一、《大乘起信论》——马鸣宗
佛义中有所谓“三身”：清净法身，圆满报身，千万亿化身。杨仁山在《三身义》一文中，曾以月亮为比喻来说明“三身”的含义：月亮清净圆满的形体就是法身；月亮的光明照耀无边是报身；水中之月随处可见即为化身。大千世界众生平等即具法身，修炼以后万德庄严即具报身，超越轮回影留人间即现无量化身。法身者，四圣六凡同具，称为本觉；报身者万劫修行所显，称为始觉；本觉和始觉合一，方证佛果，然后现无量化身，以度含灵。佛教认为每一个凡夫俗子都具有法身，都可以修炼成佛，但法身在芸芸众生身上，隐而不现，故众生颠倒，欲念无穷，幻想不止。所以每一个人都要经过长期不断地修行，修行所依赖的就是各种各样的佛教经典，如果不深入研究佛教的经典，修行则难以成功，达不到目的。但是，经典繁多，以一个人的时间和精力，难以穷尽。从何处入手，用功省而收效速？杨仁山所给出的答案，就是学习印度马鸣菩萨所著的《大乘起信论》。
杨仁山认为，《大乘起信论》一卷，字仅万言，但精微奥妙，贯彻群经，学者如果能熟读深思，如法修行，从十信满心，得六要清净，证入初住，见少分法身，历十位、十行、十回向、十地、等觉、妙觉，彻证满分法身，现圆满报身；以大悲心，起随类用，即现千百亿化身。达到如此程度，就与十方诸佛没有分别了。很多人都认为六道众生，不能修行成佛，原因就是不知道普具法身是众杨仁山传第十二章佛学主张与著述生本性。如果痴迷，就陷入六道轮回，如果开悟，就超越三界。只有历经多劫修行，才能成佛。“劫”是一个无限长的时间单位。万劫修行，何其难也，于是就有净土一门，于方便之中开大方便门，一念净信，顿超彼岸，万修万人去，是学佛门径中最直接的道路。他在与陈大镫、陈心来的信中说：
释氏书中，时而说有，时而说无，时而说权，时而说实，初学之时，最难融会，及至用力既久，豁然贯通，则语语印心，毫无疑义，岂非大快事哉！大乘起信论一卷，为学佛之纲宗，先将正文读诵纯熟，再将义记、别记，悉心研究，于世出之道，思过半矣。
杨仁山形成这样的佛学思想后，几乎终生不变。凡是跟杨仁山学佛的弟子，无论是谭嗣同、桂伯华、欧阳渐还是其他弟子，都是从《大乘起信论》入手，然后再开始研究华严、唯识等学的。事实上，在中国的佛教史上，《大乘起信论》受到了广泛的引用和推荐，是中国佛教的理论基础之一。但自古至今，推荐《大乘起信论》最力者莫过于杨仁山。
《大乘起信论》全书共分五篇，主要阐明“一心”、“二门”、“三大”、“四信”、“五行”。
“一心”，指众生心，或称如来藏（真如）心，宇宙万物皆为真如之显现，一切众生尽住涅盘中。
“二门”，指“心真如门”和“心生灭门”。真如缘起为万物体理，不生不灭，恒常不变。生灭门中又分为流转门和还灭门，提示出阿赖识，真妄和合而生三细、六粗、五意、六染之说。还灭门，指迷界之中，依十信、十住、十行、十回向、十地等依次修行，还至涅盘真如界。
“三大”，指体大，相大，用大。
“四信”，指虔信真如与佛法僧三宝。
“五行”，指布施、持戒、忍辱、精进、止观。
杨仁山著述杨仁山年老以后，为马鸣菩萨的另一部著作《大宗地玄文本论》注释，称为《大宗地玄文本论略注》。他在题记中说：“大宗地者，一切法门之总纲，如地发生万物，义理深微，故称玄文，千枝万叶，从此分布，故名为本。”于此可见杨仁山对马鸣著作的推崇。他在序言中还说：“奈何千余年来，无人提倡，遂使无上妙法，秘而不宣，诚不解其何故也？”为此，杨仁山将此部著作注释嘉惠后学。
杨仁山一生对马鸣菩萨尊崇有加，广泛宣传，乐此不疲。在晚年，他建立了一个“马鸣宗”。他在与朋友李国治的通信中说：“仆建立马鸣宗，以大乘起信论为本，依大宗地玄文本论中五位判教，总括释迦如来大法。”后人评价说，杨仁山创立马鸣宗，在中国佛教史上应是一个创举。但是，或许是杨仁山已经年老，精力不济，马鸣宗没有形成完备的理论体系，也没有建立有效的组织系统，随着不久之后杨仁山的逝世，马鸣宗也就渐渐不为人所知了。不过，像杨仁山这样推崇《大乘起信论》在中国佛教史上是空前的，大大提高了《大乘起信论》在中国佛教文化中的地位。
杨仁山逝世以后，马鸣菩萨的这两部著作，在中国佛教界引起了一场很大的争论。以欧阳渐为代表的一批学者认为这两部著作是别人的伪作，《大宗地玄文本论》被认为是朝鲜人的托名之作与马鸣菩萨没有任何关系。而以太虚法师为代表的一批学者则认为这两部著作均是马鸣菩萨的原作，双方争论激烈。但不论这两部著作是否是马鸣菩萨所作，书中的价值所在，应是杨仁山推崇的意义所在。
二、佛学三字经
“人之初，性本善，性相近，习相远……”
千百年来，中国儿童在私塾先生的带领下，摇头晃脑地高声诵读这些三字句的时候，便开始了蒙训的教育，开始了对知识学问的追求。《三字经》以三字为句，朗朗上口，易读易记，其中还用大量的古代故事，生动有趣地告诉人们中国历史、文化和伦理道德，激励少年儿童发奋努力，积极进取，成为国家的有用之才。实践证明，《三字经》是中国人的一本最好的启蒙读物，历经千百年而不衰。
晚明时期，中国佛教界的吹万老人效法儒学《三字经》的形式，创作《释教三字经》，以此作为僧众对佛教的启蒙读物，敏修老法师为它作注释，流传了二百多年。到了晚清，普陀的印光法师（即桂伯华游普陀时曾想请他剃度的那位法师）将吹万老人的作品进行了修改，正文作了十分之三的修改，注释作了十分之七的修改。考据精详，文辞圆润，比原作进步很大。印光法师将两者编在一起，发行流通。
但杨仁山对这新旧两本佛教三字经均不太满意，便决心重新创作一套新的《佛教三字经》，供僧学堂的学生使用。当时江苏扬州、浙江宁波及湖南长沙等地都办起了僧学堂，均缺少课本。各地办僧学堂的原因是两江总督张之洞提出要将全国各地的庙产没收办学校，即著名的“庙产兴学”奏疏。庙产指寺田、寺屋及寺庙附属的其他财产。这一政策从1901年开始实施，到1906年达到高潮。上有政策，下有对策，各地寺庙为了保护自己的财产，不等没收，自己先办起了僧学堂，以培养佛学人才。杨仁山正是在这样的情况下，决定重作《佛教三字经》的。杨所作此经，与前两部迥不相同，明显特点是“事略而法备，言简而义周”，并作了数万字的注释，改名为《佛教初学课本》。
1906年5月，杨仁山所著《佛教初学课本》和《佛教初学课本注》刻成发行。次月寄赠十册给日本的藏经书院。在给日本藏经书院的信中，杨仁山说：“敝邦新开僧学堂，相继而起者已有四处，苦于启蒙无书，因作《初学课本三字韵语》，便于读诵，并作注释以申其义。寄呈十册，聊供浏览。”
《佛教初学课本》内容涵括佛教的起源、释迦牟尼的身世、经律论的形成、传入中国的过程、隋唐时期形成的大乘八宗和小乘二宗、各门派代代相传的高僧大德、佛教的义理和概念等等，是一本非常周全的佛教知识普及读本，配以注释，有一定阅读能力的人，都能理解其中的意思，故称“事略而法备，言简而义周”。比如介绍“法相宗”所用的句段如下：
唐玄奘，游西域，学瑜伽，祖弥勒，依戒贤，大论师，亲传授，历年时，归长安，传窥基，通因明，善三支，成唯识，作述记，破邪宗，伸正义，有现量，有比量，究竟依，圣教量，偏计执，依他性，二者离，圆成证。此一宗，号慈恩，先读相，后显真。
了解佛教历史的人，一看即懂。不了解的人，看了注释也明白无误。又如介绍“净土宗”有这样的句段：
晋慧远，住匡庐，结莲社，德不孤。魏昙鸾，修妙观，生品高，瑞相现。唐道绰，暨善导，唱专修，为妙道。此法门，三经说，大经该，小经切，观经语，最惊人，许五逆，得往生。三藏教，所不摄，佛愿力，诚难测，一称名，众罪灭。临终时，佛来接。下中上，根不齐，一句佛，同生西，暨生西，皆不退，亲见佛，得受记，净土宗，真简要，协时机，妙中妙。
看这一段文字，配以注释，完全可以了解净土宗的内容和义理，简明扼要，同时又了解了净土宗形成过程中我国历史上的一代代高僧大德，如晋朝的慧远大师，北魏时的昙鸾大师，唐代的道绰大师和善导大师，等等。
杨仁山在海外生活多年，了解西方的科学知识。他在“注释”中，用近代的天文、地理知识来阐明佛经的经义。如在谈到“楞严经中隐含地球之意”时说：“据近时所测，地为圆球，人居地面，足对地心，头皆向外，故经中有仰世界、覆世界、侧世界之说。”又如，他用电学知识说明经义中所讲的变化性：“经云：风金相摩，故有火光，为变化性。此相摩而生之电气，遍于寰宇，激则出现火光……变化者，为电气最能变化物质故也。”
