15年前，也是个苦难的时代，
全世界在法西斯的狂疾下痛苦呻吟，
我有机缘来到这块宝地。
我的身份是科学家兼人道主义的科学家，
我的血液中有伽利略的传统，可我
又是司马迁一派的读书人
——李约瑟
1942年秋，李约瑟以英国大使馆科学参赞的身份被英国政府派往中国，同被选中的还有牛津大学希腊文教授E·R·多兹教授。那时正是二战的关键时刻，英国文化委员会和英国生产部门等机构资助他们，成立了一个“英国文化科学赴中国使团”。访问与支援战时的中国。
在这之前，沈诗章去了美国耶鲁大学任教；王应睐在李约瑟帮助下得以在剑桥继续研究，1945年回到中国，新中国成立后，任上海国立生物化学研究所所长，后又担任中国科学院上海分院院长；鲁桂珍1939年便离开剑桥，作为中国科学界的代表与语言学家赵元任参加第6届太平洋科学大会。之后留美从事研究工作。
李约瑟来华之前，为熟悉中英文化交流的具体事务，赴华盛顿参观英国中央科学事务所。离美前，李约瑟与鲁桂珍已约定好，要在中国科技史方面作点文章出来，他们在各自未选择研究方向前订下了关于研究“中国科学技术史”的粗略计划。
李约瑟与多兹即将赴华的消息使中国科学界欢欣鼓舞。《大公报》等多家报纸对此作了广泛报道。
1943年，怀着激动的心情，李约瑟与多兹一起飞越喜马拉雅山，来到他魂牵梦绕的中国。临行前，他满怀着向往与期待，那产生古老文化的土地，博大精深、敦厚仁义神秘的儒道哲学的发源地，现要身临其境，李约瑟情不自禁地激动起来。
李约瑟到中国后首先访问了昆明。
1937年卢沟桥事变，平津沦陷。国立北京大学、清华大学与私立南开大学奉命迁移，辗转到昆明，成立“国立西南联合大学”。当时中央研究院与北平研究院以及清华的近10个研究所还有一些工厂，都集中在昆明。
李约瑟在昆明的数周内，利用来中国千载难逢的好机会，马不停蹄地参观、访问。他看到西南联大的艰苦。各系都是简陋的平房，四周以泥砖砌成，屋顶用瓦或薄铅片……内部地面是用土和少许水门汀铺成的，研究和教课用的实验室装配，在这种环境下，都用尽心思和智巧。他看到联大的教授们住简陋的老式房，薪水不足以自保只能用兼课、刻字甚至自制肥皂来维生，实验设备严重缺乏，却能用一些叹为观止的替代品，他们却能乐观地工作生活，仍然严谨治学，捷报频传。
例如，北平研究所研制的水晶、资源委员会制造的整套无线电导航设备都在被盟国广泛使用，而昆明防疫所制成的疫苗比西方的血清还好，从而在军队上得到广泛的应用。
李约瑟重点参观了西南联大的理学院。他看到物理系的研究有条不紊。理学院院长吴有训曾对证实近代物理中关键的康普顿效应作过突出贡献，现在因实验设备的缺乏正转向理论研究。建国后成为各学科的权威的华罗庚、王竹溪、马仕俊、马大猷等都潜心于学术研究。西南联大为中国培养了大批毕业生，其中马健雄、马大猷及诺贝尔奖获得者扬振宁、李政道，这些后来名誉全球的知名学者皆出于此。李约瑟看到师生们振奋精神，治学严谨，颇为感动。此后，李约瑟多次向联大输送图书仪器。
除西南联大外，李约瑟还参观了中央研究院和北平研究院、清华的矿冶研究所、无线电物理研究所、结晶物理研究所、普遍生理研究所及植物病理研究所等等。距清华研究所不远，李约瑟还参观了教育部的医药研究所、国立中央防疫处及云南大学等等。
抗战期间，英国文化委员会拨出35万英镑资助中国的科研机构，由李约瑟具体实施，这种资助给中国科学界带来了极大帮助，如向清华无线电研究所运送大桶稀有气体，向黑龙潭北平研究所提供制造显微镜用的几大箱光学玻璃，少量蕃红花碱送到四川农业试验所，一些研究组织学、细胞学所用的染色药品，用飞机送到了远离重庆的兰州、西安、福建等地。这些工作不但解决了中国科研机构所面临的物资困难，而且更重要的是使中国科学家在精神上不再感到自己是与世隔绝的科学“难民”。
在履行他支援与访问责任的同时，李约瑟还趁此机会流连于云南的青山绿水，更重要的是他能够看到古老神秘的庙宇道观。使李约瑟难以忘却的是他与几位中国科学家的西山之行。他们兴致勃勃的人文考察。游迭翠层林，览众多名胜。华亭寺、太华寺与三清阁久负盛名。“首先看到的是两座佛寺，第三个是道观，我们对后者更感兴趣，因为我们深知古代道家思想对科学的兴趣。这座道观叫作三清阁，是一座劈岩而成的优美圣祠，建立在一个几乎是绝壁的半山上。当我问到所谓三清者究指何人时，同行伴者却无人知晓此事。”那时，李约瑟已在与中国科学家的交往中丰富其中国文化科学的知识，为SCC作准备工作。后来他知道所谓“三清”，是道教所指的属于三清天、三清境的三位神仙，居于清微天玉清境的元始天尊（天宝君），居于禹余天上清境的灵宝天尊（太上道君）还有居于大赤天太清境的道德天尊（太上老君）。
李约瑟访问昆明之后，便直接到了其援华工作的基地重庆。
“重庆本身像伦敦市之一部分，并非科学中心。重庆城市位于一组山丘上，地当嘉陵江入扬子江之口，形势颇为重要。新建的屋宇，在被炸区，正如雨后春笋一样，发芽而出”。“天空常常是灰色——没有人认为它是一座迷人的城，可是任何地方下达江边的景色都很美，远处的天际线也是如此，我不能说重庆没有迷人的地方”。
3月22日到达重庆后，李约瑟便拜访了国立中央研究院总干事叶企孙，研究战后中英合作问题。23日教育部长陈立夫设宴为他接风洗尘。4月9日，中央研究院为他们举行欢迎茶会。各部门对于李约瑟及陶育礼（多兹中文名）不辞万里的援助深表谢意，并希望他们此次活动更能激发起两国反侵略的决心，加强两国友好合作。
来重庆之后，李约瑟更致力于帮助中国科技界的发展。他上书英国驻华大使霍勒斯·西摩爵士，希望在重庆创办一所为帮助中国科学界从印度和英国采购仪器设备和化学药品的服务机构——“中英科技合作馆”，具体使命是：
1、保持中西双方科技界的接触：包括公私机构及个人之间通讯传递和交换论文、著作、标本、种子、茵苗等。
2、供应科技特资：按照各单位所需名目，分赠英版图书、期刊（或其缩影胶卷，以减轻运输困难）、标本、图片，并代办中国不能自制的科学仪器、药品。
3、推荐国内学者研究论文至欧美著名杂志上发表。
4、接受科技问题的咨询：本馆中英籍理、工、农、医人员分头兼任有关单位义务顾问，并常作专题讲演。
5、资送或邀请中国学者赴英研究考察，征聘英国专家来华讲学。
作为主管上司，西摩爵士办事果敢坚决，他十分欣赏李约瑟的学识与人品，力排众议，给李约瑟以帮助与支持。在西摩多方奔走与国民政府行政院中国国防科学促进会的资助下，李约瑟终于实现了愿望。
1943年6月，伦敦方面批准了李约瑟的建议。“中英科学合作馆”与“英国文化委员会驻华机构”是并列的。李约瑟理所当然地担任了科学合作馆的第一位馆长。他原来的驻华代表之职，由后来从伦敦来的地理学家罗士培担任。
科学合作馆被批准建立以后，李约瑟没有来得及品尝胜利的喜悦，便投入了艰苦的建设当中。六月酷暑，李约瑟在几间破败的平房中办公，体验着创业的艰辛。阴雨季节到处是绿色霉菌，潮湿烦闷。雨稍停，骄阳似火，湿度陡升，潮气上涌，真的如蒸笼一般。
就在这种条件下，李约瑟仍然信心十足、情绪高涨，为合作馆的事务东奔西跑而乐此不疲。科学合作馆被批准的当晚，李约瑟便与同事们着手工作，把当时的各大学及科研机构所需物品名目及估价列成表格，作为第一批订单，送交要回伦敦的外交部专职信使。
到了第二年的1月，英国政府又批准他扩建机构并建造科学合作馆，向英国征聘高级科技人才以扩大阵营。经过李约瑟长时间的筹划，1944年7月，中英合作馆新馆落成。
在此期间，李约瑟的夫人李大斐博士做为扩展后的第一位应聘者来到中国。正如李约瑟的第二位秘书曹天钦所说：“李约瑟在生物化学及胚胎学上的成就，他同中国人民长时间的友谊和他从事中国科学技术史的探索，李大斐都是一个积极的、坚定的、不声不响的支持者和忠实的伴侣。”李大斐来到中国后，立即投入紧张的工作，废寝忘食每天工作达10小时以上。她与李约瑟双双竭力支持中国科学界，在这段时间里也曾多次作长途考察。李约瑟的成功，李大斐功不可没。
在这期间，鲁桂珍也应李约瑟之邀，来重庆与其共同工作，担任营养学顾问，经管医院的医药事宜，鲁桂珍又参加了在重庆的中国营养学会。鲁桂珍回重庆还肩负着另外一个使命，便是如前约开始了中国科技史和中国医学史方面的初期工作。
这时，科学合作馆中除李约瑟外共有6位英国科学家和10位中国科学家以及14名中英籍工作人员。
初期创业阶段过后，李约瑟便开始了他紧张忙碌的中国之旅。
“在中国的4年，对我的命运具有决定性的意义。我们在那里设置了中英科学合作馆。为此，我们进行了长达数千里的旅行，到了非日本人占领区的地方，访问那里的所有大学、科学研究所、铁路和工厂、兵工厂以及各类与科学技术有联系的企业”。
黄兴宗作为李约瑟的第一位秘书，在其回忆中说：“我一身兼充他的秘书、随员、翻译、计时员、旅伴、协作者，获得独一无二的特权，能够非常亲近地直接观察这位行动中的李约瑟。我们分享着战时中国旅途上的艰困和严酷。迈出长城，沿着‘丝绸之路’去到西北的敦煌，也曾通过东南各省葱翠的山岗峡谷到达东海之滨的福州。我们分享过兴奋、沮丧、危难、脱险、欢乐和失望。从李约瑟其人，从作为自然科学家、人文学家、历史学家、哲学家、政治学家以及组织者的李约瑟那里，我不能不获得相当多的启迪和知识。”
李约瑟正是这样，颠簸于大半个中国，为中英科技合作几乎呕心沥血。他与工作人员经海陆两路向中国运送科学仪器物资，紧急情况下还通过科学合作馆在印度的代理人购办急需物资，由英国皇家空军飞机迅速运到昆明，再分发到各地。无数科学新书籍、杂志、翻印本，一箱箱仪器与化学品、一包包特殊种子与幼苗，以及英国与印度特地为战时中国科学家所备的资料从中英科技合作馆流向各地，同时也有中国科学家的研究报告和农业材料，从这里到达英国，提供给科学家们。
在中国，李约瑟参加了各地无数个座谈会，交换中西科学的消息，虽然太忙，顾不上潜心进行写作，但李约瑟并没有忘记他的SCC计划，这段游历给李约瑟提供了一个千载难逢的机会：既可获得中国人民和中国文化的感性认识，又可在暇余时收集有关中国科技史的资料。
他曾经流连于成都的旧书市，因为战争的影响，古籍书真如美玉蒙尘，价廉物美，李约瑟曾不无得意地致信友人：“昨天我去成都买书。我们的书单（例如中国数学史、天文史、道教史、炼丹史等等）所列的，除一种外，统统买到了。九大本书只花了477元（我们应当记住，两个人好好吃一顿饭要花100元以上）。”
在中国他还认识了许多对古籍有许多有趣的新见解的学者。比如著名的史学家侯外庐。那时在侯外庐看来，李约瑟那时已能阅读中国古代著作，能懂，也能简单地表达对中国古代哲学的见解。但李约瑟毕竟是誉满东西方的李约瑟，他还是让侯外庐大吃一惊并由此而生钦佩之心。那是在著名经济学家冀朝鼎介绍下，李约瑟向他请教《老子》的有关哲学，李约瑟向侯请教《老子》中一句话的意义，而这句话正是老子思想的精髓，历来中国学者也感困难。侯外庐爱其精神，于是耐心地用《资本论》中的一些观点对李约瑟作了详细的解释。这让李约瑟茅塞顿开！
在四川乐山，李约瑟结识了石声汉。石声汉曾留学英、德，不仅是植物学专家，而且在生物化学、有机化学、历史学、文字学、音韵学和农学方面颇有造诣。后来他因整理《齐民要术》而闻名。初次见面，虽然并没有进行学术交流，但是，李约瑟却从石声汉身上看到中国古代文人的风采，石声汉的潇洒幽默、中国古诗词遣词造句之精炼，营造氛围之生动，深深地铭刻在李约瑟脑海里。
乐山到李庄的船上。木船、扎白色帕子的船主、喂奶的女人；微雨、薄雾、急流。这时石声汉触景生情，在纸上写下了元初蒋捷所作一阙《虞美人·听雨》
少年听雨歌楼上，
红烛昏罗帐。
壮年听雨客舟中，
江阔云低，
断雁叫西风。
而今听雨曾庐下，
鬓已星星也。
悲欢离合总无情，
一任阶前，
点滴到天明。
李约瑟读了之后，为其意境、韵味所震撼。当时便与黄兴宗将它译为英文，记在日记中。石声汉为了排除《听雨》所带来的感伤郁郁，又高声朗诵了一首《凉州词》
葡萄美酒夜光杯，
欲饮琵琶马上催，
醉卧沙场君莫笑，
古来征战几人回？
这首诗又调起大家的愉悦心情。大家从葡萄酒聊到三人都喜爱的蘑菇。正在此时，他们抬眼看到岸边，一行人走在田间的小径，擎着伞，在雨中快步行走。这时石声汉突然叫道：“咱们发现了一种新的蘑菇，（人蘑菇）”这个玩笑与石声汉的幽默一起留在了李约瑟的记忆中。
还有一段经历，不仅映照了李约瑟求知的孜孜不倦精神，而且体现了中国学者“知之为知之，不知为不知”的严谨的治学态度与坦荡胸怀。李约瑟为了中英科技交流事业，不避艰难地在大半个中国进行“长征”。
1944年4月底的一个夜晚，李约瑟在坪石拜访了著名经济学家中山大学教授王亚南。他们在旅馆的阳台上，晚风习习，月儿娟娟，在飘摇的烛光下，他们畅谈古今。对于中国历史文化传统哲学的探讨，不时撞出智慧的火花，直至深夜，仍觉意犹未尽。临分手时，李约瑟突然又提出一个要求，希望王亚南从历史与社会的角度来分析一下中国的官僚政治。王亚南有些尴尬，最后还是坦然地说明自己对此尚没有深入研究，成果既出，一定奉告。以后几年中，王亚南一直注意收集这方面的材料潜心研究，5年之后终有成果硕然。他先后撰写了17篇这方面的论文，在历史和经济背景下分析官僚政治及其基本矛盾官民对立，对其门阀观念、科举制度以及特有产物儒家哲学进行独特的剖析，指出了中国官僚政治的前途，为李约瑟后来的SCC研究提供了可靠依据。
战时，李约瑟经常在各种场合表白自己的志向，愿意今后在中国科技史和科学思想史方面有所创作，以消除西方人的误解。在中山大学史学院，梁家勉在中国古农史方面渊博的知识及独到见解，使李约瑟击节叹赏，以至忘食。到1944年底，李约瑟对中国文化已有了相当的造诣。他在浙江大学作了《中国科学史与西方之比较观察》。他指出，中国儒教注重人伦，不谈天然，与道教不同，故炼丹本源于道教。至宋儒始有科学精神，以其兼佛、道也。又指出，中国对于炼丹、营养化学及教学上之贡献，不亚于他国，但近代科学未能兴起，是由于地理、气候、经济与社会四个抑制因素所致。后二者乃由中国之无商人阶级所致。地理环境方面，中国为大陆国，故闭关自守，固步自封，与希腊、罗马、埃及之海洋文化不同。气候方面，因雨量无常，故不得不有灌溉制度。因此，地主尽为一国之王所吞并，而封建官僚基础制度不可消灭，商人无由兴起等等。
李约瑟讲完之后，与会者展开了激烈的讨论。竺可桢认为，假如近代科学以实验科学来理解的话，那么，中国人不喜欢动手作实验，也是近代科学不能兴起的一个原因。教育家郑宗海提出：在《史记》、《汉书》的《货殖列传》中，一般史学家对商人竭力排斥，而对儒术大加赞崇，这在历史上结果使士大夫尊居高位，商工阶级一蹶不振，这是教训之一。化学家王□说，《汉书》已记载有炼丹术的起源情况。以后，魏伯阳的《参同契》、葛洪的《抱朴子》以及六朝梁陶弦景等，均为著名的例证。他们所用的术语，与阿拉伯、西欧完全相同。数学家钱宝琮认为，中国科学之所以不兴，由于学以致用为目的，且无综合抽象之科学，不用縯绎方法，更无归纳法……这次讨论持续到深夜11点，与会者全都踊跃发言，因时间有限，许多人因没来得及发言而抱憾。
