一是袁世凯为了消除清廷满族权贵的疑忌，特请陆军大臣荫昌推荐的军事骨干。荫昌推荐了武备学堂毕业生王士珍、段祺瑞、冯国璋等人。袁世凯委任王士珍为工兵学堂总办兼炮兵统带，段祺瑞为炮兵学堂总办兼工兵统带，冯国璋为步兵学堂总办兼督练营总办。
步、炮、工兵三个学堂随军建立，边操练，边培养亲信。王、段、冯三人后来成为袁的得力干将，人称“北洋三杰”，得了“龙”、“虎”、“狗”三个绰号。
一是袁世凯请李鸿章推荐的部分军事人才。不管来自哪一方面的军事骨干，袁世凯均通过拜把兄弟、收义子门生、搞政治联姻、进行金钱收买等手段，建立类似湘淮军、勇营防军内部的紧密的宗法式关系。袁世凯与徐世昌结为盟兄弟，段祺瑞成了袁的干女婿，段芝贵是袁的干儿子，他还说合家庭教师周某当了冯国璋的继配夫人。袁世凯在淮军多年，懂得“兵为将有”的重要性，一心要把军队变成私人武装，除他之外任何人不能驾驭，所以特别强调“绝对服从命令”。
袁世凯任军机大臣后，一次和张之洞闲谈，张之洞问其练兵秘诀。他说：练兵的事情，看起来似乎很复杂，其实也很简单，主要的是要练成“绝对服从命令”。我们一手拿着官和钱，一手拿着刀，服从就有官有钱，不服从就吃刀。
如前所述，袁世凯一方面对新建陆军的将领百般拉拢，只要他们绝对服从，绝不吝惜高官厚禄；一方面对不愿绝对服从的将领，则请其“吃刀”，即使不能检束兵丁、不能尽心职守等并不严重的过失，也严惩不贷，降薪、罚薪、记过、降职、撤职、用军棍重责。将领们的进退荣辱完全操在袁世凯手中，为了获得名利地位，他们只能惟袁世凯之命是从，且都怀有一种对袁世凯报恩的观念，后来大都成为袁世凯的亲信、心腹、死党和北洋军阀集团的要员，即所谓小站系北洋军阀。为了使官兵绝对服从自己，供其驱使，袁世凯制定的《简明军律》规定了18条斩罪。
即：临阵进退不候号令及战后不归伍者斩；临阵回顾、退缩及交头接耳私语者斩；临阵探报不实、诈功冒赏者斩；遇差逃亡、临阵诈病者斩；守卡不严、敌得偷过及禀报迟误、先自惊走者斩；临阵奉命怠慢、有误戎机者斩；长官阵殁，首领属官援护不力、无一伤亡及头目战死、本棚兵丁并无伤亡者悉斩以徇；临阵失火误事者斩；行队遗失军械及临阵未经受伤抛弃军器者斩；泄露密令、有心增减传谕及窃听密议者斩；骚扰居民、抢掠财物、奸淫妇女者斩；结盟立会、造言惑众者斩；黑夜惊呼、疾走乱伍者斩；持械斗殴及聚众哄闹者斩；有意违抗军令及凌辱本管官长者斩；夤夜窃出、离营浪游者斩；官弁有意纵兵扰民者并斩；在军营吸食洋烟者斩。其他的，如夜深聚语、私留闲人、酗酒赌博、不遵约束及有寻常过犯者，均由该管官酌量情节轻重，分别插箭责罚；凡兵丁犯法情节重大者，该管官及头目失察，均分别轻重参革、责罚、记过。此外，在行军、住宿、操练等方面均有极其详细烦琐的规定。
严格执行的给以奖赏或提拔，做不到的施行种种处罚。袁世凯本人在小站身着军服，足蹬马靴，扎皮带，挂佩刀，日观操，夜巡营，军令如山，执法严明。一夜，袁世凯巡营，发现一军人偷吸鸦片，顿时“啪”地抽出佩刀，就地手刃之，全营肃然。为使官兵忠实于自己，袁世凯不仅经常教育他们要“公忠体国，深明大义”，“亲上死长”，并把这些训诫编为四言白话，刊发各哨，令兵丁熟背；经常颁发“训词”，要各级军官向士兵训话；特别强调“事事以本督办为心”等。如有《劝兵歌》：为子当尽孝，为臣当尽忠。朝廷出利借国债，不惜重饷来养兵。一兵吃穿百十两，六品官俸一般同。如再不为国出力，天
地神鬼必不容。自古将相多行伍，休把当兵自看轻。一要用心学操练，学了本事好立功。二要打仗真奋勇，命该不死自然生。你若常记此等话，必然就把头目升；如果全然不经意，轻打重杀不容情。
新建陆军各营均供奉袁世凯的长生禄位牌，大肆宣扬袁是军队的衣食父母，祝他官贵寿考。每天上下操集合时将领都要问士兵：“咱们吃谁的饭？”士兵们齐声回答：“咱们吃袁宫保（清廷封袁世凯为太子少保，故称“宫保”）的饭！”官长又问：“咱们应该为谁出力？”
士兵们又齐声回答：“咱们替袁宫保出力！”袁世凯亦经常对士兵施以小恩小惠，如亲自监督发放饷银、防止官员克扣等，以博得士兵好感。这种种举措的最终目的是使北洋军官兵只知有袁宫保而不知有清帝，只知有袁世凯而不知有国家民族。
袁世凯料到，新建陆军是创练新军的模范，将来再度添练新军，必定是由这支军队抽调骨干担任教练，这样自己便成了全国新军的总首领。于是，他“每日与士卒共奔走”，“汰弱募强，拟订规则，考将弁，申号令，殊形忙苦”，事无巨细，靡不亲躬，将全部心血倾注到练兵中。
光绪二十四年（1898年）变法期间，袁世凯的新建陆军与董福祥“甘军”、聂士成“武毅军”，一同隶属于直隶总督荣禄之下，并称“北洋三军”。变法失败后，清廷建“武卫军”。武卫军分为前、后、左、中、右五军。荣禄任武卫军统帅兼统武卫中军，聂士成统武卫前军，马玉昆统武卫左军，袁世凯统武卫右军，董福祥统武卫后军，每军9000余人。
武卫右军即由新建陆军改编而成，兵员1.7万人，是武卫军中最完整、最精锐的部队。当时，地方汉族地主士大夫凭军事实力进入中央津要，左右政局，打破了清入关以来满族贵族独揽大权的一统天下。清廷中满人对汉人的猜忌和排挤空前严重，甚至有留洋的满洲贵戚子弟疏请对汉人“禁兵、禁文”。
因此，武卫中军以重新招募精壮旗丁为主，1万余人，规模建制参照新建陆军，以期监视或镇压其他汉人编组的军队。武卫前、后、左三军以燕陇旧旅改编，保存了旧勇营的组织和习气。虽然荣禄限令他们就地整编，但进展迟缓。光绪二十六年（1900年）初，袁世凯补授山东巡抚，带武卫右军赴山东。
袁世凯将山东旧军34营改编成步、马、炮20营，定名为武卫右军先锋队，共1万余人。经过八国联军之役，武卫军的前、后、左、中四军除左军马玉昆部外，几乎全都崩溃。但武卫右军不仅没遭受损失，反而得到扩充，成为北方最强大的一支武装力量。《辛丑条约》签订后不久，李鸿章病故。光绪二十七年十月，清廷授袁世凯署直隶总督兼北洋大臣、赏戴双眼花翎加太子少保。
他奏陈改革军制，拟定“新军募集操练规则十九条”，获准。袁世凯大权在握，大举扩充军队，将武卫右军调回小站进行训练，并添置洋枪洋炮，加强兵力。先是，署两江总督张之洞调湖广总督，其于南京编练的悉仿德制、全部新式装备的十三营“自强军”，由两江总督刘坤一接办。刘坤一将洋将洋弁一律资遣，改由江南提督李占椿统带全军。此时，清廷命将“自强军”交由袁世凯酌量分布训练，袁世凯的军事实力进一步得到扩充。袁世凯计划先编常备新军左、右两镇。
镇实际上是新军的最高单位，每镇下辖步队2协，马队1标，炮队1标，工程队1营，辎重队1营，军乐队1队；步队每协2标，步、马、炮每标3营，步、马、工、辎每营4队，炮每营3队，步、炮、工、辎每队3排，每排3棚，马队2排，每排2棚；各种队伍每棚目兵均为14名，全镇官兵共12512名。当时所谓镇、协、标、营、队等于现在的师、旅、团、营、连。军是战时组织，视敌情或两镇一军，或3镇、4镇一军。统军将领、即后来的军长称“总统”或“军统”；统镇将领即后来的师长称“统制”或“翼长”；统协将领、即后来的旅长称“协统”；统标将领、即后来的团长称“标统”，统营将领、即后来的营长称“管带”；“队官”或“哨官”就是后来的连长；“帮带”或“督队官”就是后来的副营长。还有一种混成协，是不同兵种混合组成的旅，规模较普通旅大。清廷在批准袁世凯所奏训练新军条例的同时，命各省严行裁汰绿营防勇，精选若干营，按新军营制，编练常备军，其余编为续备军，加强洋枪操练。
然而，各省督抚多采取敷衍塞责的态度，所练新军，或由绿营、防军、练军改头换面，或临时募集以充其数，致使各“新军”领导不一，训练不力，装备不齐，与清廷改革武备的目的格格不入。清廷遂于光绪二十九年（1904年）设立练兵处。由袁世凯任练兵大臣；以袁世凯心腹徐世昌为总提督；王士珍为军政司正使；冯国璋为军学司正使；段祺瑞为军令司正使。练兵处职权非常广泛，凡新军章制操法、将领奖惩升迁、军官培养、派员留学及购置枪炮弹药、后勤马匹等无所不包。
练兵处既是新军编练的最高领导机关，又是新军编练的督察机关。光绪三十年五月，袁世凯改武卫右军为“北洋新军”，成立3个镇，计63营，每镇辖步、炮、马、工、辎21营，扩兵到2.5万人。光绪三十一年改为“北洋常备军”，又新建3个镇，军队扩充到8万人。除第1镇由满人铁良统率外，其余5镇都是袁世凯的嫡系，主要将领均为小站练兵出身。
著名的北洋六镇就此形成，这是清末新式陆军的基础力量，也是后来北洋军阀的渊源。到光绪三十一年十月，练兵处合并到陆军部前，袁世凯共练成新军9镇4混成协，清末新军主体基本练成。19世纪中期以后，勇营代替绿营，淮军代替湘军，然直到新建陆军代替以淮军为代表的防军，中国军制方从根本上发生重大转折。
淮军虽逐渐装备了西式武器，但好比放大小脚的女人——本质上仍是旧式的、传统的，新建陆军则是当时装备最精良、最先进的军队，实开中国军队近代化的先河，这其中，袁世凯功不可没。作为19世纪中期凭军事实力进入中央津要的地方汉族地主士大夫的第三代子弟，袁世凯将其父祖的治军发挥到了极致，发展到了新的层次，同时也保持了其本质的特点，即所练新建陆军的私属性。这支近代化的军队没有在抵抗列强侵略、保卫国家人民方面发挥重要作用，而是成为以袁世凯为首的庞大的军事政治集团——“北洋军阀”崛起的筹码。
小站练兵起家的北洋军阀后来出了4个民国总统——袁世凯、冯国璋、徐世昌、曹锟；6个民国总理、陆军总长——段祺瑞、王士珍、段芝贵、唐绍仪、张怀芝、靳云鹏；34个督军。此是后话。小站练兵的初始阶段，袁世凯并非一帆风顺。练兵三个多月时，袁世凯因跋扈擅权、克扣军饷、诛戮无辜遭到言官参劾。然奉旨查办的荣禄，在袁世凯的巴结逢迎下，以及第一次目睹洋操之效、欲将其收为己用的私心影响下，回护了袁。
荣禄不但以“查无实据”疏请清廷“勿庸置议”，而且赞袁“血性耐劳，勇于任事”，是“不可多得”的将领。此后，袁世凯愈益投靠荣禄，仰仗荣禄而自固。光绪二十三年（1897年）六月，袁世凯因练兵有功，晋升直隶按察使，仍专管练兵事宜。其官运开始亨通，他最重要的目标——以军事实力进入中央津要，达到了。
戊戌前后
光绪二十四年（1898年）四月二十三日至八月初六，代表民族资产阶级上层的维新派，通过光绪帝发动了戊戌变法。戊戌变法前后仅实行了百余日，又称“百日维新”。袁世凯是戊戌变法中的重要人物。特别是长期以来人们普遍认为，袁世凯出卖了光绪帝和维新派。由于袁世凯的告密，慈禧提前回宫发动政变，临朝训政，囚禁光绪，捕杀“六君子”，使戊戌变法失败。具体说法是：光绪二十四年四月二十三日，光绪帝颁布“明定国是”诏书，宣布开始变法。
接下来的短短100多天中，光绪接连发布了100多道新政诏书，有时一日数令，倾泄而下，令人目不暇接，最多一天竟颁布了11条维新谕旨。对于这些变法，守旧派推宕拖延，全力阻挠，新政无法实行，诏谕全成空文。而慈禧和光绪的分歧也越来越大，帝、后两党形同水火，势不两立。七月三十日，光绪帝颁密诏给杨锐，中有：“朕位且不能保，何况其他？”
