此战中，第三军伤亡两万余人，所有280毫米攻城炮被炸毁，损失了所有炮弹。而且士兵们对指挥官的不满达到顶点，无心再战，也无力再战。
恩基的守军也是伤亡惨重，第101步兵军伤亡三千人，协助防守203高地的民兵伤亡一万人，北方的敌后游击队伤亡三千人。
胜的如此惨烈，恩基心里异常沉重。
恩基下令继续扩充民兵队伍，利用缴获了敌人的两万支三八式步枪，以及两百万发子弹，20个步兵小队很快建立起来。补充了这场战斗的巨大消耗。
于是，第三军原地休整，儿玉回到满洲军司令部汇报情况。
乃木将203高地改名为尔灵山，并建造了一座高大的炮弹形纪念碑。
他感慨战事惨烈，作诗一首：
尔灵山险岂难攀，
男子功名期克难。
铁血覆山山形改，
万人齐仰尔灵山。
至于下一步的行动，乃木心里没底，于是回国向大本营述职。
在大海上，乃木回想起这次惨烈的大战，陷入极度悲痛。
抵达倭国之后，乃木看到前来迎接他的陆军参谋总长山县大将以及大量平民，说了一句话：“吾乃杀乃兄乃父之乃木是也！”
然后，人群中痛哭一片。
于是，他作诗一首：
皇师百万征强虏，
野战功城尸做山。
愧我何颜见父老，
试问今日几人还。
乃木来到皇宫，开始向天皇述职。
乃木军司令官：“微臣乃木，在一切匮乏的情况下，临危受命担任第三军司令官，前往执行旅顺攻略战。在两次正面总攻击失败后，转而集中兵力全力进攻203高地。”
“然而，在四个月的时间里，敌人寡不敌众依然坚持奋战，给我军造成空前的巨大伤亡，倒在敌人刀剑以及枪林弹雨下的士兵们，临死前高呼着天皇班塞而欣然长眠。有了这么多忠勇爱国、视死如归的武士，尚且造成如此大的伤亡，对此臣感到终生遗憾。”乃木单膝跪地，大哭了起来。
在场的官员们无不悲痛万分，皇后用手绢轻轻抹着眼泪。
天皇也不禁悚然动容，派遣那么信任的干将去尚且如此吃力，如果换做别的将军肯定一败涂地。
天皇走上前去，拍着乃木的后背表示勉励：“乃木，你可知这次的对手是谁？”
乃木：“微臣一开始只知道是个乳臭未干的毛头小子，高干子弟，后来才知道不是如此。”
天皇：“在大战进行中，朕已经派特工查明了他的身份。知己知彼，百战不殆。”
“此人名叫恩基，虽然只是个少将，但却是个军长，可见其家庭背景与能力确实不一般。他是满洲军区副司令员安努大将之子，极为擅长防御作战，头脑灵活，见多识广，擅于发掘新式武器投入作战，比其他那些井底之蛙要强很多。”
乃木：“此次作战中，第三军领教了他的尖刺铁丝网、铁蒺藜、重机枪、连发步枪、雷击炮、游击队等奇技淫巧，败给这样不循常规的狡诈对手，臣没什么好说的了。如果是两军在平地上交锋，臣有必胜的信心，可这仗打得窝囊啊！臣有劲使不出来。虽然第三军打败了，但臣不服！”
天皇：“乃木，攻城自古就是无比艰难之事，十则围之，五则攻之，即便有十倍兵力也要付出巨大代价才能攻克堡垒。你没有输，只是对手更擅长防御罢了，眼下，你应该发挥你的野战特长。这个毛小子就留到以后再收拾也不迟，他困守孤城，兵力与弹药都越来越少，时间长了自然自己崩溃。”
海军军令部总长伊东：“陛下，北方舰队怎么办？”
天皇：“反正只是一群缩头乌龟罢了，就让它龟缩在旅顺港好了，眼下奉天会战更重要，朕要乃木的第三军马上北上，而不是在这个肉磨子里消耗殆尽！联合舰队可以靠南部署，先集中力量消灭远道而来的黑海分舰队，速战速决，再一举歼灭趁势出击的北方舰队。”
天皇：“乃木，你马上回到旅顺，带第三军北上，协助第一军、第二军、第四军同库罗帕的三十万大军在奉天决战。”
乃木感激地说：“谢陛下不弃，臣一定效死杀敌！”
乃木回到家中，发现静子正在院子里收拾很多砖头瓦片，原来大战之中，战死者的家属们对乃木不满，经常往他家扔东西，骂他是杀人鬼！
乃木军司令官：“静子，这些天来委屈你了！胜典与保典都灵魂飞天了，我.我对不起你！”
身穿破衣烂衫与乡下农妇无异的静子擦着眼泪回答道：“胜典是个好孩子，保典也是好孩子，两人都为国捐躯，我感到很光荣。”
乃木：“保典生前的愿望是要成为帝国陆军大将，可惜这个愿望再也无法实现了。”
静子泣不成声。
乃木：“胜典阵亡后，我专门要把保典调到后方去，那里安全，但这个孩子倔强的很，非要留在一线部队，跟战士们一起作战。”
静子：“像个男子汉！保典死得其所，不愧是一个真正的军人。”
在接下来的两天内，乃木去了很多地方，慰问阵亡将士的家人，天皇给的十万元抚恤金很快被用尽。
虽然家属们还是痛恨这个军司令官夺取了亲人的生命，但看到了这个为了帝国为了战争而操劳的满头白发的老人，原谅了这个军神。
两天后，乃木军司令官坐船回到了旅顺，带领第三军北上。
此时，经过的三次大战的残酷消耗之后，第三军只剩下八万人，其中有一半都是伤员，真正的生力军只剩下四万。
第三军一路经过大连、金州、营口，最后到达在海城的满洲军司令部。
大山总司令已经看了儿玉总参谋长对旅顺攻略战的调查报告，知道了攻城之艰难，然而亲眼看到这支原本生龙活虎的十万人的军队变成了现在这个德行，还是唏嘘不已。
目前，第三军由于消耗过大，在满洲军的四个军中战斗力最弱，对总战力的提升很有限，但多一分力量总聊胜于无。
在得知了第三军北上之后，恩基马上派侦察部队继续查看对方动向，看对手是真的撤退还是只是诱敌之计。
然而第三军一路北撤，直到海城才停止，恩基猜到了对方的意图后，连忙下令派民兵收复大连、金州，留守的只有敌人用来搜刮百姓的的小股后备部队，很快就攻了下来。
倭军的旅顺攻略战至此完全失败，先前占领的地区也被收复。
恩基胜利了，旅顺保住了！人们在欢呼雀跃着。
