在此后的几年中，他远游庐山、罗浮山，写下了庐山组诗和罗浮山组诗，诗歌当中透露出对闽粤抗清斗争失利的遗憾之情，还有着浓重的怀才不遇、报国无门的哀伤，特别是在罗浮山组诗当中，他直言无忌，抒发兴亡之感，张扬恢复大志，诗中的躁动与不安似乎预示着诗人又要重新投入到一场新的战斗中去。
在这期间，他的“诗僧”之名也得以远播。
脱下袈裟，蓄发还儒
清康熙元年（1662）夏，屈大均从江南返回家乡，从此脱掉了披在身上长达12年的袈裟，结束了出家生涯。
关于屈大均蓄发还儒的原因，他自己后来在《髻人说》一文中解释说：“既已来归子舍，又不可以僧事亲”，表面是是说以和尚的打扮来侍奉母亲多有不便，但实际上并不然，他还俗，正是因为他的骨子里仍然是一个儒生，“僧”只可“僧其貌”，因此想要理解屈大均为什么还俗，思想上的原因才是真实的、根本的。
上文已经说到，屈大均不想做一个纯粹的僧人，其实在思想深处他与佛教是格格不入的。佛教讲求消除一切烦恼，消除生死因果，超脱世俗，六根清净，潜心修佛，因此，真正的修佛者是要出世的，不再管尘世间的一切杂念俗务，但屈大均在出家后仍然是一个积极的入世者，他心系旧明，广泛交游，甚至还会秘密从事些抗清活动，根本不可能像佛教要求的那样超脱世俗、六根清净。
屈大均还是一个孝子，正如他自己所说，其脱下袈裟最为直接的原因就是要侍奉母亲，在佛教看来，出家之人只能一心向佛，不应当再与俗世有任何联系，这当然也就不会让佛家弟子回家尽孝了，而屈大均在其母亲以90高龄去世后，已经60岁的他仍然还像小孩一样伏在母亲身上痛哭。
屈大均还是一个忠臣，他要为大明朝尽忠。顺治十六年屈大均云游至金陵时，他去拜祭了明孝陵，并且作《孝陵恭谒记》，文中写自己到了孝陵后匍匐在台阶上仿佛看到了明太祖的神灵，不久后他还和林古度、方文等遗民好友一同祭祀了崇祯皇帝，对那些坚持节操的遗民们表示极大的敬意。他曾说过，忠臣不可以当和尚就好比贞妇不可出家为尼一样，即使出于不得已而做了和尚，也只能“僧其外而儒其中”，不然的话就不是忠臣。
可以说屈大均的思想早就被儒家传统的“忠孝礼义”打上了深深的烙印，忠臣孝子是其一生的人格追求，所以当身上的袈裟开始妨碍其成为一个忠臣孝子的时候，他便会毫不犹豫地将其脱去。
就在这一年，在南明抗清史上还发生了两件大事。一件是在四月份，吴三桂在昆明将从缅甸捕获的永历帝绞死；紧接着刚收复台湾没多久的抗清英雄郑成功不幸病逝。对着这两位南明抗清事业的中心人物的离去，反清斗争又一次走进了低谷。当然，屈大均在蓄发的时候还不知道这两件事情。
屈大均在脱去袈裟换上儒装后，又进行了数次出游。但这种安稳的日子并没有长久，就在他返回家乡一年之后，清廷发布“迁海令”，屈大均被迫背井离乡，迁至泷州。在泷州生活的一年多时间里，他主要就是靠编书写诗来排解心中因恢复无望而产生的失望和苦闷。
为抗清而追随吴三桂
就在屈大均沉浸在失望和苦闷中时，一场新的事变改变了他的生活，使他又重新投入到一场新的抗清斗争中去。
清康熙十二年（1673）十一月，吴三桂为了对抗康熙的撤藩令，在云南起兵叛清，自称为天下都招讨兵马大元帅，其本人开始蓄发、改穿汉族服饰，手下部队则一律打白旗戴白帽，同时他还积极联络贵州、四川、湖南、湖北等地地方官发动起义。很快，吴三桂的军队就打到了湖南，占领了沅州、辰州等地。
此时尚在粤北一带游历的屈大均听到了吴三桂起兵反清的消息，兴奋异常，他认为这是个推翻清朝、恢复故明的大好机会，所以他立即北上湖南，向吴三桂上书“言兵事”，之后便留在了湖南参与吴三桂的军事行动。后来清广西将军孙延龄也起兵响应吴三桂，自号为安远大将军，于是吴三桂就任命屈大均为广西按察司副使，监军于桂林。就这样，从康熙十二年末北上湖南到康熙十五年“谢事归”，屈大均在吴三桂的麾下待了足有两年。
吴三桂大家并不陌生，在明末清初他完全就是一个投机分子。他曾经是崇祯朝的总兵，替朝廷把着清军入关的要道，他不思报国，反而以此作为自己和清军交易的资本，最终招引清军入关，入主北京，而他也“忠实”地做了清政府的一条走狗。随后，他率兵追击李自成的起义部队，绞杀南明抗清斗争，最令时人不能容忍的就是捕杀了南明最后一个皇帝永历帝。因此在当时稍有点民族意识的人的心目中，吴三桂就是一个十恶不赦的民族败类。其实这样的人并不会将什么忠孝仁义，他看到的就是自己的利益。因此当清朝统治者封他个平西王让他坐镇云南的时候，他并不甘心，他的野心可不仅仅是做一个藩王这么简单。就在他蠢蠢欲动的时候，康熙的撤藩令给了他起兵叛清的借口，实际上吴三桂叛清是真，而复明则只是他玩弄的一个政治花招罢了，他想借此拉拢那些反清复明的志士为他打江山，等江山打下来后自己便可以坐享其成了。
其实他的这些算盘天下人都知道，所以当时的大部分遗民对待吴三桂起兵都只是冷眼旁观的态度，根本不愿与这种人合作。如“清初三大儒”之一的王夫之就愤怒地拒绝了向吴三桂上“劝进表”的建议。吴三桂还曾礼聘安徽的遗民谢四新出山相助，谢写了一首诗回绝了吴的聘请，在这首诗中谢四新讽刺、责备吴三桂不该帮清朝灭明于前，假称复明于后。
不过与诸位遗老态度截然相反的是，屈大均一听到吴三桂举事的消息，就立即前往吴三桂军中，而且在屈大均从军后，清廷四处搜捕屈大均的家属，所以屈的夫人只好带着全家四处逃亡，即便是这样，屈大均也还是毫不退缩，可以说已经把家人的生死置之度外了。因此后人对屈大均追随吴三桂一事作了诸多猜测。
一般同行的说法是屈大均想借吴三桂之手实现反清复明的政治理想，而当他一发现吴三桂只为个人利益打算，并没有恢复大明之志时，就立即托病回家了。但事实是，屈大均是在明知吴三桂不会“复明”的背景下而投奔吴德。因为在吴三桂起兵之初、屈大均去湖南之前，吴三桂就拒绝了明朝遗老们提出的立崇祯后代、建大明国号的建议，这已经是司马昭之心路人皆知了，屈大均不可能不明白。从军后的屈大均虽然也希望吴三桂能够重立明室，但当吴毫无表示之际，屈大均对吴三桂还是表示了充分的理解，他在《岳庙》一诗中这样说：“坤與虽北陷，天柱尚南标。维岳司休命，无疆锡帝尧。”也就是说尽管明祚难以为继，但只要能够将抗清事业进行下去，其他的一切也就无所谓了。
按照屈大均的诗，他追随吴三桂的动因就不难解释了。应该说此时的屈大均见明室恢复无望，已经是退而求其次，只要将清朝的统治推翻即可，即使吴三桂当了皇帝，至少他还是个汉人。其实在南明抗清斗争中南明朝廷和农民起义军的联合也正是建立在这个基点之上的，说根本点，就是长期在中原汉人心中扎根的“夷狄之辨”在起作用，让一群野蛮落后的少数民族来统治自认为文明发达的中原汉人，这些知识分子心中自然受不了。
康熙十三年（1674）冬天，屈大均奉吴三桂之命前往桂林孙延龄军中任监军，此后的一段时间他便驻在广西，一开始他也留下了不少意气风发、壮怀激烈的诗篇，但随着时间的推移，吴三桂等军队节节失利，他原来的一腔热情逐渐退却，其诗中出现得更多的则是牢骚和不满。当然，屈大均也在不断地反思，渐渐地，他觉得当初追随吴三桂也许是个错误。
犹豫、徘徊了一年多，康熙十五年（1676）春天，屈大均终于离开了广西孙延龄的军队，回到了家乡。
屈大均离开吴三桂应该说是必然的。从表面上讲，屈大均是对吴三桂军队的实力以及吴三桂本人的军事指挥能力产生了怀疑，埋怨吴三桂及其部队多次贻误战机；深层次上讲，军事斗争的不断失利使屈大均丧失了追随吴三桂的基础，本来屈大均对吴三桂不肯复立明室就已经不满，但为了能推翻清朝统治他不得不退而求其次，而照如今的局势看来，这个“次”吴三桂也基本难以达到了，那自己也就没有必要再为吴三桂个人卖命了。最终，屈大均以“谢事归”为由草草结束了这次从军行。
脱离了吴三桂军队后，屈大均在思想上发生了很大转变，也许他开始逐渐认识到反清复明的前途渺茫，从此他只能像他父亲嘱托他的那样，保全自己的名节，做一个忠于故明的遗老了。所以从广西回家后，他不再参与政治活动，而把自己精力转向了科学文化事业。
坚守着不出仕的底线
虽然屈大均从此不再参与政治活动，但作为一名诗人、学者，他还不可能完全远离政治这个场。而且随着清朝统治的日益稳定，反清复明的日益无望，当时的明朝遗老们对清政府的态度也开始逐渐缓和，当然，他们仍然会坚守作为一个遗民的道德底线——不做贰臣。
屈大均的晚年是在故乡广东度过的，在最后的十几年生活中，他与清朝官员的交往还是相当频繁的，而这也引起了一些朋友的非议。陈子升就曾以诗来规劝屈大均：“万里声名千古业，只应相爱寂寥身”，“寄语离居数君子，道心随处恐消磨”，意思是说只要名利之心一动，就会背离原来的道义，晚节不保。
如果说陈子升的诗劝还比较隐晦的话，和他并称“岭南三大家”的好友梁佩兰则更是直截了当，他说岑征“生平高风亮节，在屈、陈二公之上”。这里的岑征是著名的遗民诗人，也是梁、屈、陈的好朋友，明亡后，已经是秀才的岑征再也无意功名，远游四方，晚年在乡间教书以终。梁佩兰认为在广东的遗民当中，岑征是政治态度最为坚决的一个，而陈恭尹和屈大均在晚年对清政府的态度则显得有点暧昧，与清朝官员来往密切。岑征本人对屈、陈二人的行为也是颇有些微词的，“可怜一代夷齐志，错认侯门是首阳”，对二者批评还是比较尖锐的。
只是这个梁佩兰并没有什么资格说屈大均、陈恭尹二人。梁佩兰与屈大均是同年出生，在明末清初也曾一度出家为僧，但他后来于顺治十四年参加了清朝的乡试，考中了解元，接着又数次参加会试均告落第，直到康熙二十七年才中进士，被朝廷选为翰林庶吉士，后来因对朝廷不满，遂又辞官回乡闲居，此后一直自称为陈邦彦的弟子，与当地遗民保持密切往来。相对于屈大均、陈恭尹来说，这个梁佩兰早就已经为功名利禄而“失节”了。
屈大均在晚年与清朝官员的交往频繁，也标志着他对清政府敌意的逐渐消解。屈大均最初对满清政权充满敌意，想要千方百计推翻满清统治，主要有两个方面的原因，一个是恩师陈邦彦惨遭清兵杀害，以及清军在广州实施的屠城；另一个原因则是因为满清“非我族类”，作为一个正统的儒者，他担心异族的野蛮文化会毁掉中原积累了几千年的传统文化。但随着时间的推移，杀师之仇逐渐淡去，更重要的是汉族士人们原来担心的野蛮破坏文明的局面并没有出现，相反，在清政府两代君主的共同努力下，到了康熙二十年三藩被平定后，清政府实施了一系列缓和民族矛盾、发展社会经济的政策措施。同时，清政府的皇帝都十分热爱汉文化，并积极地学习、推广，而且清朝统治者表彰鼓吹儒家“忠孝节义”的热情丝毫也不比明政权逊色。
因此，屈大均没有了再继续和清政权为敌的理由。如果说他最初的抗清复明是从天下苍生的角度出发的话，那么他最后的坚持不仕清朝就仅仅是个人道德层面的事情了。大明朝需要有这么一批人对他尽忠，为他守丧。
但是屈大均晚年对清政府敌视态度的消解、政治态度的软化也给他带来了烦恼。首先他必须忍受剃发之辱，要与清朝官员交往，他不得不这样做。他曾经自我解嘲道：“我没有犯罪却被剃了光头”。再者便是来自朋友的误会和歧视。陈子升的“规劝”、梁佩兰的“奚落”、岑征的“讽刺”他都得默默忍受。还有就是清廷官员们的种种错觉，因为在他们看来，屈大均是准备出仕清朝了。于是，各种推荐、征召让屈大均穷于应付，每次都得找各种借口来婉谢。
但不管怎样，屈大均还是坚守住了他曾经答应过父亲的底线，那就是不仕清朝。
清康熙三十五年（1696）春，屈大均患病，不久之后便病重，弥留之际他让儿子将自己的枕头扶正，并且问了三次正不正，在确认枕头放正了之后，才闭目而逝，享年67岁。
他之所以在临死前关心枕头正不正，是因为曾子讲过，一个人要死得正。
