吴佩孚作为继冯国璋后直系灵魂大将，对南作战(平南)表现了他独具的机智、勇敢、应变之才和不怕死精神。他始而驱兵疾进三湘，所向无敌，势如破竹，过湖北襄樊，经荆州、临利而直下湖北岳阳，与北洋第5、第7师会师于长沙省城，击败石星川、黎天才两部，连战皆捷，“战功卓着”，令世人瞩目；继而陈兵不战，通电罢战主和，对时局多有主张；终而毅然决然地撤防北归，并进而“倒皖反日”，反戈一击，不但左右南北政局和全国局势，而且崭露爱国将领头角。他由军事巨擘而兼政治风云人物，其一举一动颇能引起中外瞩目。
1919年1月，由美、英、法、意、日五国发起并主持，在法国巴黎凡尔赛宫举行了国际和平会议，即巴黎和会。中国作为协约国的成员国，也应邀派代表出席了会议。巴黎和会的结果却是将德国原在山东的一切权益五条件移交于日本。作为战胜国之一的中国，在巴黎和会上竟和战败国一样，沦为任人宰割的俎上鱼肉，这是对和会所标榜的“公理”、“正义”的极大讽刺，充分暴露了和会是列强尤其日本帝国主义侵略贪婪的本质。中国人民在残酷的现实面前，开始从“公理战胜强权”的梦呓中清醒过来，并把对巴黎和会的极度失望和对卖国政府特别是直接经手签订中日密约的曹汝霖、章宗祥、陆宗舆等亲日派的极大愤恨，像火山一样喷发出来。一场规模空前并在中国近现代史上具有划时代意义的伟大爱国运动——五四运动爆发了。在这场运动中，军人吴佩孚接二连三的通电，尤为引人注目，当时曾被人誉为“爱国将军”，甚至“革命将军”。综合吴佩孚在五四时期的通电内容，大致可分为以下几类：
第一，支持学生的爱国运动。1919年6月9日，吴佩孚以北洋第三师全体官兵的名义，在衡阳前线，向北京政府发出通电，坚决反对镇压学生运动。他说：“窃维天视自我民视，天听自我民听，民心即天心也。士为四民之首，士气即民气也。此次外交失败，学生开会力争，全国一致，不约而同。民心民气，概可想见。政府对直言学子……颠倒措施。大好河山，任人宰割，稍有人心，谁无义愤。天下兴亡，匹夫有责，而况学生乎？”并严正指出：“古人以学生言时事者，汉则有刘陶，宋则有陈东……如此直言为有罪，讲演者被逮捕，则是扬汤止沸，势必全国骚然。”“如必谓民气可抑，众口可缄，窃恐众怒难犯，专欲难成。”强烈要求释放被捕爱国学生。
第二，坚持必须争回青岛，拒绝在巴黎和会上签字或补签及鲁案直接交涉。1919年5月24日，当北京政府段祺瑞决定在巴黎和会上签字后，吴佩孚“乘机崛起，首先通电，请罢免曹、陆、章，惩办国贼。”7月1日，吴佩孚联合谭浩明、冯玉祥等通电反对签字：“如果签字，直不啻作茧自缚，饮鸩自杀也。”7月13日，吴又通电反对补签和约：“此后如再有勾串外人，仍请签字割地者，以卖国论。”“日人对华，向用威吓手段，我政府应镇静以待，勿为所屈。”济南惨案发生后，吴再次指出：“山东青岛，系中国公共之领土，非为数人之私产也，况其地当要冲，为我国沿海第一门户，决不能送于外人。故全国人民，同心协力，誓死相争，拒绝签字，非达交还目的不止。”“概青岛得失，为吾国存亡关键”。“查日人通牒援引21条，若直接交涉，是承认其继承德人利权也”。并警告北京政府：“今我政府若与之直接交涉，国体何在？人格安在？我国民不惜以牺牲流血之价值，仅博此拒签之余地，若政府邃与直接交涉，是不啻与国民宣战也。”
第三，强调不惜诉诸武力也要抗击强权维护领土完整和主权独立。痛言北京政府置外患于不顾，从事内战之危害，主张停战议和，整顿南北军队，以强大武力为外交后盾。1919年6月16日，吴佩孚联合南方将领谭延闾、赵恒惕等六十一人，发表了着名的删电，指出：“某等眷怀祖国，义愤填胸，痛禹甸之沉沦，悯华胄之奴隶，圣贤桑梓，染成异族腥膻；齐鲁封疆，遍来淫娃木屐。与其一日纵敌，不若铤而走险；与其强制签字，贻羞万国，毋宁悉索敝赋，背城借一”。
在7月1日通电中表示：“军人卫国，责无旁贷，共制后盾，愿效前驱”。8月25日又联合谭浩明通电呼吁：外侮在即，应早日签订南北议和协定，共同对外。随后，在《致国务院请为敌日之前驱》电文中表示：“概以我国陆军，虽不尽精良，然分别简选，对日尚能敷用。即以驻湘双方军队论之，官兵屡经战事，以绝不至如甲午、庚子之失败，此差堪自信者。倘中日交涉至不得已而诉诸武力，届时敢请联合湘、粤、桂、滇、黔各军，力加整顿，备效前驱”，“移师对外”。
综上所述，足见五四运动时期的吴佩孚，其言行，既与媚目的北京政府形成鲜明的对比，又与全国范围内的“三罢”(罢课、罢工、罢市)斗争相呼应，对于达到“外争主权，内惩国贼”两大目标和促进五四运动的蓬勃发展起到了他人不可替代的助推作用。国民党的机关报上海《民国日报》发表时评，称颂吴佩孚是“赤诚爱国…大义昭然”，他的表现具有“卫国御侮的决心”。毛泽东等发起的新民学会派代表赴衡阳请愿时称赞吴氏：“自将军以战胜之师，首倡议和，次争外交，继斥安福之祸国，信义昭于中外，威望浴于全湘”。中国共产党的早期领导人蔡和森在评价吴佩孚五四时期的表现时也指出：“反对日本帝国主义的侵略，攻击安福、新旧交通系的卖国，无论其动机如何，这些行动总像一个未为国际帝国主义所收买的军阀了。”(《蔡和森文集》人民出版社1980年版)。
1919年6月28日，巴黎和会在凡尔赛宫举行对德和约即《凡尔赛和约》的最后签字仪式。因有损中国主权，中国代表团遂告大会主席将不派代表参加，同时对外发表宣言，申明拒签之理由。7月10日，徐世昌以大总统令形式将中国代表拒签和约的原委通告全国。至此，五四运动的两个直接目标，即“内惩国贼”(罢免曹、章、陆)与“外争主权”(拒签对德和约)，都予以实现了。作为五四运动的支持者，军人吴佩孚也自然留下了他人生中最为光彩的一页。
巴黎和会落幕后，日本虽因中国的拒签和约而受挫，但其侵占中国山东的野心丝毫未减。日本驻华公使频繁挑衅闹事，屡次抗议中国人民的抵制日货运动。1919年12月24日，北京政府通电各省取缔排日货运动。27日，吴佩孚通电予以驳斥。1920年1月19日，日本公使又提出山东问题直接交涉的说帖，随后便不断催逼。媚日的北京政府既不敢坚持拒绝，但又慑于全国人民反对直接交涉的巨大压力，只得通电各省军阀征求意见。这是北京政府的老一套做法，目的在于取得各省军阀的支持，从而得以镇压全国人民的反抗运动。不料这一次，首先就遭到了吴佩孚的通电(2月5日)反对。手握重兵的吴佩孚开了头炮，惯于看眼色的各省军阀也都不敢做北京政府的应声虫。1920年3月31日，北洋派山东籍军人湖北督军王占元、浙江督军卢永祥、四川经略使参谋长潘榘楹、第三师师长吴佩孚、暂编第一师师长张宗昌、第二十九师师长吴俊升、皖北镇守使殷恭先、烟台镇守使朱泮藻、延辉镇守使张培荣、曹州镇守使高风城、陕南镇守使管金聚、山东督军署参谋长张怀斌、山东新军司令何锋钰、东临剿匪总司令张善义、代理淞沪扩军使何丰林、鲁军第一混成旅旅长潘鸿钧、第八混成旅旅长靳云鹗、山西第二混成旅旅长孔繁蔚、直军第二混成旅旅长阎相文、第二十一混成旅旅长孙传芳、第十七混成旅旅长赵荣华、第二十旅旅长荣道一、第五旅旅长董政国、第九旅旅长徐鸿宾、第三补充旅旅长彭寿莘、边防第二旅旅长王得志、第三旅旅长刘鼎臣、湖北第二旅旅长寇英杰，以及团长魏惠田、郭连峰、郝景星、朱宪文、孙桂落、王维蔚、郭敬臣、陈清源、杨清臣、上官建勋、杨长才、吴铴九、张俊峰、潘守蒸、关际云、孟昭月、穆思棠、朱大霈、刘国全、王金钰等，联合通电反对山东问题直接交涉。这么多山东籍军人联合通电，可谓前所未有，其分量之重，可想而知。时任国务总理的靳云鹏接到这个通电，无可奈何说了这样一句话：“你们都是山东人，我又何尝不是山东人！”从此，山东问题直接交涉之议才被搁置。
与此同时，吴佩孚谋划的另一件大事便是撤防北归。吴佩孚撤防的最初动因，一般认为始于1918年5、6月间。那时吴军一路披靡，取岳阳，占长沙，4月24日攻克衡阳后，还赋诗明志云：“元首余威加海内，偏师直捣下衡阳。寄汝南征诸将士，此行关系国存亡。”吴佩孚原本以为凭他的战功，湘督一职非他莫属，却不料段祺瑞把湘督一职留给了张敬尧，这使吴佩孚大为恼火。加之冯国璋屡电致吴，劝说他适可而止，勿为人作嫁。正是直皖两系关系的微妙变化，加之吴对段利用直系南征使其两败俱伤企图的识破，故而从1918年6月起，不仅在衡阳按兵不动，还擅作主张，与南军通款携手起来。先是与湘军代表订立了湖南停战协定，后又与西南军阀之间密电往还信使不断，而且还联合通电共表主张。是年8月，吴佩孚在频频发表通电制造罢兵言和舆论的同时，开始向北京政府提出撤防北归的要求，但一直遭到北京政府特别是段祺瑞的坚决反对。时间到了1920年1月初，吴佩孚根据在衡州会议上与西南同盟各省达成的协议(其中包括南方军政府秘密接济直军六十万元开拔费)，正式向北京政府提出撤防北归的请求，而且归请电报一封接一封，措辞也越来越激烈，大有不达目的誓不罢休之势。1920年3月初，吴佩孚更是先声夺人，开始撤案卷、行装、器具及军佐眷属七百余家三千余人，过长江北返，同时公开发布撤防北归公告，禁止士兵随意请假，以为大部队撤防的前奏。3月21日，段祺瑞授意国务院连电吴佩孚及吴的上司曹锟，重申不准自由行动，企图制止吴部开拔。但吴佩孚毫不让步，表示撤防“志决已定，断无变更余地”，并强调“远戍湘防，瓜期甫届。三载换防不可谓速。阋墙煮豆，何敢言功。既经罢战言和，南北即属一家，非寇仇外患，何须重兵防守。”曹锟也发电说：“现该军军官眷属等业已北上，归志已决，无法挽回，务请速发欠饷及开拔费，并电令湘督拔队接防，迫切待命”。
段祺瑞等眼睁睁看着吴佩孚北撤之意已决且无力阻止，不得已于5月17日发电同意了吴的撤防要求。5月20日，吴佩孚所部第三师及王承斌、阎相文、萧耀南三混成旅撤出湖南防线，水路兼程，迅速北归。5月31日吴军行抵武汉，鄂督王占元接济军饷六十万元，吴佩孚向全体官兵发饷三个月以振士气，并宣告中外：“顺国人之公意，本正气之主张，撤防湘南”，目的是“促进和平，力争外交，以维国体”。从当时的民心向背来看，对吴佩孚的撤兵北归，除皖系外，全国舆论几乎是清一色的支持，沿途各界群众也都争相迎送。吴佩孚的军队在武汉稍事休整，于6月5日继续北上，9日抵达郑州，遂即在直豫之交分布驻扎。至此，吴佩孚撤防完成，并将所部布置到保定至高碑店的京汉铁路沿线，为随即而来的直皖战争做好了军事准备。
从五四运动前后的这段时间看，吴佩孚给国人的印象总体是正面的、好的。他的反对段祺瑞皖系北京政府的一系列举措，如息兵罢战、南北议和、撤兵北归、支持五四运动等，不管其动机如何，客观上都是可圈可点的。直皖战争后，他因力主召开全国国民大会，受到徐世昌、靳云鹏尤其奉系军阀张作霖的强烈反对，他的上司曹锟也不赞成，因而受挫。这使吴佩孚意识到，他自己支配北京政权的条件还远没有成熟，也就是说，他的实力还不能左右当时的政治局面。为了扩充实力，统一天下，他决定把自己统帅的第三师全部撤回其坐镇的洛阳，一面招兵买马，一面埋头练兵。由此，一直到1924年9月第二次直奉战争，“八方风雨会中州”，形成了吴佩孚军旅生涯中登峰造极的鼎盛时期。
