在这次大会选出的中央执行委员会和中央监察委员会中，蒋介石大量安插了自己的亲信人物，陈果夫、陈立夫、张群、朱家骅，以及何应钦、王柏龄、刘峙等人被举为中央执行委员。被蒋介石制服的西山会议派人士也都纷纷当上了执、监委员。这样，通过国民党三大蒋介石完全控制了国民党中央大权，排挤和打击反蒋的政治派别，巩固了自己在国民党内的地位。
2.《国民政府组织法》出台
南京国民政府存在的22年间，其体制和制度一直处于不断的变化之中，总的趋势是越来越具体，越周到。这种体制的变化从根本上来说反映了国民党上层，以蒋介石为首的统治集团内部的权力斗争，权力之争的结果是制度的变迁，具体反映在中央政府组织法，其中包括国民政府的组织法和总统府的组织法的制定、修改，前后共达13次。
1927年，蒋介石发动四一二反革命政变后，请国民党元老胡汉民出面组织中央政府，仍称国民政府，名义上是国民政府定都南京，吁请原广州国民政府领导人到南京行使职权（对武汉国民政府不予承认）。所以没有制定新的国民政府组织法，依旧沿用广州国民政府组织法。1928年2月13日公布实施的《修正中华民国国民政府组织法》是南京政府的第一部政府组织法。它规定国民政府由国民党中央产生，国民政府主席的地位权力同其他中常委是平等的，且不兼管军事。此后，南京国民政府多次修改《国民政府组织法》，直到1943年9月才基本确定了南京国民政府的组织制度。
南京政府组织法的变更，是不违背其根本大法前提下的变更，是国民党统治集团内部的权力分配与机构调整，并无制度理论上的创新，而是国民党统治集团内部派系斗争、各派实力消长与胜负，在组织制度上反映组织法的变更是有其内在规律的。各派势力相持斗争激烈时，取分权制；一派优势，压倒一切时，取集权制。
这一过程基本上可以分为几个阶段：1927年4月至1928年6月蒋介石初执牛耳，国民党反对派先后联合，联合中又有权力分配上的对立、斗争乃至战争。蒋介石一派在四一二反革命政变的基础上先行建立南京政府，又有军事上的优势，在政府中的地位优于其他派别，但还不至于独霸政权。其政治上的反对派汪精卫、胡汉民及军事上的反对派冯玉祥、李宗仁等实力存在，各不相让，包括蒋介石一派在内，谁也消灭不了谁。各派相互角力的结果是将矛头指向实力稍强的蒋介石，1927年8月，蒋介石曾被迫下野。此时蒋介石的主要目标是打败张作霖，“统一”全中国，不能不借助各派（主要是地方实力派）的力量。所以，南京国民政府成立时，蒋介石只任国民革命军总司令，而把国民政府的位子交能胡汉民。蒋介石下野不久，便又重新出山。
1928年2月召开的国民党二届四中全会进行新的权力分配：蒋介石任国民革命军总司令兼军事委员会主席，武汉方面的谭延闿任国民政府主席，各派均参加政府委员会。并承认了阎锡山、李济深、李宗仁、冯玉祥所掌握的军队、政权和地盘，相应成立了太原、广州、武汉、开封四个政治分会，分别由阎、李、李、冯掌管，便是这种政治格局的反映。1928年6月至1931年12月，经过几年的战争，蒋介石基本上剪灭了地方实力派，政治局势大不同前。先是1928年6月，蒋、桂、阎、冯四派对奉系的战争取得胜利，宣告“北伐”成功。四派共同对奉系作战，胜利、战功亦应分享。
不过，这不是蒋介石的打算，他通过1928年8月8日召开的国民党二届五中全会，决定实行训政，用以对各派施加压力，会上通过《整理军事案》，强调军政军令绝对统一，并决定取消政治分会。很显然，蒋介石企图以中央的名义削弱地方实力派的军事、政治势力，以集权于自身。蒋介石控制了国民党中央的大权，有优势，加上胡汉民支持蒋介石“统一”，故各地政治分会被取消。蒋介石于1928年10月10日出任国民政府主席，这种形势反映在此前公布的修改后的《国民政府组织法》。蒋介石比谭延闿的地位高、势力大，组织法上有所反映。但各派政治、军事势力依然存在，蒋介石的权力欲不能不受限制。
胡汉民支持蒋介石是想让他当中国的凯末尔，并非拥护他独裁，大肆宣扬加强党权，强调五院分掌五项治权。1928年10月组成的国民政府，胡汉民、林森、谭延闿、冯玉祥、张继等不同派别的代表人物分别担任了院长或副院长。在这种情况下，蒋介石明白，自己尚不能独步江湖，反映到政府组织法上，便是蒋介石主导的政府的权力有所增长，但是南京国民政府仍然是分权、均权制。
经过1929年和1930年国民党各派的混战，尤其是1930年的中原大战，蒋介石打败了冯、桂、阎各地方实力派，并且重创了汪精卫、西山会议派等政治反对派。胡汉民在1931年与蒋介石的约法之争中被扣押，被迫辞去立法院院长等职。至此，南京政权成为蒋派独占的天下，蒋介石身兼国政府主席、行政院院长、陆海空军总司令等要职。1930年11月和1931年6月的国民政府组织法，就是以法律的形式，承认、巩固蒋派以武力取得的胜利、权力和地位。
1931年蒋介石的独裁严重损害了南京政府统治集团反蒋各派的权利，激起他们的反蒋积极性。同时，1931年九一八事变，以蒋介石为首的南京政府实行不抵抗政策，引起全国的强烈反对，反蒋派正好利用蒋介石的被动局面，迫使他于1931年12月15日再度下野，辞政府的本兼各职。同年12月22日至29日召开的国民党四届一中全会，决定改变中央大权独揽于一人的局面，决定再次由各派分掌权力，联合执政。
蒋介石虽下野，实力尚在，以退为进，为了东山再起，在下台前做了精心安排。首先选择一位担任“不负实际政治责任”的国民政府主席林森。林森原为西山会议派，但此时已不介入派争，“爱清静”，各派均愿接受。接着，负最高行政责任的行政院院长孙科，因蒋介石的亲信们不合作乃至拆台，在任期不满一个月即行辞职，蒋介石、汪精卫于1932年年初联合执政，蒋介石任军事委员会主席，汪精卫任行政院院长，直至1935年底。
1931年12月30日公布的《国民政府组织法》反映的正是1931年反蒋派大联合斗争所取得的结果，从而打破了蒋介石一人专权，实行再分权。蒋介石受实力及现实政治格局所限，接受这个现实，另做打算。1931年12月的国民政府组织法存在时间比较长，直到1943年才作重大修改，但其间联合执政并没有维持很长时间。早在1932年初，蒋介石重新上台任军事委员会主席时，就开始以军事委员会为基地，大力发展个人势力。1935年12月，因汪精卫遇刺，蒋介石接任行政院院长，改组行政院，以亲信取代汪派骨干，国民政府最高行政机关再度为蒋介石掌握。国民政府主席不负实际政治责任，不存在与蒋介石争权、分权的危险。所以，1935年12月以后，政府组织法上是分权，实际上因蒋介石兼掌行政与军事而变为集权。
抗日战争爆发后，蒋介石先以战争之需，将军委会权力扩大相当于战时政府，又在1938年3月国民党临时全国代表大会上决议实行领袖制，设一位拥有当年孙中山当总理的权力的总裁，由蒋介石担任，党内会议制不复存在。1939年2月，国防最高委员会成立，蒋介石以国民党总裁的身份担任委员长。此为党、政、军一元化的最高领导机关，而且蒋介石可以不必拘于程序，可以行便宜之措施。蒋介石成为中国名符其实的领袖。
1943年8月1日林森逝世，9月13日国民党五届十一中全会选举蒋介石为国民政府主席。1931年公布的国民政府组织法，关于主席权力、兼职、任期等规定远远不适于现状，必须再改制，于是有了1943年9月对国民政府组织法的修改。1943年以后，随着蒋介石权力的进一步扩大，政府组织法再做充实，都充分反映了蒋介石的地位的巩固和权力的扩大。国民党内没有任何一派能改变个人独裁的局面，各种法规也只能起到保护、发展蒋介石的个人权力。
总的来说，南京政府组织法的修改和变更的中心目标只有一个，那就是反映和巩固蒋介石的权力。国民党内部的长期派系权力斗争中，蒋介石作为派系斗争的核心人物在不同时期、不同程度上左右着局势。根据形势不同，蒋介石拥有的法定的权力时大时小，有起有伏，他的策略亦有进有退，但他始终是一个支配全局的关键性人物，往往是在对各派斗争中最后的胜利者。
3．准备宪政
蒋介石在训政实施之时就曾经宣扬，训政时期不长，将很快过渡到宪政时期。1929年宣布训政期限为6年，即到1935年便要结束训政，召开国民大会。九一八事变后，社会各界人士要求国民党“结束训政，实行宪政”，国民党中的某些人士也表示赞同。1933年1月，南京国民政府立法院成立以孙科为首的宪法起草委员会。同年6月宪法初稿完成后，交蒋介石审查，蒋将初稿中国家体制采用内阁制改为总统制，由总统负实际责任。并删去了“军人非解职后不得当选总统或副总统”的条文，为自己以后垄断党政军大权创造条件，经过反复斟酌后拟提请国民党召开全国代表大会时审议通过。
1935年11月，中国国民党第五次全国代表大会在南京召开。由于国难当头，国民党内外呼吁“立息内争”，这次大会出席代表为历届最多的一次，显示了比较团结统一的气象。蒋介石在发表对外关系演说中表示：“和平未到完全绝望之时，决不放弃和平；牺牲未到最后关头亦决不轻言牺牲。”这表明蒋介石有可能修改对日政策。大会宣言还提出“开宪治，修内政，以立民国确实巩固之基础”，说“国民大会须于二十五年（即1936年）以内召集了，宪法草案并须悉心修订，裨益致于完善”。大会又通过“切实推行地方自治以完成训政工作案”、“召集国民大会及宣布宪法草案”等决议案。
1936年5月5日国民政府公布了《中华民国宪法草案》，亦称《五五宪草》。它共8章148条。这部宪法有以下几个特点：
一是采取权能划分原则，即中央政权由国民大会行使，中央治权由总统和五院行使；二是总统对国民大会负责，行政院院长与各部会首长均由总统任免，对总统负责；三是国民大会为中央唯一政权机关。但到1937年4月，修正后的《国民大会组织法》和《国民大会代表选举法》又规定对《五五宪草》进行重要删改，这就大大削弱了“国民大会”的职能，同时还规定国民政府大量增加国民党指定的国大代表名额。这就表明，热闹了几年的制宪和“还政于民”的表演，实际上是国民党在新的历史条件下维持一党专政的手段。宪草还对地方自治作了一些规定。
尽管如此，蒋介石和国民政府在国民党五大及其以后表现出的政治倾向还是较积极的，他们采取了一些比较现实的政策，并逐渐向联共抗日的方向转变，总的趋势是有所进步的。在五届一中全会上，林森当选为国民政府主席，蒋介石为行政院长。在改组行政院时亲日派遭到削弱，英美派人物增加，在政府机构中容纳了王世杰、翁文灏、蒋廷黻等“学界名流”，表现出一点开明姿态。
蒋介石在“以党治国”、“以党驭政”的原则下，国民政府虽名义上总揽中华民国治权，实际上只是政务的执行机关，其中行政院地位比较突出，监察院与考试院的职权行使极不充分，但从总体上讲，抗战前各院的工作相对较为努力。以立法院为例，对于各地法典的制成，建立新法律体制贡献良多，并且制定出政府机构组织法、公务员任用法、邮政法等60余部法规。
又如南京国民政府在高等文官考试制度方面，也执行得比较认真，在中国现代政治史与现代教育史上留下了积极的一页，对中国政治与人事制度的改革有一定贡献。主持考试院的国民党元老戴季陶和钮永建极力为国民党统治培养需要的人才，在考试院工作过程中，也在一定程度上表现了尽责尽力。
于右任在主持监察院时也曾做一些对违法官吏的惩戒工作。据《国民政府公报》统计，从1932年9月到1937年2月的5个年度里，中央惩戒委员会共发布惩戒决议书446件，处分各种违法犯罪官吏690人，其中13人被移送法院官判，对于打击腐败，净化社会风气产生了积极作用。
4．加强意识形态管理
南京国民政府时期，以一党专政为其统治牲的国民党，不仅把持着中国的社会与经济的命脉，而且在意识形成领域内也一手遮天。蒋介石及其政府对意识形态的管理是极具特色的，其管理手法不仅承继了古代文化专制的手法，而且渗进了近代法西斯主义文化禁锢的强暴，具有浓重的“党化”色彩，是这一时期意识形态管理上最突出的特色，它是国民党一党专政不可或缺的一环。蒋介石对意识形态的控制主要体现在以下几个方面：
一是强化思想管制。蒋介石认为三民主义是衡量一切思想意识正确与否的标准。蒋介石认为三民主义为中国惟一的思想，不应该有第二个思想来扰乱中国，1928年10月，国民政府颂布的《中华民国识破政纲领》中规定：“中华民国人民必须拥护国民党”， 国民党在其认为必要时，可对民众的言论、出版等自由权，“在法律范围内加以限制”。为了达到控制民众思想的目的，蒋介石国民政府在定都南京后不久就开展了“民众训练”运动。1928年7月通过的《民众训练大纲》中，第一项即为思想的训练，强调对普通民众必须灌输三民主义，使之认识并信仰本党是国民革命进程的惟一参谋部和领导者。
30年代初，蒋介石在围剿红军时对苏区开展了“特种教育”运动。为儿童开设特种小学，以达到“改造其心理”的目的，对于成人也实施特种教育，对其进行思想改造。对于中共的革命思想，蒋介石视如洪水猛兽，力求消弭这些思想的影响，以稳固自身的政治基础。抗战爆发后，蒋介石借口抗战救国，公开宣称只有“举国一致信仰三民主义”，方可外御国侮。为了镇压那些思想自由的始作俑者，1936年2月，国民政府颁布了《维护治安紧急办法》，规定：“遇有以文字、图画、演讲或其他办法“进行扰乱秩序、鼓煽暴动”的宣传者，可以武力弹压。而与此同时，蒋介石的言词、著作、讲演集却充斥城乡。为了防止民众思想“混乱”，1937年国民政府制定的《民众读物改进方案》中明确指出，思想必须统一。所有民众读物，以三民主义为根本出发点，不许有其他思想言论出现。
