9月11日下午，梁漱溟在大会上谈了他对贯彻执行总路线的三点意见，大意是：一、实现国家工业化，不能只注重发展重工业，还要注意相应地发展轻工业、交通运输业等，对此也应列入国家计划。二、完成国家建设计划，靠的是广大群众，因此要重视做好群众工作。工业建设可依靠工会组织，发展农业应依靠农会。但农会土改后已作用渐微，只好靠乡村的党政干部了。而目前乡村干部的作风存在问题很多，须多下教育工夫。三、关于农民问题。进城之后，工作重点转移于城市。近年来，城里的工人生活提高得快，而乡村的农民生活却依然很苦。有人说，如今工人的生活在九天，农民的生活在九地，有“九天九地”之差，这话值得引起注意。搞建设如果忽略或遗漏了农民，那是不相宜的。尤其中共之成为领导党，主要亦在过去依靠了农民，今天要是忽略了他们，人家会说你们进了城，嫌弃他们了，这一问题，希望引起政府重视。
那天的会议，毛泽东没参加，但梁漱溟在会上的发言，却很快被汇报到他那里，引起了他的不满。
第二天，即9月12日，参加政协常委会扩大会议的人员，列席中央政府的第27次会议。会上，毛泽东即席发言说：“有人不同意我们的总路线，认为农民生活太苦，要求照顾农民。这大概是孔孟之徒施仁政的意思吧。然须知有大仁政、小仁政者，照顾农民是小仁政，发展重工业、打美帝是大仁政。施小仁政而不施大仁政，便是帮了美国人。我们今天的政权基础，工人农民在根本利益上是一致的，这一基础是不容分裂，不容破坏的！”
毛泽东可能考虑到老朋友的面子，没有点出梁漱溟的名字。但梁漱溟心里明白，批评就是冲着他来的。他觉得这里面肯定有误会，凭着多年老朋友的关系，他要当面找毛泽东把事情说清楚。于是他提笔给毛泽东写了一封信，一是指出毛泽东的批评不当，请予以收回；二是他愿当面向毛泽东复述他发言的内容，以消除误会。
9月13日上午，梁漱溟在会场上将信直接交给毛泽东，毛泽东答应晚上找他谈话。这天晚上怀仁堂举办京剧晚会，二人见面时，离晚会开始只剩下20多分钟。急于要澄清问题的梁漱溟见时间不多，便不及细谈直接要求毛泽东解除对他的误会，而毛泽东则坚称梁漱溟是反对总路线之人，只是不言明或不承认而已。二人言语间频频冲突，最后不欢而散。
梁漱溟不肯就此罢休，9月16日再次登上大会讲台为自己申辩，遭到了周恩来和毛泽东的批评。
9月17日，周恩来在大会上做了长篇发言，在周恩来讲话过程中，毛泽东不时插话，言辞激烈。
对于中共领导人的批评，梁漱溟心里十分生气和不服气，在9月18日大会上发言时，梁漱溟视一切于不顾，当场要求发言作答。遗憾的是，会场上一些人不让他再讲下去，他只好求助于毛泽东。梁说，现在我唯一的要求是给我充分的说话时间，同时我也直言，我还想考验一下领导党，想看看毛主席有无雅量。毛泽东说，您要的这个雅量，我大概不会有。梁紧接着说，主席您有这个雅量，我就更加敬重您；若您没有这个雅量，我将失掉对您的尊敬。毛泽东又说，这一点雅量还是有的，那就是您的政协委员可以当下去。这时，已是针尖对麦芒了。梁说，这一点倒无关紧要，我现在的意思是想考验一下领导党，看看党倡导的自我批评是真是假。毛泽东反驳说，对你是实行自我批评吗？不是，是批评。梁还是坚持说，我是说主席有无自我批评的雅量……后来，由于会场气氛紧张，不少与会者大喊，“梁漱溟滚下台”。到了这个时候，毛泽东口气略缓，说，梁先生，你今天不要讲下去了，给你10分钟，好不好？梁即答，10分钟怎么够？希望主席给我一个公平的待遇。会场再次哗然。最后有人提出交付表决。表决时，毛泽东等少数人举手赞同梁漱溟讲话，而大多数人则反对，梁还想再说一句话，会场上立刻有人大呼：“服从决定，梁漱溟滚下来！”梁漱溟被轰下了台。
分歧发生后，梁漱溟曾主动提出要闭门思过。他给主持全国政协工作的陈叔通副主席和李维汉秘书长写信，要求请长假，“容我闭门思过”。请示到毛泽东那里，毛泽东并不赞成梁漱溟闭门思过，因此，他没有直接答复。李维汉派人告诉梁漱溟：“今后可以这样办：需要出席的会议和活动，通知照发，但参不参加自便。”
晚年毛泽东批示：可惜没有梁漱溟
从1953年9月后，梁漱溟仍然是全国政协委员，他的工资照发，对他也没有进行任何正式处分。
梁漱溟能主动闭门思过，与何香凝的帮助分不开。梁漱溟几十年后在回顾这段历史公案时曾说：“何香凝先生的发言在当时和事后，有三点引起我的注意。第一，在那种场合，她是唯一在发言中明确肯定了我过去是反蒋抗日的。也就是说，我并不是一生中对国家、民族没有做过一件好事的人。何先生说的是事实。那时候，因日寇进攻广西，桂林失守，我们退到贺县百步，我在那里主持民主同盟的发展工作，有许多反蒋抗日的朋友在那里，何先生是大家所敬重的一位。我同她时常见面，对时局的看法亦很相近。第二，她的语气缓和，发言中左一个梁先生，右一个梁先生。这在当时，发言者除毛主席等少数人还时而对我这样称呼外，大多数人都对我直呼其名。第三，她提醒我要闭门改过，补救前途。这是使我醒悟自己不该与毛泽东顶撞的最早的规劝之言。”
“文化大革命”中，由于周恩来的关照，梁漱溟没有成为“反动学术权威”之类的人物被打倒，这可以说是梁漱溟先生之大幸了。但因为他毕生铸就的刚正不阿，敢说敢为，善恶分明的个性，还是有话不吐不快。
1974年，江青策划了“批林批孔”运动。梁漱溟公开说自己不想批孔，但是可以批林，而且批林不应该批孔，两者根本没有关系。作为当代唯一坚守的儒家，他疾呼孔子有功有过，不可全盘否定。他讲了中国的哲学精神，儒家的精华，明明白白地说，孔子的学说有糟粕更有精华，我们应该给以继承和发展。孔子的“中庸之道”、“克己复礼”属于学术研究的范畴，不能与政治问题同日而语。连毛主席都说从孔夫子到孙中山，我们应给以科学的总结。
梁漱溟的这篇针锋相对的发言，震动四座，使得批判的那些人将矛头从孔子和林彪身上转向了梁漱溟，持续了七八个月之久，等到最后一次批判他的时候，主持人问他的感想，他说：“三军可夺帅，匹夫不可夺志！”并解释说，这是受压力的人说的话，不是在得势的人说的话。“匹夫”就是独人一个，无权无势。他的最后一招只是坚信他自己的“志”，什么都可以夺掉他，但就是这个“志”没法夺掉，就是把他这个人消灭掉，也无法夺掉！
梁漱溟的这段解释，使在座的人更加哑然、木然。几天后，上边传下话来说，梁某人是不可改悔的反动分子，跟他纠缠会上他的当，“转移了大方向”。从此，就没有人再与梁漱溟对阵了。
毛泽东和梁漱溟始终没有忘记对方。
1972年12月26日毛泽东生日，梁漱溟把尚未出版的《中国——理性之国》手抄书稿送到中南海，作为祝贺毛泽东生日的寿礼。
1975年9月30日晚，重病中的周恩来总理最后一次出席国庆26周年招待会。当时，毛泽东、周恩来起用邓小平主持党和国家的第一线工作。为了落实党的政策，一批在“文革”中受冲击的老干部、老民主人士、老教授、老专家被邀请出席了这次国庆招待会。当时的中国科学院哲学社会科学部（现在的中国社会科学院）也有许多位知名学者应邀出席了。国庆招待会之后，当时的哲学社会科学部领导小组给毛主席、周总理写了一份简报，反映出席国庆招待会的知名学者的雀跃之情。
毛泽东阅后很高兴，在这份简报上批示：“金无足赤，人无完人。名单上的人参加招待会甚好，可惜没有周扬、梁漱溟。”
毛泽东的这个批示，证实了即便1953年之后毛与梁中断了见面长谈，但毛泽东并没有忘记梁漱溟这位特殊的老朋友。
1983年，90高龄的梁漱溟到韶山参观。一见毛泽东故居地地道道的农舍房屋，想起毛泽东世代为农的家庭背景，这位老人的心情犹如打翻了五味瓶。一种发自肺腑的内疚第一次冲击着梁漱溟的心。他突然感悟到是自己首先没有一种让别人批评的“雅量”；没有站在国家“一穷二白”的高度，全盘布局的“雅量”，而在大庭广众之下，再三用话语“逼迫”毛泽东“自我批评”，也太目中无人、意气用事了……
梁漱溟主动对陪同人员谈起当年和毛泽东争论的事，动情地说：“当时是我的态度不好，说话不讲场合，使他很为难。我更不应该伤了他的感情，这是我的不对。他的话与事实不大符合，我的言语也是与事实有很大的不符合之处的，这些在争吵时都是难免的，可以理解的，没有什么的。”
说到这里时，老人伤心不已，眼圈儿也红了，他掏出手绢擦了擦眼角的泪水，又说：“由于我的狂妄自大、目中无人，全不顾毛主席作为领袖人物的面子，当众与他顶撞，促使他在气头上说了若干过头的话。如果说他当时是意气用事、言语失控，那么也是我的顶撞在先，才有毛主席对我的严厉批评在后。这件事要是发生在蒋介石身上，他底下的特务早就叫梁漱溟拿人头来了。那件事后，我的政协委员照当，生活待遇照旧，也没有受到任何组织处理，我知道那是毛泽东的意思。他已故世了，我感到深深的寂寞……”
梁漱溟最后感叹道：“毛主席的思想确实是博大精深，是可学不可及的！”
