最后，同儒家的中庸、平和、淡泊以及佛教的宽大、包容精神相迥，西方宗教的排他性质也是上述冲突的一个重要原因。而且，西方文明抵达日本的背景带有明显的殖民色彩。虽然西学东渐初期的海上马车夫们还不足以征服日本，但一旦船坚炮利，叩击国门的《圣经》就换成了宝剑。幕末“黑船”的炮舰政策下缔结的一系列不平等条约就是极好的证明。
当然，这里论述的日本对西方文明的排斥主要表现在封建晚期，近代以后的历史则以西方文明对东方文明的相对胜利告终。在今天全球国际化的“无疆界时代”，日本的文明在保持自身特征的同时，兼容了许多思想与物质成分，惟其如此才熔铸出当今既体现传统又极富现代精神的日本文明。
（第二节） 兰学的兴盛与蛮社之狱
日本对西方文明的引进和吸收，大致可以分成以下三个阶段：室町时代通过葡萄牙、西班牙摄取的“蛮学”；江户锁国时期主要通过荷兰摄取的“兰学”；明治维新前后从欧美诸国博采的“洋学”。
前一时代，日本已经开始接触西方文明，从葡萄牙人、西班牙人等先后引进枪炮、火药和天主教。但是，异质的西方文化与本国文化不断产生对抗，导致丰臣秀吉曾一度颁布禁教令。其后德川幕府在其初期因为需要发展海外贸易，故一度未继续推行秀吉颁布的禁令，甚至鼓励传教，信众达70万之多。为了护卫天主教，出现了批判和反对儒佛和传统的神道的思潮。
然而，荷兰为了取代葡萄牙对日贸易的地位，排斥葡萄牙在日本的势力，其国王致函德川家康，中伤教会的传教士，说传教士唆使日本教民制造内乱，力图征服日本。于是，幕府于庆长十八年（1613年）下令全国禁教，驱逐葡萄牙传教士，焚毁天主教教堂，将葡萄牙商馆及葡萄牙商人全部迁至长崎附近的一个离岛。尤其是宽永十四年（1637年），当该岛原地方信仰天主教的农民揭竿而起反对封建地主的残酷剥削时，德川幕府感到天主教与农民起义相结合，日益威胁其统治地位，于是，让信徒通过踩踏圣像来证明自己改变信仰，凡不从者作为拒绝改宗而处以极刑。从此禁教更加严厉，锁国的政策复又推行。
幕府实行锁国政策以后，欧洲文化的传入虽受到阻碍，但随着国内经济的发展，经验科学却发达起来。数学家关孝和发明了使用独特记号的笔算和能解多元方程式的和算（日本数学）。天文学家涩川青海基于中国元朝《授时历》编成日本新历《贞享历》。宫崎安贞参考中国的农书和根据自己的亲身体验，撰写了《农业全书》。贝原益轩受李时珍《本草纲目》启发，写出《大和本草》。稻生若水广泛调查日本的动植物和矿物，写成巨着《庶物类纂》。天文地理学家西川如见撰着了介绍欧亚各国的交通、物产、风俗的《华夷通商考》。新井白石撰写《西洋纪闻》、《采览异言》，介绍世界历史、地理和风俗。所有这些，说明当时的日本人在吸收中国文化的基础上，也开始吸收欧洲近代文化。
在锁国的情况下，为利用科技实现富国强兵的国策，幕府一方面维持与中国明代的贸易，出口白银等矿物，进口生丝、棉布及书籍，为加强管理，给商人发盖有朱印的通商许可证，所以当时的通商也称“朱印船”贸易；另一方面开洋书之禁，通过当时对外唯一通商港口长崎的荷兰语翻译人员，引进荷兰的文献，从那里吸收西方的知识。1720年，八代将军德川吉宗为了加强统治，提倡实学，下令解除与天主教无关的书籍之禁，开始以长崎为窗口，通过与荷兰商人的贸易活动，学习荷兰语和欧洲自然科学、医学、军事学、历史地理等学问。这种以荷兰语为媒介的欧洲近代科学在日本的传播，称为“兰学”。
江户商人青木昆阳最早获得批准学习荷兰语。他的门人、藩医前野良泽、杉田玄白等7人，在1774年共同译出日本最早的大型“兰学”着作《解体新书》。此后，“兰学”犹如“滴油入水而布满全池”，从医学、军事发展到各种学科；从长崎、江户扩展到京都、大阪以至各藩。1796年，由第一流兰学家编纂的《日兰辞典》出版。1811年，幕府设立兰学翻译局翻译出版了共70册的《厚生新编》。此书的出版是明治维新以前最大的翻译事业。从此欧洲近代科学在日本开始普及。
他们特别注重引进西方有实用价值的学问，首先是医学、历学、天文学、语言学、冶金学和技术等。比如着译了语言学方面的《荷兰文字略考》、《兰学阶梯》、《兰日辞书》，吸收近代医学、解剖学，撰着《荷兰本草和解》、《脏志》、《解剖新书》，介绍哥白尼地动说，译着了《荷兰地球说》、《天地二球用法》，以及翻译西方的技术书，比如实用技术的《实用机械学基础》、冶金术的《泰西七金译说》、造船术的《蒸汽船》等。幕府还在江户设立洋书翻泽局，译出《日用百科大书》，这是日本的第一部百科全书，对于普及实用科学和技术知识起到了很大的作用。
通过洋书获得实用科学和技术知识的同时，从荷兰、英法招聘技术人才和引进反射炉、高炉成套设备，修建长崎钢铁厂、横须贺钢铁厂、鹿儿岛机械纺织厂、江户和鹿儿岛的蒸汽船厂和玻璃器皿厂等，向实用化发展。日本开始由传统的手工业生产转向机械工业生产，催生着日本的现代产业技术。
引进西方自然科学和技术文明，不可避免地带来了西方的实证主义精神、合理主义思维方式、民主观念和自由平等意识，扩大了人们的视野，开启了冲破封建主义思想牢笼的可能性。比如安藤益昌。对儒、佛、国学的批判和对德川幕府体制的身份差别的反对，山片蟠桃的揭示日本的思想封闭性，在哲学上独创无神论等，这些与幕府的思想统治是水火不相容的。特别是当民间洋学者用西方人本主义思想作为武器，进一步批判幕府和其赖以统治的封建主义思想时，就引起了幕府统治者的惧怕。他们为此采取压制甚至镇压的政策，制造了多起事件，以阻止兰学的继续传播。其中最重大的事件包括：
一是文政十一年（1828年）的“西博尔德事件”。德国人西博尔德在长崎郊外开设诊所兼学塾，向日本学生教授天文历学、地理学、医学的同时，传授了西方科学的实证主义研究方法，促进“兰学”研究水平的提高。但西博尔德为研究日本收集的资料中有一本日本地图，就于翌年被幕府驱逐出境，其友人及弟子也遭株连，或被捕入狱，或销声匿迹。
另一是历史上有名的“蛮社之狱事件”。渡边华山组织兰学研究小组，聚集了一批青年，学习西方的军事技术、医学、数学等新知识，华山发表了《慎机论》，主张开国，并批评幕府的政策，最后于天保十年（1839年）遭到了镇压，小组成员有的被捕，有的被突然袭击死亡，华山被驱回原籍软禁，最后自杀身亡。据文献记载：官吏企图消灭“兰学”，但凡接触“兰学”者，其罪轻其罚重。
引进“兰学”的先驱者之一的新井白石主张，将引进西方科学技术与天主教、基督教文化分开来理解，他拒斥西方宗教而承认西方科学技术的价值，他本人也努力引进西方历法和世界知识，并写了《西洋纪闻》，编撰日本近邻边境的地方志，还积极介绍西方的科技文化。其后日本便采取摄取西方科学优越部分的做法。比如佐久间象山提出“东洋道德西洋艺（技术）”的口号，就是当时日本对待西方文化的基本态度。
由于日本所处的特殊地理位置，加之幕府实行禁教锁国的特殊时期，与海外的人员往来和交流受到极大限制，因此江户时代西方文明的传播主要依赖书籍。正因为如此，幕府为了防止天主教思想的扩散，将禁书作为锁国的重要内容之一。
禁书制度始于1630年，最初由长崎春德寺住持泰室负责检查进口书籍，1639年，儒学家向井元升参与其事。江户前期施行的禁书政策，措施十分严厉，打击范围很广，如包含大量科技书籍的《天学初函》21种一概不得入境，甚至闹出把《禅真遗史》列为禁书的笑话，只因书中出现道教的“天主”两字。
这种矫枉过正的做法，显然与幕府积极输入中国书籍、汲取新鲜知识的政策自相矛盾，于是在执行过程中有所变通，一些西人撰着的汉文学术书籍如《西学凡》、《测量法义》、《职方外纪》、《几何原理》、《泰西水法》等，以及内容涉及西学的中国人着作如《广百川学海》、《五杂俎》、《天经或问》、《农政全书》、《天工开物》也传入日本。
享保元年（1716年）吉宗将军鉴于旧历（《贞享历》）误差过多，有意编定新历，历学家中根元圭趁势进言：西历优于汉历，惜本邦书禁太严，入境之书尽遭焚毁，无缘采其精华。请求幕府网开一面，引进西方历学的汉文书籍。
吉宗将军采纳中根元圭的建议，1720年下达禁书缓和令。享保新令颁布后，梅文鼎的《历算全书》首先传入日本，中根元圭据此完成《新写译本历算全书》。此后，不仅《西洋新法历书》、《灵台仪象志》、《历象考成》等书先后传来，江户初期定为禁书的《天学初函》等内容无涉天主教义的科技书籍也获得解禁。
由此可见，汉文书籍是江户时代吸收西方文明的重要媒体，这些着作既有西方传教士撰着的，也有中国学者协助或独立撰着的，可以说是中西文明融会的结晶。因此讨论江户时代的“兰学”，不能忽视中国学者作出的贡献。
荷兰是锁国时期唯一与日本保持通商关系的西方国家，了解幕府对书籍的偏爱，常常将书籍作为礼品进献给权贵，幕府将军和地方大名也屡屡托商人采购荷兰书籍。不过，日本当时很少有人通晓荷兰语，权贵仅仅鉴赏书中精美的插图，而书籍的真正价值却不受重视。17世纪中叶，荷兰商人带来了多多纽斯的《植物志》、扬斯顿的《动物图谱》、布拉乌的《地球图》等，这些书籍被束之高阁，数十年后始被解读，成为兰学勃兴的契机。
由于存在语言的障碍，荷兰语书籍负载的学术思想、科技知识，在相当长的时期内未被日本人真正认知。尽管如此，一些不假文字亦能大略看懂的图谱类书籍，还是激起朝野好学之士的求知欲。如江户中期的本草学家平贺源内，曾与参觐幕府的荷兰人交往，先后购入《红毛花谱》《红毛本草》《红毛介谱》《红毛虫谱》《红毛鱼谱》等。此外，大概玄泽、江马兰斋、山本亡羊、木村蒹葭堂等都积极购求荷兰书籍，成为江户后期着名的兰学家。
综上所述，“兰学”真正兴起之前，日本人通过汉文书籍摄取西方的天文地理知识，通过荷兰语书籍接触到西方的植物学和动物学，其后随着荷兰语书籍被大量译成日文，西方的外科学、军事学、物理学、化学、农学等纷纷传入日本，这些统称为“兰学”，是江户文化的重要组成部分。
江户时代前期，葡萄牙虽然被驱逐出境，但日本与西方的交流，依然借助葡萄牙语。17世纪后叶，葡萄牙在远东的影响日渐式微，葡语也不再是国际通用语言，幕府遂于1673年选拔人才专攻荷兰语。
早期的荷兰语翻译，除了日常翻译荷兰商馆的递呈文件，还负责《荷兰风说书》的“和解”，从现存的“和解”译文判断，译者即使会话娴熟，但明显缺乏专业知识。尽管如此，这些译家对促使兰学的兴起功不可没，有人从三个方面予以评价：
一是从这些译家开始，确立了日本卓越的翻译传统，这个传统一直影响到现代。二是译家本人虽不一定通晓自然科学，但最早有机会接触近代科学知识的却是这些人。三是译家为杉田玄白以后科学着作的翻译提供了语言工具。
事实上，荷兰医书最早的日译本，便出自译家本木良意之手，此书名《和兰全躯内外分合图》，要比杉田玄白的《解体新书》（1774年）早半个世纪以上。茨恩贝格在《日本纪行》中也提到，口操流利荷兰语的年老翻译，大多埋头于医学研究，他们在日本人中最精通西方医学。
从本木良意开始，本木家族世袭荷兰“通词”（翻译），第三代本木良永不仅语言功底深厚，还广泛涉猎西方科学的专业书籍，先后撰着出版《阿兰陀地图略说》《阿兰陀地球图说》《太阳距离历解》等，最早将哥白尼的“地动说”介绍到日本。
另一世袭兰语翻译的吉雄家族，以吉雄耕牛声望最显，他与荷兰商馆的医生过从甚密，在外科学上颇有心得，着有《红毛疡医鉴》《外疗密传集》《因液发备》等，被奉为吉雄外科之祖，平贺源内、大概玄泽、林子平等着名兰学家均出自其门下。
如上所述，本木良意、吉雄耕牛等医学外行，已经对荷兰医书的翻译作了大胆的尝试，这对传统的汉医学家产生刺激；与此同时，以京都的山胁东洋、吉益东洞等为代表，创设了复古溯源的“古医方派”。在这种风潮影响下，出身藩医世家的杉田玄白，一方面师从官医西玄哲学习荷兰外科，另一方面系统整理中国的外科医书，积累了东西外科医术的丰富知识。
1754年，古医方派的山胁东洋获得幕府许可，在日本历史上首次实施人体解剖，发现“五脏六腑”的正确位置与中国古书记载不尽相符，遂据解剖所见撰成《藏志》一书。
杉田玄白深受此书影响，对解剖学发生浓厚兴趣。1771年3月4日，杉田玄白终于盼到观摩解剖现场的机会，杉田玄白一面观察解剖过程，一面对照库勒穆斯的《简明解剖学》，发现荷兰医书的记载精确无误，遂邀前野良泽、中川淳庵共同翻译此书，历时3年大功告成，是为兰学奠基之作《解体新书》。
《解体新书》由本文4卷、图版1卷构成，全文系用汉语译成，译者之前特冠“日本”两字，似乎含有输出中国、抗衡汉医之意。据杉田玄白晚年写的回忆录《兰学事始》，翻译中国医书中没有的术语时历尽艰难，“软骨”、“神经”、“门脉”等均是杉田玄白新造的译语。
《解体新书》一经问世，立刻引起轩然大波，汉医责难之声尤烈。杉田玄白撰《狂医之言》反驳，认为中国医书不可妄信，西医之说乃属正道，通过否定朱子学奉为圣典的中国圣贤之书，批判“尊华卑夷”的中华思想，为西方科技文化正名张目，其意义已超出医学范围，类乎日本近代化之宣言。
杉田玄白的门徒大概玄泽，亦出身藩医之家，在江户学医期间，从前野良泽习荷兰语，又赴长崎随本木良永操练口语，语言功力大有进境。回到江户后，出任常驻江户的仙台藩医，兼开兰医学塾（芝兰堂）教授弟子，为兰学的普及作出了很大贡献。
大概玄泽除《疡医新书》《六物新志》《荐录》《兰习摘芳》等着译作外，还参加幕府筹划的《厚生新编》（即乔美尔的《常用百科辞典》）翻译、出版改译增补的《重订解体新书》等，促进了兰学的发展。大概玄泽对“兰学”的最大贡献，当推所着的《兰学阶梯》（1788年），此书是江户时代刊印的第一部荷兰语入门书。上卷概述“兰学”之源流，类似于杉田玄白所着《兰学事始》的缩印版；下卷介绍荷兰语的基础知识，将汉文训读法运用于荷兰语学习，是大概玄泽的独创，也是此书迅速普及的重要原因。
