秦始皇统一六国后实行封建专制的中央集权政治，在当时是一种有利于全国统一的崭新的政治制度。可是一些笃信儒家经典、崇拜西周王制的人对此非常不满意，常常引经据典，非议新制度。
秦王嬴政三十四年（前213）的一天，秦始皇为了庆贺头一年打败匈奴等少数民族的大喜事，在咸阳宫举行盛大的酒宴，不仅全朝的文武百官出席了宴会，当时在学术思想上有名望有地位的70位博士也参加了。酒宴正酣，70名博士集体举杯向秦始皇敬酒，首席博士周青臣向秦始皇敬献祝词：“当年秦国的土地不过千里，且偏处西陲，幸赖陛下您的神灵圣明，才平定海内，驱逐胡人。如今，凡日月所照之处，没有不服从陛下的。以前的诸侯之地被今天的郡县所代替，天下人人安乐，再也不用受战争之苦，大秦帝国可以传之万世。自古以来的君王，没有一个能比得上陛下您的盛名与威德。”
秦始皇听了这些溢美之词非常开心，连连点头夸奖周青臣道：“说得好！说得好！”正是这番颂扬触怒了另一些旧思想的博士们。齐地博士淳于越突然大吼一声：“周青臣，你面谀陛下，是何居心！”淳于越上前对秦始皇说：“我听说，殷周两代国王传了一千多年，他们分封子弟功臣做诸侯，作为国家的辅弼。如今陛下统一了中原，子弟却毫无地位和实权。将来万一出个像当年齐国田常那样谋篡王位的乱臣贼子，又有谁能挽救得了那种局面呢？我听老一辈的人说：事情不照老规矩办而想要长久，根本就不可能。现在周青臣又当面奉承陛下，加重陛下的过错，我看他不是忠臣。陛下还是应当重新考虑关于分封子弟的事情才好。”
淳于越的观点与当年丞相王绾的观点一样，就是要实行分封制，秦始皇对淳于越重谈分封制的事情很是反感，但这件事关系到秦帝国的统治，于是秦始皇下令将这件事廷议。李斯当年做廷尉时就驳斥过丞相王绾提出的分封制，这次他自然又当仁不让地站出来驳斥淳于越的观点。
李斯说：“古时五帝治理天下的方法各不相同，夏商周三代治国的方法也并不完全沿袭前代，但他们各自都将自己的国家治理得很好。这并不是五帝、夏商周国君要标新立异，而是他们所处的时代不同，因此，治国的方法也要相应发生变化。如今陛下立大业、建万世之功，本来就不是一般愚儒所能明白的。况且淳于越谈的都是夏商周三代的事，天下的形势早已发生了重大的变化，还有什么值得效法的？那时候诸侯之间互相征战，所以才会广招游士，如今天下已经平定，法令出于一统，百姓应该致力于农工本业，士人应当学习法令。”
李斯说的这些话足以驳斥淳于越的观点，但李斯并没有停下，他接着又向秦始皇陈述了自己的看法，也正是因为李斯之后的这些建议让秦始皇下达了历史上臭名昭著的“焚书令”。
李斯继续说道：“现在有些儒生不学今人而只效法古人，还非难现实，祸乱百姓。臣冒死向陛下进谏：古代天下分散混乱，未能统一，所以诸侯之间才会互相兼并，在舆论上称道往古，虚言乱实，那时的人们认为自己私下学习的东西很高明，只知道用这些来诽谤君王所立的新制。而现在陛下已经统一了天下，但那些秉承私学的人却按照自己的学说来评判中央的命令，一听到皇上下发了诏令，就开始议论纷纷，不是心非，就是巷议。向陛下进谏只是为博取名望，认为标新立异才会显得高明，还煽动门徒造谣诽谤。如果不禁止这种局面，对上则降低皇上的尊严，对下则会形成结党营私，所以还是严加禁止才有利于国家社稷。”
分析了私学的不利之处后，李斯向秦始皇建议道：“凡不是秦国史官所记的历史书，不是官家收藏而是民间收藏的《诗经》、《尚书》和诸子百家的书籍，全部交到郡守处集中销毁。如果以后还有藏匿或聚众谈论《诗经》、《尚书》的人一律处死；敢借古时候的道理攻击当今政治的，要诛杀其全族；官员知情不报，判处同样的罪；命令到达30天之内不销毁书籍的，在脸上刺字并罚做四年修长城的苦役；医药、卜筮、农家之书不在禁毁之列；如果有人想学习法令，就跟着官吏们学习，不许偷偷地照着旧时代的古书去学。”
秦始皇觉得那些具有旧思想的人到处宣扬旧制度，确实是在妨碍他的统治。于是接受了李斯的建议，下令焚书。焚书的命令下达后，各郡县的官吏不敢怠慢，都立即严格地遵照命令执行。他们挨家挨户收集书籍，于是，短时间内，到处都出现了焚书的熊熊烈火，使得中国文化遭受了一次浩劫。秦朝以前的许多历史事实和学术思想从此失传，这就是秦始皇摧残中国文化的一大暴行。
秦始皇下令焚书，使得很多读书人都非常反感，不仅那些具有旧思想的人反对秦始皇的暴行，连一些在朝廷享受高官厚禄的博士，也在暗地里议论，说秦始皇这样压制舆论，摧残文化，做得太过分了。
然而，在焚书后的第二年（前212），秦帝国又发生了残暴的坑杀儒生事件。起因缘于两个替秦始皇求不死药的方士卢生和侯生对秦始皇的议论并逃跑一事。
统一天下的秦始皇取得了至高无上的权力，为了永久享有这样的权力，他妄想得到长生不老之术。公元前219年，秦始皇东巡到齐国故地，这时齐国的方士徐福闻知秦始皇有求仙长生的意愿，便投其所好说在东海有三座仙山，山上住有仙人，只要造几十艘大船，带上数千名童男、童女和鼓乐礼物就可以入海求见。于是，秦始皇便派徐福率船队带着数千名童男、童女和鼓乐礼物入海求仙去了。但徐福走后却一直杳无音讯。
公元前215年，等不到徐福的秦始皇又派卢生、韩终、侯生、石生等人陆续出海寻求仙人的长生不老之药。徐福一去不返，卢生空手而回，世上本就没有仙人，更无长生不老之药，卢生等人肯定只能空手而回。卢生为了交差，便向秦始皇献上伪造的“亡秦者，胡也”的图谶之书，暂时逃过一劫。
又过了三年，即公元前212年，找不到仙人的卢生用编造的“真人”来蛊惑秦始皇，并向秦始皇建议，隐匿自己的行踪，以免打扰“真人”光临。之后，秦始皇便以“真人”自称，不再称“朕”，同时下令在咸阳周围200里之内建造了近300座宫殿，以甬道相连，用帷帐、钟鼓、美人充实其中，供秦皇帝居住，如有人泄露秦皇帝的去处和住所，则处以死刑。
接着，又发生了秦始皇的侍从人员向丞相李斯泄露秦始皇不满他车队盛大的事件，秦始皇下令对当日的侍从人员进行审问，由于被讯问者不肯招认，所以秦始皇便将自己评价李斯时在侧的全体侍从统统处死。
这件事之后，卢生、侯生等方士就害怕了。他们一直未能给秦始皇找到仙人良药，又见秦始皇专断独行、随意杀人，于是就担心厄运终有一天会降临到自己头上。一天，卢生和侯生等人聚到一起议论朝政和秦始皇，谋划他们将来的出路。经过讨论，他们一致认为秦始皇是一个刚愎自用、自以为是、专任刑杀、迷恋权力的人，而按照秦朝的律法，所献之方如无效验，献方之人就要被处死。秦朝有300多人为朝廷占星望气，这些人虽精通占星望气之术，但无人敢直言进谏秦始皇，忌讳颇多，生怕一不小心说的话惹怒秦始皇而招来杀身之祸。
卢生、侯生等方士经过一番谋划，为了避免身遭横祸，他们决定神不知鬼不觉地离开咸阳。之后，这几人的行迹便无踪可寻。
秦始皇见自己派去寻求仙药的方士久久没有结果，心中不免也起了疑问，但寻求仙药一事已经闹得沸沸扬扬人尽皆知，他也只好继续等待。在卢生、侯生等人逃走后，秦始皇才明白自己被骗了，而这些江湖骗子又是他亲自从海滨请到京城咸阳，并赏赐甚厚，秦始皇深感此事有害于他皇帝的尊严，而京城又有很多儒生还借此事发挥，私下议论。秦始皇十分生气，说：“卢生，我待他这么好，他还诽谤我。凡是生活在咸阳的方士和儒生，都要审问，看有没有同党。”秦始皇给这些方士们定罪为“或为妖言，以乱黔首”，就是妖言罪。抓不到方士，秦始皇就下令把这些儒生抓来审问。被抓的儒生受不了残酷的刑罚，为了给自己开脱，就一个一个的攀连其他人，结果牵连出460多个方士和儒生。秦始皇盛怒之下，也不详细审问、查证核实，就命人在咸阳城外挖了一个大坑，将这460多人全部活埋，并通告天下，引以为鉴。其实，这460多人中，真正反对秦始皇的只有少数人，大多数人都是含冤死去的。这就是历史上臭名昭著的“坑儒”事件。
当时，皇长子扶苏向秦始皇进谏：“如今天下刚刚平定，远方百姓尚未宾服。这些儒生都是读书人，皇上用重刑加以惩罚，恐怕会引发天下的不安。”但秦始皇根本就听不进去这些劝谏，反而盛怒之下还将扶苏贬出京城，派往北方到蒙恬长城军团担任监军。
“焚书坑儒”事件的发生，其实是秦帝国建立后意识形态领域内新旧两种思想激烈斗争的产物，这也是秦始皇继续推行以法治国路线的必然结果，是将韩非子在秦统一六国之前提出的“明主之国，无书简之文”的理论变成了现实。
秦始皇试图通过“焚书坑儒”这种极端措施来控制人民的思想，开了愚民政策之先河，也结束了春秋战国以来思想文化界百家争鸣的局面。从此以后，秦朝宫廷里真正有学问的人大大减少，而那些专门阿谀奉承、欺上瞒下的奸贼如赵高之流，逐渐成了秦始皇身边的重要人物，秦朝开始走下坡路了。
