乾隆三十七年，清政府决定编纂《四库全书》，便向全国各地采访遗书，要求进呈备用。次年，范钦八世孙范懋柱代表范氏后人进呈了一大批天一阁藏书。据《涵芬楼秘笈》第十集中《浙江省第五次范懋柱家呈送书目》载，共计六百零二种。后来，薛福成《重编天一阁进呈书目》，据《四库全书总目》及《浙江采集遗书总录》增补，确定为六百三十八种。当时，天一阁是进呈书籍最多的一家，进呈之书实际上不止此数，例如复本，就未曾列目。
赵万里先生在《重整范氏天一阁藏书纪略》一文中说：“这一类的书，有一个客观的标志，封皮下方正中有一长方形朱记，文曰：乾隆三十八年十一月浙江巡抚三宝送到范懋柱家藏某某书一部计几本。开卷又有翰林院大方印。封皮上的朱记有时为妄人割去，至大方印，则时时遇到。《四库全书》完成后，库本所据之底本并未发还范氏，仍旧藏在翰林院里，日久为翰林学士拿回家去，为数不少，前有法梧门，后有钱犀盦。都是不告而取的健者，辗转流落厂肆，为公私藏家收得，我见过的此类天一阁书约有五十余种。”这次进书，使书籍大量散佚，是天一阁藏书史上遭到的首次浩劫。
劫后，范氏后人对留存的藏书作了一次清点，编成《四明天一阁藏书目录》二册。此目不著编者，后刻入罗振玉《玉简斋丛书》。罗振玉所据的是一个传抄本，卷末记有“嘉庆壬戌六月二十日客寓金阊录”一行。因书目中已载有《古今图书集成》，可知它是在乾隆三十九年赐书以后，嘉庆七年（壬戌）以前编制的。目录不分卷，也不分类，仅按橱登记书名和册数，卷首录全祖望《天一阁碑目记》和《天一阁藏书记》，卷末的总目近乎一份统计表，据云除《图书集成》外，共有藏书四千七百十二册。但是，笔者撰文时重新作了统计，该目实际著录藏书四千八百十九部（包括复本或一书分作二部登记的）。显然，原编者统计不确，或是传抄者把部数误写成册数，例如元字号橱实有四十四部，计一千零三十六册，而误作四十四册，荒字号橱实有二百十二部，而误作一百十册。此外，登科录、乡试录均失载。藏字号书目下注云：“尚有医书、地理、算命、风鉴等俱未列目。”
不过，从这部书目中，我们可以看出当年天一阁书架排列的情形。书橱编号用千字文，共有天、地、元、黄、宇、宙、洪、荒、日、月、盈、昃、辰、宿、列、张、寒、来、署、往、秋、收、冬、藏、闰、余、成、岁、律、吕、调、阳三十二大橱。其中宇、寒、来、成、阳字号的五只橱是放《古今图书集成》的。如今，前后开门的大书橱尚有四只，但千字文编号的字样已无迹可寻了。这部书目的记载，可资今后恢复原状时参考。
嘉庆八、九年间，浙江巡抚阮元登阁观书，命范氏后人范邦甸等编目。不久完成了《天一阁书目》十卷，补遗一卷，范氏著作一卷。嘉庆十三年，阮元命宁波府学教授汪本校刻，具“文选楼”牌记。卷首有阮元《宁波范氏天一阁书目序》，并附刻黄宗羲《天一阁藏书记》、乾隆圣谕、御赐《古今图书集成》目录，及《进呈书目》。体例仿《四库全书总目》，分经、史、子、集四部。著录撰书人名氏、卷数、写刻版本、序跋、印章等较为详细，是天一阁藏书目录中编辑较早，流传较广，具有较大学术参考价值的一部书目。阮元《定香亭笔谈》云：“天一阁书目庞杂无次序，因手订体例，遴范氏子弟能文者六七人，分日登楼，编成书目，属知鄞县事张许给以笔札。阁中旧版书极多，因修录其序跋，及收藏家题识印记，以资考证焉。”上述嘉庆七年抄本书目所不载的医书、登科录等，此目都有著录。但编目的时候，正当乾隆禁书之后，如王世贞《纲鉴会纂》、钱肃乐《庚辰春偶吟》等属禁书范围的，都不曾编入。通共著录四千零九十四种，五万三千七百九十九卷。其实除了进呈的书和续增的《古今图书集成》外，原藏书计三千三百九十三种，三万八千五百二十七卷。
阮目之称为十卷，见于阮元的序文。经、史、子、集各为一卷，每卷下有若干分卷，总共是十个分卷。一九三七年冯贞群先生在编《鄞范氏天一阁书目内编》时，发现刘锦藻《皇朝续文献通考》中说到汪本的《天一阁书目》为四卷，看起来像是另外一部书目，提出“疑不能明也”。其实，刘锦藻误把校刻者汪本当做编纂者，又在计卷数时只记总卷而不记分卷，以致使人造成错觉。显然，刘锦藻所云四卷本《天一阁书目》，即阮目是也。
阮目后面附刻范钦八世孙范懋敏编《天一阁碑目》，卷首乾隆五十二年钱大昕序云：“今年予复至鄞，适海盐张芑堂以摹石鼓文寓范氏，而侍郎八世孙苇舟（懋敏）亦耽嗜法书，三人者晨夕过从，嗜好略相似，因言天一石刻之富，不减欧赵，而未有目录传诸世，岂非阙事，乃相约撰次之。拂尘祛蠹，手披目览，几及十日，去其重复者，自三代迄宋元，凡七百二十余通。”明碑拓本未加著录。自全祖望所编碑目失传后，此为现存最早的《天一阁碑目》。
