康熙除掉鳌拜后，加紧整将财政，筹措军费，扩充八旗兵，采取了一系列缓解满、汉矛盾的措施，赢得了民心。
康熙下一步就是撤三藩。"三藩"指的是平西王吴三桂、靖南王耿精忠、平南王尚可喜。清军进入中原以后，"三藩"为清朝卖命，是镇压农民起义军和抗清势力的主要力量，趁机扩大了势力。
一次，平南王尚可喜请求解甲归田，康熙命他的儿子尚之信搬家，其绿营兵划归广东提督管辖。撤了尚可喜，吴三桂、耿精忠也上疏请求撤藩，进行政治试探。康熙索性同意把这两藩也撤了。
撤藩令刚下，吴三桂于康熙十二年十二月（公元1673年）起兵造反。陕西提督王辅臣在宁羌造反，夺取兰州；尚之信在广州造反，耿精忠也反了。整个长江以南，加上陕西、甘肃和四川，大部分地区被叛军控制。
康熙十五年（公元1676年）九月，耿精忠投降。福建、浙江各地叛军也纷纷投降。
康熙十六年，只剩吴三桂军和清军作战。康熙十七年（公元1678年） 8月17日，吴三桂病逝。其孙吴世瑶率军退到四川，再退到贵州、云南。
康熙二十年（公元1681年）九月，吴世瑶在昆明自杀，康熙平定了三藩。
早在康熙十六年（公元1677年），噶尔丹趁清朝发生三藩之乱，率大军偷袭西河套的和硕特部；1677年，噶尔丹夺取天山南路叶尔羌（今莎车）等回部各城，侵吞哈萨克、布鲁特等地。
康熙二十九年（公元1690年），蒙古军队在楚库柏兴和俄军对垒，噶尔丹从背后偷袭。土谢图汗请求清朝保护，康熙向噶尔丹提出调停要求。噶尔丹拒绝调停，并向康熙索要土谢图汗和哲布尊丹巴，遭到拒绝。
康熙二十九年（公元1690年），噶尔丹率两万多人，进入内蒙古的乌珠穆沁。不久，噶尔丹逼近乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗南），距离京城七百里。
康熙命裕亲王福全率左翼清军出古北口；命恭亲王常宁率右翼清军出喜峰口。
康熙二十九年（公元1690年）八月初一，清军朝乌兰布通进发，红衣大炮轰击驼城。噶尔丹的驼城被击溃。噶尔丹率一万多人突围。
康熙三十四年（公元1695年）十月，噶尔丹发兵三万，向东进发。康熙命萨布素率东三省清军进攻；大将军费扬古出宁夏西路，把噶尔丹的退路堵死；康熙亲率主力，从独石出中路。
康熙三十五年（公元1696年）四月，三路大军赶到，噶尔丹得知康熙亲征，连夜撤退。费扬古率军截断他的退路，并设下伏兵打败了噶尔丹，噶尔丹仅率几骑逃脱。
第二年春，康熙率军来到宁夏，开始了第三次亲征。噶尔丹只剩下五六百人，其准噶尔部拥立新主和清朝互通使节，并想捉他领赏；噶尔丹向北逃，俄国拒绝让他入境。无奈之下，噶尔丹服毒身亡。
