黑格尔于1801年1月来到耶拿，直到1807年3月才离开，这六年时间是黑格尔一生中最富有意义、最艰难辛苦的岁月，同时也是黑格尔初露头脚的时期。
黑格尔在启程前写给谢林的信中说：“我不能满足于从人类低级需要的科学教育开始，我必须攀登科学的高峰。我必须把青年时代的理想转变为反思的形式，也就是化为一个体系。现在我问我自己，我在什么时候才能着手这一工作，将怎样求得对人类生活的干预。”这一年，黑格尔已经整整30岁了，中国有句古语：三十而立。意谓人在30岁时其事业就应初具雏形，人的一生的方向和未来生活的轮廓也已基本确定。从这句话推断，黑格尔不是一个早熟的天才，而是一位大器晚成的成功者。
黑格尔是带着自己的谦恭，怀着对谢林的敬意来到耶拿的。他在信中写道：“我以惊羡和愉快的心情注意你的人所共知的伟大步伐……我十分信赖你，我相信你认识我的无私和努力（即使这种努力的范围是微不足道的），并发现其中的价值，我盼望能见到你，即使还很遥远，我知道你一定重视我的命运，相聚之日，尚望有以惠我。”
谢林自1798年起在耶拿大学当讲师。黑格尔到耶拿后，当年8月，得到谢林推荐。向耶拿大学提出拉丁文就职论文《论行星轨道的哲学论文》，经同意以临时提纲进行答辩。辨驳人有谢林、尼塔麦和施瓦塔特。答辨通过后，随即申请讲课资格，办理手续，得到讲课许可，成了耶拿大学的一个无俸教师。
古人云：合久必分，分久必合。图宾根神学院的两颗文化巨星在经历了长久的分离之后，终于又走到一起来了。黑格尔和谢林又开始了他们同住一室的快乐时光。
把理想与现实或理性与自然的同一性原理应用于行星轨道的规律，是黑格尔就职论文的基本思想，黑格尔通过援引德国伟大天文学家约翰·开普勒所发现的三大天文定律和天文学家波德·提丢斯所提出的算术级数，在1801年8月27日答辩中，主张火星与木星之间找不到行星，可是这时，巴勒摩的皮亚齐已于1801年元月1日在火星与木星之间发现了谷神星！
关于这件事，现在反对哲学特别是反对黑格尔哲学的人都无休止地拿它当作笑话，尤其是那些从黑格尔及其作品的研究中没有了解到任何东西的人，以及道听途说，除了知道黑格尔的这个错误就几乎不知道其他的人，更是如此。黑格尔不知道几个月以前皮亚齐在巴勒摩已经发现谷神星，这是可以责难的，如果人们愿意把这叫做责难的话。此外，这颗被发现的星星并不是行星，而是一个类似行星的物体，是一颗“小行星”，就象本世纪内人们在火星和木星之间发现了近四百颗小行星一样。黑格尔认为：使苹果落地的力和使行星环绕太阳运行的力，并不像牛顿所说的那样是同一种力。他在这篇文章中诙谐地提到：“苹果在世界上曾招致许多灾难，具体说，有三种：夏娃的苹果，巴利斯的苹果，最后就是牛顿见到的从树上掉下的苹果，万有引力学说就是在这一见解之下产生的。人们翻烂了的历史小故事就是这样说的。人类的堕落归咎于第一个苹果，特洛亚的毁灭归咎于第二个苹果，天文学的灾难归咎于第三个苹果。哲学需要当心苹果，它是一个不祥之兆。”
用西塞罗的话来说，苏格拉底使哲学从考察天上下凡到地上，以便认识和细察人也；而今又回到了哲学回升到天上的时刻，为的是在哥白尼、伽利略和开普勒之后重新考察行星的轨道，认识它们的规律，从而说明理性与自然的同一性。
图宾根神学院的三颗文化巨星中，谢林最早显露出他非凡的才华。在比他大五岁的黑格尔还是一个默默无闻的学者的时候，谢林已经开始在哲学界显露头脚，“小荷才露尖尖角”。黑格尔迁居耶拿之时，谢林已离开康德、费希特哲学，形成了自己的独立体系，并且很快成了新思潮的领袖。谢林的年轻有为，才华横溢的演说以及浩繁的著述使他一时间成了青年人心目中崇拜的偶像。谢林的一个学生后来回忆说：“他所谈吐的思想触动了我以往未曾被触动的心弦，在那虽然不大，但十分拥挤的教室里，他站在讲台上，讲得极其优雅流畅，给人留下深刻的印象，使得一切听众都聚精会神，鸦雀无声；这个人确实有某种不可思议的魅力。”
年轻气盛的谢林，是一个充满革命热情的进步思想家。他不承认任何权威的传统，主张一切事物都要站在理性的审判台上，辩明自身存在的理由。他推崇自由的人格，人的权利以及文明和进步，要求改造科学、哲学、宗教和教育，即改造人类的生活。他在给黑格尔的一封信中说到：“只要那些天不怕地不怕的青年人团结一致，在各个方面协同工作，从不同角度为同一事业奋斗，沿着不同道路奔向同一个目标，那就一定会夺取胜利。在我们这个僧侣和文土的同度里，一切对我多么狭隘啊！如果我一旦能自由地呼吸，我该多么高兴啊！”
恩格斯曾评论青年谢林的思想，说他像一条插着飘扬的旗帜、全速在大海中航行的船，迎着风浪勇猛前进。
黑格尔虽然比谢林年长，但他仍像在图宾根神学院时信服老师一样信服谢林。黑格尔对老朋友的成就感到高兴，并完全接受了谢林的学说。黑格尔以前是康德哲学、费希特哲学的追随者，现在又成了谢林哲学的追随者。黑格尔在一封信中对谢林说：“你的榜样和勤奋不断鼓舞着我，为塑造我们的时代尽自己最大的力量。”
1801年，黑格尔担任了耶拿大学哲学讲师。在授课资格答辩会上，黑格尔致词说：“我请求您，世上最聪明的、最可尊敬的谢林教授先生，把我们提纲中您所不同意的一切论点在这里公开指出来，因为这次答辩就是为了向您请教。不言而喻，能够得到您的支持，使我感到多么荣幸。不是同时代人，也不是朋友，唯独后代，唯独科学（因为它是永恒的）才配评价您的精神的高贵力量，评价您的精神能力。请允许我推崇您为一位真正的哲学家。”
正如黑格尔在1801年12月致一位法兰克福友人信中所嘲讽的那样，为了对非哲学加以痛击，他使用了各式各样的武器，“棍棒、鞭子和木剑”。当时，莱因哈特在一篇论文中认为谢林哲学不过是费希特知识学的后继和旁枝，一点都不了解谢林哲学的新颖和创造性。为此，黑格尔1801年7月撰写了耶拿时期的第一篇哲学论文《论费希特哲学体系和谢林哲学体系的差异》。这一篇论文开始以书本形式出版于耶拿大学书店，后来又发表于黑格尔和谢林共同举办的《哲学评论》杂志上。
《论费希物哲学体系和谢林哲学体系的差异》一文站在客观唯心主义的立场上，批评了费希特的主观唯心主义，公开为谢林哲学辩护。黑格尔指出：费希特诚然奠立了同一哲学的基础，并坚守它的原则，但无论如何并没有完成它，结束它；这是由谢林通过他的自然哲学：先验唯心论以及他对自己的哲学体系的说明来实现的。因此，谢林应当被看作是绝对同一性体系的真正代表，是当前最伟大的哲学家。
自我=一切，这是费希特哲学的主题。但是，自我=一切这条同一性原则，理所当然的要求用一切（因而也就是非我，亦即自然和世界）=自我来补充。而这一点，费希特既没有做到，也不能做到；他提出了要求，但未实现。费希特的体系始于自我=自我的原则，终于自我应该等于自我的原则。
费希特哲学的原则是主体与客体的同一，是主体客体，但只是主观的，谢林哲学的原则也是主体和客体的同一，也是主体客体，但它是客观的，或者勿宁说，既是主观的，又是客观的，它是二者的结合。莱因哈特不能认识这个区别。黑格尔指出：“他的论文不仅忽视了费希特体系之成为不合法的玄想从而也就成为不合法的哲学这一方面，而且忽视了谢林体系之不同于费希特体系的方面，忽视了谢林在自然哲学中把客观的主体客体同主观的主体客体对立起来，并在一个更高的高度上使二者结合成为主体。”
但是，在这篇文章中，黑格尔不同意谢林的绝对的同一。他认为，主客体的同一是在绝对中包含差别及其展开过程的同一，谢林的“绝对”取消了任何差别和对立。
一般地说，这篇论文已经为黑格尔未来学说的鉴定者积存了黑格尔思想的那种需要发展和可以发展的萌芽。当然，它在语言上还非常缺乏读者所必需的适当的清晰性和鲜明性；文采之抽象、呆滞和不明确，使人感到困难和不足，这就很自然地招致人们抱怨黑格尔文笔的晦涩难解。
黑格尔来到耶拿开始学院生活三年，是一个有世界历史意义的一年，这一年签订了鲁涅维尔和约，第二次同盟战争就以这个和约而告结束，有千年历史的德意志民族罗马帝国的终结（801-1801）也以这个和约而确定下来；莱茵河不再是德意志的河流，只不过是它的边界。黑格尔从内心感到有责任说明德国衰败的原因和复兴的方法。他于1801年到1803年之间起草，撰写了《德国宪法》一文。
国家的沦落就在眼前，只不过它的最后命运尚未应验。论文落后于德国所突然遭遇命运的进程，文中仅提到鲁涅维尔和约，并未提到拿破仑保护下的莱茵联盟的建立和罗马皇帝法兰茨二世退位（1806年7月和8月），这似乎可以看作是这篇论文没有发表的原因。
德国的命运就其分散和割据来看，可与意大利相比，黑格尔的政治观点可与马基雅弗利的观点相比。马基雅弗利有志于统一意大利，他为了实现这个目的，期望有一个在政治方面和战争方面精明强干的君主；黑格尔必然充分评价马基雅弗利的重要性和他的伟大精神，他发现腓特烈大帝在反对马基雅弗利时，诚然是反对和否定了这位意大利政治家的原则，但在战争的政治方面，腓特烈大帝实际上却遵循了这位政治家的原则。
德国的根本腐败是没有战斗力，缺乏行动的活力或能力；不过这些弊端的原因决不在于民族性，而仅仅在于它的宪法的状况，在于整个机构。这是一个无可救药的东西，它的活动都不是按合法方式进行的。德国的政治情况是一种合乎宪法的无法律限制的状态，因此，一位法国作家曾经很中肯地谈到德国，说它是一个“制定了宪法的无政府状态”。
德国由于它的宪法而被冷落地宣判为缺乏行动，因为它已经麻痹了，无力使思想见诸行动，而这种麻痹是合乎宪法地造成的。因此，黑格尔把德国称为“只能思想的国家”。他绝妙的描述了这种麻痹的状态。
全国性的指令制定以后，原是应该执行的，而在遭到拒绝的情况下，要由法庭来处理。如果这种拒绝不是合法地作出的，那就仍然不能执行；如果这种拒绝是合法的，就能阻止宣判，但即使宣判了，也不会被服从。不过这种判决的意愿是应该执行的，并且应该以刑罚，于是下命令强制执行；然此种命令之不行如旧，于是又下一道判决强制执行；可是这个判决又未被服从，于是又继之以处分，百此处分之不行依旧，如此等等。这就是本来应该使法令生效的环节如何一个接一个地变成单纯意愿的无聊过程。
国家的健全在战争动荡时期比在和平时期更能表现出来，因为在战争时期会出现一切个体与整体相联系的力量，而这种力量取决于国家能够向它们提出多少要求，它们出于自愿为国家所做的事情能用到多大程度。
在与法兰西共和国的战争中，德国自己已经看到它不复成为一个国家，看到它的政治情况无论在战争本身中还是在和平中，其内部已变成什么样子，这种和平虽然结束了战争，但其明显的结果是：损失了一些美丽的国土和几百万居民，债务的重担压在南边比在北边压得更重，它使战祸进一步延续到和平时期；除了征服者以及同时来的异国法令和风纪的统治外，许多国家都丧失了它们的最高的善，都不成为自己的国家。
德国已经丧失了这种最高的善，“它不复成为一个国家”。它的合乎宪法的无法律的限制状态，它之缺乏一切有力的中央集权，它的“无政府状态”和“无财政状态”，都应归罪于它迄今的宪法。复兴德意志帝国的首要条件，在于军力上和财力上都有一个合乎宪法的集权。
黑格尔这篇关于德国宪法的论文，其目标首先在于使德国人在意识上有一个进步。他想使一般人清楚地意识到德意志帝国当前是个什么样了，已经变成什么样子，因为正确认识我们的过去和现在，正确认识我们现在有什么和我们是如何，正确认识我们已经阅历到的东西，乃是一个新的美好时代所必不可少的开端。黑格尔后来说过：“这篇论文所包含的思想，其所以公开发表，并没有别的目的与作用，无非是想促进对现实的了解，使人深入这篇文章的实际论述和尚可接受的言辞之中，得到较为冷静的见解。”
1801年冬季，黑格尔协助谢林创办《哲学评论》杂志。在刊物上发表他们的共同的哲学观点，痛斥所谓“非哲学观点”。
早在1798年柯达在莱比锡就曾委托谢林办杂志。“狂飙运动”的瞬息变化，哲学思潮频繁更选，耶拿，魏玛宗教文学思想斗争曲折多变，谢林这时以其自然哲学风头正健，就接受了委托，拉上黑格尔开始创办《哲学评论》杂志。
黑格尔当时名不见经传，以至进耶拿大学，有的人随意就能给他设上障碍刁难，后来知道他的，也不过当他是谢林学派的逻辑教师。据说，杂志问世后，雅可比通知布特维克说是克彭告诉他，有一种新杂志刚出第一期，是谢林和一位什么黑格尔先生编的。我还不知道此人是谁，不知道的人固然不知道，学校里倒有人知道他们这一批斯瓦比帮。不知道他们后生可畏，于是有老教授祖科头夫看他，叫他“这位先生”，后来才改口为“图宾根的硕士先生”。
《哲学评论》杂志实系同人刊物，全部文章均为黑格尔和谢林所写，但是都不著名。有的文章彼此修改过，有的文章后来难分彼此。从1802年1月到1803年5月的近一年半的时间出版了两卷六期，每期印1000册。整个编务，黑格尔几乎全力以赴，谢林则逐渐脱离以至撒手不管。
康德的理性批判发表之后，20年过去了。谢林和黑格尔于1801年创办《哲学评论》杂志，目的是为他们的新哲学开辟道路。
康德著作所产生的强有力的，无与伦比的鼓舞使精神受到最广泛的激动，这种鼓舞特别提高了哲学兴趣，唤醒了真正的和自以为是的哲学爱好与才能，在群众中兴起了哲学研究和哲学体系，传播了哲学的种子。
在伟大的诗人掌握了语言之后，诗就变成了廉价品了。“只要你能用一种适合你的创作和思想的有修养的语言作诗，你就以为你是诗人吗？”在伟大的思想家提高了理智的教化之后，思想观念就变成了廉价品了；现在很多人都在从事思想方面的事务，他们同哲学家的关系和诗作者同诗人的关系是一样的。当哲学作品在书市上竞卖和初次喝价时，足以令人担忧的是，如果没有给读者指出这哲学货色究竟有无价值，并从而教读者学会分辩黄金和黄色云母，那么，读者就会陷入混乱和错误。而这种指教就是哲学批判的使命。因此，黑格尔以《论哲学批判的本质》一文开始他的杂志活动。
由于谈论哲学已成为时髦，在群众中出现了一些半哲学作品和完全非哲学作品；由于谈论哲学轻而易举，每个业余爱好者都似乎是一个真正的哲学家，因此，只要每个有优秀哲学才能的人能按照自己的个性完成哲学的理论时，人们就觉得当代的德国可以与希腊的哲学状况相比。但是，繁多和多样性并不等于硕果丰实，天才的创造性不同于冒充为创造性的特殊性。
“这种创造性倾向和追求自己的形式与体系的各种努力汇合在一起，这并不表示出现了希腊哲学园地里各种活生生和形态自由生长的景象，而是产生了许多可恶的痛苦景象，这些恶徒则是永远同浅薄联系在一起，或则是抓住一个又一个，崇拜一切，然后又相继加以摈弃。”在这种崇拜一切又摈弃一切的“恶徒”里面，我们所特别注意的是莱因哈特。
威廉·特劳歌特·克鲁格任当时符腾堡哲学院的助教，是一位多产作家。他在他的《论知识学通信》、《论最新唯心论》以及《哲学新工具草稿》中反对费希特和谢林所阐发的先验唯心论。克鲁格认为健康的人类理智有权反对意义深长的先验哲学，他以空虚的、自大的、令人讨厌的姿态想使这种权力发生作用，他所用的方式和方法在黑格尔看来乃是非哲学反对哲学的一个特例；黑格尔因而写了《普通人类理智如何理解哲学对克鲁格先生的著作的分析》一文。
克鲁格把他的哲学观点叫做“先验综合论”，全文语调粗率，他以一种既非希腊又非拉丁亦非法兰西的方式，把一些名词打上哲学倾向和哲学概念的标记。克鲁格的文章中有无数意识的事实是零散的，没有秩序和统一性的，正如黑格尔的讽刺诗所说：“一切都杂乱无章，就像鼠类和芜荽一样。”
为了把先验哲学家推到荒谬的地步，克鲁格竟然要谢林推演出克鲁格的钢笔，好像他的这支钢笔也是理智的必然行为一样，因为它决不应该是理智的偶然工具呀！黑格尔指出，克鲁格作为样子招卖的钢笔在本性上是可笑的。
事实在意识之内，而意识（不等于自我，而是）在自我之内，自我好似一个大容器，它包容一切可能的东西于自身之内。这就是克鲁格的折衷的特性，它同普通的人类理智携手并进。黑格尔说：“至此，克鲁格先生的综合论可以照下面的方式来理解：我们试设想一个克鲁格，他里面包含有莱因哈特的水，康德的走了味的啤酒，澄清了的溶液，所谓的柏林主义以及其他的类似的偶然成份等事实，克鲁格就是它们的综合物=自我；不过在此之外，还有一个某物，它赋予这堆杂乱的东西以统一性，它给这些东西分类，逐一地嗅一嗅，尝一尝，而首要地是听一听，然后加以讲述；这就是形式的统一性或哲学意识。”
克鲁格则说：“只要我正确的把握了我的意识事实，并表述得明白易懂，那么，世界上就没有一个哲学家能够否认我所提出的原则，甚至怀疑论者也不得不加以承认。”
这时还出现一个怀疑论者歌·恩·舒尔茨，他打着老怀疑论者艾因西摩德谟斯的旗号，攻击康德和莱因哈特的物自体学说。
1802年，舒尔茨以其包罗万象的作品《理论哲学之批判》出场。在这部著作中，舒尔茨提出：假如的确不可能真正认识事物，那么，人类理性的这种无能必然是基于一种先天的缺点，这种先天的缺点在于我们不能越过我们的意识，不能认识隐藏在意识中的事物，因而也就是不可能认识物自身。我们面临普通经验或普通实在的领域，我们又揣想在这个领域背后还有一个物自身，它“像一条同样普通的实在性的山脉，肩负着那另外的‘实在性’”。
“舒尔茨先生除了把理性的东西，自在的东西设想为雪下的岩石之外，完全不能把它设想成为别的什么。”“用粗糙的方式去理解理性的东西和玄思，是不行的。”黑格尔在后面的一节中说道：“他只能把康德哲学理解成最粗陋的独断论，认为它具有一个现象和现象背后的事物自身，这事物自身就像现象的丛林背后不可驯服的动物一样。”
黑格尔认为，新近怀疑论（指艾因西德谟斯和郐尔茨的怀疑论）和古典怀疑论（指皮浪的怀疑论）相比，区别是明显的，前者只是后者的一个私生子，没有后者在本质上所具有的高贵特色。它是独断论，而且是最低级的独断论。
黑格尔还认为，舒尔茨与克鲁格携手并进，怀疑论与普通的人类理智完全一致。
“独断论与怀疑论同居一室，亲如兄弟。舒尔茨的怀疑论和粗糙的独断论结合在一起，克鲁格的独断论同时包含那种怀疑论于自身。”“认为意识的事实具有不可否认的确定性和真理，这种蛮横的观点，既不是早期的怀疑论，也不是某种唯物论所应负其咎的，只要这种唯物论不是完全野蛮的话；一直到最近，这种蛮横在哲学上是闻所未闻的。”
黑格尔到耶拿的第一年（1801年）10月21日，他第一次见到了歌德（Johamm Wolfgamg Von Goethe），这两位人类思想史、文化史著名的巨匠自然结下了深厚的情谊。
歌德自1795年任魏玛公国枢密院大臣，对于耶拿大学的改革着眼于整个公国学术文化的繁荣，颇费心思，筹划经营。费希特的来去，谢林的聘请，黑格尔的安顿，他都很是关心，尽管他最热心的是文学事业，戏剧诗歌活动。歌德和黑格尔的友谊长达30年之久，一直到黑格尔去世。
1805年，黑格尔得知他在耶拿大学的对头弗里斯已内定晋升为副教授时，立即愤而奔走吁吁，得到歌德的大力推荐，最后幸而如愿以偿，于3月晋升为耶拿大学副教授。
1806年6月，得到歌德打通关节，从魏玛得到100塔拉的年俸。这笔年俸诚然很微薄（当时大学生一年生活费尚需200塔拉），但是魏玛所辖土地面积小，国库枯竭，战争在即，而且公爵特别不容易批准新的支付。歌德在1806年6月27日给黑格尔的信中写道：“收入虽然不多。但你可以把这笔薪俸看作是一个证据，说明我一直不断地，沉着地为你尽力。我的确希望能通知你得到更多一点，但是在这样的情况下，只要开了一个头，将来也就好办了。”
讲台上的黑格尔远不及费希特和谢林那样口若悬河，妙语连珠，具有强大的吸引力，而是像坐在家里书桌前一样，翻翻自己的笔记本，找找要讲的段落，吸吸鼻烟，又打喷嚏，又咳嗽。他低沉地讲着，费劲地斟酌字眼，并不考虑如何讲得深入浅出，叫人一听就懂。人们管他叫“木头人黑格尔”。第一期只有11名学生报名听黑格尔的课，就是到了后来，耶拿大学听黑格尔讲课的学生，也难得超过30名。
黑格尔还经常陷于沉思，以致有时闹出笑话。有一次上课，他心不在焉地提前了一个小时，下午3点的课，他两点就去了。讲堂里听课的是另一批人，可是他没有觉察到，就在讲坛下坐下，讲起课业。有个学生向他暗示搞错了，他压根儿没有理会。按照课程表，这时应该由奥古斯蒂教授来上课。他来到教室门口，听到黑格尔的声音，以为自己迟到了一个小时，于是赶紧退了回去。到了3点钟，黑格尔的学生们都来了，他们已经知道这件事，就好奇地等待着，看看他们的老师如何摆脱这个尴尬局面。黑格尔说：“诸位，感官可靠性究竟是否真正可靠，首先取决于自身的意识经验。我们一直认为感官是可靠的，本人在一小时以前却对此有了一个次特别的经验。”说完，嘴角间浮起一丝微笑，便又接着讲课了。
在耶拿大学发生了一件对谢林一生产生重大影响的事件，这就是他与卡罗列娜的爱情。卡罗列娜是一位大学教授的女儿，具有很高的文化修养，还有着传奇般的坎坷经历。1796年她与浪漫派作家威·施莱格尔结婚。当谢林初到莱比锡结识施莱格尔兄弟时，卡罗列娜就对谢林产生了好感。谢林到耶拿大学任教后，她与谢林交往密切。卡罗列娜把自己的女儿鲍莱尔许配给谢林。不幸鲍莱尔因病夭折，谢林十分痛苦，本想就此断绝他与卡罗列娜的关系，没想到她却毫无保留地向他倾吐了自己的爱情，而与威·施莱格尔的婚姻也日益失去意义。几经周折，1803年3月她终于在歌德的帮助下解除了与施莱格尔的婚约，并与比她小12岁的谢林结婚，婚礼是由谢林的父亲主持的。
谢林与卡罗列娜的婚姻对他的哲学活动有重大影响。德国哲学史家费舍尔指出：“卡罗列娜的情感对谢林精神的蓬勃发展比世界上任何赞助都更有推动作用。”当代民主德国哲学家布尔也说道：“谢林与卡罗列娜的结合是一个崇高的范例，表明一位天生感情丰富，才智出众的女人的爱情会如何鼓舞与提高男子的创造；在1809年卡罗列娜去世以后，我们则可以发现他的思想创造性在日益衰退。”
然而，这段罗曼史在耶拿引起不少流言蜚语。谢林觉得还是离开这里为好，遂与新婚妻子离开了耶拿。
谢林虽然离开了耶拿，离开了好朋友黑格尔，但他对黑格尔的著作仍抱有很大的期望。1807年1月11日，谢林写道：“我翘首以待，你最终能发表你的著作，如果你时间充裕，成果一定会成熟起来的！但愿你有更安静的时间和闲暇缕述你的厚实的、也可以说是不朽的著作。”
谢林的离去，席勒和歌德益发关心黑格尔的状况。1803年11月，席勒函告歌德：“哲学并未沉寂，黑格尔博士博得了许多听众。”很显然，这是因为谢林的“余荫”，一些学生很自然的转到黑格尔的班上来。
黑格尔在1806年9月17日致尼塔默的信中惟恐战争有爆发之势，“希望上帝与我们同在”；然而，拿破仑在班堡接到了普鲁士的最后通谍（10月7日），并在他的军队中公布了战争宣言，黑格尔对“柔和的十月”能吹来的和平的微风的希望落空了。眼前的一切按拿破仑的方式亦即闪电式地进行。战争爆发了。
普法战争期间，黑格尔和歌德一样认为拿破仑是法国革命的继承者，是个革新家，他将摧毁旧的秩序，并为法国开辟新的道路。黑格尔热烈欢迎把《拿破仑法典》介绍到莱茵联盟各国来，他认为拿破仑的政策将促进德国的民族复兴。
1806年10月13日清晨，法军占领了当时黑格尔居住的耶拿。30日拿破仑皇帝进入耶拿。黑格尔不顾个人的得失，不抱民族偏见，而是以十分敬慕的心情描绘这位征服者。就在这一天晚上，黑格尔在给尼塔默的信中写道：
我见到皇帝这位世界精神骑着马出来在全城巡察。看到这样一个个体，他掌握着世界，主宰着世界，却在眼前集中于一点，踞于马上，令人有一种奇异的感觉。
“从星期四到星期一，只有这个使人不能不五体投地的杰出人物，才能采取这样一些出乎意料的步骤。”
夜23时，黑格尔从他的寓所注视着法国兵营的火焰笼罩了整个市场，注视着他的理象学后稿的最后部分。
黑格尔非常景仰拿破仑，但是这位“世界精神”的士兵们并不客气，他们将黑格尔的钱财洗劫一空，使黑格尔流离失所，不得不寄居在一位朋友那里。
10月18日歌德致耶拿诸友人的一份传单，打听他们的近况和他们在战争的日子里遭受到了什么损失。其中一个姓名、地址就是写的“送旧剑术馆黑格尔教授”。黑格尔因战乱一时困顿无依，急需用钱，歌德托付克涅柏尔送来了十塔拉，解了燃眉之急。黑格尔在给克涅格尔的信中写道：“我已经把《圣经》上一节话做了我领路的明星，它的真理是我从经验中体会得到的，‘先把衣食弄到手，天国的门才能在你死后为你开启’。”
耶拿时期的黑格尔曾经是谢林哲学的追随者，但是他并没有停留在谢林哲学那里，而是要着手建造自己的哲学体系。经过几年的努力，黑格尔哲学体系中的第一部著作《精神现象学》（The Phenomenology of Spirit）在耶拿被法军占领的前夕基本上完稿。黑格尔在逃难时尚带着《精神现象学》手稿的最后部分。他借着营地和炉灶的火光，把幸免于难的手稿整理出来，并写完了最后几页。黑格尔后来功成业就，想到自己在一场大战前夜写完《精神现象学》一书，常为此感到自豪。
《精神现象学》应由班堡的书商戈布哈特承印和发行，但黑格尔没有遵循康德的聪明原则，等原著从头到尾都写好誉请以后才让开始印刷。这部著作尚未写完时，就已付印。每印张稿酬18古尔盾，全部交稿以后，稿酬的头一半就该到期。对于一部正在执笔过程中的著作，要确定哪是头一半，那是很困难的。
1806年2月，这部著作开始付印。9月，黑格尔亟需稿酬，可是发行人拒绝一切支付，一直到全部稿件到手为止。黑格尔对发行人不信任，而发行人同时又是书商和印书人，黑格尔遂求助于班堡的友人尼塔默。尼塔默于1806年9月29日订约：假如一直到10月18日还不能全部交稿，就负责把整个已排印的版买下来，每份偿付12古尔盾。这样发行人才支付了应付稿酬的一半。尼塔默以他这样的保证向耶拿的友人表现了真正友谊之举，黑格尔称之为“英雄气慨”，他现在只有不惜任何代价完成自己的义务，一直到10月18日！
10月6日星期一，黑格尔这样写道：“最要紧的是寄出全部稿件，此事应于本周内完成不误。”10月8日，他寄出了一半，另一半应于10日星期五续寄。“我只有向你描述了我为这件事烦恼到什么程度，才能全部表达我对你的感激之情。”“如果此稿的一部分遗失，那我也无可奈何，我很难再修复，这部著作也就完全不可能在今年出版。”
人说，患难见真情；雪中送炭；英语中的“A friend in need is a friend in deed”，朋友就是下雨天，给你打伞的那个人，所有的这些诸如此类的谚语、成语，都不足以描绘尼塔默对朋友的真诚相助，人生一世，交此一友，足矣，无憾矣！
虽然不无周折，黑格尔的《精神现象学》于1807年3月出版了。这本书表明黑格尔哲学已不再是谢林哲学的一个支派，一种注释，而将是一个真正体现了理性和自由时代思想的哲学体系。马克思曾把《精神现象学》称为“黑格尔哲学的真正诞生地和秘密”。
此书序言指出：这篇著名的长序……表示出他与原先志同道合的谢林的主要分歧。序言中批判的公式（A=A）是谢林1801年《释我的哲学体系》中提出来的。黑格尔还批判了谢林由思想空虚而带来的形式主义，批判形式等于本质，笑“黑夜观牛，凡中皆黑”，这些批判尽管是不指名的，但莫不针对谢林。不过，黑格尔在信中则委婉地向谢林说序言上是批“那种把您的公式变为胡批，使您的理论化成干瘪形式主义的思想空虚”，并申辩谢林对这种思想空虚的评论找不到做得过分的地方。以此缓和谢林的情绪。
但是，当谢林收阅了这部著作他仅仅读了序言以后，过了半年才回复黑格尔。在谢林看来，这篇序言实际上是一篇独立宣言、造反声明，对黑格尔在序言中的评判心情愤懑。1807年11月2日，谢林给黑格尔写了一封礼貌而冷淡的信，信的结尾写道：“但愿还值得继续做您的真正朋友。”
两人的信札往来以这封信而告终。在实际上，这两个青年时代要在共同道路上携手并进的密友，就此反目相向，各行其事了。
继谢林离开学校，尼塔默、神学教授保卢斯、法学教授胡夫兰德也步其后尖，先后去了巴伐利亚的维尔茨堡。1804年，卡斯特纳到海德堡大学教化学去了。
黑格尔在耶拿的社交圈骤然间发生了很大的变化。虽然仍有些熟悉的同事留下来不时地环绕着歌德这个中心，毕竟不成气候了。1805年席勒去世，歌德受到很大刺激。耶拿大学盛极一时的往昔真正逝去了。耶拿被法军占领之后，整个大学就陷于不振，陷于深深的、长期的衰微之中。
不幸的大战之后，黑格尔不得不考虑改变他的生活状况。他的一点资产早已耗尽，写作、讲课和薪俸的收入也太微薄，不足以维持生活。大学正在衰退，光顾的人数渐渐减少，城乡饱遭战祸。软弱无能、四分五裂、受战争公债压榨的普鲁士处于梯尔西特和约之下，与此相反，同拿破仑结盟的莱茵联盟诸邦，如巴威略、符腾堡、萨克林以及新的选帝候国巴登，则繁荣昌盛。
还在战前，黑格尔就想到巴登任海德堡大学教授之职，这时就函约福斯（诗人，著名的古希腊文学的翻译家）。福斯曾于1802年至1805年住在耶拿，后应聘到海德堡。黑格尔在1805年5月的信中夸赞福斯，并表明自己的志向：“路德让圣经说德语，您让荷马说德语，这是对一个民族所作出的最大贡献，因为，一个民族除非用自己的语言来习知那些最优秀的东西，那么这东西就不会真正成为它的财富，它还将是野蛮的。如果你认为这两个例子都成为过去，现在我想说，我也在力求教哲学说德语。如果哲学一旦学会了说德语，那么那些平庸的思想也就永远难于在语言上貌似深奥了。”
福斯接到信后随即同管理巴登大学事务的政府官员福·莱采恩斯坦因商谈，这位官员惋惜地解释说，大学财力拮据，看来，担任哲学教授的事已经告吹。
福斯在写信中提到：“祝愿您决心使哲学从云雾的朦胧中重新同一切能说话的人作友好的交往！在我看来，不用亲切的衷心的语言，就绝不可能有真切的了解；我们丰富的，原始语言可以表达精神的任何自由活动和细微的活动。奥林匹克山上的神以牧师形态出现比超人现象能作出更大的奇迹。”
