386年十月，苻丕兵败被杀。十一月，苻丕的尚书寇遗奉苻丕之子渤海王苻懿、济北王苻昶从杏城来投奔苻登。苻登才得知苻丕的死讯，于是为苻丕发丧穿孝服守孝，三军都穿白色丧服。苻登请立苻懿为主，众人都说：“渤海王虽然是先帝之子，但是年纪太小，不堪承担多难之事。国乱而立年长之君，是《春秋》所载。三虏相连僭称帝号，贼军强盛，豺狼忘恩负义之人，到处都是，自古以来极端的厄运，没有比现在更厉害的了。大王在西州作战，如凤鸟在秦、陇飞翔，偏师一接战，姚苌溃逃，一战之功，可说是光照天地。应当如龙飞跃奋发武威，拯救旧都，以社稷宗庙为先，不可只顾曹臧、吴札那样的微末节义，而失去谋取国运之机，不建复兴帝业之业。”于是苻登即皇帝位，在境内大赦，改年号为太初。
十二月，苻登在军中立苻坚的牌位，载在有屏盖的车中，用鸟羽连缀的青盖作车盖，车上竖黄旗，用武贲勇士三百人护卫，将要作战必定告请，凡是想做什么，启奏之后再施行。修缮兵甲，将率军向东，就禀告苻坚的牌位说：“曾孙皇帝臣苻登，凭着太皇帝之灵恭敬地登上宝位。从前五将的灾难，贼羌肆害圣身，实在是苻登的罪过。现在集合义军，有五万余众，精甲劲兵，足以建功，年成丰登，足以供给军用。即日如流星闪电，直扑贼庭，奋不顾身，抱定必死的决心，因失职失败的时候怎能上报皇帝的大冤，下雪臣子的大耻。请皇帝的神灵，降临监督忠诚之志。”因而抽泣流泪。将士无不悲痛恸哭，都在长矛镗甲上刻上“死休”字样，表示决一死战的决心。每次作战用长矛钩刃列成方圆大阵，知道阵势的厚薄，从中分配布置将士，所以人自为战，所向无敌。
当初，长安将要陷落时，苻坚的中垒将军徐嵩、屯骑校尉胡空各聚众五千人，依据险阻修筑堡垒保全自己，接受姚苌授予的官爵。到姚苌杀苻坚时，徐嵩等用王者的礼节把苻坚葬在两个堡垒之间。到此时，都率众向苻登投降。拜任徐嵩为镇军将军、雍州刺史，胡空为辅国将军、京兆尹。苻登又用天子之礼改葬苻坚。太元十二年（前秦太初二年，387年）正月，立其妻毛氏为皇后，堂弟苻懿为皇太弟。派使者拜苻纂为使持节、侍中、都督中外诸军事、太师，领大司马，进封为鲁王，苻纂弟苻师奴为抚军大将军、并州牧、朔方公。苻纂对使者发怒说：“渤海王是世祖之孙，先帝之子，南安王为什么不立他而自称皇帝？”苻纂的长史王旅劝谏说：“南安王已经即位，必然没有中途改变的道理。贼虏还没平定，不能在宗室内部自相仇视，愿大王效法光武帝刘秀推崇圣公刘玄之义，剿灭二虏之后，再从长计议。”苻纂才接受任命。于是贰县的虏帅彭沛谷、屠各董成、张龙世、新平羌雷恶地等都响应苻登，有十多万人。苻纂派苻师奴进攻上郡羌首领金大黑、金洛生，金大黑等迎战，被打得大败，斩首五千八百人。
苻纂在泾阳击败姚硕德，姚苌从阴密抵御苻纂，苻纂退兵屯于敷陆。窦冲进攻姚苌的沂、雍两城，将其攻克，斩杀他的将军姚元平、张略等。又与姚苌在汧东交战，被姚苌击败。苻登在瓦亭驻扎。姚苌进攻并攻陷彭沛谷堡垒，彭沛谷逃奔杏城，姚苌转移到阴密。苻登的征虏将军、冯翊太守兰犊率两万军从频阳进入和宁，与苻纂首尾呼应，将要谋取长安。苻师奴劝其兄苻纂称帝号，苻纂不同意，苻师奴就杀了苻纂，自立为秦公。兰犊与他断绝往来，结果都被姚苌击败。
同年（387年）九月，苻登进攻占据胡空堡，戎夏之人来归附的有十余万。姚苌派他的将军姚方成攻陷了徐嵩堡垒，徐嵩被杀，众军士全部被活埋。太元十三年（前秦太初三年，388年）二月，苻登率军下陇进入朝那，姚苌依据武都与他相持，多次交战互有胜负。苻登军中缺粮大饥，采收桑葚给士兵吃。八月，立其子苻崇为皇太子，苻弁为南安王，苻尚为北海王。十月，姚苌退回安定。苻登到新平获取军粮，留下大军在胡空堡，率骑兵万余人包围姚苌营寨，在四面放声大哭，哀声震撼人心。姚苌很厌恶，就令三军也痛哭与苻登军相应，苻登就率军退走了。
太元十四年（前秦太初四年，389年）姚苌因苻登屡战屡胜，认为苻坚有神显灵，也在军中设立苻坚的牌位祈求。苻登进兵攻击姚苌，不久他登上楼车对姚苌说：“从古到今，哪有杀了君王又为君王立神像求福的，想从中得到什么好处吗！”大叫说：“杀君之贼姚苌你出来，我和你决斗，不要枉害无辜之人！”姚苌害怕不敢答应。姚苌自从立了苻坚的神像后，作战不见有利，军中每夜都惊恐骚动，就急促地击鼓把神像的头斩下送给苻登。
苻登的将军窦洛、窦于等谋反被发觉，出奔到姚苌那里。苻登进兵征讨彭池不克，进攻弥姐营及繁川各堡垒，都攻克了。姚苌连战连败，就派他的中军姚崇袭击大界，苻登率军截击，在安丘大败姚崇，俘虏斩杀两万五千人。进兵在平凉攻击姚苌部将吴忠、唐匡，攻克了平凉，任尚书苻硕原为前禁将军、灭羌校尉，戍守平凉。苻登进据苟头原以逼安定。姚苌率三万骑兵夜袭大界营，将其攻陷，杀了苻登的妻子毛氏及其子苻弁、苻尚，擒获名将数十人，驱逐掳掠男女五万余人而离去。
十月，苻登收集余兵，退据胡空堡，派使者送诏书加窦冲为大司马、骠骑将军、前锋大都督、都督陇东诸军事，杨定为左丞相、上大将军、都督中外诸军事，杨壁为大将军、都督陇右诸军事。派窦冲率现有之兵为先驱，从繁川奔赴长安。苻登率军从新平迳直往据新丰的千户固。派杨定率陇上诸军为后续，杨璧留守仇池。又令他的并州刺史杨政、冀州刺史杨楷率所部大举在长安会合。姚苌派遣他的将军王破虏到秦州攻占地方，杨定与王破虏在清水的格奴坂交战，大败王破虏。苻登在鸯泉堡进攻张龙世，姚苌去援救他，苻登率军退走。姚苌秘密派他的部将任瓫、宗度假装作内应，派使者招苻登，说要开城门接应他进来。苻登信以为真。雷恶地奔来对苻登说：“姚苌计谋多端，善于操纵人，必定设下奸计，希望深思熟虑。”苻登就停下来了。姚苌听说雷恶地到了苻登那里，对众将说：“这个羌人很有奸智，现在他到了苻登那里，事情必定不成了。”苻登听说姚苌悬起城门等他中计，大惊，对左右之人说：“雷征东大概是圣人吧！没有此公，朕几乎被小人误了。”姚苌攻陷新罗堡。姚苌的扶风太守齐益男投奔苻登。苻登的将军路柴、强武等都率众向姚苌投降。苻登在陇东攻击姚苌部将张业生，姚苌去救援，不胜而退兵。苻登的将军魏褐飞在杏城攻击姚当成，被姚苌杀死。
太元十五年（前秦太初五年，390年），冯翊人郭质在广乡起兵响应苻登，在三辅附近地区传发檄文，众人都同意。只有郑县人苟曜不听，聚集几千人响应姚苌。苻登任郭质为平东将军、冯翊太守。郭质派部将讨伐苟曜，大败而回。郭质就向东结引杨楷，作为声援，又与苟曜在郑东交战，被苟曜击败，于是归附姚苌，姚苌任他为将军，郭质手下的人都溃散了。
太元十六年（前秦太初六年，391年）三月，苻登从雍州到范氏堡进攻姚苌部将金温，攻克好，于是渡过渭水，到段氏堡进攻姚苌的京兆太守韦范，没有攻克，进据曲牢。苟曜有一万军，据守逆立堡，暗中与苻登联络响应，苻登离开曲牢、繁川，到马头愿驻扎。姚苌率骑兵来拒战，大战击败了苻登，斩了苻登的尚书吴忠，进兵攻新平。姚苌率军来救援，苻登率兵退去，又进攻安定，被姚苌击败，占据路承堡。
太元十七年（前秦太初七年，392年）二月，姚苌病重。七月，苻登听说苻苌患病，就厉兵秣马，禀告苻坚的牌位说：“曾孙苻登自从受任执戈以来，将近十二年，一向得到上天赐福保佑，皇帝明察降下哀怜，所向必胜，贼军如冰雪消融般被摧垮。现在太皇帝之灵降下灾病到逆羌身上，根据情形推算，丑虏必将不能复原了。苻登当趁他毙命之机，顺行上天的诛罚，拯拔恢复皇帝的棺椁，向太庙谢罪。”于是在境内大赦，百官进位二等。与姚苌部将姚崇在清水争夺麦子，屡次被姚崇击败。进逼安定，离城九十余里。八月，姚苌的病稍为好一些，率军抵御苻登，苻登离营迎击姚苌，姚苌另派他的部将姚熙隆去进攻苻登的营寨，苻登恐惧，退回。姚苌连夜率军过了苻登的营寨三十多里，追踪在苻登后面。早晨守望的士兵报告说：“贼军诸营寨都空了，不知去向。”苻登吃惊地说：“这是什么人呀？走了使我不知，来了使我不觉，说他快死了，忽然又来了，朕和这个羌人同在一个世上，多么的不幸！”于是罢兵回雍城。
太元十八年（前秦太初八年，393年），苻登任窦冲为右丞相。不久后窦冲反叛，自称秦王，建立年号。苻登到野人堡进攻他，窦冲向姚苌求救，姚苌派他的太子姚兴进攻胡空堡以援救窦冲。苻登率军回奔胡空堡，窦冲于是与姚苌联合。
太元十九年（前秦太初九年，394年）正月，苻苌去世，苻登听说后高兴地说：“姚兴小儿，我将用刑法鞭挞他。”于是大赦，率全军向东。二月，进攻屠各姚奴、帛蒲两个堡垒，并将其攻克，从甘泉向关中进兵。四月，姚兴追赶苻登落后几十里，苻登从六陌奔向废桥，姚兴的部将尹纬占据桥头等待苻登。苻登夺不到水，军人渴死了十分之二三。与尹纬大战，被尹纬击败，这天夜里军队溃散，苻登单人匹马逃奔雍城。
当初，苻登东征时，留下其弟司徒苻广守雍州，太子苻崇守胡空堡。苻广、苻崇听说苻登战败，就出逃了，军众溃散。同月（394年四月），苻登到了雍城后，无家可归，于是奔往平凉，收集残余人马进了马毛山。六月，姚兴率军进攻他，苻登派其子汝阴王苻宗到西秦乞伏乾归那里作人质，结为婚姻请求援救，乞伏乾归派两万骑兵救苻登。苻登率军出迎，与姚兴在山南交战，被姚兴击败，苻登被杀。苻登共在位九年，死时五十二岁。苻崇奔往湟中即位，改年号为延初。
太元十九年（前秦太初九年，394年）十月，苻崇因遭西秦武元王乞伏乾归所驱逐，于是投奔陇西王杨定。杨定留下司马邵强守卫秦州，自己亲自统领两万大军与苻崇一起进攻乞伏乾归，乞伏乾归则派遣凉州牧乞伏轲弹、秦州牧乞伏益州、立义将军越质诘归统领三万骑兵前往抵御。杨定与乞伏益州在平川一带展开激战，将乞伏益州打得大败，乞伏轲弹和越质诘归带着部队向后撤退。不久，乞伏轲弹再次率领骑兵挺进，与杨定军作战，乞伏益州与越质诘归亦率部紧紧跟上，将杨定的兵马打得大败，并杀死杨定和苻崇，斩杀他们的部众一万七千多人，自此前秦政权彻底灭亡。
