在旧时代，天一阁饱经忧患，书籍仍不免陆续散出。清乾隆年间，天一阁表面上繁荣，而实际上盛名之下潜伏着危机。那些珍本秘籍送到四库全书馆以后，虽有抄竣发还的上谕，但结果大都被承办者所鲸吞，使天一阁藏书遭到了一次浩劫。
鸦片战争以来，宁波地处沿海，战乱不断，天一阁藏书成了帝国主义者、贪官污吏和流氓小偷掠夺、盗窃的对象。清道光二十一年，英帝国主义者占据了宁波城，闯进天一阁，掠取舆地书数十种而去。清咸丰十一年，太平天国军队进驻宁波前后，当地小偷乘混乱之际，拆毁阁后墙垣，潜运藏书，论斤贱卖给奉化棠岙造纸商人，不少珍贵书籍当了造纸原料。有个奉化人，出数千金购买天一阁散出之书，亦于同治二年十一月遭火灾，书屋全毁。一九一四年，上海的几个旧书商，雇用大盗薛继渭，挖楼潜入阁内，窃去藏书一千多部。后来商务印书馆搜集了数百种，放在涵芬楼，一九三二年“一·二八”之役，不幸又遭日机轰炸而被焚毁。经过数次浩劫，加上零星的散佚，到中华人民共和国成立前夕，除清代续增的《古今图书集成》外，只剩下了一万三千多卷，仅及原藏书的五分之一左右，而且不少遭受虫蛀霉烂，成了断编残简。
清初以来，一些名人学者为天一阁编辑过图书目录，现存比较通行的有：嘉庆十三年阮元编《天一阁书目》十二卷；道光二十七年刘喜海编《天一阁见存书目》十二卷；光绪十年薛福成编《重编天一阁见存书目》四卷；一九四〇年冯贞群编《鄞范氏天一阁书目内编》十卷。这些书目反映出各个时期书籍的收藏情况。
过去范氏把图书束之高阁，不肯让外人阅读。继黄宗羲之后，入阁读书的知名学者亦屈指可数，仅李邺嗣、万斯同、徐乾学、全祖望、袁枚、钱大昕、阮元、冯登府、薛福成、缪荃孙等十余人而已。天一阁那种严密的封闭状态持续很久。郑振铎先生在《录鬼簿》一书题跋中说到，一九三一年，他和赵万里先生、马隅卿先生从北京南下访书，专程到宁波，“日奔走谋一登天一阁，而终格于范氏族规，不得遂所愿，盖范氏尝相约，非曝书日即子孙亦不得登阁也。”
藏书秘不示人，这在我国古代私人藏书楼的管理方面是带有普遍性的，也有其可以原谅的苦衷。然而只靠一家一族的力量终难世守，近人缪荃孙在《天一阁始末记》中谈到他当时目睹的天一阁，已经是“阁既残破，书亦星散”，“但见书帙乱叠，水湿破烂，零篇散帙，鼠啮虫穿”，呈现一副败落的景象。
一九三三年九月十八日的一次大台风，吹倒了天一阁的东墙，书楼遭到一定程度的破坏。因范氏后人无力修复，宁波地方热心人士便向社会发起募捐，花了三年时间，对天一阁进行了一次大修。
天一阁修理全部落成实已进入一九三七年，就在这一年芦沟桥炮响，全国抗日战争开始。宁波地方人士主张天一阁古籍易地保护，便帮助范氏先将部分精本移至鄞西茅草漕范大冲墓庄，一年后又将其他明刻明抄本藏于鄞南茅山范钦墓庄。因时局日益紧张，国民政府教育部于一九三九年四月九日下令拨款，在浙江图书馆和鄞县文献委员会工作人员的协助下，把全部图书分装二十三大箱，用卡车运至浙南龙泉县福泽乡石村，租屋存藏，由范氏推定的范召南会同管理。一九四一年四月，宁波沦陷，日寇登天一阁虎视，见书去楼空，只好束手而回。一九四五年八月，日本投降。次年冬，藏书运回归阁。
此后，范氏裔孙和地方人士组设“天一阁管理委员会”，阁书定章公开阅览。但对阁书无力整理和修补，只是偶有外地文教单位委托抄书，接受计费代办此事而已。
