廷议得到慈禧与光绪的认可，9月1日，清政府颁布“预备仿行宪政”上谕，决定从改革官制入手，令载泽等编纂官制、孙家鼎与奕劻等总司核定。11月7日，孙家鼎等在上疏中说：“此次改革官制，即为预备立宪之基；自以所定官制与宪政相近为要义．按立宪国官制，立法、行政、司法三权并峙，各有专属相辅而行，其意美法良。”并指出中国“今日积弊之难清实由于责成不定。推究厥故，殆有三端。一则权限之不分。……一则权职之不明。……一则名实之不副”。为改变上述积弊，他们提出三个办法。第一，“首分权以定限，立法、行政、司法三者，除立法当属议院，今日尚难实行，拟暂设资政院以预备外，行政之事则专属之内阁各部大臣、……司法之权则专属立法部，以大理院任审判，而法部监督之，均与行政官相对峙，而不为所节制。此三权分立之梗概也。”第二，“分职以专任。”建议将政府各部门分为外务、吏、民政、度支、礼、学、陆军、法、农、工商、邮传、理藩院等11部，各设尚书一入，侍郎二人。并强调“专任之法，内阁各大臣同负责任”，除外务部外，“其余均不得兼充繁重差缺”。目的是“要使责有专归，官乡滥设。”第三“正名以核实”，将巡警归为民政部；户部更名为度支部（财政、税务并入）；兵部更名陆军部（练兵处、太仆寺并入）；刑部归于法部；商部改为农工商部；理藩院改为理藩部等等。他们认为，“若是者，责成既己明定，积弊庶可廓清”。这些主张得到慈禧与光绪帝的同意。1907年，中央设资政院，孙家鼐又奉旨与博伦等会同军机处拟订资政院院章。院章规定，资政院有议决国家预算、决算、税法、法典等方面的权力和“自行草具议案”的权力，各种国家大事首先要经它批准。
孙家鼐参与拟定的上述奏疏和院章当然有很大局限，但它毕竟改变了自隋以来沿袭了一千多年的三省六部制，而且这一改革基本上体现了三权分立的原则，对中国传统的政治制度无疑是一个巨大的冲击。从某种意义上说，这一改革是中国政治近代化的起步。奏疏和院章不是由孙个人拟定的，但他作为拟定人之一，无疑体现了他的政治主张即君主立宪。虽然立宪之说在当时已是可以公开议论的政治话题，算不得先进，但较之那些抱住封建专制不放，认为君主立宪“有百害而无一利”，反对任何政治变革的顽固派，在思想和行动上要开明得多。而且孙家鼐还认识到制定改革法案诚属不易，贯彻法案更为困难。他说：“制法固求其尽善，徒法不能以自行，必能有办事之精神，而后有改良功效”。只有“大小臣工顾名思义，视国如家，无自私自利之心；有任劳任怨之实，各修职事，共济时艰”，才能达到改革的目的。这个看法是比较深刻的。
此外，孙家鼎还主张改革地方官制，并试行地方自治。他认为“设官分职，皆以治民，则视民之官尤为紧要，……欲改定官制以治今日之天下，当从州县起，……譬如筑室先从根基做起，逐渐加高，自然稳固。”为此，在核定中央官制之后，又与奕劻等受命续订各省宫制，并与督抚筹议预备地方自治。
在参与政治变革的同时，孙家鼐还致力于民族经济的发展。由于孙家鼎一家本是盐商出身，因而他本人不像一般封建士大夫把工商业视为末流。在他的影响下，他的两个儿子孙多森与孙多鑫早在1896年就着手筹办上海第一家机器面粉厂阜丰面粉公司，有资本白银30万两，1900年正式投产并不断获得发展，1906年孙家鼐和候选道马吉森在河南安阳联合创办广益纱厂。由于经营有方，生产规模不断扩大，办厂仅仅一年，资本额便达近70万元，有纱锭22344枚。广益纱厂不但是1895年至1906年这一时期河南唯一商办棉纺厂，也是中原地区最主要的棉纺企业之一。它与当时在全国各地创办的12家纱厂，改变了过去棉纺业偏重织布的局面。而且，由于当时新设棉纺织厂主要集中在江浙一带，所以安阳广益纱厂的创办，对于推动棉纺织业由沿海向内地的发展，具有十分重要的意义。
综上可以看出，无论在戊戌变法时期或是变法失败之后，孙家鼐都不是一个故步自封的守旧分子。他是统治阶级中趋向进步、讲究改革实效而又脚踏实地的开明人物。他的业绩在维新运动史上应当占有一页。对于一个位尊却无实权、又处于最高统治阶层之间权力争夺十分激烈中的一个帝师来说，他的进步尤为可贵。
世代书香之家
孙家鼐出生在一个世代书香之家。曾祖孙士谦曾任乾隆年间的刑部郎中，祖父孙克伟是贡生，父亲孙崇祖亦是池州府的教谕。排行最小的孙家鼐，理应最受宠爱，但他父亲治家极严，要5个儿子都走读书做官的道路。老太爷去世后，寡母则挑起全力培养儿子进学应举的重担。她常说：“朝内无人莫做官，家门无官莫经商。”皇天不负苦心人，她的5个儿子后来都成为朝廷所倚重的能吏，这就是寿州城内太傅第门上的对子“一门三进士、五子四登科”的出处。
古城寿州，自古文人辈出。过了几年，不知哪位酸秀才又在孙家门联上续了个“尾巴”：“一门三进士三不进士，五子四登科四未登科。”人们仔细一算，此话倒也不假。因为五兄弟中家泽、家铎、家鼐都是进士，而老三家怿不是进士，故云“三不进士”；老四家丞又未举孝廉，故云“四未登科”。但五兄弟中有四个侍郎，家泽是礼部侍郎，家铎是户部侍郎，家怿是工部侍郎，家丞是吏部侍郎，只有家鼐做到了工部尚书、礼部尚书、吏部尚书，又是清末朝廷的第一任管学大臣、光绪皇帝的老师，朝廷恩赐他在家乡建造“太傅第”。如此的朝廷大红人，在当时的安徽寿州，真是威震千里了。
俗话说“伴君如伴虎”，但孙家鼐一生没有大的坎坷，这与他谨小慎微、自奉简约有关。孙家鼐出任光绪帝老师的几十年间，正是清王朝走向没落、帝党和后党矛盾日益激化的时期。孙家鼐既是皇帝的老师，当然属于帝党，所以他积极赞同变法，主张“国家欲富强，首先要开办学堂”，赞同维新派关于“开民智”、“通下情”的呼吁，并参加了康有为等创立的强学会的活动，在“百日维新”中奉旨创办了京师大学堂（北京大学的前身）。但是，帝党的种种活动，无不处在慈禧太后的监视之下。孙家鼐深知自己只能在帝后两党中作些折中调和，所以他不像光绪皇帝的另一位老师翁同龢那样锋芒毕露，故而当“百日维新”失败，皇帝被囚瀛台，“新政”皆遭废除时，独独保留下了孙家鼐主持的京师大学堂。后来慈禧企图废除光绪帝，搞什么立储“大阿哥”，孙家鼐强谏不成，便称病辞官。此举不但没有引起慈禧的忌恨，反而在庚子事变之后，把他提升为吏部尚书、体仁阁大学士、文渊阁大学士、武英殿大学士、资政院总裁。
回头看看百年前那场朝廷内部的政治风暴，孙家鼐能身居帝党和后党之间而未伤毫发，足见他为官的谨慎和圆通。最能说明他为官精明的，莫过于他奉命查办“杨翠喜案”一事。杨翠喜本是天津著名的歌妓，被庆亲王奕劻的儿子载振看中，袁世凯手下红人段芝贵侦得这一情报，为了巴结庆亲王，就私下花巨资买下杨翠喜送入庆王府，段芝贵也就得到了黑龙江省巡抚一职。
此事在京津一带掀起轩然大波。御史赵启霖参上一本，说是“上年贝子载振往东三省，通过天津，段芝贵充当随员，逢迎载振无微不至，以一万二千金于天津大观园买歌妓杨翠喜，献之载振。其事为路人所知。复从天津商会王竹林借十万金，以为庆王奕劻寿礼……”慈禧见折后大怒，着派醇亲王载沣和大学士孙家鼐前去查办。庆王府闻讯后，急忙让杨翠喜化了妆，乘车从庆王府后门出去，辗转回到天津。载振和段芝贵为堵众人之口，又花巨资把杨翠喜嫁给了天津一富商。富商白捡一个名歌妓，何乐而不为？天津市民见杨翠喜已回了天津，议论也就渐渐平息下来。孙家鼐本来就觉得王府里的桃色新闻深究下去于朝廷不利，现在既然舆论已平息了，也就顺水推舟，回禀慈禧“查无实据”。说真话的御史赵启霖可惨了，以“奏劾不实”的罪名被革职。
孙家鼐对家人子弟要求则十分严格，流传了不少生动的传说。有一年孙家鼐省亲，按常规从北边来的人马均从北门入城，寿州县太爷及州府等地方官员早已鼓乐齐备，在北门等候。谁知孙家鼐得知这个消息后深恐太张扬，连忙吩咐车马改道，从小路绕至东门悄悄入城。到家后，县太爷前来向他见礼，他不接受，说“在京城里我是官，在家里我是你的臣民”，执意要县太爷坐上首。亲戚朋友们有来道喜的，也有来诉苦的。他的亲侄子诉说，家口太多，生活困难，请老太爷在京城里为之谋一职。孙家鼐立即说：“我家在下塘集有一块地，大概有几百亩，你去收租吧。”
另一广为乡民称赞的，是孙家鼐家教极严，并且以身作则。他一生不纳妾，只有一个儿子、两个孙子和两个孙女。儿孙都未做官而成良医，擅长疮科，常免费为穷人治病。他们住的北京旧帘子胡同1号的府第至今仍在，门脸就像普通的民居四合院，毫不起眼。
据说孙家鼐一次省亲回乡，曾独自微服回访一个长辈，出城门时迎面碰上一个挑粪担的壮汉。那壮汉走得太急，把粪溅在了孙家鼐的衣服上。孙只是看了他一眼，并未出声，而那壮汉却大声吆喝道：“我是状元家种田的，溅脏了你的衣服，你敢把我怎么样？”孙家鼐一字一板地说：“状元家种田的也要讲道理，不能仗势欺人呀！”后来人们告诉那壮汉，你碰到的那人正是孙状元。壮汉懊悔不迭。通过这件事，孙家鼐深感家风问题严重。一个状元家种田的就敢于在大街上任意撒泼，其他各房子弟、七大姑八大姨还能了得！于是严定家规，不许后代奢侈胡来。孙家老人至今仍记得家规上有：20岁之前不许穿丝绸，不许穿皮毛；举止须以《仪礼》为准则；如有偷、抢、奸等行为，族长有权给予严惩等等。
咸丰九年到十一年间，对于寿州孙家来说，实在非同寻常。这期间既有孙家鼐高中状元的大喜大庆，也遇上了地方武装势力苗沛霖破城屠戮的惨祸，致使孙氏家族百余老小一夜间惨遭毒手。此旦夕祸福所带来的升降播迁和人事沧桑，不能不在孙氏后人的感情上烙下深深的印记。那年头正是太平天国和捻军横扫全国的时候。寿州自古为兵家必争之地，已经屡遭战火。孙家鼐在家乡无法静心读书，于是投奔在京城任内阁中书的大哥孙家泽，在大哥的帮助下，苦心研读，终于咸丰九年获取了封建科举场上的最高荣誉，成为寿州城空前绝后的唯一的状元。尽管是“烽火连三月”的日子，孙家鼐人还在北京，家乡已是贺客盈门，把他家在北过驿道上的老房子挤得水泄不通。那张报喜的喜报和咸丰皇帝的赐联，在门上贴了许多年。
寿州出了状元，淮南方圆百里为之轰动，城外亦有各路人马前来庆贺。其中最显赫的一支，竟是地方武装势力头子苗沛霖。这个苗沛霖，最兴旺的时候拥有10万人马，是个连地方大员也要让他几分的实力派。那时清廷被太平天国和捻军弄得焦头烂额，无暇顾及这些地方武装，对其采取了尽量招抚的政策。苗沛霖便趁机游移于朝廷和捻军之间，在朝廷招抚的时候就假意投诚，要钱要粮，跟捻军打上一阵；转眼捻军得势了，他就又跟太平军和捻军连成一体，趁机占据税卡，封锁淮河航道，驱逐官员和税吏，加紧扩张自己的地盘。督办安徽军务的钦差大臣袁甲三（袁世凯叔祖父）和安徽巡抚翁同书（翁同騄的大哥，时驻守寿州）均屡受其欺骗，对其伤透了脑筋。较早看穿苗沛霖的孙家子弟孙家泰（孙家鼐的族兄，他们的祖父是亲兄弟），原本在京城当官，1853年太平军进攻安徽时奉旨回乡募集团练，也拥有一支强劲的武装。苗沛霖势力扩大后，一直视孙家泰等手中的寿州团练为眼中钉，屡次设法要将其吞并掉，而孙家泰不允，由此结下怨恨。如今这么一个“苗逆”要率百余骑入城贺喜，孙家人理所当然视之为“黄鼠狼给鸡拜年”，不仅不表示欢迎，反而传话将城门紧闭。
苗沛霖得知后大发雷霆，正想撒野的时候，他家乡的凤台县令姚临宾的“鸡毛信”也到了，说是庆贺孙家高中状元本是好事，但举措不当恐会激成事端，请他“减驺从以入”。苗氏见信更大怒，“手裂掷地，半道回下蔡（营地），移檄城中，痛诋孙氏，谓将屠寿州城，鸡犬不留！”时在北京城里正沉浸在夺魁之喜中的孙家鼐，怎能料到大喜之后还有大悲！两年后，苗沛霖更加得势，果真把孙家泰全家15口人，大到70多岁的老父孙赠祖，小到才3岁的孩子孙传值，以及当夜在城内的孙氏族人百余口全部杀害！这就是史学家眼里的“寿州事件”。孙家鼐为官一生始终诚惶诚恐，处处谨慎，想必与此大喜之后的大悲不无关系。
创办京师大学堂
京师大学堂始建于1898年。京师大学堂是戊戌变法的直接而优先的产物，并且又是戊戌维新失败后保留下来的唯一的产物。孙家鼐对开办京师大学堂起过重要作用，实为京师大学堂的“首办者”。
孙家鼐出任京师大学堂管学大臣中日甲午战争失败后，国家与民族的危机空前严重。1897年德国强占胶州湾，俄国强占旅大。帝国主义列强瓜分中国日甚一日。光绪皇帝不甘心为亡国之君，在康有为、梁启超等维新派的影响与支持下，决心冲破慈禧太后为代表的顽固派的阻力，积极变法图强。终于，他在1898年6月11日，下《明定国是诏》，亲临天安门，向中外颁布实行变法维新的除旧布新之大计。
为了培养变法维新所亟需的大量人才，光绪在这一纲领性的谕旨中，用了三分之一的篇幅明文规定在京师成立大学堂：“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办。”光绪首创京师大学堂，是兴建京师大学堂的最高的决策者与最大的组织者。7月3日，光绪明令吏部尚书、管理官书局大臣孙家鼐为管理大学堂事务的“管学大臣”。稍后，礼部于8月24日，通知孙领取官印：“钦命管理大学堂事务之关防”。这充分表明，孙已正式成为大学堂的第一任校长了。（在当时，并兼管全国学务。）
孙家鼐之所以能荣任第一任大学堂的管理大臣，有一个最直接的原因，那就是上文里所提到的他本是官书局的管理大臣。1896年6月12日，刑部左侍郎李端在《请推广学校折》中，首次明确提出：“请京师建设大学堂，系为扩充官书局。”这意味着，官书局是大学堂的基础；大学堂是官书局的发展。事实正是这样，光绪在委任孙为大学堂的管学大臣的同时，并下令将他原主管的“官书局，及新设之译书局，均著并入大学堂，由管学大臣督率办理。”而官书局则系由强学会改建而成。
