雍正八年（1730年），清军与准噶尔部发生冲突，导致了大规模的激战。雍正九年（1731年）七月，傅尔丹率领的部队在进军的路上中了敌军的埋伏，打了一个大败仗。清朝政府任命顺承郡王锡保为靖边大将军，于九月，在鄂登楚勒打败了准噶尔的部队，准噶尔的首领噶尔丹策凌逃跑了。但他仍不甘心，总想侵占喀尔喀，扩大势力。雍正十年（1732年）六月，清朝军队会同喀尔喀部的蒙古骑兵在光显寺与噶尔丹策凌的交战中取得了重大的胜利。光显寺之战沉重打击了准噶尔叛军。由于形势所逼，噶尔丹策凌于雍正十一年（1733年）底向清政府求和。第二年，清政府派遣使者到准噶尔去议和，希望准噶尔部落与喀尔喀蒙古部落划清各自游牧的界限范围，永久停止武力相争。经过多次谈判，在乾隆四年（1739年），清政府才和噶尔丹策凌签订了协议。以阿尔泰山为界，准噶尔部在阿尔泰山以西游牧，喀尔喀部在阿尔泰山以东游牧。清政府与准噶尔部割据势力之间的矛盾暂时得到缓和，以后维持了20年的和平局面。
雍正五年（1727年）策妄阿拉布坦死去，他的儿子噶尔丹策凌继承了他的职位。这时雍正帝的统治地位已经比较巩固，就开始制订计划准备讨伐准噶尔。雍正七年（1729年），清政府以“准噶尔隐藏青海叛乱分子罗卜藏丹津会留下不安定因素，一定会扰乱青海和唐古特的安宁”为理由，决定两路进军西征准噶尔。派领侍卫内大臣、三等公傅尔丹为靖边大将军，屯兵阿尔泰，作为北路军营；派川陕总督、三等公岳钟琪为宁远大将军，屯兵巴里坤，作为西路军营。正当两路大军准备出师之际，噶尔丹策凌遣特使特磊到达岳钟琪军营，说罗藏丹津因为要谋害噶尔丹策凌的事被人发现，本来已被押送清政府，但噶尔丹策凌听到清兵要向西进兵的消息后，又把他押回了伊犁。特磊表示准噶尔希望与清政府和解。岳钟琪把这一情况奏报雍正帝，雍正帝决定暂缓出兵，并命令傅尔丹、岳钟琪回京议事，西路军务暂时由四川提督、军务叁赞纪成斌代理。纪成斌命令副参领查廪率士兵到科舍图卡伦一带放驼马。没想到查廪天性胆小怕事，又怕低温严寒，他竟然把驼马交给了手下的五十名奴仆去放牧，“而自己率领手下的士兵在山谷里躲避严寒，每天聚众饮酒，并带着妓女来取乐”。雍正八年（1730年）十月，噶尔丹策凌乘着清军没有防备，派宰桑杩木特带领2万兵，偷袭科舍图卡伦，准备截走驼马。清军总兵樊廷、副将冶大雄等人领兵2000人与准噶尔部队展开了激烈的战斗，接着，总兵张元佐等人又领兵前来援助，一起夹击准噶尔部队。经过七天七夜的艰苦战斗，杩木特被迫退走，准噶尔军队抢走的驼马大部分也被清军抢回来了。从此以后，噶尔丹策凌与清政府矛盾激化。
雍正九年（1731年）四月，傅尔丹奉皇帝的命令又回到科布多前线领兵西征。六月，噶尔丹策凌派了2000名兵士围攻鲁克察克（今吐鲁番东南）、哈喇和卓等地，企图牵制西路军营，同时派大小策凌敦多卜领兵3万进攻北路军营。噶尔丹策凌在进攻前先派人来到傅尔丹的军营谎称投降，说准噶尔目前兵力分散，内部又有人谋反，只有小策凌敦多卜率兵东来。傅尔丹虽然勇敢善战却没有谋略，没有详细核查情况的真伪，就认为这是天赐的大好机会，“乘着准噶尔军队不防备，正好迅速迎上前去打一个漂亮仗”，于是贸然发兵，前往袭击准噶尔军。这时候大策凌敦多卜派少数的兵和牲畜在博克托岭引诱清军上钩，而把主力部队2万人布置在山谷里设置埋伏。傅尔丹先派4000多名士兵去袭击博克托岭，接着亲自率领大队人马跟着前进。清军初战告捷，穷追不舍，全部进入埋伏圈。傅尔丹和准噶尔部队多日连续作战不断失利，就转移到和通淖尔。准噶尔军队乘机追杀，直接进攻清军的大本营。傅尔丹只好边战斗边撤退，几天后才狼狈地逃回了科布多，断断续续回来的士兵这时才只有2000多人。这一仗4万清兵几乎全军覆灭，几十名战将战死，这是清军在和准噶尔部队作战当中损失最大的一次。准噶尔兵大获全胜，带着大批俘虏、辎重返回。
和通淖尔之役后，雍正帝降傅尔丹为振武将军，令顺承郡王锡保为靖边大将军。还以马尔赛为抚远大将军，屯驻归化城，加强防御。雍正皇帝指示说：现在先不要提进兵的事，应该加倍注意防守的问题。和清政府采取的防守策略相反，噶尔丹策凌在和通淖尔战役后，“一旦得志，就更加猖狂”，他企图趁清军失败、士气低落的机会，大规模掠夺喀尔喀蒙古。和通淖尔之役后不久，噶尔丹策凌即派大小策凌敦多卜率兵屯驻哈喇额尔齐斯河与华额尔齐斯河。八月，进一步渡过额尔齐斯河，进军到了索尔华乌拉克沁地区。噶尔丹策凌命3000名士兵作为援军，命令大小策凌敦多卜率兵2.6万人，绕过科布多的清军，进军到了克尔伦。大策凌敦多卜屯兵苏克阿勒达呼，而以小策凌敦多卜之子曼济等分掠克尔伦、鄂尔海、喀喇乌苏等地。九月，顺承郡王锡保命喀尔喀蒙古副将军、亲王丹津多尔济以及额驸、郡王策凌领兵一起进攻准噶尔军。丹津多尔济和策凌派台吉巴海夜里袭击了大策凌敦多卜的营地，并且预先设好了计谋引诱准噶尔军队上钩。大策凌敦多卜的部下锡喇巴图鲁等人带领3000人追击清军，追到鄂登楚勒时，丹津多尔济和策凌列出了阵势迎敌，彻底打败了准噶尔军队，杀了准噶尔部队的勇将喀喇巴图鲁，锡喇巴图鲁也身负重伤。准噶尔军被迫撤退，大策凌敦多卜移营西里山。不久，曼济也被清军击败，准噶尔军于是从哈卜塔克、拜塔克一路退走。
噶尔丹策凌进攻喀尔喀蒙古没有获得成功，在鄂登楚勒之战中又受到了一个小挫折，因而很不甘心。他仗着自己的精锐部队没有受到重大损失，决定再次进攻清军，扰掠喀尔喀蒙古。雍正十年（1732年）正月，噶尔丹策凌派色布腾和策凌那木扎尔率领士兵2000人，从乌鲁木齐进攻哈密塔勒纳沁地区，在二堡与清军相遇，被清军总兵曹勃击退。噶尔丹策凌异常恼怒，七月，亲率大军越过阿尔泰山，在乌逊珠勒地方打败了傅尔丹，然后绕过科布多，经过山南进军到杭爱山，抢掠哲布尊丹巴胡图克图所属的地区。当时哲布尊丹巴已移帐内蒙古多伦泊，准噶尔军没有什么重大收获。于是，噶尔丹策凌在得知额驸策凌已率军赴本博图山消息后，便派小策凌敦多卜引军突袭策凌的塔密尔河游牧地，“攻破了营寨，抓住了策凌的妻子儿女，驱赶着他的数万头牛羊撤军”。策凌听到这个消息，非常气愤，“他割断了自己的头发和所骑的战马的马尾巴，发誓要报仇”。他马上调集了喀尔喀各部落的2万名蒙古兵，飞快地去追赶准噶尔的部队。同时派人送信给顺承郡王锡保，请求派军夹攻。策凌在半夜里超小道靠近了准噶尔的军营，第二天黎明时，率领士兵“从天而降，像风雨一样迅速”，没有一点准备的准噶尔军队，“士兵来不及拿弓箭，战马来不及披上铁甲”，慌慌张张地迎战，被打败后逃跑了。策凌紧迫不舍，直追至鄂尔昆河之额尔德尼昭地方。额尔德尼昭汉文名字叫光显寺，在寺的右面是山，左面是水，“道路狭窄不能让太多的人通过，中间又有个大庙挡住了道路，士兵们无路可走”。策凌看到准噶尔军队朝这一方向逃跑，便先派兵抢占了险要的山隘等有利地势，布置下了伏兵。在河的北岸他派了少量的满洲兵假装拦截，而实际上是诱兵之计，而把主力部队一万多人埋伏在山的一侧，以吹胡笳为信号统一行动。在傍晚的时候，大批的准噶尔士兵蜂拥而至，满洲兵丢盔弃甲地逃跑，准噶尔士兵争先恐后地追赶这些败逃的清兵。突然，“响起了胡笳声，立刻树起的战旗布满了整个山谷之中”。策凌把帽子扔在了地上，表示不打败这些叛军就不再戴帽子，率领埋伏的部队冲杀过去。准噶尔部队一片混乱，丢下盔甲飞快地逃跑，“准噶尔士兵的尸体堆满了山谷，河里流的水都被染红了”。准军残部沿河而逃。策凌一面率兵紧迫，一面移檄沿途将领截击准兵。这时驻守拜达里克城的是马尔赛，策凌要求截击准噶尔叛军败退的檄文一到，副将军达尔济就集合起军队准备出发，马尔赛不允许。副都统傅鼐跪下请求出兵，马尔赛还是不允许。站在城上的士兵看到一片混乱的准噶尔叛军骑兵从城下逃走。第二天，参赞胡琳开城门追击时，准噶尔叛军已逃得很远了。额尔德尼昭大捷后，雍正皇帝大大地封赏了策凌，赐给了他“超勇”的称号，晋升他为亲王，封他为定边左副将军的职务，驻守科布多，办理军务。马尔赛等人则因为贻误军机罪被砍头。
额尔德尼昭之役中，准噶尔军损失极其惨重，死伤人数近万人，重要物品丧失殆尽。人民生计窘困，怨声载道。在形势逼迫下，雍正十一年（1733年）冬，噶尔丹策凌向清政府求和。
清政府在用兵准噶尔的几年里，人力物力也大量消耗。用兵前，库存帑银五六千万两，用兵后，只有2000多万两。翰林院检讨周彬上疏，认为西征准噶尔造成“政府钱粮供应紧张”，应当迅速撤兵，“军事行动一律停下来”，“让天下百姓缓和一下”，“使百姓们得到休养生息”。雍正帝本人也感到出兵很久了却效果不大，不好再打下去，于是宣布暂停进兵，并召策凌、查郎阿进京与王大臣等一起商议军事。讨论中，主战主和，众说不一。傅鼐叩头表示议和是“天下人的幸福”。雍正十二年（1734年）七月，雍正帝下决心议和，派傅鼐、内阁学士阿克敦、副都统罗密等前往准噶尔传达皇帝的旨意，希望准噶尔与喀尔喀明确划分游牧地区范围的分界线，永远停止军事行动。傅鼐和阿克敦到达准噶尔后，受到热烈欢迎和热情款待。考虑到与准噶尔议和已经开始，形势趋于缓和，雍正十三年（1735年）上半年，雍正帝批准了西北两路的撤军计划，只留少量兵力进行防守。北路筑城于鄂尔昆河，留满洲、蒙古兵屯田戍守；西路则用绿旗兵驻哈密和巴里坤。乾隆四年（1739年），清政府终于同噶尔丹策凌达成协议，准噶尔部落不能到阿尔泰山以东去放牧，喀尔喀部落也不准到阿尔泰山以西去放牧。这一年，清政府还同意准噶尔和内地之间互相进行贸易，到西藏去熬茶，“这样就都废除了西北两路的军队设置”。
雍正时期西征准噶尔之役的发生不是偶然的，它与双方社会经济发展情况有关。在准噶尔蒙古方面，从策妄阿拉布坦统治时期起，准噶尔蒙古对周围各族的战争就有所减少，社会生活相对比较安定，为社会生产的发展创造了有利条件。同时，策妄阿拉布坦比较注意发展生产，在农业、手工业和畜牧业方面采取了一系列奖励措施，加强了和周围各民族的贸易往来。噶尔丹策凌继位后，依仗比较雄厚的物质基础，“调集军队并窥探边境的情况”，开始和清政府争夺地盘，准噶尔部不断地扩张，威胁到清政府在西北地区的统治。在清政府方面，经过康熙帝几十年的治理，社会经济得到极大的恢复与发展，国家的财政收入连年快速增加，至雍正初年，在户部的国库里存着的钱两“三千余万两，足以支付国家的使用”。雍正帝在继承康熙帝政策的基础上，进一步强化中央集权专制，对地方势力的控制日益严密。因此，他不能允许准噶尔蒙古割据西北边陲，威胁清政府对西北地区的统治。
