嘉祐七年五月十三日（1062年7月17日），包拯正在枢密院处理公事时，突发暴病，便急忙退朝回家。
包拯在家中卧病不起，感到自己所剩之日已经不多，又想到自己的大儿子包繶已经去世，而小儿子包绶才刚刚五岁，自己去世后，以仁宗皇帝的性格必然会让自己年幼的儿子“荫补”做官。可是，包绶尚且年幼，并不懂事，若从小就受到功名利禄的利诱，以后必然会误入歧途，为害百姓。
于是，包拯思前想后留下了包氏家族千古流传的家训：“后世子孙仕宦，有犯赃滥者，不得放归本家；亡殁之后，不得葬于大茔之中。不从吾志，非吾子孙。”共三十七字，其下押字又云：“仰珙刊石，竖于堂屋东壁，以诏后世。”又十四字。而这押字中的“珙”，便是包拯年幼的儿子包绶。
仁宗皇帝得知包拯重病后，十分关心，派遣了专人到包府中赐予了宫中的良药。
嘉祐七年五月二十五日（1062年7月29日），包拯由于病势沉重，最终不治去世，享年六十四岁。
包拯去世的噩耗传出后，朝野震惊，全城都为之哀悼。根据史书记载，当时“京师吏民，莫不感伤；叹息之声，闻于衢路”。朝野上下纷纷前往包府为之祭奠，无不痛哭流涕。整个京城也都沉浸在一片悲伤之中。
仁宗皇帝听到这个噩耗后，也亲自来到包拯家中参加祭奠。看到包拯家中简朴的情况很是难过，听说包拯“居家俭约，衣服器用饭食，虽贵，如初宦时”，更是感叹不已。
仁宗皇帝授任包拯独子包绶为将士郎、太常寺太祝，封赠包拯为东海郡开国侯，礼部尚书，赐谥号“孝肃”。
嘉祐八年八月四日（1063年9月17日），包拯下葬于合肥城乡公城里（今合肥市东郊），妻子董氏请包拯生前好友，时任枢密副使的骑都尉、濮阳县开国子吴奎为其撰写墓志铭。吴奎在铭文中评论包拯道：“竭力于亲，尽瘁于君。峻杰高志，凌乎青云。人或曲随，我直其为。人或善容，我抗其辞。自始及终，言行必一……唯令名之皎洁，与淮水而悠长！”
一代名臣包拯自此溘然长辞，而“包青天”之名却流传至今……
朱熹称包拯：“复为京尹，令行禁止，立朝刚毅。”
欧阳修称包拯：“清节美行，著自贫贱，谠言正论，闻于朝廷。”
刘敞称包拯：“识清气劲，直而不挠；凛乎有岁寒之操。”
奉旨编集《资治通鉴》的司马光也曾称赞包拯：“仁宋时，包拯最名正直。”
《宋史》中评价包拯时说道：“公性峭直，恶吏苛刻，务敦厚，虽其嫉忠，而未尝不推以忠恕也。与人不苟合，不为辞色悦人，平居无私书，故人、亲党皆绝之。虽贵，衣服、器用、饮食如布衣时。”
