正当人们对鲁道夫·赫斯飞往英国之谜尚未达到共识之时，近年来关于“赫斯是被谋杀的”和真假赫斯之说，又成为另外一个谜。有人说，赫斯在飞往英国之后，就被希特勒派人刺杀身亡。也有人认为赫斯在英国关押期间被英方谋害。为掩人耳目，另找一个“替身”代赫斯到国际军事法庭受审并在监狱服役。据给赫斯看过病的英国军医休·托马斯披露，他给赫斯看病时，发现赫斯胸前没有伤疤。而真的赫斯胸前有一块在第一次世界大战时留下的伤疤。由此，这位军医判断关在狱中的是一个“假赫斯”，真的赫斯早在1941年就被英方谋害了。赫斯之子沃尔夫·赫斯和律师赛德尔力主赫斯被谋害之说，并曾于赫斯死后向美、英、法、苏4个监管国提出由慕尼黑大学法医院重新解剖尸体的要求。
关于“赫斯是被谋杀的”和“真假赫斯”之说究竟如何，人们要等到美、英、法、苏4个监管国肯将“关于赫斯的绝密档案”公布于世才能知晓。然而封存的赫斯档案要到2017年才能解密。
