12月24日，在恐怖中，安全区的欧美委员们点燃蜡烛，和难民们度过了一个终身难忘的并不平安的平安夜。拉贝是后来才赶到的，因为他需要在自己的房子里盯着，不让日军翻墙而过去骚扰那里的难民。按费奇的说法：拉贝每次都展示出令日军望而生畏的纳粹臂章。叫他们怎么进来的就怎么出去。这天晚上，在威尔逊医生的琴声下，委员们一起唱了圣诞歌曲，他们在心中默默祈祷，希望上帝能够降福南京。
1937年12月24日是人类史上最残酷的平安夜。
天亮了，圣诞节到了，南京人民和安全区的委员们又将面临新的恐怖，所以费奇肯定地说：“我深信日军在南京的暴行，是世界现代史上绝无仅有的最黑暗的一页！”
大屠杀期间，安全区一共救助了20万以上的中国难民。但在后来，有一段时间，安全区的作用似乎被忽略了，有不少关于南京大屠杀的文章使用了一个带有讽刺意味的题目：“安全区内不安全。”当然，著者是想强调日军的暴行无处不在。但是不是因为有暴行发生就抹杀掉安全区的作用和委员们的努力呢？答案显然是否定的。甚至可以这样说，南京大屠杀的幸存者，绝大部分来自安全区。
而且，由于西方记者的离开，日军的暴行大多见于委员们的日记、报告、信件，包括：《拉贝日记》、《费奇日记》、《马吉日记》、《威尔逊日记》、《麦卡伦日记》、《魏特琳日记》、《南京战祸纪实》（史密斯调查报告）、《南京毁灭的日子》（克勒格尔日记）等。
关于用摄像机拍摄的南京大屠杀的动态画面，现在能找到的不多了。除了日本随军记者伊藤敏松拍摄的第6师团新街口斩首暴行外，最著名的当是美国牧师马吉冒着生命危险偷拍的画面。
马吉有一部16毫米摄影机，大屠杀期间，他用该机器拍摄了长达105分钟的动态画面，其中包括日军在安全区内抓人的镜头。在镜头中，身材矮小的日本士兵手持上了刺刀的步枪，抓捕中国青年男子。一个镜头是，一名老妇跪在地上苦苦哀求，但日军置之不理，还是把她的亲人带走了。还有在鼓楼医院拍摄的被日军残害的中国平民的镜头，其中有被日军用火烧得面目变形的男子，有被日军用战刀把脖子几乎砍断的妇女。身中37刀后接受威尔逊医生治疗的李秀英，也出现在马吉的镜头里。
很多年以后，当我们看到动态的南京大屠杀暴行画面时，其震撼是无法用语言描述的。
后来，马吉把电影胶片给了费奇。费奇离开南京时，乘坐日本军用火车到上海。用费奇的话说，在火车上，他和“一群人们所能想象的最可憎的日本兵”同坐一节三等车厢。记录南京大屠杀的6卷16毫米的电影胶片就藏在他的衣服里。
伸出人道主义救援之手的还有栖霞山江南水泥厂的工作人员丹麦人辛德贝格和德国人京特，二人于南京郊外建立难民收留所，救助了3万多名中国人。
在南京危如累卵的时候，在各国侨民和使馆人员都离开的时候，那些德国人、美国人和丹麦人选择了留在命运未卜的危城，在南京最寒冷的年月，将正义、勇敢和热情的手伸向中国人，正如费奇所说：
难民们曾无数次对我们所付出的努力表示感激，我们内心时常充满温暖。其实，与他们所遭受的苦难相比，我们的损失与不便显得微不足道。未来会怎样？近期的未来绝不会是光明的，但中国人有一种不可征服的忍受苦难的能力和毅力，还有许多其他的优良品德。正义最终必将赢得胜利。无论如何，我将永远是快乐的，因为我将自己的命运与他们连在了一起。
再见！南京！
南京陷落后的第5天，美国《纽约时报》刊登了从南京返回上海的记者狄丁所写的报道，题为《南京中国战俘尽遭屠杀，日军恐怖暴行蔓延》。这是国际上对南京浩劫的最初报道。报道中，狄丁作了以下分析：“发生这些事（大屠杀），日军似乎只有一个目的，那就是使其他地方的每一个中国人有一个深刻的印象：如果对日军进行抵抗的话，那么就会有南京这样的场面和结果。”
日军在南京的暴行不是一个偶然事件。
看一个细节：
第10军第114师团第127旅团第66联队第1大队（大队长一刈勇策少佐）的战斗详报有如下记载：
根据旅团部命令，俘虏全部杀掉。其方法，可以十几名为一组，分批枪杀……下午3时30分，召集各中队长，就俘虏处置问题交换意见。经讨论决定，把俘虏平均分给中队（第1、第3、第4中队），以50名为一组由大监禁室带出，第1中队在宿营地南谷地，第3中队在宿营地西南洼地，第4中队在营地东南谷地附近，刺杀这些俘虏……各部队应于5时前完成准备，5时开始刺杀，7时30分结束。
这份战斗详报中记载的屠杀行为是有计划、分步骤的。
详报中，提到“根据旅团部命令，俘虏全部杀掉”，该大队所属的第66联队的上级是第127旅团，旅团长为秋山充三郎。秋山自然是接到了第114师团的命令，而师团长末松茂治的命令则显然来自柳川平助的第10军司令部。
谁下给第10军司令部的呢？
再看看上海派遣军的屠杀令。该军下属的第16师团士兵泽田正久回忆：“（在南京战中我所在的部队）俘虏了1万多名中国兵，遂报告军司令官，司令部命令立刻予以枪决。”在这里，提到了上海派遣军司令部的命令。师团长中岛今朝吾在阵中日记（1937年12月13日）中则说：“因为采取了大体不留俘虏的方针，故决定全部处理之。据知，仅佐佐木旅团就处理掉约15，000人，守备太平门的一名中队长处理掉1300人，现集中在仙鹤门附近的中国兵约有7000到8000人，不过，要处理这七八千人，必须有相当大的壕沟……”
山田支队在乌龙山、幕府山周围俘虏了数以万计的中国士兵。山田栴二曾向上作过“请示”，得到的答复是：“按军司令部的责任去干。”“责任”指的是什么？显然是按照命令去屠杀。
命令最初是从哪下的呢？
长勇。长勇是上海派遣军情报主任参谋，同时还兼着华中方面军的参谋。向第10军下达屠杀命令，用的是他后一个角色。向上海派遣军下达命令，用的是前一个角色。长勇后来在日本驻朝鲜军中做联队长，曾跟田中隆吉有一次对话，称自己以司令部的名义将“不留战俘”的命令下达到了各部队。
作为“樱会”二号人物长勇，是最激进的昭和军阀之一，在残忍暴躁上甚至超过他的老大桥本欣五郎。这个福冈县人跟挑起七七事变的一木清直是同学，1944年任驻冲绳第32军参谋长，战败后与军司令官牛岛满一起自杀。
提到长勇的，还有松井石根的副官角良晴，他在《七生赋》中这样记载：当时下关聚集了13万中国军人和平民，欲渡江而无船。
第6师团的人询问如何处理，长勇回答：攻击。
按角良晴的说法，当时他将此事禀告松井，随后有这样的对话：
松井：13万中国人，都杀了不好吧，随他们去吧。
长勇：里面可能有败残兵。
松井：也许有吧，但放了他们，可避免我军军纪太过混乱吧。
长勇：是。
但当第6师团再次询问如何处理时，长勇依旧说：攻击。
角良晴作为松井的副官，在对话的记录中，有意为主人开脱罪名（当时松井应在苏州或上海），但却从侧面记述了长勇之残酷。而且，这个事件并非角良晴单方面记载，在日本贵族院慰问团团长德川义亲那里也有类似的记载，按德川的描述，面对军民夹杂的人群，日军机枪手“有些犹豫”，但长勇抽刀亲自把机枪手砍了，又换了别的机枪手。这个描述虽然夸张，但有一点是肯定的，那就是：多个人在回忆中都提到长勇。而且，长勇自己也承认命令是他下达的。
当然，长勇之外，朝香宫鸠彦、柳川平助、塚田攻、饭沼守、武藤章、田边盛武等人对屠杀令的发出也有着不可推卸的责任。而华中方面军司令官松井石根，应负总体上的责任。
进入南京后，松井也确实对不执行整肃军纪命令的中岛今朝吾、武藤章等人进行了“训斥”，并专门召开会议说军纪问题。
会议上，松井说：这所有的努力，就因为这暴行，一切都完了。
松井说完后，被召集起来的中岛今朝吾、谷寿夫等人都笑了。中岛还说：那是应该做的。
但无论松井在当时的日记中对发生的事情感到“失望”，还是战后受审时流露出的“忏悔”，都无以挽回1937年冬天南京的惨烈场面。作为当时的一军最高统帅，松井不能约束自己的部下，他罪责难逃。
可以得出如下的结论：
松井石根应为南京大屠杀在总体上负责；
朝香宫鸠彦、柳川平助、长勇，则是南京大屠杀最高责任人，即下命令者；
塚田攻、武藤章、饭沼守、田边盛武等参谋则推波助澜；
中岛今朝吾、谷寿夫、山田栴二、吉住良辅、末松茂治、草场辰巳、佐佐木到一以及诸多联队长是南京大屠杀的直接责任人。
在大屠杀中，哪支日军部队暴行最重？
几乎所有的文章都习惯这样入笔：“在松井石根和谷寿夫的指挥下，日军开始了长达6周的大屠杀。”当时，之所以这样定义第6师团，是因为该师团是第一个杀入南京城的，而且它的师团长谷寿夫在战后于南京接受了审判并被执行枪决，为人们所熟知，所以给很多中国人留下第6师团是南京大屠杀首犯，甚至是唯一施暴部队的印象。
第6师团罪行罄竹难书，自不必说。在大屠杀中，下关江边是第一大屠场，第6师团驻扎的雨花台、中华门排在第二的位置上，从南京陷落到12月21日第6师团开向芜湖，在这八九天里，每天都有中国战俘和平民被带到这里屠杀。
但第6师团并不是南京大屠杀中残杀中国军民最多的日军师团，残杀中国军民最多的师团是中岛今朝吾的京都第16师团。
因为这个师团是南京警备部队，驻扎南京时间最长，12月21日以后的暴行，都可以计在第16师团的名下。这些暴行加上21日以前该师团的暴行，就可以判定，在整个南京大屠杀期间，这支来自京都的部队屠杀中国军民最多，这个数字有可能超过10万人。
1945年战争结束后不久，中岛得病而亡，侥幸躲过了审判。当时，在南京，中岛对部下的屠杀所持的态度，不是默许而是鼓励。中岛甚至对前来“整肃军纪”的东京来人（陆军参谋本部情报部部长本间雅晴）说：“中国人算什么？有多少杀多少。”
中岛的残暴一度让东京“感到为难”，担心这样下去会影响“皇军的形象”，指出“中岛君所部的行为，有失人道”（陆军省要员阿南惟几语）。
松井石根在日记中也写道：“（暴行）果然是第16师团长以来的表现引起的。”
对很多南京大屠杀的幸存者而言，日军给他们留下三个深刻印象：个子矮、都留着长长的胡子——中岛部队。
除第16师团和第6师团外，山田支队的屠杀也非常凶暴。在过去，该支队在南京的行为一直被忽略。山田支队在南京陷落后一直驻扎在江边的上元门一带，实施了大屠杀期间最大的一起暴行，即草鞋峡大屠杀。在这次屠杀中，中国军民共计57，000多人遇难（以平民为主）。加之在大湾子和鱼雷营的屠杀（以战俘为主），遇难于山田支队枪口下的中国军民至少有8万人（该支队士兵称超过7万人）！这一数字排在中岛今朝吾第16师团之后，排在谷寿夫第6师团之前。
南京陷落后不久，松井石根、柳川平助和朝香宫鸠彦，被昭和天皇召见，赐予三人以镶有皇室菊花的银瓶；对谷寿夫、中岛今朝吾、草场辰巳、佐佐木到一、牛岛满五人，则进行了嘉奖。
当然，南京浩劫还有隐秘的内因。
1937年身在南京的日军士兵，在屠杀时没有什么负罪感。他们在国内时，都是平常得不能再平常的年轻人，可踏上中国土地后，这一切都变了。
关于日本的民族性格，最矛盾的一点是优越感与自卑感并存，也就是所谓的畏强凌弱。回顾历史，日本在20世纪的盟友相继是英国、德国和美国。日本人对作为强者的西方人怀有自卑感，对多年来被他们连续战胜的中国心存不屑。
日本人对中国人的轻视，直接表现在以杀人为娱乐、以杀人为游戏、以杀人为比赛上。但对待欧洲人和美国人，他们就是另一张面孔了。在安全区内，几个日军正在屋里轮奸中国妇女，被拉贝看到，他朝那些日军挥动着德国国旗。日军看到后，面色惊慌地说：“啊，德意志！德意志！”说完，扔下中国妇女，灰溜溜地跑了。费奇把在一寓所里将强奸妇女的日军轰走后说：“看到这些‘勇敢’的士兵在我们的驱赶下竟翻越装有倒刺的围栏而逃，我们只有嗤之以鼻。”1937年的南京，在日军的刺刀下，中国人人人自危，西方人虽然天天往返于日军面前，但没一个人受到伤害。后来，马吉牧师这样回忆道：“我们都感到意外，我们竟无一人被杀。”
日本700年武士争斗史，使他们养成一种复仇文化。1937年，日军在上海伤亡惨重，向南京追击途中，没后勤保障的行军令士兵们“苦不堪言”，而且又遇到中国军队的步步抵抗，终于兵临南京城，第9师团首战遇阻光华门，凡此种种，使日军在陷城后产生了报复心理。第16师团第30旅团长佐佐木到一在回忆时说：
（扫荡暂时结束）俘虏接连不断地前来投降，达数千人。态度激昂的士兵毫不听从上级军官的阻拦，对他们一个个地加以杀戮。回顾许多战友的流血和10天时间的艰难困苦，即使他们不是士兵，也想说：都干掉！
松冈环女士在《南京战：寻找被封闭的记忆》中实录了很多日本士兵的回忆，其中第16师团第33联队士兵吉川定国这样说：
有几百个中国俘虏被集中在一起，望着俘虏，我产生了愤怒的情绪，认为我们之所以这样辛苦，都是因为你们的缘故！于是，我们把俘虏一个个地刺死。
士兵三本木一平说得更为直接：
看到自己的战友和同一个村的人战死，便怀恨在心，觉得（在南京）杀死中国人是理所当然的事情。
日本的岛国环境，让他们养成在毁灭和残忍中发现“美”的习惯。在日本的文化中，残忍不是作为被憎恨的对象存在的，而是作为一种审美标准存在的。最极端的例子是日本人切腹时追求的那种精致和程序。具体到军队，便形成以残忍为核心的集体要求：对自己残忍，表现在平时的训练中，如用冷水浇身、互相抽耳光、以木剑刺杀、大雪中站立、烈日下暴晒；对他人残忍，这自不必说，在1937年的南京已被日军发挥到顶点。如果说德国人在奥斯维辛对犹太人的屠杀充满了“工业味道”，只是把一批批人赶进毒气室，那么日本人在南京的屠杀方式就复杂得多了，他们花样百出，让中国人在死之前得到肉体上最大的痛苦。山田支队的士兵在“处理”一批中国战俘时发生了冲突，有的士兵希望用刺刀刺，有的士兵则建议用机枪扫射，有的士兵则认为砍头更“过瘾”。在一阵吵嚷后，最后终成协议：分批采用不同方式处置，结果日军“皆大欢喜”。
