1801年，贝多芬在致韦格勒的信中告诉他：在音乐体裁中除了歌剧及宗教音乐之外，自己都得到了成功。他谈到过自己的愿望，一定要试作歌剧。他终于在1804年有了一个尝试的机会。
贝多芬对于歌剧的知识是很少的。他在尚勒利那儿学了声学写作，从恰罗比尼、米罕尔那儿学习了关于舞台方面的知识，他自己在维也纳歌剧院中也直接看到了不少东西。
歌剧的演出很受大众的欢迎。贝多芬觉得那些人的才能和自己相差得太远了：恰罗比尼在巴黎极受欢迎和尊重，那不勒斯的柏西罗和德累斯顿的比尔等人也如此；在维也纳，这样的人就更多了，如尚勒利、伏格勒、西弗拉特等演出了许多歌剧，获得了极佳的评论。
贝多芬希望自己也能实现创作歌剧的愿望。维也纳的歌剧班管事记得，贝多芬为芭蕾舞《普罗米修斯》谱曲后演出获得成功，他们认为他的名字将引起大众的注意。
自从歌剧成为维也纳仅有的一种音乐剧之后，它即能赚钱了。恰罗比尼在维也纳被称为极有才能的歌剧剧作家。到1803年，恰罗比尼已替巴黎和意大利写了20年歌剧了。葡萄剧院的舒卡尼达和班格剧院的勃朗男爵同时惊奇地发现有一个良好的机会放在自己的手中。
舒卡尼达告知贝多芬，有一出歌剧，也曾是自己想写的，但可以让他来写。贝多芬很高兴地接受了下来，并搬到歌剧院里去住；他们给他一间住所供他自由使用。不久，勃朗男爵将此剧院买了下来，舒卡尼达也被辞退了，但随后，舒卡尼达又被召回来管理这个剧院。贝多芬也重新回到了他的老住所来进行这个歌剧的创作。贝多芬又开始了艰难而持久的搏斗。他得运用丰富的思想和乐器上的特性，以击败他的对手。他已完成了不平凡的草稿，舞台的情况他已熟悉；可是为了演唱的成功，只能将他所器重的管弦乐队降到陪奏的地位，并且还要采取18世纪的歌唱方式，并要求有逼真的动作和戏剧化的气氛。这样，就要求有一个知识很丰富的人才能进行创作，至少要像莫扎特一样。贝多芬有时也能演出奇迹来，但是他的特长却不在这上面。莫扎特经常和歌剧院保持接触，一个无所谓的故事到了他的手上之后，可以从容地变成一首不朽的音乐。贝多芬在歌剧创作中，则勤奋而缓慢地接近着他的目标。
贝多芬所作的第一个剧本是很特别而愉快的。它以法国革命为背景讲述了一个反对暴君，争取自由的动人故事。这类题材很容易使贝多芬将其感情完全融会进去。故事说的是弗洛斯坦被他的政敌关入牢狱之后，他的妻子丽奥诺拉冒了生命的危险，假扮了一个犯人，去营救她的丈夫出狱。这本书十分畅销，共有3个版本。比尔用意大利文的剧本在其本国演出，1804年又在德累斯顿上演。贝多芬约请松立斯纳替自己翻译了此剧本，并将题目更换为《菲岱里奥》（又名《夫妇之爱》），以免与比尔的歌剧相冲突。贝多芬显然不好用女英雄的假名，他为自己两首不同时期所作的序曲题名为《丽奥诺拉序曲》。
贝多芬所要做的并不是营造原文中富有的罗曼蒂克的气氛。他不喜欢那种气氛，而集中精力表现恶势力对这对忠实夫妇的残酷压迫：可怜的弗洛斯坦在牢狱中虚度了他的岁月，没有一丝曙光，他的面容苍白而疲倦。贝多芬也曾一度有过相同的遭遇，因而对男主角表示了极度的同情。丽奥诺拉是女人中的最可贵者，诚挚而幽静，既无犹豫，又不莽撞。
贝多芬很有规律地创作着这部歌剧，保持了他自己的思想，将它不断地发展开来，许多页草稿簿上涂满了只有他才明白的音符。
1805年夏天，贝多芬回到海真道夫去，完成了最后一幕的创作，然后重返维也纳的葡萄剧院里的寓所。他将剧本交给了萨伯斯金·米尔。不久，就公开演出了。
《菲岱里奥》一剧早期的演出中有一段不幸的插曲。当首次的公演日期宣布之后，所有维也纳人的注意力，都转向了一个可怕的事件：法国的军队迅速地跨过了莱茵山谷和德国南部，奥地利已经暴露在他们的面前，奥地利的首都维也纳城自然是拿破仑必攻的目标。乌尔姆在10月20日陷落了，10天以后传来了法军已越过边境的新闻，萨尔斯堡被占领了，法军继续向多瑙河下游推进。
维也纳一个世纪以来从未遭受外来势力的蹂躏，因此在入侵者面前毫无抵抗能力。贵族们将自己的珍宝装在马车上，加入了逃难的行列，拥向勃鲁姆或贝莱斯堡。
11月13日，正是预计公演前的一个星期，法国军队开入了维也纳，拿破仑自我介绍说，他的到来，乃奥国人众望所归，他能保护他们不受俄国野蛮主义的侵害；维也纳人将受到他的礼遇。
市民们不知如何去迎接这位入侵者。法军进入维也纳城的情形简直是一组奇怪的镜头：市民们静静地看着，法国入侵者也保持着沉默；骑兵们炫耀着精美的服饰，为自己发亮的盔甲而骄傲。但是，他们所骑的马却显得很疲倦；步兵满身都是泥浆，胡须也没有刮去，许多人手上拿着面包，枪刺上挑着一块肉，狼吞虎咽般地吃着。队伍长长的，好像没有尽头，日以继夜地向匈牙利前进。有的部队在城外驻扎了下来，长官们占领了城中的皇家宫殿。不远处的炮声隆隆作响。据报告，法国军队正在和俄军进行激烈的交战，从奥地利向南去的法军则被意大利人消灭了……但是，这些都未能被证实，因为新闻也受到了严格的检查；所不能遮掩的事实则是法军的伤兵成群结队地从前线撤了下来，但他们也不能提供准确的消息。村庄被毁坏了，人民住在破房子里，在挨饿……
长官处命令市民们不要管战事进行得如何，同时忘记他们所遇到的困难，而像往常一样地生活。快乐的人在公园里游玩，宫廷剧院被命令重新开演，在占领前的一个晚上还演出了《奥赛罗》，但没有一个观众。《菲岱里奥》演出后，接着是恰罗比尼的歌剧。
《菲岱里奥》的演出当然并没有使人感到惊奇，更不必对它抱有期望，贝多芬的朋友差不多都离开了此地，有的也在忙着别的事情。演出的节目是不固定的，战争给维也纳带来了不幸，贝多芬可以从巴斯瓜拉蒂的房屋的窗口看到海真道夫和舒伯伦公园。不久前的炎热的天气里，贝多芬在这里构思了《菲岱里奥》；而现在，舒伯伦是被重兵守卫着，因为拿破仑在那里接见各地的代表。拿破仑不知道这出歌剧的诞生地正是在那皇宫的窗下，那儿现在却站着哨兵；他绝不会知道：一个矮小而热情的作曲家曾经在一首交响曲上题有“波拿巴”的字样，并对他充满着希望；而这位作曲家眼下却又静静地望着遭受蹂躏的皇宫，在深深地思索着。
这位作曲家的力量和对人类的影响，远比拿破仑大，但拿破仑对他不感兴趣。在拿破仑的眼中，音乐只不过是暂时松弛一下神经和给人快乐的东西，只有恰罗比尼比较合他的口味。他之所以对恰罗比尼产生好感，不仅只是恰罗比尼外表好看些，而且也是因为在他的四周需要一些文化艺术的点缀。
1805年11月20日，《菲岱里奥》首次在法国军官面前演出。这是因为剧院受命重新开演，而此时又没有别的剧目可供演出。
然而，法国军官们只愿意听一些轻松而华丽的音乐，而不愿意看到这种情绪低沉的歌剧，悲痛的故事使他们心里不舒服。
第二天晚上，从爱丁堡来了一位年轻的医生亨利·里弗。他描述了观看《菲岱里奥》时的情形：“贝多芬管理着钢琴。他是一个矮小黝黑的青年，戴了一副眼镜。”在里弗的感觉中，该剧的剧情是沉闷和罗曼蒂克的混合物，音乐是值得称赞的。许多人误以为贝多芬写了一出愚蠢的歌剧。没有人看到，这部歌剧已铺开了不可低估的成功之路。
到了12月份，“短暂的不幸时期”已经过去了。勃朗男爵决心让此歌剧重演一次，并估计最初花去的费用可能赚回；但他觉得第一幕太松散，需要删去。他在里区诺斯基的家中安排了一个集会，表演完这幕之后，众人就与贝多芬讨论。说来有趣，伟大的作曲家从来不允许别人对他的作品发问；对于舞台上的种种问题，他是从来不请教别人的。而这次，他却很谦虚地接受了别人的提议。
剧院里的屈拉斯加和米尔也来到了里区诺斯基的家中，克莱蒙蒂为小提琴的首席，柯里兰奥的作者范·柯林、编剧兰加为文学指导，还有男中音洛格尔——一个只有20岁的青年人，卡尔·范·贝多芬和剧院的指挥西法拉特也是贝多芬的朋友，当然是要到场的。
洛格尔记下了当时所见的情形“米尔替我准备了即将演出的手续，我在第一幕中要出现三次。我到维也纳也只有一个较为短暂的时期，在这里，我第一次遇到了贝多芬。当全剧演出进行的时候，我们都直接参加了工作。里区诺斯基弹着大钢琴，克莱蒙蒂坐在房间的一角，用小提琴伴奏着全剧的主题音乐，时而又独自换奏其他的乐器——他的这种特有的才能，其他人都知道，不感到惊奇，只有我一个人例外。米尔和我担任了演唱，他唱低音，我唱高音，我们尽可能唱得好些。虽然贝多芬的朋友尽力为他做着演出的准备工作，但他们却从没听过贝多芬表示感谢的话。里区诺斯基简直是贝多芬的第二个母亲，各位朋友也绝对信任他。”
贝多芬尽了比平时加倍的努力来改正这部歌剧的失误，而修改后的效果的确很好。
洛格尔接着作了如下描述：“经过了不断的努力，从上午7点钟起一直忙得过了下午1点钟，结果终于将其中的3段删掉，而我们已精疲力尽，又饥又渴；然后，大家又进了一顿丰盛的晚餐来恢复精神。没有人更比贝多芬那样高兴和快乐了。他的愤怒为欢乐所替代，他坐在我的对面，看着我，极诚恳地端给我一个盆子，问我吃些什么？我回答说不知道。他像狮子般地吼了起来：‘他狼吞虎咽，却不知道吃了些什么东西！嗨！嗨！嗨！’”
司蒂芬·冯·勃朗宁将剧中的台词作了必要的缩减，而贝多芬也将舞台上不必要的场面删去了。他将三幕改成了两幕，同时被催促着去重新写作剧前的这首序曲，拟使用的是丽奥诺拉序曲第二首。他忘记了别人的忠告，对他说若能按规定做，则他所深爱的《菲岱里奥》一剧将使他成为成功的歌剧作曲家，那也正是他所期望的。但他不愿意离开他所钟爱的管弦乐队，他在那里发挥出了真正的力量，他作了一首协奏式的序曲，而且比旧作更为有力、更有生气。这首新的序曲（第三首）偏离了剧院对此剧的要求，与第二首有相冲突之处，它更加交响乐化了。之后，他没有再作第四首，因为他觉得第三首已经很满意了。
《菲岱里奥》经过重新整理以后，预备作第二次上演，在第一天公演时（3月29日），似乎有受到欢迎的迹象，但事情的变化却不像预计的那样好。第二次公演，贝多芬就拒绝担任指挥，他说因为乐队不注意自己的指挥在演奏。
经过这番公演之后，这部歌剧的演出活动就停止了。但《菲岱里奥》停演之时，同时也出现了不利于它的公告，说他的序曲是绝对禁忌的。
勃朗宁将过失归咎于乐队不听作曲家的指挥。人们很容易想象得到贝多芬是如何的不快和愤怒。
到了夏季，《菲岱里奥》又重新上演，尽管观众已有所增加，但是，贝多芬却深信没有按他自己的原意在演出。他到勃朗男爵的办公室提出了抗议，虽经男爵再三解释，也不能消除贝多芬的疑心病。
“我的剧本”，贝多芬吼道：“立刻归还我的剧本，以后再也不准它演出！”
男爵按了一下铃，命令将剧本立刻归还给原作者。贝多芬暂时关上了他那一度勃发的歌剧创作的雄心壮志之门。贝多芬能够很骄傲地告诉自己，他所写的东西已经能得到外界极佳的评价。他已熟知了这条道路，甚至刚开始学习的时候就知道了。贝多芬告诉男爵他不是为群众而作的，但他还不如说，他还没有能完全把握住自己的思想；他要等候思想的渐渐长大，并发展到较为成熟的地步方能为群众而写。
《菲岱里奥》终于在六年之后为人们所普遍了解。
贝多芬为了使这部戏能圆满地演出整整花去了10年光阴。自1803年末，他写成草稿，一直到1814年完成了第二次修改，从来没有一首乐曲值得他耗费这么多的时日。当他一病不起的时候，将《菲岱里奥》的手稿送给了辛德勒，上面写着：“我所有的朋友，这使我付出了最大的代价，带给了我极度的忧郁；这也是使我最怜爱它的一个原因。”
