由上述三种名称可以看出，汉代各地所建之墓上祠堂，建筑虽小，功能却是多样，兼有皇家陵园庙、寝、便殿、食堂、斋宫等多种功能。不过，这只能是象征性的，要让小小的祠堂真正承担如此多的功用是不实际的，也是当时的制度所不允许的。
汉代的墓上祠堂有土木结构和石结构之分，前者已无实物保存至今，只有画像石上的图像为我们保留了它的结构和形状。祠堂（山东沂南）
在著名的山东沂南北寨村汉画像石墓中室南壁门楣西段，有一幅祠堂画像。祠堂为四合封闭式建筑，两重院落，三排房屋，两侧建有厢房。前两排房屋的中部，均设有带铺首衔环的双扇大门，其间的第一进院落里有一眼水井，井上安有木构井架、辘轳和绳索。第三排房屋的进深略大于前两排，与前两排房屋大门对应的中部立一大柱，上有斗栱支撑着前檐，下有粗大的柱础以确保柱子的稳定性，立柱将门分为两个门道，显然，这是祠堂的主要建筑。第二进院落中心，放置陈设供品的长方形几案，案两侧放有壶、尊等食器。在第三排房屋的左后侧，有一小型屋舍。祠堂正前方，设有对峙的双阙，双阙之间一门吏捧盾向外躬立。在双阙和祠堂之间，一侧置鼓架，上悬大鼓，鼓前有案相叠；另一侧立肉架，上挂肉食，架下二厨师席地在案上切割操作，其旁放有壶、尊等食器。阙前的华表上拴有两马，另一侧停有四维轺车。如此豪华气派的二进院落祠堂，一般官吏和中小地主是受用不起的，只有高官显宦和豪强地主才有权或有财力享用它。
石祠堂的构件虽然时有发现，但能以完整建筑保存至今的只有山东长清县孝堂山石祠，它是迄今保存于地面上的我国最早的一座房屋建筑。
孝堂山石祠坐北面南，平面作横长方形。东西山墙是上端作锐顶三角形的大石，后墙为两块长方形石横接，前面正中置一八角形石柱，在八角形石柱和后墙上架一块三角形隔梁石，把祠堂分为左右两间。山墙前，东西两檐角下，各有一竖条立石，在西侧立石和中间八角柱上，横架挑檐枋石以托前檐。上面为悬山式两面坡的屋顶盖石，前后坡各由两块石板构成，均刻出瓦垄、沟头、连檐等仿瓦顶的形状，顶上原有脊，现已不存。祠内靠后墙地面上横置一低矮石台，显然是祭祀用的供案。祠内墙壁和隔梁石上满布画像，祠外竖条立石和挑檐石上也刻有花纹、瑞兽等图像。
孝堂山石祠堂本为祠主不可考的孝子堂，有古代题刻为证，“太和三年三月廿五日，山荏县人王天明、王群、王定虏三人等在此行到孝堂造此字”，“景明二年吴□□古来至此孝子堂”，由此可知，在北魏时期，此石祠已广传称为孝子堂，《水经注》所记“世谓之孝子堂”者确为此处。随着岁月的推移，对这个画像昭著、人人拜谒而传称为孝子堂的石祠，人们已不满足于泛称其为孝子堂，而将其与汉代名孝郭巨联系了起来，最先这样做的是北齐陇东王胡长仁，他在出任齐州刺史时，于武平元年（公元570年）游历孝堂山，于石祠西壁外刻《陇东王感孝颂》，内中有“郭巨之墓，马鬛交阡；孝子之堂，鸟翅衔阜”之说，从而最早将其附会为孝子郭巨的墓祠。此后虽有北宋赵明诚、清代阮元等人质疑、否定，世人仍深信不疑，孝堂山上的孝子堂竟成为当地祭祀孝子郭巨的一处香火庙宇。现仍保存的一块明隆庆二年（公元1568年）《重修孝堂山庙记碑》，碑文中说：“肥城西北数十里有山曰孝堂者，汉孝子郭巨之墓及肖祠在焉”，“上有后室二间，庙貌颓然，檐牙震落，巨之父母及若夫妇各居半焉”。石祠内塑的郭巨及其父母的神像，至解放后才被清理，露出了原石祠后部供祭祀祠主用的低矮石台。郭巨像虽清除，郭巨墓祠的讹传还在，至今，这一全国重点文物保护单位的名称，仍叫“孝堂山郭氏墓石祠”。
孝子堂影响很大，以至在宋代前后，即将其所在的小巫山和村镇命名为孝堂山和孝里铺，并延用至今。无名墓祠被讹传为郭巨祠，一方面反映了中国传统孝道思想的伟力，另一方面对石祠能完整地保存至今起了很大甚至是最大的积极作用。若不是传为郭巨祠，石祠恐怕早就被拆作他用，而不复存在了。因此，我们今天在推翻其为郭巨祠的同时，也要感谢这一传说，是它使我们生活在一千九百年后的人们得见汉代墓上祠堂的真容。今天，孝堂山石祠不仅是研究汉代建筑和画像的第一手资料，同时也成为山东省会济南郊县的一处旅游景点，每年接待大量中外慕名而来的游客。
比孝堂山石祠年代稍晚的嘉祥武氏石祠同样是第一批全国重点文物保护单位，但它们却没有孝堂山石祠那样幸运，尽管在宋人赵明诚的《金石录》、洪适的《隶释》和《隶续》中已著录了武梁祠画像，并始以“武梁祠堂画像”名之，武氏诸石祠却于此后废圮（pǐ，毁坏，倒塌），不为世人所知。直到清乾隆五十一年（公元1786年），黄易等人掘出了武氏诸祠堂画像石，它们至此才得以重见天日；时值金石学兴盛之际，一下得到这么多的汉石刻画，加上“画像古朴，八分精妙”，更引起金石学家的重视，以至竞相传拓，著录于书，或录榜文，或摹图像，或述内容，或考故事，或作题跋，使这些汉石刻画广为流传。金石学家的著录对提高武氏祠的知名度起了极大作用，但其局限和缺点也十分明显，考古学家们早在本世纪初就注意到了这一点，并开始对武氏祠做复原工作。
最先做复原工作的是日本学者关野贞，他于1907年到山东长清（当时为肥城县）实测了孝堂山石祠，第一次将这座蜚声中外的汉代祠堂的实测图公之于世；同时根据实测，发表了嘉祥武梁祠的复原图。
1941年，美国学者费慰梅（即威廉·弗贝克WilmaFairbank）根据拓片和实地考察，发表了久负盛名的武氏祠中的武梁祠、前后室和左石室的复原图。但由于当时武氏祠的画像石全部砌在保管所的墙内，费氏无法了解构石的全貌，也得不到石块外缘的准确尺寸，只得采用将画像石拓片拍成比例一律的照片的方法进行配置复原，费氏自己也感到了缺陷。尽管她成功地复原了前石室的后龛，却在复原武梁祠的屋顶时引用了《金石索》的记述，错误地认为：“武梁祠两块屋顶石之一的一边，正中有两孔，显是承受立柱的地方。此事实告诉我们武梁祠的前面原来也是分作两间的。”这样一来，她的复原图中的一些问题就无法解决，也就是说，她没有能够成功地复原武氏祠。
在费氏之后的几十年时间里，无人再对武氏祠进行配置复原。直到四十年后的1981年，著名汉画像石专家蒋英炬和吴文祺先生亲临现场实测，反复考察，令人信服地复原了武氏祠中的武梁祠、前石室和左石室，证明了后石室是不存在的，从而结束了学术界这一聚讼多年的公案，并在此基础上编著了《汉代武氏墓群石刻研究》一书（山东美术出版社，1995年），全面系统地介绍了武氏墓群石刻的全部资料，并对相关问题阐述了自己的独到见解。根据他们的复原，我们把武氏三祠的结构简要介绍如下：
武梁祠为单开间悬山顶房屋式建筑，左、右山墙和后墙各由一块整石做成，前部敞开，不设门扉，堂顶为两面坡式，著名的祥瑞图石一为其前坡，祥瑞图石二为其后坡，前后檐刻出瓦当，上部刻出瓦垄。
前石室和左石室结构相同，都是双开间单檐悬山顶房屋式建筑，在后壁正中的下方有一个向外凸出的小龛，小龛由基石、左右侧壁石、后壁石和顶石组成。信立祥先生认为这种壁上设龛室的做法，与汉代宗庙形制相同。
在复原完著名的武氏祠之后，蒋英炬先生于1983年又根据山东嘉祥宋山出土的两批零散画像石，成功地复原了四座形制与孝堂山石祠、武氏祠均不相同的石结构祠堂。这种祠堂由基石、左右山墙、后壁石、顶石和脊石构成，平顶单开间，前部敞开，不设门扉，顶石前部的屋檐部分刻出瓦当和瓦垄。整个祠堂形制简单，规模较小，其中的1号小祠堂外宽1．89米，进深0．88米，通高约1．64米。堂内空间十分狭小，人无法进出，祭祀时，只能在祠外将食物用手放进祠内的石台上，人在外祭拜。
不仅山东发现有石祠堂，江苏徐州青山泉画像石墓前、铜山洪楼汉墓前，安徽宿县褚兰汉画像石墓前、宿县宝光寺汉墓前都发现有石祠堂。
结合考古发现和历代流传的零散汉代祠堂画像石，我们发现，迄今所见的汉代石祠堂集中分布在鲁西和苏北、皖北地区，北到长清、东阿，南抵宿县、徐州，西至嘉祥、金乡，东达滕州、曲阜，沿微山湖作南北狭长的分布之势，其中尤以山东境内为最多，以致有的学者认为：“山东画像石数量虽巨，但很大一部分皆属墓前地面建筑的构件石刻，从而削弱了作为地下墓室建筑画像石之比例”。这一说法有一定道理，但山东祠堂画像石的数量在画像石总量中所占比例仍是较小的，即使加上石阙等地面建筑的画像石，也占不到总量的十分之一，也就是说，墓室建筑画像石（含其前身石椁）仍占最大的份额。我们不能因山东祠堂画像石声名远播，就抬高它而压低数量更多的墓室画像石的声誉。
