中国环境与发展国际合作委员会生物多样性工作组2001年考察了四川的造林工作后，曾发出了这样的警告：20世纪50年代后期四川飞播云南松种子和封山育林取得了成功，但是，当针叶林长起来后，却没有及时采取措施使它们按照自然规律演替，以致地面上只有厚厚的松叶层，由于松叶层很难分解，因此便没有形成腐殖层。这样的森林不仅涵养水份的功能很差，而且没有生物多样性可言，加之极度干燥和含有树脂，又极易引发火灾，可能成为人工制造的“绿色沙漠”！
长江上游水土流失面积和土壤侵蚀量，目前还没有一个准确的数据，据《长江上游生态屏障建设研究》课题组专家费世民、杨玉坡研究，整个长江流域水土流失面积已经扩展到56万平方公里，每一年土壤的侵蚀量已经高达22.4亿吨。水土流失主要发生于上游地区——面积约占全流域水土流失面积的91%。
四川是长江上游最重要的地区，但却已经成为水土流失和土壤侵蚀量最大的地区。据《长江上游生态屏障建设研究》课题组专家周立江等人调查，四川水土流失面积已经占长江上游流失总面积的56.8%，土壤侵蚀量占上游总量的61.5%。
由于水土流失严重，竟使干流河床每10年升高1米，有的支流和黄河一样，成为高出于地面之上的“悬河”。长江上游是长江主要的产沙和输沙区，输沙量竟相当于尼罗河、亚马逊河与密西西比河的总输沙量。侵蚀模数则以嘉陵流域和沱江流域最高——流失区平均每平方公里每年的流失量竟达6000吨以上。经过近年来开展“长治工程”和小流域综合治理等工程后，嘉陵江泥沙自20世纪90年代以来，已经出现逐渐减少的趋势但是金沙江及其大多数支流如横江、龙川江等含沙量却在继续增加，特别龙川江竟增加了160%！
专家们说，如果对长江上游地区的生态状况不认真进行治理，按现在的恶化程度推算，三峡工程建成后，每年将在库区淤积泥沙6至7亿吨，减少库容3.5亿立方米，巨大的水库将变成“沙库”，后果将不堪设想了。
长江上游草地绝大部分在高原高寒地区，气候恶劣，生态环境脆弱，再加上几十年来的超载放牧及其它原因，发生大面积退化已占整个草地的1/3以上。川西北阿坝州、甘孜州的草地退化面积已占总面积的62%。不但鲜草产量和优良草种大幅度减少，而且草场的土壤日益贫瘠、板结乃至沙化，日益严重的鼠害让当地政府和老百姓们束手无策。据估计，长江上游鼠害发生的面积已约1300～2000万公顷（1.95亿～3亿亩）。每年消耗的牧草达300多亿公斤，到20世纪90年代，因严重鼠害造成的寸草不生的“黑土滩”已达400多万公顷（6000多万亩），以致四川的石渠等县都出现了生态难民。
长江上游本是我国乃至全世界生物多样性最突出的地区之一，对人类来说，这是又一笔巨大的、不可估量的财富，但是由于整个生态环境的恶化，据专家们估计，近40年来仅高山和亚高山地区便有约5%的物种永远消失。
长江上游有鱼类230多种，其中世界其他地区从来没有发现过的便有近100种，但是由于水环境的污染以及大型水电站的建设，有的已经绝灭，有的已经很难找到它们的踪迹。例如中华鲟因截断了产卵的洄游通道，曾在葛洲坝发生“集体自杀”，白鲟、胭脂鱼等数量都锐减。
尽管长江上游是我国水资源富集的地区，但和全国一样，目前的情况也并不令人乐观。据四川省水文局测定，岷江年径流量50年中已经减少了11.2%，嘉陵江减少30%，沱江减少11.1%。
由于水资源持续减少和用水量持续增加，历史上曾经河湖密布，挖地三四十公分便可见水的四川省会成都已经沦为全国严重缺水的城市之一，地下水每年下沉半米，而且污染严重。
在水资源减少的同时，长江上游水体污染已日益严重，全年排入长江的各种废水共42.6亿多吨，经过处理的仅占23%左右。污染最严重的是沱江，水质已经达不到三类水的标准，其次是岷江、嘉陵江；大中城市内河水质普遍达不到四类水标准。许多城市的岸边都形成了严重的污染带。
由于污染严重，环绕成都、昔日清澈见底的府河，虽然经过大规模治理，但如今仍然是藏垢纳污之所，大量工业废水和生活污水汇入河中，经处理过的不到1/3，水质全部为五类，多项污染指数严重超标，其中石油类污染指数超标便达22倍以上。府河经彭山县江口镇汇入岷江后，又造成岷江的严重污染。铁灰色的河面上生长着大量藻类，淤泥中一捞便是大把大把的“红线虫”，河风吹来，阵阵臭味熏人欲呕……以致彭山县的自来水都有了异味。
2002年6月5日，在世界“环境日”到来的时候，岷江沿线还在大量排污，江水仍然是黑色的、死气沉沉的浑水。仅彭山至青神县沿江便有六家大型纸厂和几十家小型纸厂。据当地环保部门介绍，大型纸厂都建有污水处理设施，但不是为了对付检查便基本不用，因为如果污水处理设施投入使用每吨纸的成本将增加500元，一个年产万吨的纸厂利润就减少了500万元。
2002年元月底，《南方周报》报对三峡“清库”问题进行了报道，报道说：20世纪90年代初，重庆市疾病预防控制中心对重庆市卫生清理污染源做了一个调查，得出的结论是：三峡水库将淹没公共垃圾场33.86万平方米，沿江垃圾堆放点178个、垃圾存量278万吨；沿江工业固体废物64堆1546万吨，需退役处理的放射源123枚；公共厕所30万平方米，坟墓4.1万余座；医院及兽医站967座11.1万余平方米，屠宰场1500个近15万平方米，有毒物质场地703处3.3万余平方米……
仅仅一个三峡库区便有这样多的污染物和垃圾源（这还仅仅是90年代初的统计，如今不知道又增加了多少！），整个长江流域乃至全国呢？
自20世纪90年代以来，每到长江上游涨水的时候，葛洲坝前面便堆满了漂浮物。堆得最高的时候，上面竟可以放一辆小轿车而不会下沉……未来巍峨的三峡大坝前，也会出现这种可怕的景象吗？
长江上游生态系统的退化乃至功能的紊乱，还表现在气候的变化和自然灾害的频繁发生。
据气象部门观测，岷江上游近50年气候变化的特点是风速增大、积雪减少、旱象加重、无霜期缩短，以致洪灾和旱灾屡屡发生。1951年以来，长江上游旱灾发生的频率已达60%以上，四川省达到95%，其中重旱发生的频率便达到61.9%。与此同时，洪灾又连连发生，四川省20世纪50年代共发生洪灾4次，70年代8次，80年代和90年代发生频率却高达94%，重大洪灾出现频率为46%。
1981年6月到9月暴雨后发生的特大洪灾，四川省受灾人口达2000万，超过当时全省人口的20%，死亡888人，受伤1.3万人；受灾的县（市、区）共135个，被淹的县城有57个；受灾的农田达117万公顷，而且多是肥沃、平坦的耕地，约占全省农田的17%；冲毁房屋139余万间；3100多个工业企业被迫停产，1万多所中小学被迫停课；许多水利工程被毁，成渝、宝成、成昆铁路几度中断，县以上公路被冲毁523条。与此同时，还引发了大量地质灾害，包括1000多处泥石流和4.7万多处滑坡。
长江上游地区的崩塌、滑坡和泥石流灾害数以千万计，近20年，经过综合治理和系统治理，约有50条泥石流沟生态环境有了明显好转。但这些好转的地方和整个灾害比较起来，确实如沧海之一粟，而且尤其严重的是，山地灾害发生的频率还出现了增强的趋势。仅长江上游最重要的地区四川省便有滑坡10多万处、特大泥石流137处，居全国之冠。仅1981年特大洪灾中，岷江支流杂谷脑河流域便发生泥石流100多处，到20世纪90年代，这个地区的泥石流又发展到380多处。云南省金沙江边的昭通市头寨沟1991年发生了一次特大型山体滑坡，随着惊天动地的一阵阵巨响，半个山坡陡地从高空坠落下来，尘土遮住了半空，两分钟内，两百多间房屋和216人便被岩石和泥土掩埋，整个头寨沟被填平后还高出地面四五米，估计总方量达2600万立方米之巨。
四川省长江上游的甘孜州、阿坝州、凉山州31个县中27个县有山地灾害分布，仅攀枝花至宜宾市的金沙江下游地区就有泥石流沟上千条，崩塌、滑坡几千处，给雅砻江、金沙江的水资源开发以及二滩电站、三峡电站等都带来了不可忽视的影响。
荒漠化的魔影也笼罩着长江上游地区，在被称为“千河之省”、“天府之国”的四川竟表现得特别严重，尤其是川西的高原地区和几大主要支流的河谷地区。全省已出现沙质荒漠化土地140万公顷（2100万亩），
被称为“地球之肾”的沼泽已严重退化。红军二万五千里长征时走过的沼泽地带曾给大多数中国人都留下了深刻的印象，当时的松潘沼泽地普遍积水1米左右，许多地方人马根本无法进入，但是由于自然条件的变化再加上人为的“挖沟排水”等，到20世纪60年代以后，沼泽便开始变干，80年代以后更明显退化，昔日的沼泽上竟出现了牛羊群，有的地方甚至变成了沙丘。
长期的滥砍滥伐毁坏了固持土壤的森林植被，过度放牧毁坏了防止土壤退化的草场植被，过度种植又超过了土地的承受能力造成地力衰竭。干旱和荒漠化互为因果，恶性循环，已经危害到四川省的17个州、市的85个县，而且还有继续扩展之势。
金沙江三堆子至屏山一段是长江上游泥沙的最大来源，而荒漠化便是造成这种现象的主要原因之一。
岷江上游的干旱河谷和金沙江流域的干热河谷都是四川省生态环境的心腹大患。在这些“死亡的河谷”中，有的地段森林覆盖率极低（如金沙江干热河谷边的云南省元谋县仅0.13%，宾川仅3%），有的地方则寸草不生，根本没有任何植被。岷江干旱河谷海拔高度20世纪60年代为1800米左右，目前已经上升到2000～2200米，面积80年代为20多万亩，90年代末增加到50多万亩；金沙江干热河谷植被稀少的现象40年代仅在海拔500米以下出现，现在却已经扩展到海拔800米的地带，而且“焚风”效应增强，降雨量递减。
