在前面的章节中，我们已经提到过亚述在提革拉·帕拉萨三世和篡位者萨尔贡二世的统治下，是怎样变成一个军事强国的。萨尔贡并不是这个篡位者的原名，他为了迎合被征服的巴比伦人的心理才用了这个名字，他认为这样就能勾起巴比伦人对两千年阿卡德帝国的缔造者萨尔贡一世的记忆。当时的巴比伦是一个被征服的城市，但是它比起尼尼微城具有更大的优越性，如有着众多的人口，地理位置重要。这些绝佳的条件也使征服者们不得不善待该城市伟大的神灵贝尔·马杜克、商人和祭司。公元前8世纪的美索不达米亚平原，那种对被俘者进行劫掠残杀的野蛮时代已经过去，征服者开始使用一种相对仁慈的怀柔政策，力图赢得被征服者的民心。这一政策使得萨尔贡二世去世之后，新亚述帝国维持了一个半世纪之久。我们已经讲过，其后，阿舒巴尼拨（也就是萨丹那帕路斯），至少占领了下埃及。
后来亚述帝国失去以往的繁荣昌盛，开始走下坡路。最终，埃及人经过艰苦的斗争，在法老埃·萨麦提克斯一世的统治时期赶走了侵略者。在尼科二世时期，埃及人开始了征服叙利亚的计划，当时的叙利亚正在与邻国交战，只能做一些微弱的抵抗。而来自美索不达米亚东南部的闪米特族，也就是迦勒底人，与雅利安族的米堤亚、波斯人联合起来，从东北方向尼尼微城入侵，于公元前606年占领了尼尼微城。而人类有了相对准确可供考证的纪年表的时间正是在这一年。
侵略者瓜分亚述的领地，掠夺他们的财产。在赛阿克里斯的统治下，米提亚在亚述的北部建立了帝国，把埃克巴塔那设为首都，还将尼尼微城纳入自己的领土，其中向东蔓延直达印度边境。该国南面则出现了新的迦勒底帝国，也就是第二巴比伦帝国，它的版图呈半月形。
在尼布甲尼撒大帝的统治时期，该国无论是财力还是国力都极为昌盛。
对巴比伦来说，最为辉煌的历史岁月正是这一时期，但这也是最后的辉煌时期。有一段时间，两个帝国之间相处得很融洽，尼布甲尼撒大帝还把女儿嫁给了赛阿克萨里。
这期间，尼科二世向叙利亚发动战争，不费吹灰之力就征服了该国。他们还曾在公元前608年，发动了米吉多战争，并赢得了胜利，还杀死了犹太国王约西亚。我们会在下一章节详细地讲述犹太国的历史。后来，他率领大军向幼发拉底河流域进攻，目标为日渐繁盛的巴比伦，而不是相对没落的亚述。但是迦勒底人有着顽强的抵抗精神，最终击败了尼科二世，把入侵者赶回了埃及。于是巴比伦乘此机会将领土扩展到埃及边界。
第二巴比伦帝国在公元前606年到公元前539年，从动荡的环境中变得强大起来，这与他们和北面强盛的米提亚帝国保持和睦的关系有关。在这67年间，这座古城不仅在生活方面有了改进，在文化方面也得到了长足的发展。
在亚述历代帝王的统治下，古巴比伦一直是文化知识的重要传播场所，特别是在萨丹那帕路斯统治时期更是如此。虽然萨丹那帕路斯是亚述人，但却受到巴比伦文化的熏陶。他建造了图书馆，当然，里面保存的不是纸质图书，而是从古苏美尔流传下来的很多的美索不达米亚的黏土书籍。后来，人们挖掘出很多收藏在该图书馆的书籍，可以说，这些书籍是世界上最宝贵的史料了。纳波尼得斯是巴比伦的末代君主，他是一名迦勒底人，对文学很感兴趣，也曾鼓励并资助一批古文物研究者。当研究者考证出萨尔贡一世即位的具体年代时，他立即下令刻碑字以作纪念。但在他的执政期间，帝国出现了很多分裂的前兆，于是，纳波尼得斯为了加强集权统治，维护统一，把各地的神灵都请到巴比伦，还为他们建造了神庙。后来罗马人效仿这种做法，并灵活运用，收到了奇效。但那些对巴比伦主神马杜克信奉的、有权势的祭司却对他的统治很不满，他们开始秘密策划一场推翻纳波尼得斯统治的阴谋，并向邻国米提亚的统治者波斯人居鲁士寻求帮助。想要让他取代纳波尼得斯，逼近纳波尼得斯退位。当时，居鲁士早以因征服东小亚细亚富有的吕底亚国王克里索斯而声名鹤起。在公元前538年，居鲁士率领大军攻打巴比伦，仅在城外打了一仗，就有人里应外合打开城门迎接他，他的军队不费吹灰之力就取得了胜利，占领了巴比伦城。《圣经》上有过这样的记载：当时纳波尼得斯的儿子——伯沙撒太子正在举行宴会，突然看见一只手，并用火在墙上写下了一串神秘的文字：
“弥尼，弥尼，提客勒，乌法珥新”。于是他叫来预言家解释此语的含义。但这样解释“上帝已经算出，你国王的气数已尽，天平上估量出你的分量不够，不足以担任国王，因此，你的国家应该让给波斯人和米提亚人”。而那些对柏尔·马杜克神信奉的祭司，早就知道墙上写的字都是把戏。据《圣经》记载，当天夜里，伯沙撒王太子遇害，纳波尼得斯也被捕入狱。由于这次占领基本未动干戈，所以也从来没有中断过对柏尔·马杜克神的祭祀仪式。
就这样，巴比伦和米堤亚两大帝国实现了统一。居鲁士有一个儿子叫冈比西斯，他曾征服过埃及，但他却因发疯而死于非命。居鲁士的宠臣希斯塔斯皮斯之子、米堤亚人大流士继位，他就是大流士一世。
大流士一世统治的波斯帝国，是古代文明的舞台上最早出现的新雅利安帝国，也是有史以来最繁荣强大的帝国之一。它的领土包括小亚细亚全境、古亚述、叙利亚与巴比伦帝国，还包括埃及、高加索到里海一带，以及波斯、米堤亚等地，它的领土范围一直扩展到印度河。
当时已经出现了马匹、骑兵、战车和修建道路，所以这样庞大的帝国得到了维系。在此以前，像炉、牛和沙漠中的骆驼是最方便、最快捷的运输工具，如今，波斯的君主为了更加有效地管理新帝国，建造了很多干线道路。还在各地安排了马匹，用来运送帝国的信使或获得帝国特许旅行者。此外，还流行铸币，促进了商业贸易的交流和进程。
但是，波斯帝国不再以巴比伦为首都。从长远来看，那些谋反的、信奉柏尔·马杜克神的祭司，并没有得到什么好处。虽然巴比伦城还是很重要，但却日渐衰落。与此同时，珀塞波利斯、苏萨和埃克巴塔那发展成帝国的大都市，帝国的都城设在苏萨。而尼尼微城已为人所忘，逐渐成了一片废墟。
