朱由检不顾群臣的反对，还是正式降旨，将投献到皇庄名下的一半土地罚没，并追缴十年漏缴的田赋。
圣旨一下，天下震动。尤其是皇庄比较集中的北直隶八府，也是投献的重灾区，那些靠着投献大肆偷税者，很多都是像王至发这样拥有良田千顷以上的大地主。这回可好，直接拦腰砍掉半扇，这些家伙无不捶胸顿足，心疼得要死！
可是“要死”总比真死要强。朱由检这道圣旨可不是说说就算了，而是让吏部、户部联合派员到各府督办，并由都察院、秘书处和锦衣卫监督。
都察院的御史还好说，那些锦衣卫可都是朱由检的心腹。他们有不少都是秦兵的老底子，没参加过科举，官场上的人情世故一概不懂，地方上的人更是一个也不认识，走到哪都是一张黑脸，想找他们讲情无异于是自投罗网。
至于秘书处，更是此次督办的核心环节。本来秘书处只在紫禁城内协助皇帝办公，是不会干涉朝政的。但此次出事的是皇庄，算是皇帝的私产，朱由检自然可以正大光明地让秘书处来办理。
他有意锻炼一下梅兰竹菊四姐妹，便让她们每人负责两府，与部员和地方官员一起办公。工作主要有三项，一是把所有罚没土地的地契交割清楚，二是重新安置皇庄的原有人员，三是搜集以前的管庄太监受贿及各种违法犯罪行为的证据。
有秘书处和锦衣卫跟着，就算有人想捣鬼也捣不成了。圣旨上写得明白：投献偷税乃是欺君之罪，本应重处，罚没一半已经算是宽大处理了，若还有人妄图作弊蒙混过关，一经查实，罪加一等，不但要没收全部投献土地，相关人等一律交刑部从重议处。
欺君之罪本来就已经是死罪了，罪加一等，那可就要凌迟或是灭族了，谁敢冒这个风险？其实朱由检也不过是危言耸听，吓唬吓唬那些胆大妄为的地主而已，他早想明文废除凌迟及株连等残酷刑罚了，只是现在时机还不成熟。
以此为契机，朱由检终于开始了他谋划已久的“土地改革”的第一步。
早在穿越之前，朱由检就大概知道，历史上明亡清兴，主要有四大原因。穿越之后，尤其是登基之后，他就看得更清楚了。
政治方面，明代统治阶级极度腐朽，为了争权夺利，皇帝、官员集团、宦官集团三股势力之间斗争极其激烈，东林党和阉党之争更是将这种斗争发展到了顶峰。国力在这种斗争中白白消耗，无法形成合力对抗外敌。
经济方面，在世界上已经掀起资本主义浪潮、江南富庶地区也出现了资本主义萌芽的情况下，大部分地主没有意识到时代正在发生深刻的变化，仍然死抱着土地不放。更由于贪得无厌，大量兼并土地、偷逃赋税，导致农民生活无着、朝廷无钱可用，甚至出现了一个人口上亿的泱泱大国，到最后山穷水尽、连救命的饷银都拿不出来的可笑局面。
军事方面，明军一方面过度依赖尚不成熟的火器，另一方面卫所制度的弊端导致士兵战斗力低下，根本无法与弓马娴熟的满清骑兵抗衡。再加上流贼纷起，明军陷于两面作战，兵力又严重不足，灭亡已不可避免，只是时间早晚的问题。
其他方面，明朝也很倒霉，正好赶上“小冰河”时期，粮食大量减产，旱灾蝗灾不断，鼠疫、天花等恶性传染病肆虐。这多方面的因素综合在一起，明朝就是想不亡也难！
而朱由检要做的是改变历史，那就必须先破后立。政治、军事都是依存于经济的，所以最重要的改革就是经济改革，否则一切改革都是空中楼阁。而现阶段经济改革的中心，自然是土地改革了。
为什么要进行土地改革？道理也很简单，在这个时代，占人口绝大多数的农民是依存于土地的。农民失去了土地，或者土地的产出不足以维持生存，那他们就只剩两条路，一是饿死，二是造反。
而大明现在的土地状况，已经到了极度危险、非改不可的地步，因为经过二百多年的兼并，大部分土地已经高度集中在少数地主手中。朱由检在陕西做藩王时，已对这种状况有了直观的认识；登基以后，每天批阅各地奏章，发现其他地方的情况更加触目惊心。正如顾炎武在一篇奏章中所提到的：“吴民之中，有田者什一，为人佃作者什九！”
而地主对佃户当然是想尽办法剥削，最主要的手段就是地租。与田赋相比，地租可就太高了，最低者也在五成以上，最多的甚至达到八九成。年景好的时候，佃户还勉强可以糊口；一旦年景不好，佃户连饭都吃不上，惟有去逃荒，或者干脆“不讲理”地去“吃大户”，流贼就是在这种背景下产生的。
朱由检之所以选择皇庄和投献问题做为改革的第一步，自然也是经过了深思熟虑。现在不是二十世纪，用“打土豪分田地”的方法解决土地问题显然既不可能，也不现实。毕竟这个帝国的绝大多数资源还掌握在地主阶级手中，要想挽救中华民族眼见的灭顶之灾，还得依靠他们，让这些资源能够顺利地整合运用。如果自己真那么干了，这个皇帝一天也做不成，后面的一切也就无从谈起了。
而且朱由检的思路并不是简单地给农民土地。因为即使分给农民土地，他还是个农民，仍然得土里刨食。而现在工业时代即将来临，这么做早晚还是得被历史所抛弃。
而地主兼并土地，虽然在主观上是为了满足自己的贪欲，但是在客观上，却制造出了一大批无法依附土地生存的劳动力。有了这些劳动力，规模化的工业才成为可能。否则，人人都有田可种，吃喝不愁，那谁还去工厂做工呢？
换句话说，土地就像一条锁链，把农民牢牢地锁住。而朱由检现在要做的，正是打碎这条锁链！
