有这么一名高中一年级生，他叫李智。16岁的他很喜欢动画，尤其喜欢冒险类的。比如“神奇宝贝”；他也很喜欢玩有关神奇宝贝的游戏，可以说是个“小专家”了。他的同学都戏称他叫做“小智”。小智呢也不生气，依旧很开朗，他是一个很乐观的少年。
这时已经是放了暑假，小智和朋友一起参加了夏令营。他们来到了一个山区。这里的风景十分优美，所有人都很喜欢这里，小智也很喜欢。一转眼，夏令营已经结束了，可是一行人依旧不肯离去。因为他们在这里玩得很开心，于是夏令营决定多开一天。可是悲剧也就在这天晚上发生了。
这天晚上，小智和几个伙伴一起出去找野果，他们发现这里的野果很美味。“小智！这里有野果，快来！”甲说道（这些都不是主要人物，就这么称呼了）。“来了！”小智应了一声。小智平常就是一个热心的人，朋友们有什么忙来找他，他都尽力帮。
采够了野果，几个人一起往回走。可是在路上甲一个不小心摔倒了，果子从袋子散落了一地，小智立刻上前扶起甲，“你没事吧？！”小智关切的问到。“啊！没事儿！我们先把果子捡起来吧！”“好吧！大家一起来吧！”说完，小智就朝大家一挥手，所有人都动起来了。小智捡的差不多了，就打算招呼大家一起回去，突然，他看到还有一个果子落在了一处滑坡前。
小智也没多想，就走上前，准备捡。可是意外发生了……小智一脚踩滑，整个人都滑落了下去！
其他人大惊失色，连忙跑到滑坡前，想要伸手拉住他，可是已经来不及了……
再说小智，一路滚了下去，撞上了一块巨大突出岩壁的岩石，这块岩石本来就摇摇欲坠，经小智这么一撞，整个也掉了出来，不偏不倚，就在小智正上方，只要小智一落地，立马岩石就会压上来。到时候性命就不保了……
很快，小智落地了，他绝望了，应为他很爱这个世界的一切，朋友和亲人，对他来说都很重要。他很想哭，可是他哭不出来，因为在这么短暂的时间内，是不允许他哭出来的。
很快，短短不到三秒种，巨石扑了过来。小智瞪大了绝望的眼睛……
突然，就在刹那间，一道白光从巨石上发出，笼罩了小智，小智顿时感到整个人被吸了起来，然后又被吸进了亮光里，紧接着，小智感到浑身上下透不过气来，仿佛窒息了一样，可是还是非常清醒，这让他感到非常痛苦，这种感觉每一秒都让他感到非常难受。
突然，这种痛苦的感觉消失了，一下子周围的环境变成了一个充满着未知物体的黑色空间，很像宇宙，但不是宇宙。这时，这个空间遥远的一端发出了一丝光亮，接着，慢慢地靠近小智。
很快，小智看清楚了这是什么——帝牙卢卡和帕鲁奇亚，神奇宝贝世界的传说中掌管时间与空间的神奇宝贝！“怎么会！？”小智的脑子里只闪过了这一个想法。“怎么遇上了这两个家伙！？”
帝牙卢卡和帕鲁奇亚都看了看小智，帝牙卢卡开口了：“少年！”这声音不大，但非常具有震慑力，“你很惊奇为什么会遇到我们吧？”小智惊讶的说不出话来，但他是还具有理智，微微点了点头。“其实非常抱歉！”帝牙卢卡再次说道，“在我们所掌管的世界里，发生了一起悲剧——一个名叫小智的少年被石头砸中了，昏死了过去，经过医院的抢救，任然无法阻止他的生命的流逝……虽然生老病死是每个人都要经历的，本来我们也没打算管，但就在这时，我们发现了你……”“所以你们就杀了我？！”小智打断帝牙卢卡的话，愤怒地吼道。
“不是这样的！”帕鲁奇亚连忙接过了话，“其实在我们发现你之前，你已经死了，现在的你，并没有肉体，只是灵魂罢了。”帕鲁奇亚解释道。“这么说，把我吸进这里的那道亮光，其实是你们把我的灵魂带了进来，而在那之前，我已经被砸死了？！”“没错。”帝牙卢卡又说。
“怎么会？”小智哭了，流下了眼泪，“我、我还有那么多的朋友和亲人啊……我、我不想……不想离开他们……”小智泣不成声。帝牙卢卡和帕鲁奇亚也叹了口气，“其实一开始我们也并没有打算带你来的，不过，我们不愿意看到生命就这样消失了，所以，我们决定将你的灵魂带到那个名叫小智的少年身上。由你去继承他的生命。而你会拥有他之前的记忆，不用担心别的。”帕鲁奇亚安慰小智说道，“正好你也叫小智，这也许算是天意吧……”“是这样……”小智心中不免掠过一丝失落。但是很快，他便想明白了，既然能重生，何乐不为呢。于是他在帕鲁奇亚和帝牙卢卡的带领下，重生成为了小智。
在现实世界中——“现在播报一则新闻‘一名高中学生李智，在夏令营活动中，不慎跌落山谷，被一块巨大的岩石砸中丧生，在此提醒广大观众朋友，在外游玩，一定要当心……’”小智的父母痛哭不已，不过在众位亲友的劝说下，缓过了悲伤，他们也坚强的活了下去。一年以后，这个家庭里诞生了一个新的生命……
故事回到了神奇宝贝世界，在一家医院的一间病房中，许多人围着一张病床焦急不安的等待着。这时，躺在床上的人睁开了眼睛。“小智……小智……太好了你醒了小智！太好了，可吓死妈妈了……”一位妇女抱住小智喜极而泣。“妈妈，别哭了，我这不好好的嘛……不用担心了！”小智缓缓说道。他也不知怎么的，条件反射般的就说了出来，“看来我不但继承了小智的记忆，我自己以前的记忆也没有失去，太好了！”小智暗暗窃喜。
过了不久，小智彻底恢复了，活蹦乱跳的。“小智！你后天就要出发了，明天我们就先去拜访一下大木博士，然后回来整理好东西，今天你就先早点休息好吗？”小智的妈妈花子（以后就称呼为花子了）问道。“知道了！”小智大声回答到。接着立刻就睡觉去了。
第二天，大木研究所里，小智，花子，大木博士，当然还有那个自称“天才”小茂，一起聚在客厅里聊天。
“小智，明天你就要和小茂出去旅行了，想来时间过得真快，你和小茂转眼就都15岁了……”“什么？！15岁？！不是10岁么？！”小智惊讶的叫了出来。“10岁？！你做什么梦呢？你是不是让石头砸坏脑袋留下后遗症啦！”小茂“毒舌”道。“对哦……10岁貌似太早了……果然，我就说嘛，怎么可能10岁就出去旅行嘛，动画里果然不能全信……岛国人太早熟了……”小智心想道（关于这一点，我不想多解释，10岁就能独当一面，显然不太可能，就算在天才也得有个度嘛。这里请允许我这一点调整），但是不能明说，小智只好挠挠头，尴尬地笑了一笑：“不好意思啊……这两天脑子有些乱……”“没什么！以后小心一点就好了。”大木博士和蔼的说道。
聊了一阵，大木博士带着小智和小茂到自己研究所后的庭院里——那叫一个大啊……大木博士就带着两人一边走一边聊，什么初始PM啊（叙述部分就称PM了，对话中会自动调整为‘神奇宝贝’），收服PM啊，还有石英大会啊什么的。走的也忘了时间。
这时小智发现了一直PM，这是一只皮卡丘！看它的眼神、毛色、听它的叫声，这分明就是动画里的那只嘛！小智心中一转：“先跟着原来的剧情走，不过我可不想被电……”
于是他突然开口对大木博士说：“博士，有精灵食物吗？”“有啊，不过你现在要它想做什么呢？”说着从兜里掏出了一小袋精灵食品。“喂神奇宝贝！”说着就拿下了食物，倒出了一点在手心里，慢慢蹲下，这些举动被那只皮卡丘看在了眼里，但它却没有逃。
“来，吃一点吧~~”小智慢慢地递过了手，皮卡丘任然没有逃，不过一脸警惕的望着小智；于是小智又把食物轻轻地倒在了地上，缩回了手，“吃一点吧~~”皮卡丘又看了看小智，闻了闻倒在地上的事物，有点想吃，但马上又望向了小智；小智问了问大木博士：“人也可以吃对吧？”“能是能，但是人的味觉和神奇宝贝可不一样，所以吃这种食物的感觉也不一样，不过无害。”听完后小智就望向皮卡丘，轻轻地捡起了一点放进了嘴里，微笑着看了皮卡丘一眼。皮卡丘这才有点勉强吃了一点，这一吃不要紧，一吃就大吃特吃起来，还不时地的朝着小智叫了两声，“pika~~pika~~”吃的很开心，一人一PM间的距离也拉进了。
很快到了中午，小智一家和小茂一家一起在研究所吃了饭。下午就各自回了家，准备明天开始的的旅行。
小智家——小智正在打电话。“小智，你确定要这样吗？”电话那头问道。“是啊！我真的很喜欢这个家伙，拜托您了！”小智有些哀求的说道。“那好吧！不过除了什么意外我可不敢保证哦……”“没问题，谢谢您！”电话挂了，小智开始憧憬明天开始后的旅行，一脸期待和满足的走回了屋……
