小智一行人在巴大蝴的恋情圆满之后，小智为了得到第四个徽章，继续着以黄金市为目标的旅程，然而在小刚介绍下，小智了解到了黄金道馆的训练家娜姿的强大，而据小智所知，紫苑镇的幽灵系小精灵可以克制娜姿的超能力系小精灵，因此他们来到了小精灵之塔，捕捉幽灵系小精灵。
“小智，我们为什么要来这么恐怖的地方？”小霞将手紧扣着胸前，东瞄瞄，西看看，生怕有幽灵从身旁突然出现。
“小霞，我以为你只怕虫系小精灵，原来还怕幽灵啊。”小智不禁嘲笑道。
“是啊是啊，所以说到底是为什么要来到这个阴森可怖的鬼地方啊！”小霞看上去很不耐烦，显然是对幽灵的过分恐惧占据了小霞内心。
“稍安勿躁，据小刚所说，黄金道馆的训练家娜姿是使用超能力系小精灵的强大训练家，而幽灵系小精灵可以克制超能力系小精灵！”小智详细的解释，以免惹到小霞，而小霞顾不上听小智的话，看着周围黑漆漆的树木，不禁打了一个寒颤。
到了塔前，小霞就像看到一个闹鬼的古堡似的，立刻躲到了小智身后，拉着他的衣服，战战兢兢，“小智，我害怕！”
小智只好摇摇头，“小霞，你把宝石海星放出来，幽灵系和超能力系是互相克制的，他可以保护你；小刚你就留下来陪小霞吧，她这个样子真叫人不放心她。”
“小智，我陪你一起进去，”纱织叫住小智，对他说，“幽灵可没那么好对付，让我进去帮你！”
“这···好吧，有劳你了，纱织小姐。”
小智进入了塔中后，发现周围没有灯，伸手不见五指，而里面的气氛就和幽灵居住的古堡没什么不同。
“幸亏没让小霞进来，这塔里黑漆漆的，什么也看不见！出来吧，火恐龙。”
火恐龙出来后，尾巴上的火焰照亮了周围，但小智仍然只能感受到一丝微弱的光。
“怎么回事，我还是什么也看不见！”小智有些焦急了，而一旁的纱织有些被吓到，“小智，你的头怎么变得黑乎乎的一团了？”
“什么？我的头怎么了？”小智把头转向纱织，这不看不知道，原来是一只鬼斯附着了在小智的头上。
“看来调皮的鬼斯在戏耍你，有一只鬼斯在你的头上。”
小智对鬼斯的行为有些不满，他决定教训一下这只顽皮的鬼斯，“火恐龙，对鬼斯使用喷射火焰！”
调皮的鬼斯最擅长的便是恶作剧了，当喷射火焰射向自己时，它运用自己身体的特性，迅速地从小智的头上逃离了，而火恐龙强大的火焰将小智变成了爆炸头，小智不禁感叹，“咳咳，火恐龙这强烈的喷射火焰真的是久违了。”
纱织在一旁看着小智被耍的团团转，终于看不下去了，忍不住出手，“出来吧！呆河马，对鬼斯使出幻象术。”
鬼斯对呆河马做了个鬼脸，接着使出了黑夜诅咒，幽灵系绝招和超能力系绝招相撞，两边都没讨到好。
“呆河马，不要被干扰，使出念力。”
鬼斯又做了个鬼脸，接着就凭空消失在小智眼前了。
小智耸耸肩，无奈之至了，“接着走下去吧，之后肯定还有更多其他的幽灵。之后的路更加艰难啊，要格外的小心呀！”
他们接着走向塔的上端，到了第二层。突然，一只巨大的鬼斯通向他们逼近。
小智一脸惊讶，“好大一只鬼斯通！皮卡丘，对鬼斯通使出十万伏特！”然而，雷电直接穿过鬼斯通的身体，没有造成任何伤害！
纱织在一旁解释道，“看来这是两只幽灵的小把戏，呆河马，使出念力。”巨大的鬼斯通被念力打中后就立马消失了，取而代之的是鬼斯和鬼斯通。
“原来是两只小幽灵的恶作剧啊。皮卡丘，使出电球。”
鬼斯和鬼斯通十分默契，一齐使出了影子球，双拳难敌四手，电球明显处于劣势，更糟的是影子球打中皮卡丘后追加效果——降低特防显现出来了，虽然皮卡丘的体力迅速下降，但它仍然用仅剩不多的体力和顽强的意志支撑着自己那受伤的身体。
小智知道皮卡丘是有多么的努力，他用坚定的语气向皮卡丘倾诉，“听着，我的伙计！我们一起旅行直到现在，我们从不放弃！是你坚强的意志赢得了一场又一场的战斗，所以请你展现出你的永不言败！皮卡丘，使用十万伏特！”（皮~卡~丘！）皮卡丘嘶吼着，强大的十万伏特就像太阳的光一般照亮了整层塔，鬼斯和鬼斯通在那一瞬间被击败了。
就在此时，一只耿鬼又出现了。他先使出了影子球，接着对影子球使出了黑夜诅咒，影子球就像烟花一样绽放。
“呆河马，使出守住！”纱织反应迅速，立刻开始指挥战斗。
正当纱织准备命令呆河马进行攻击的时候，小智阻止了她。
“纱织小姐，我想这些幽灵只是想和我们玩耍，他们太孤独了。”
纱织停止了对呆河马的命令，对小智表示赞同，“我想你说的是对的。“
纱织想起了刚才的组合技，说，”耿鬼，你愿意和我离开这里，去各地旅行，进行华丽大赛吗？”耿鬼围着纱织转了几圈，笑了笑，表示同意。而小智呢，也趁此说服了受伤鬼斯通和自己一起打败娜姿的小精灵。
就这样，一场妙趣横生的幽灵之塔的旅程结束了，小智和纱织都收服到了自己心仪的小精灵，而近在咫尺的黄金市中又有什么冒险在等着她呢？
