9月9日。因调和教案有功，清廷赏法国教士罗惠良二品顶戴，黄永璋四品顶戴。
9月10日。清廷命杨枢兼日本游学生总督。
清廷与英、美驻华公使商定，同意在租界设立“额外公堂”审讯《苏报》案，由上海知县汪懋琨主审。
印度总督照会驻藏大臣裕钢，要求另派大员谈判。印度总督于本日照会驻藏大臣裕钢，提出中方谈判委员何光燮和巴尔对于谈判一事未曾经办过，且官职较小，难以自主，大仲译罗布藏称勒、戴璋汪曲纳布两员在与荣赫鹏、怀特初次见面时，“荣大员即将手开印度、西藏今昔情形、商办必须一折，与彼收下，彼等坚执不受”，以此认为此两员性情乖僻，万难商办大事，要求驻藏大臣另派权重的大员前往干坝谈判。印度总督在照会里还将谈判不能如期举行的责任完全推给中国一方，而且还竟然威胁中方，若再拖延时日，待干坝的英方驻地寒冷异常时，英军将另行择地过冬。
9月11日。上海尚贤堂开馆。传教士李佳白创设的尚贤堂于本日正式开馆，校址在上海英租界六马路（今北海路）。
9月13日。岑春煊将镇压陆亚发起义的情形电陈外务部。署两广总督岑春煊奉清廷之命，竭力镇压广西陆亚发起义。本日，他将近一段的镇压起义情形汇报给外务部。其电文称：“本月初，据报：陆亚发、褚大、李明标、王飞凤、韦二、林大等游、土各匪，在思恩合股一、二千人，窜入罗城县属，图攻长安墟，当饬署柳州府祖绳武督营前往。初八、九等日，匪分股退窜，一窜寺门，一窜黄金，一窜龙岸；官军亦分三路穷追猛扑，匪被枪毙及坠岩死者无算。十一、二等日，该匪等悉窜入三防苗地，官军复深入痛剿。陆亚发、褚大穷蹙，缴械投诚，请立功自赎。余匪约存四百余人，窜往罗城、融县交界之南汶、峒头等处；仍派营跟踪追剿。据祖绳武禀报前来。”“煊查此次该匪等合股一、二千人，其势甚炽。各营冒暑日驰百数十里，穷追痛剿，虽未克悉数聚歼，然匪胆已寒。柳、庆已无大股，惟思恩府属安定土司尚有游、土各匪，合股数千；现已派兵兜剿。此外零星股匪，当易扑灭。”
9月14日。吉林将军长顺将与俄国铁路公司拟定的由该公司修建自吉林至长春的铁路草约16条上呈给清廷，清廷谕令外务部对此草约妥议之后复奏。
9月15日。本日刑部奏，将已革提督苏元春的罪名拟为“纵兵殃民”，清廷认为该罪尚属轻纵，让刑部再次按律定罪。很快刑部奏，苏元春合乎监守自盗钱粮达1000两以上者当斩的条律，拟定为斩监候，秋后处决。
驻华英使萨道义扬言，将来四川省修建铁路所需的外国资本，须向英、美两国借用。
9月18日。冯子材去世。贵州提督冯子材于本日去世。冯子材字南干，号萃亭，一作翠亭，广东钦州（今属广西）人，1818年生，行伍出身。他早年曾参与镇压太平军。1862年擢升为广西提督。1875年授贵州提督，1882年退职。1884年，法国侵略军进犯滇桂边境时，他以广东高雷钦廉四府团练督办之职参加抗战。次年2月任广西关外军务帮办时，已年近70，他以如此高龄在当地人民的支持下，率领王孝祺、王德榜、苏元春等部，身先士卒，在镇南关（今友谊关）谅山大败法军。尽管在后来的谈判中，清政府不败而败，法国不胜而胜，双方签订了使中国蒙受耻辱丧失利权的《中法新约》，但镇南关大捷这个事实是抹灭不掉的，冯子材也将因此而永远青史留名。1901年，冯于材复任贵州提督，本年6月又被派会同岑春煊办理广西军务，于本日在任上去世，终年85岁。
9月21日。孙中山在《江苏》杂志发表《支那保全分割合论》。孙中山在留日江苏同乡会主办的《江苏》杂志第六期上发表了《支那保全分割合论》一文，对保皇党的革命必将导致外国瓜分之论加以驳斥，宣传排满革命。该文的主旨是：西方政治家对于中国，有的主张保全，有的主张分割，这两种说法都非适可之论。就国势而言，清政府已腐朽之至，变法仅能解决细枝末节的问题，无法产生根本的成效，故绝对无保全之理。而就民情而论，却没有可分割之理。天下爱国仁人志士面对清政府日益贫弱的境况，正欲摆脱清廷的控制，一举恢复汉人统治，再加上现在各国自由主义和民主之风正盛，中国人自然也不甘受列强的分割。故顺乎民情的做法就是再造一新中国。孙中山在该文中阐述了推翻满清政府的统治及反对列强分割中国的观点。但同时也流露出了大汉族主义的偏见。
两江总督魏光焘分别照会英、美、日等国总领事，订期在洋务局会审《苏报》案，并命令上海道袁树勋、上海知县汪懋琨等人一体参加。
9月23日。清廷了解到，广西起义军已渐逼省城，而岑春煊在电文中并未提及，却说南宁、镇安、归顺等处，渐可肃清，柳庆“剿匪”，亦有起色，故清廷电谕柯逢时迅速赴广西巡抚之任，据实具奏，令岑春煊将近省一带情形，查明奏复。
新授广西巡抚署理江西巡抚柯逢时奏，九江在长江之中位置非同一般，自开口岸后，愈发重要，故准备借用南洋水师所裁的“龙骧”等船，用来驻江巡守。
直隶大名府突降冰雹。据本月29日的《大公报》载：大名府本日晚5时，自东北方向风起云飞，雷电交作，倏忽之间冰雹从天而降，冰雹大小有的如核桃，有的如大枣，约10分钟后，平地上的冰雹就积了约有两寸深。冰雹将树叶打落大半，果实全落，庄稼损伤严重，途中行人无处躲避，有的人的头、手被冰雹击破。在大名府的西南隅，冰雹积得更深，至次日午后，背阴之处还没有消融尽净。
9月25日。柯逢时奏请清廷给广西筹拨款项。由于广西地处边陲，起义接连不断，新授广西巡抚柯逢时就准备在他到任后通饬各州县招募团练亲兵，多的可招募300名，最少的也不能下于100名，还准备令各府及直隶州各招募200到300名，均发给兵饷、器械，而这就需要巨额的军饷。综计府、厅、州、县新兵约1.6万名，兵饷、器械及其他需要加在一起，费用约在100万两以上，而广西连年军事不断，粮食歉收，百姓处于水火之中，也需预筹银两加以安抚。故柯逢时奏请俯准每年拨白银，100万两，以二年为期，并请谕饬各疆臣酌量力所能及，借拨部分款项，归于各省所收广西捐输项下，以后陆续归还。清廷饬令户部速议柯逢时所奏请的事宜。
9月26日。清廷饬令各省将军督抚会同商部筹办在各省设立路矿、农务、工艺各项公司。商部奏：“臣部综理商务，拟请设立铁路矿务农务工艺各项公司，业于筹议章程折内详晰具奏。查泰西各国商政，首重设立公司。……惟臣等窃有鳃鳃过虑者，则以管辖之权虽在臣都，而所办农工路矿诸务，无一非地方大吏之责成，如或内外隔阂，未能合力振兴，势将无所措手。相应请旨饬下各省将军督抚，于臣部所设各公司事宜，务须会同筹划，赞助维持，一面严饬各该管道府州县，尽力保护，毋稍漠视。”根据商部此奏请，清廷谕令：“着各省将军督抚，于商部议设各项公司，会同筹划，悉心经理，并饬该管道府州县，随时认真保护，倘有推诿因循，仍前漠视，该部即行据实奏闻，力除壅蔽，毋稍迁就。”
本日清廷谕令，所有路矿事务，归于商部，以专责成，路矿总局即刻裁撤。
清廷谕令军机大臣等，顺天府所设立的工艺局归商部办理。
孙中山为宣传革命、筹措粮饷，于本日离开日本赴檀香山。为能够使其成行，黄宗仰慷慨捐赠银洋200元。
李平书创立医学会。李平书在上海所创立的医学会于本日成立。李平书，初名安曾，字平书，后更名钟珏，字瑟斋。1854年出生于浦东高桥一个医学世家。曾任江南制造局提调，倡导地方自治，热心于公众事业，极受上海民众称道。该医学会的宗旨是贯通中西医学，造福上海民众。该会成立之初，李平书还邀请上海医界名流共同商讨中西医术。会上他向各位到会者介绍了要拟办医学报，编著医学课本，开设养病院及创建医学堂培养医学人才等宏大计划。医学会的成立对中国医疗事业的发展起了一定的促进作用。
浙江宁海大里村发动反教起义。王锡桐名守真，字凤栖，号守曾，浙江宁海县大里村人。出身于小地主家庭，自幼读书，多年科场失意，1898年38岁时才考中秀才。为人正直豪放，好打抱不平。与王锡桐同村的教民王品松夫妇为争轮管祭田一事与其胞叔发生争执，其胞叔王廷锡斥责王品松既然不祭祀祖先，就没有资格管理这份祭田，作为同村人的王锡桐从中加以解劝。王品松夫妇自知理屈，就跑到教堂哭诉，怂恿传教士朱国光出头干预。结果王锡桐无故受辱，从此对天主教痛恨有加，决心“立会招贤”，于是成立了伏虎会，并倡言反教。王锡桐于本日杀死王品松，反教起义自此而始。起义开始后，当地群众纷纷响应，并首先在大里村附近村镇打击教会势力，一些平日作恶多端的教民被处死。
9月27日。清廷以水隆为江宁将军。
9月29日。山西省永济县爆发反对增加柿酒税暴动。数千乡民涌入县城，捣毁衙署，迫使知县承诺停止开征柿酒税。
9月30日。因赈灾需要巨款，山东巡抚周馥奏请“截留积存漕折银两，以资教放”，得到清廷允可。
本月。孙中山在日本与日本平民社领导人幸德秋水就实现社会主义问题交换意见。
孙中山接待来访的留日学生廖仲恺、何香凝等，畅论革命救国的道理和方法。
《铁云藏龟》出版。“抱残守缺斋”于本月刊行了6册石印本《铁云藏龟》，中国第一部甲骨文著录书问世。《铁云藏龟》是刘鹗从他收藏的5000余片甲骨中选录1058片编辑而成的，其中重复出现3片，伪品4片，实收1051片。刘鹗，字铁云，又字公约，别署鸿都百炼生，室名抱残守缺斋。江苏丹徒人。他通算学、乐律、医学等，是中国最早的甲骨文收藏者之一。他不仅在收藏和研究甲骨文方面成绩卓著，而且还积极地向人们介绍甲骨文字，以吸引更多人来研究甲骨文。《铁云藏龟》的出版不仅为人们研究甲骨文字提供了第一手资料，而且还开拓了中国文化史研究的新领域。
武昌创办幼儿园。本月，湖北巡抚端方在湖北武昌阅马场设置中国第一家官办幼儿园。该园的宗旨是要开发小儿的智能，为幼儿上小学堂打基础。招生对象为3～6岁的男女儿童，限期1年毕业。该幼儿园由日本人户野美知惠任园长，另外还专聘了3名日本保姆任教。开设行仪、训话、日语、唱歌、游戏等7门保育科目。幼儿园内设游戏室、陈列图书玩具室、游戏山等设施。保育科目和园内设施都体现了“重养不重学”的办园思想。与此同时，该幼儿园还设立了女子速成保育科，专门学习保育、教导幼儿的事宜。故这也是中国第一所幼儿师范性质的教育单位。
清廷饬令西藏地方官员迅速与英人在干坝开始谈判。本月底，英国驻华公使萨道义照会清廷，说西藏地方官员固执不肯在干坝开始谈判，反而拿获了两名英国人，不肯释放，所以准备凑集军队，预备开仗。大造武装侵略西藏的舆论。清廷不问是非曲直，立即电谕驻藏大臣裕钢，令其转饬，西藏地方官员立即释放两名英国人，迅速与英国人在干坝开始谈判，不要再延误时机，致成大患。同时催促新任驻藏大臣有泰日夜兼程前往妥速筹办。
南非矿业协会派往中国等地调查雇佣廉价劳动力可能性的斯金纳，在上交的调查报告中建议雇佣华人劳工。
10月1日。清廷以德麟为库伦（今乌兰巴托）办事大臣。
英国印度事务大臣汉弥尔顿电告英印政府，英国政府批准了他们所拟订的侵占春丕、直趋江孜的侵略计划，并叫寇松将具体的入侵方案电告英政府。
10月3日。俄国沙皇尼古拉二世宣布停止同清政府就“满洲问题”的谈判。
俄国远东总督亚历克塞耶夫发电报询问俄皇，假设日军在朝鲜北部上岸，如何应付。后来俄皇复令，要求避免战争。
浙江宁海县起义军焚教堂杀教士。本月2日，400余名伏虎会员聚集在大里村王氏宗祠，王锡桐宣读了“灭洋保国”的文告。起义军决定首先攻打宁海天主教堂。本日，起义军高举“王”字大旗，在王锡桐的率领下，手执标枪、稻叉、鸟枪等武器，奔赴宁海县城。入城后，捕获了传教士朱国光，将其斩首，并焚烧了教堂。次日，被称为“阎罗王”之一的传教士罗仁寿也被群众拿获。并将其押回黄坛处死。
浙江人民要求收回矿权。衢州、严州、温州、处州四府是浙江省的重要矿区。浙江绅商候补道高尔伊设立浙东宝昌公司，向意大利商人开办的惠工公司借白银500万两作为资本，承办四府煤铁各矿，得到了外务部的批准。宝昌公司实际上是个皮包公司，高尔伊实际是惠工公司的买办，借款办矿实际上是卖矿。而外务部竟对此项卖矿活加以批准，此举激起了浙江人民的愤慨。本日，浙江籍全体留日学生在东京召开特别同乡会，斥责高尔伊的出卖浙江矿权之举。与此同时，陈叔通、孙翼中等人在杭州西湖集会，当面对高尔伊加以驳斥。上海的浙江籍绅商也联名发表公告，坚决要求收回矿权。
驻日俄使罗森向日本外相提出中韩问题对案。驻日俄国公使罗森特意从东京前往旅顺，与远东总督亚历克塞耶夫会商与日本谈判的事宜，议定了对案8条。本日罗森向日本外相小村寿太郎提出了中韩问题对案8款。其内容是：
（一）互相尊重韩国的独立及领土完整。
（二）俄国承认日本在韩国的优越利益，如日本不违背第一条而辅助韩国改良其民政，则俄国承认此为日本的权利。
（三）俄国不阻碍日本在韩国的商、工业，在不违反第一条规定的限度下，不反对日本保护其在韩的商、工业。
（四）在知照俄国之后，以与第三条同一目的，派遣军队至韩国，俄国承认此为日本的权利，但军队人数不可超过实用必需数，事毕即须陆续撤回。
（五）日俄两国互约，不得在韩国领土的某部，作军事侵略目的使用，并不得设兵于韩国海岸，妨害朝鲜海峡的航行自由。
（六）韩国领土在北纬39度以北，视为中立地带，两缔约国军队，均不得前往。
（七）日本承认满洲及其沿岸一带，均在日本利益范围之外。
（八）本约定后，凡日俄两国以前订的有关韩国的条约，一律作废。由于日本对罗森列出的条款内容不满，认为不能以此提案作为谈判的基础，故而双方未能达成协议。
10月4日。清廷将广东陆路提督程允和革职。据署两广总督岑春煊奏，广东陆路提督程允和统带3营办理惠州清乡，不但无功，反而使其势益炽，奏请对其加以惩处。清廷谕令将广东陆路提督程允和即行革职，让岑春煊等督饬各营，认真办理清乡，严拿“匪”类。
10月5日。孙中山抵达檀香山。
10月6日。日本外相小村寿太郎与俄使罗森举行第一次谈判。
