白朗军行动迅速，王占元部连敌人的踪影都捕捉不到。王占元自知失职，担心如实上报会激怒袁世凯，于是他想出了一个谎报军情的方法：他致电袁世凯：“白狼进犯铁路，我军迎头痛击，贼军大败，伏尸遍野，仅悍酋熟人步行，敝衣杂入避难人民中逃去。”虽然清剿得不彻底，但袁世凯还是对王占元大大的夸赞了一番，并下令继续清剿白朗军的残余部队。于是，王占元得令后，派遣孙传芳继续清剿白朗军。
1914年8月份，白朗率百余人回宝丰，分散活动。在虎狼爬岭被北洋军围困。突围时负伤，不久，死于石庄。至此，入陕主力白朗军基本消失。留鄂、皖边境的一支军队在副将张洪兴率领下转辗不定。白朗已死，白朗军的主力也被消灭了，只剩下张洪兴所率领的队伍在偏辟乡村活动。
孙传芳得知张洪兴等人的行踪之后，下令追击围剿。这次，他依然采用包围的方法，摸清了白朗军的全部情况后，出其不意的发起进攻，轻而易举的消灭了最后一支白朗起义军。
当王占元得知这一消息时，非常高兴，大笑道：“我没有看错这个孙馨远，有谋有勇，是个人才！”
白朗军被剿灭去除了袁世凯的心头大患，而王占元作为有功之臣，除了身价提高了很多，还可以得到更到的奖赏和封官晋爵。为此，王占元暗自高兴了很多天。
很快，袁世凯得知王占元所带领的第三师立下的奇功，十分高兴，立即传令嘉奖第三师。此时最高兴的就属王占元了，这次剿灭白朗军能得以成功，主要是孙传芳的功劳。于是，他传令下去，召集师部个团长，飞速赶到商城渝令当地军政官员为孙传芳的第六团召开了一个规模十分庞大的庆功嘉奖会，对这个团的官兵人人都给了重奖。对于孙传芳，王占元更是视若英雄。
王占元拍拍孙传芳的肩膀说道：“传芳，这一仗你打得好，打得好！你这个团为我师打出了威风，打出了声望！我已经向北京陆军部为你报喜，向袁大总统为你请功，不日嘉奖令将会发下来！”
孙传芳笑着说：“王师长，这是您的指挥有方，传芳也只是奉命行事。”
“别谦虚。”王占元笑了，说：“这次围剿白朗军多亏了你的策略啊！”
聪明的孙传芳谦虚的说：“这功劳要归全体官兵，若是我一人，定不能完成这次任务。”
“一个军队之所以能打一次漂亮的战役，主要是上级的领导和指挥。而你恰好就是这个出色的指挥者。没有你，就没有这次战役的胜利。”王占元又说：“你就是六团的指挥棒、智慧囊。这次剿匪成功不仅去除了袁大总统的心病，还整理了地方的秩序，这都是你和六团的功劳。如今，可谓是好事连连啊！袁大总统已经下令褒奖咱们三师了。”
很快，王占元和孙传芳就受到了陆军部发出的通令嘉奖。还特别给了孙传芳一顶“骁勇善战”的桂冠。因为陆军部是向全国发出的通令嘉奖，所以，孙传芳成了全军闻名的英雄，王占元也跟着名声大振。
继任中华民国大总统的袁世凯上任不久就暴露了他残暴贪婪，善施权术的秉性。他暗地里派人刺杀了国民党人宋教仁，而后又罢免了国民党籍的柏文蔚、李烈钧、胡汉民三都督，随后，他还实行了专制独裁，破坏了民主共和。孙中山等革命领导人非常气愤，加上国内人民对袁世凯专政的强烈不满，一场革命运动正在酝酿，不久之后就会爆发。
1913年，以孙中山为首的革命党人在赣、苏等地发动讨袁战争。史称“二次革命”或“癸丑赣宁之役”。
轰轰烈烈的革命运动虽然展开了，但由于国民党内部涣散，派别林立，在革命运动中各行其是，不听领袖的指导，意见分歧，大家各抒己见，最后反袁斗争宣告失败。
国民党二次革命失败后，袁世凯的北洋势力乘势向南方拓展。眼见自己的前景一片大好，袁世凯更倒行逆施。下令通缉孙中山、黄兴、李烈钧等革命党人数十人。而此时的孙中山根本不会在国内坐以待毙，他同许多革命党人已经转移去了日本。这样，袁世凯根本不甘心就这样结束此事，他下令解散国民党，废止《约法》，加快了迫害国内的国民党人的步伐。
孙中山于民国2年（1914年）8月到达日本，检讨二次革命的失败。他到达日本后，立即发起组织中华革命党。民国2年10月，开始征求同志，在东京入党的，有胡汉民、钮永建、戴传贤、彭养光等23人。在上海入党的，有蒋中正和张静江2人。其后陆续参加的有林森、吴忠信、谷正伦、邓家彦、丁怀瑾、杨庶堪等人。
在总结二次革命失败的经验和教训之后，孙中山再次下令讨袁，各地的革命党同志得到指令后潜伏各地暗中布置。民国4年10月陈与许崇智奉孙中山命潜伏广东，由东京路经上海，上海同志坚留陈在沪主持反袁工作，许崇智遂上书孙，请准陈留沪，负责一切，孙中山答应，陈乃在沪布置一切。
可以说，袁世凯不得人心的行为注定了自己的垮台。反袁的怒潮并没有随着二次革命的失败而消亡，相反，这怒潮在国内更加汹涌澎湃……
二次革命后的袁世凯得意洋洋，加快了北洋军势力的扩张。他派段祺瑞兼代湖北都督，令王占元率第二师进驻湖北，兼任湖北军务帮办。如今的王占元靠孙传芳步步高升，他心里十分清楚他能升官为湖北军务帮办，主要原因是孙传芳。于是，他打算把孙传芳也带去湖北，并且升任他为第三旅旅长。此时孙传芳与师参谋长何佩溶成为王占元的左右手。
王占元最初为镇压“二次革命”移军信阳的，被任湖北军务帮办后，他带领部队从信阳移军湖北。对于移军武汉，王占元沾沾自喜，这正是他扩大地盘，增强自己实力的计划之一。他有信心能在湖北开拓一片天地，而孙传芳也在湖北意外的收获了他人生中长达10年的多彩岁月。
袁世凯靠北洋军起家，能登上总统之位也是靠着北洋军实现的，因此，他非常重视北洋军。担任大总统期间，他一直着力发展和壮大北洋军。除此之外，他还很重视军事人才，像孙传芳这样的人才他更不会错过，在得到王占元为孙传芳的“请升”报告后，他马上就批准了。就这样，孙传芳被晋升为第二十一混成旅旅长。不久，又被授予陆军少将的军衔。
而立之年的孙传芳就荣升为少将，在袁世凯的北洋军系统中尚不多见。军队里的士兵们也都十分佩服和羡慕，无不称赞其运势好。而孙传芳知道自己树大招风，说话更加谨慎，为人更加圆滑，做事也更加卖力了。他希望有一天能得到更高的军衔，这样才能光宗耀祖。
虽然孙传芳是在王占元的提携下得展才干，但他能进入将军行列对王占元来说犹如猛虎添翼。早在孙传芳晋升的时候，王占元已经晋升过了，他由壮武将军又到襄武将军，并且正式被任命湖北军务帮办。王占元深知自己能快速腾达，除了剿灭白朗军，还有就是保袁有功。
当时袁世凯的心思犹如“司马昭之心路人皆知”，他一心想当中国的皇帝又不敢明目张胆，王占元列名段芝贵等人“劝进电“劝他称帝。云南护国军起义反袁时，王占元在湖北设下防线，为袁效忠到底。1915年10月袁世凯授王占元壮武将军称号，两个月后又授襄武将军、督理湖北军务。王占元非常高兴，称自己的“鸿鹄之志”就要实现。
做皇帝的梦想始终萦绕在袁世凯的心头，为了实现这一梦想，于是开始筹划登基之事。1915年12月初，北京及各省投票推戴一律告竣，上报参政院，并推定参政院为国民代表大会总代表。几天后，举行解决国体总开票。各省国民代表共1993人，赞成君主立宪票正好1993张，没有一票反对，也没有一张废票。各省的推戴书上一致写着：“恭戴今大总统袁世凯为中华帝国皇帝，并以国家最上完全主权奉之于皇帝，承天建极，传之万世。”当场杨度和孙毓筠提议说：“本院前由各省委托为总代表，尤应以总代表名义恭上推戴书。”秘书长拿出准备好的推戴书当众朗读，要求袁世凯“俯顺舆情，登大宝而司牧群生，履至尊而经纶六合”。最后一致通过。
随后，对当时局势心知肚明的袁世凯接到推戴书，立即发回，并申令“另行推戴”。他首先表示：“查约法内载民国之主权，本于国民之全体，既经国民代表大会全体表决，改用君主立宪，本大总统自无讨论之余地。”“惟推戴一举，无任惶骇。本大总统从政垂三十年，……上无裨于国计，下无济于生民，追怀故君，已多惭疚，今若骤跻大位，于心何安？此于道德不能无惭者也。制治保邦，首重大信。民国初建，本大总统曾向参议院宣誓，愿竭力发扬共和，今若帝制自为，则是背弃誓词，此于信誉无可自解者也……望国民代表大会总代表等熟筹审虑，另行推戴，以固国基。”其实袁世凯渴望做皇帝，而“另行推戴”也只是表面上的惺惺作态。
很快，参政院再次举行会议，孙毓筠等提议说，此事既属全国一致，元首亦未便过拂舆情，理应由本院以总代表名义呈递第二次推戴书。在场的人都赞成他的提议。
就这样，秘书厅很快就拟成两千余字长文，参政院继续开会，众人对推戴书均无异议，乃于当晚进呈给袁。在这个推戴书里，称颂袁有经武、匡国、开化、靖难、定乱、交邻等六大“功烈”。文中说：“前此之宣誓，有发扬共和之愿言，此特民国元首循例之词，仅属当时就职仪文之一。当日之誓词根于元首之地位，而元首之地位，根于民国之国体。国体实定于国民之意向，元首当视乎民意为从违。民意共和，则誓词随国体而有效；民意君宪，则誓词亦随国体力变迁。今日者，国民厌弃共和，趋向君宪，则是民意已改，国体已变，民国元首之地位已不复保存，民国元首之誓词当然消灭。凡此皆国民之所自为，固于皇帝渺不相涉者也。”固请袁世凯称帝。眼看时机到了，表面上半推半就的袁世凯欣然称帝。
民国（1916年）4年12月12日一早，袁发表接受帝位的申令：“……天下兴亡，匹夫有责，予之爱国，讵在人后？但亿兆推戴，责任重大，应如何厚利民生？应如何振兴国势？应如何刷新政治跻进文明？种种措置，岂予薄德鲜能所克负荷？前次掬诚陈述，本非故为谦让，实因惴惕交萦，有不能自己者也，乃国民责备愈严，期望愈切，竟使予无以自解，并无可诿避！第创造弘基，事体繁重，洵不可急遽举行，致涉疏率，应饬各部院就本管事务会同详细筹备，一俟筹备完竣，再行呈请施行。凡我国民，各宜安心营业，共谋利福，切勿再存疑虑，妨阻职务，各文武馆吏，尤当靖共尔位，力保治安，用副本大总统轸念民生之至意！除将国民代表大会总代表推戴书，及各省区国民代表推戴书，发交政事堂，并咨复全国国民代表大会总代表代行立法院外，合行宣示，俾众周知！此令。”
袁世凯“登基”称“中华帝国皇帝”后，改“洪宪”元年，元旦起，总统府改名为新华宫，总统府收文处改为奏事处，总统府警卫总指挥处改为大内总指挥处。袁世凯从总统改称为皇帝，实属不伦不类。他的这一行为引起全国人民的反抗，人民掀起了反袁称帝的浪潮。不到4年时间，闹剧便到了高潮：全国反袁怒潮四起，国人无不唾骂袁世凯的劣行。
眼看称帝不成，82天之后，袁世凯被迫下令撤销帝制，改称为总统，又过了75天，即1916年6月6日，袁世凯称帝这一戏剧性事件随着他的归天而尘埃落定。
袁世凯死了，黎元洪继任了大总统。但是黎元洪总统与国务总理段祺瑞有矛盾，于是，1917年7月1日，“鞭子元帅”——张勋乘机又演出了一场复辟清朝帝制的闹剧。段祺瑞以“讨逆”、“再造共和”之功重登国务总理兼陆军总长之宝座。无奈之下，只在总统位子上坐了一年零一个月犯人黎元洪被迫下台，并推荐冯国璋为继任总统。一个月后，冯国璋风光上任。
这一时期的北洋军已经明显地分为两大派系：以安徽合肥人段祺瑞为首的皖系和以直隶河间人冯国璋为首的直系。王占元虽是山东人，却加入了冯国璋的直系，因为他是冯国璋的嫡系。他与赣督陈光远、苏督李纯并称“长江三督”，或者号称“冯氏直系三督”。
身为总统的黎元洪下台了，副总统兼江苏都督的冯国璋理所应当代理总统，一时间，他到达了人生辉煌的顶峰，身边的人羡慕至极。其中最得意的要属王占元了，如今有冯国璋作强硬的后台，自己在湖北的地位和势力也就更加稳固了。
复辟闹剧结束之后，国务总理段祺瑞主张“武力统一”南方，派北洋军南下兴兵，孙中山和陆荣廷组成粤桂湘联军，双方在湖南交战，很快湖南问题演变成为南北战争，这次南北战争这就是历史上着名的“护法战争”。
同时，孙中山还在广州组织军政府，宣布维护约法。面对这一形势，北京政府国务院、陆军部任命鄂督王占元为在湘北洋各军总司令，任命第二师师长、王金镜为副司令，负责抵御从长沙北上的粤桂湘联军。但是，当粤桂湘联军开进岳阳的时候，王金镜胆小怕事，慌忙逃回汉口。就这样，粤桂湘联军轻松的俘虏了第二师的一千多名士兵。听到这个消息时，冯国璋在盛怒之下撤了王金镜的官衔，还剥夺了他的勋章。随后派遣王占元前往对付粤桂湘联军。
王占元带到湖北的军队，基本上是当年北洋二镇的老底子，即他亲自领导的第三协和鲍贵卿领导的第四协，总共6000人。南下消灭白朗起义军，到湖北升任督军，王占元又扩充队伍，目下也只有万人上下。这支军队多以住守卫戍为主，真正的大仗并未经几场。现在，西南数省联为一家，靖国军大军压境，鄂西武当山、荆山、大巴山地区的利川、恩施、咸丰等城镇都被占领了。而摆在王占元面前的任务是抵御粤桂湘联军，他为此一筹莫展，最后想到了孙传芳。
但孙传芳却因为王占元偏心提升了王金镜为第二师的师长，却没有提升跟随他左右出生入死的自己，他心理很不平衡。面对这样的局势，王占元又想到了他，他便找理由推脱了。王占元知道孙传芳对他的做法有意见，于是多次派人来请他，最后，孙传芳才答应作战。
1920年夏，孙传芳率兵迎战，击败湘军，随后凯旋，王占元大喜，任命孙传芳为第二师师长。同一时期，被任命为前敌总司令的吴佩孚，率领第三师南下，与联军对峙，最后夺回岳州，进入长沙。
这一时期的各军阀除了要抵抗革命党人所发起的讨伐战争，还要解决军阀派系中的各种矛盾。北洋军阀当中各个都是好战分子，嗜权如命，每个军阀领袖都想扩大自己的地盘。这就直接导致了军阀混战。各军阀都认为只有混战才能发展和壮大自己的实力。为了权力和地盘，他们不惜付出巨大的代价。
