重。
另一位是陇西李冲。李冲虽然是因为器能优长得到重用，但因其风度不凡，姿貌丰美，也逐渐被冯太后看中，成了她的情夫。冯太后常常将一些珍宝御物赠给他，素称清贫的李冲，因而成为富室。冯太后临朝时期，他以心腹之任尽职尽责，太和年间的许多改革措施，多有李冲参与谋划。冯太后死后，李冲对孝文帝竭忠奉事，明断慎密，孝文帝也对他“深相仗信，亲敬弥甚”，史称“君臣之间，情义莫二”。
除了那些恩幸之臣外，拓跋丕、游明根、高闾等一时名士也都颇得委重。每当褒美王叡等人，冯太后也会对拓跋丕等一同表扬，以示无私。这些人，成了冯太后临朝时期的心腹集团。
此外，冯太后还对宦官大加委任。宦官本来供事宫中，经常生活在帝妃周围，冯太后临朝听政，对其中有才干者也引为亲信。所以像杞道德、王遇、张佑、苻承祖等皆由底层小宦官得到提拔，一岁之中而进至王公。冯太后利用他们出入禁闱，预闻机要，形成了“中官用事”的局面。但是，在她临朝听政的时期，并没有发生宦官专权、胁迫朝廷的现象。这是因为冯太后虽然利用宦官居中用事，但对其行为作了严格的限制。《魏书？皇后列传》称：“（冯）太后性严明，对阉官虽假以恩信，待以亲宠，决不放纵自流。左右之人虽有纤介之愆，便遭棰楚杖责，多者至百余，少亦数十。不过太后生性宽豁仁裕，不计前嫌，事后仍待之如初，有的还因此更加富贵。正因如此，人人怀于利欲，至死而不思退。”
由于培植起一个忠心耿耿的政治集团，冯太后的临朝专政取得了成功，所谓“事无巨细，一禀于太后，太后多智，猜忍，能行大事。杀戮赏罚，决之俄顷，多有不关帝者。是以威福兼作，震动内外”。而尤为令人称道之处在于，冯太后运用高超的政治智慧和钢铁般的手腕，纵横捭阖，排除干扰，对北魏的政治、经济和风俗习惯进行了卓有成效的改革。
太和，是孝文帝的年号。历史上把这一时期的一系列改革称为“太和改制”。由于旧史的记载，人们往往在习惯上把这一功劳归于孝文帝，甚至径直称为“孝文帝改革”，而忽视了冯太后的实际作用。其实，在公元490年（太和十四年）之前，冯太后一直临朝听政，作为北魏的实际执政者，她是“太和改制”真正的主持人。翻开史籍，冯太后勇于改革的蓬勃英姿便会展现在后世读者面前。这一改革所取得的巨大成效及其深远的历史影响，正说明冯太后是一位成功的政治家。
自从拓跋珪开国，北魏政权各级官吏皆无俸禄，平日都要依赖贪污、掠夺和皇帝随意性的班赏来获取财富。这在北魏初建之时，作为游牧民族建立的政权采取这种方式是不足为奇的。但是，当北魏政权逐渐在中原地区确立统治地位，这种以掠夺为主的财富分配方式日益给北魏政治带来严重的问题。特别是随着战事的减少，战时掠夺的机会有限，各级官吏为了满足私欲，便毫无顾忌地盘剥、搜刮民脂民膏，从而导致北魏社会矛盾的激化和政治统治的危机。面对这一严峻的现实，从文成帝时就曾数次下诏禁贪，献文帝时也作了严格规定，并有人提出了给官吏班禄的建议，可惜并未能实施。
公元484年（太和八年）六月，在冯太后的主持下，北魏仿效两汉魏晋旧制下达了“班俸禄”诏书。规定在原来的户调之外，每户增调三匹、谷二斛九斗，作为发放百官俸禄的来源。内外百官，皆以品秩高下确定其俸禄的等次。俸禄确定之后，再贪赃满一匹者，处死。此法的实施，对普通百姓虽有“一时之烦”，但终能得到“永逸之益”。由此引起了以淮南王拓跋他为代表的鲜卑贵族的反对，他奏求停行班禄，依旧断禄。冯太后召令群臣讨论。中书监高闾奉表驳论说：“天之大道，君使臣以礼，臣事君以忠，故车服有等差，爵命有分秩。君班其俸，臣受其禄，自尧舜以来斯道未改。二圣（冯太后与孝文帝）稽准旧式典章，行班禄俸，苛慝不生，上下无怨，止贪残之心，劝竭效为国之诚。若不班禄，则贪利者肆其奸情，清正者不能自保，这简单的道理，灼然可知，如何令行一朝便欲去俸？淮南王之议，不亦谬乎！”高闾的话不仅代表了当时一批具有远见的官僚的意见，而且也符合冯太后的心思。于是，冯太后下诏依从高闾所议，仍旧实行班禄。
为了切实贯彻俸禄制，冯太后还派使者分巡各地，纠举食禄之外犯赃者。太和八年九月间，孝文帝的舅舅，时任秦益二州刺史的李洪之，因贪暴无度，被令在家自裁，地方官员坐赃处死者四十余人。经此整饬，北魏吏治大有改观，贪赃受贿者也大有收敛。班禄的实施，为冯太后进行其他方面的改革创造了条件。
次年十月，冯太后在大臣李安世的建议下，颁布了“均田令”，从而开始在社会经济方面进行重大变革。“均田令”是指国家对无主荒田以政府的名义定时、按人口分授给农民。均田制度使失去了土地的农民重新回到土地之上，流亡无居者和荫附于豪强名下的佃客也摆脱了束缚，成为政府的编户齐民，从而增加了国家控制的劳动人口和征税对象，提高了农民的生产积极性。这一制度，使北魏落后的社会经济结构迅速向先进的封建化的经济结构过渡，同时为经济结构的灵活运转补充了新鲜血液。均田令的颁布实施标志着北魏统治者开始转向接受汉族的封建统治方式。这一制度历经北齐、北周，到隋唐约三百年，不仅使北魏社会经济得到发展，而且奠定了后来隋唐社会的经济基础。冯太后主持推行的均田制，既对北魏历史的发展作出了重大贡献，也给后世留下了宝贵的遗产。
公元486年（太和十年），冯太后又主持对地方基层组织——宗主督护制进行改革，实施了“三长制”。
