一、随父倡办团练
享受了不到两年的清静读书生活，1853年初，性喜山林、潜心濂洛之学的杨摛藻再次被延聘到邻县太平的仙源书院任教。
就在这年的正月，太平军以势如破竹之势，顺江而下，进入安徽。十七日，破省城安庆。二月初十日，太平军顺利占领南京，并在这个十朝古都建立太平天国，洪秀全自立为天王，改南京为天京。随后复又占领安徽的安庆、芜湖等沿江重镇。七月份太平军攻破长江以南的贵池、铜陵，迅速占领青阳等地，由此，皖南便成了太平军与清军往复拉锯的战场。而与青阳相邻的石埭，成了战争的前沿。
当此之际，杨摛藻放下仙源书院的教务，赶回石埭，组织地方耆绅欲作抵抗，但没有响应的人。杨摛藻无奈之下，只得返回仙源书院。此时的他作为朝廷命官，岂能坐视不管袖手旁观？岂能僻隅书院苟且偷安？中国的士大夫在国难当头之际，总能不顾个人得失，挺身而出，为国尽忠。
杨摛藻决定，举家北上，到北京复职，随时听候朝廷的调遣。直接北上的青阳、铜陵、贵池等地已被太平军占领，他只得过黄山、入徽州，从祁门出江西，绕道北上。但正在他全家穿越黄山之际，一支太平军从青阳出发，过石埭的广阳、夏村，过郭村的羊栈岭至黟县、祁门而至江西。这样，杨摛藻前面的路已被阻隔，而回头又花费很大，全家只能在黄山的慈光寺暂时安顿下来，以观形势变化。
杨仁山传第二章随父转战军中太平军过石埭县城广阳时，老百姓开城迎接，敲锣打鼓，像迎接子弟兵一样，送茶送水，牛羊犒劳。由此也可见出，腐败的晚清王朝已经不得人心。但是，谁也没有料到太平军的所作所为让老百姓们大吃一惊，虽然他们军纪严明，对老百姓秋毫无犯，但他们每到一个地方，首先要做的三件事却让许多老百姓无法接受，这三件事是：一烧县衙、文庙、图书、鱼鳞册；二烧寺庙、宗祠；三劫狱放掉罪犯。
烧文庙和图书是毁灭文化的行为，崇尚文化是中国老百姓的精神取向，对书籍文字有神圣的顶礼膜拜，写有文字的纸片异常珍惜，当了手纸的，都要捡回来洗干净保存，怎能容得你这样胡作非为？鱼鳞册是全县各户土地登记的档案资料，烧掉它直接损害了当地人的利益，尤其是土地数量多而拥有发言权的地方绅士更加感到太平军的可恶。寺庙和宗祠是人们的信仰场所，不容烧毁。将监狱里的罪犯放出来，岂不是又要祸害社会？
太平军过石埭后，将其作为占领地，派大将古隆贤带领二十多人驻扎下来。但是，一些老百姓已经感到太平军绝不是他们所想像的改朝换代的王者之师。尤其是一些颇有见识的头面人物，他们在一县之中一言九鼎，他们已决心要反抗太平军。
这时候，督办皖南军务的安徽学使沈念农也被朝廷派到。皖南的石埭、太平、旌德等县均为徽州和浙江的门户，是重要的军事要地，此地一破，徽州、浙江将不保。朝廷派沈念农督办皖南军务，驻徽州，阻挡太平军进入浙江。沈学使到达皖南，深知这几个地方的重要性，必须要组织这几个地方的民间力量，共同抵御太平军。于是石埭县令张瘦山、太平县令欧阳藜照等动员地方，组织筹办团练。
身在黄山慈光寺的杨摛藻，得到石埭被太平军占领的消息，病倒在床，高烧不止，神志不醒。寺里的老僧人略懂医术，采集草药，熬汤医治，才阻止了病情向深处发展。县令张瘦山和学使沈念农请他出山共襄其事的书信接二连三地送来时，他也只能由儿子杨仁山代笔回信。他在信中讲到如何办团练时，告诉沈、张两位，要求年龄二十以上、六十以下者，悉数入伍，各分为团，平常各务生业，战时冲锋陷阵，有此力量不怕不御“逆寇”。他强调守住石埭的重要性，旌、太为门户，以石埭为藩篱，藩篱不固则门户坏，门户不守则家室危，所以守石埭就能守住旌、太，守旌、太就是守徽、浙。因此，要以旌、太之勇为石埭壮军威，以徽、浙之军费为石埭助军饷。
要办团练，需要大量经费。广阳城外有良田千顷，历来被视为皖南腹地的粮仓，但近两年，遭受严重干旱，几乎野无青草，良田亦成荒田。现在要组办团练，有钱人和商贾纷纷远走，有的逃到外地，有的隐匿深山坚不肯出，有的事不关己高高挂起。经费和人力皆难组织，在这万难之际，县令张瘦山只得飞书杨摛藻，想以他的乡间威望和地方情缘，以及他的号召力，将一支团练队伍迅速组建起来。
情势迫人，杨摛藻病情稍有好转，就带着儿子杨仁山回到石埭，立即开始组建团练。他要求张瘦山先期出一告示，自身刻责，以诚感人，然后晓以保家卫国的民族大义，令地方豪绅不敢不尽个人的义务。然后，他修书多封，以恳切的言词，召集往日诸友，领头捐资捐物。为起表率作用，他将儿子杨仁山编入练伍之中。于是，民间纷纷响应，石埭数千人的团练队伍即告成立，并开展军事化训练和作战技能的训练。
为了加强皖南的防务，学使沈念农檄邀游府周天受率九个营的兵力抵达徽州。周天受，四川新都人，曾任约为现在师长一级的清军四川总兵。咸丰初，太平天国起兵，他就跟随向荣征战广西，讨伐太平军，转战湖南、湖北、江西，移功至游府，名气很大。
周天受的部队到来以后，杨摛藻立即商请沈学使，要求这支部队驻扎在石埭与青阳交界的战略要地琉璃岭，得到沈学使的同意。但请兵需要费用，这支五千多人的部队驻扎在石埭，每日的费用不是一个小数目，全赖杨摛藻多方奔走，筹资集粮。据石埭县志载，他自出山以后，“劝团练、谋防堵、请兵筹饷，日夜无休息”。
周天受率九营驻扎琉璃岭的崇觉寺内，都司黄某率三营驻乌石垅外面的夏村。自此，石埭县军民共同防御的体系建立起来了。1854年夏天，太平军再次进攻皖南，杨摛藻率团练协助周天受与太平军作战，取得了胜利。七月二十七日，双方激战琉璃岭，太平军战败溃散。
二、父亲的军事思想与游击战术
杨摛藻一边组办团练，请兵筹饷，一边著《泾太石三县联络论》、《兵事论》两篇体现军事战略思想的重要文章，从而使他成为捍卫乡里的灵魂人物。在《泾太石三县联络论》一文中，他重点阐述了各地自保一方，不肯联络出击的弊端。攻左则右不救，攻右则左不救，以致前后左右各受其害而后已。匪侵一室，邻人见之以为事不关己，关门紧闭，殊不知这一家劫后，下一家必轮到自己，何不联合抗击之？太平军猖獗如此，也盖因各省未能联合而顾各保一方，以苟且偷安。贼在湖北时，河南、江西等省自以为安定无事，结果数月之间，已经兵临城下，仓皇失措，不能自支。私己就是祸己，昨日自幸是今日之大不幸，前日苟安是今日大不安。
杨摛藻以这样的战略思想，多方奔走，游说于泾县、太平、石埭、旌德、青阳五县，致书地方能人，从而建立起五县团防，五县视同一体，不分畛域，逆贼到来，共同抗击。五县共同出资出饷，举全部财力物力，投入防御和作战之中。
团防组建以后，如何利用政府正规军和地方团防如何进行联合作战？对此，杨摛藻在《兵事论》一篇中论述得清清楚楚。当时皆以为有重兵防守，即可抗击来敌，万事大吉。但杨摛藻不这样认为，在他看来，防堵必须与主动出击相结合，才能起到积极的作用。防堵可利用民间武装。有地方团防力量进行防堵，正规军就有作为。地方团防缺少训练，作战能力不强，可以用来作防守之用，而正规军熟稔军事，训练有素，应主动出击。逆贼不击不破，不剿不平。有团练防堵，正规军不需要分兵防守，应当合兵以攻，凡逆贼所到之处，皆为军队攻剿之处，迎其头、逼其尾，使敌无暇安稳。而团防有正规军在前，有恃无恐，防堵必最为得力。兵民结合，成其强势，何虑敌不惶惶不安？时间一长，供给不足，必四处逃窜。民团不练不足以御敌，而军队用以防堵不主动出击，就不足以败敌。让敌在所占领之地修战壕、垒工事，征粮收税，做好一切准备，占尽先机，形成巨大威胁，就难以歼灭了。再者，大量正规军用以防堵，敌人不来则无战，亦不知敌人何时来侵？粮饷耗费无以穷期。没有好的待遇，军队内难免不起骚动，兵勇之害也无异于逆贼了。
以上的这些论述，足可见出杨摛藻胸藏韬略，并非一介书生。他多年熟读经史子集，致力于经世致用之学，在战争时期终于派上大用场。在皖南的战场上，正是有他这样一个灵魂人物主导其中，才使得清军与太平军在此地开始了长时期的拉锯战，几乎年年有战事，英勇善战的太平军无法将石、太、泾、旌完全占领，从而保住徽、浙的门户长期不破。
石埭坚固不破，驻扎在青阳的太平军则进出贵池、铜陵、东至等县，强迫征粮收钱。以此数县的财力，十数万担粮食和十数万贯钱财不在话下。杨摛藻及时看到，太平军获此钱粮，势必大张，往后更难与其作战。于是他在忧急之中，修书驻扎琉璃岭的周天受，以《议用游兵书》一文，阐述游击战争思想。他建议：崇觉寺的军队分兵多路，袭击在青阳收钱收粮的太平军，十日一出，或八日一出，无定时，无定所，出没无常。前面袭击，后面埋伏，使太平军不敢追不敢打。将他们所征钱粮纳为我用，以彼之有为我之资，乃兵家之胜算。军营不必移动，但兵不可以不出击。出兵之先，带兵之人强调纪律，不许抢劫民间百姓，表明我军所到之处秋毫不犯，百姓不必恐慌，也不得阻挠，兵民相安无事。如此出击，敌以为我无处不有兵，惊恐不安，也无力应付。如果合力攻击我一股游击军，必使其他地方空虚，而我方则可乘其空虚重创其营。这样做，敌人防我，主动权在我方。如果我方只知坚固防堵，主动权则在他方。游击之战，就是要将主动权从对方手中转到我方手中。
游击战术想必也是古已有之。此时，杨摛藻学而用之。
周天受采纳了这一战术思想，时时出兵，牢牢牵制对方。并于1856年败石达开军。后又在夏村与太平军作战得手。
这些情况可详见《石埭县志备稿》所载杨摛藻族弟杨德亨所写《周提督百禄石埭战功记》一文。
三、辞保不受
1854年农历七月二十七日的琉璃岭大捷以后，督办皖南军务的学使沈念农，即向朝廷奏请保举有功人员。杨摛藻的功劳大，理所当然在保举之列。
杨摛藻得到沈念农申文保举的消息，立即作《辞沈学宪保举书》致沈。在信中他口气平和，极其诚恳，首先他道陈出山的原因：
夫敝邑反正，弟等出山，为一邑当厄，亦以桑梓之地非我父兄，即我子弟，揆之于情，不忍自外，情之所不忍，义之所由起，是以不自顾惜，跪请邻勇，以有二十七日之捷。今者特受此举是利之也，于初心未免刺谬。
杨摛藻在信中表明，自己的初衷是保护桑梓父老乡亲，而非为了升官进爵。接着，杨摛藻进一步阐明取得此次大捷是依靠众人的力量，大家齐心协力，共同奋战，方告成功。大敌当前，未来时势必然还是依靠众人之力。现在让自己与一二人得到保举，让众人的奉献成一二人之美，今后“执事者将何恃以无怠”？这是鼓励人心之举还是涣散人心之具？如果说有功即保，是军队中的做法，那么民间就不必这样做了。民间有一二人被保举有功，而其他人没受到保举必然有意见，今后再也难以同心一致共同御敌了。
最后，他在信中写道：
弟数年来，虽无才足以服众，众颇原谅其诚心，一旦以微劳获此优奖，则心为迹掩，前功转弃，即为弟等谋，亦非计之得也，愿将此禀撤回……矫情之事，岂我辈所为乎？
杨在信中，态度诚恳，意志坚决，分析得当。实情如此，沈学使只得尊其心意，撤下保文。
