除了用各种方式来放松鳌拜的警惕之外，清圣祖爱新觉罗·玄烨还在宫中召集满洲少年，并天天让他们练习“布库”（摔跤的意思），鳌拜从清圣祖爱新觉罗·玄烨之前的种种的表现分析，认为这只是因为清圣祖爱新觉罗·玄烨贪玩而以，所以并不在意。清圣祖康熙八年（公元1669年）五月初三，鳌拜被清圣祖爱新觉罗·玄烨招进宫观看“布库”表演，没有任何防备的鳌拜在南书房被一群满洲“布库”少年擒获。擒获鳌拜后，清圣祖爱新觉罗·玄烨公布了他所犯下的三十大罪状，为了体现自己的宽大，也为了避免将矛盾激化，清圣祖爱新觉罗·玄烨并没有处死鳌拜，而是对他进行的宽大处理：终身监禁、没收财产。对于遏必隆，则革去了他太师的职务，也同时处置了一批鳌拜的同党。
就这样，只用了十天，年纪轻轻的清圣祖爱新觉罗·玄烨便完成了自己帝王生涯中第一件大事——智擒鳌拜，处理同党。把鳌拜成功的除掉，不仅体现了少年天子清圣祖爱新觉罗·玄烨的机智和勇敢，更加显示出一代帝王处理政治事务的能力。
削平三藩
清圣祖爱新觉罗·玄烨是满清入关之后的第二个皇帝，第一个皇帝爱新觉罗·福临在位时间不长就与世长辞。所以，他留给自己的继承者所要做的事很多。清军入关时，有一些明朝的将领向清朝投降，他们虽然向清朝投降了，但是却拥有自己的军队，而他们的势力在当时也不可小觑，所以在南方形成了三藩割据的局面，三藩是指：镇守云南的平西王吴三桂；镇守广东的平南王尚可喜和他的儿子尚之信；镇守福建的靖南王耿继茂和他的父亲耿仲明，以及耿继茂的儿子耿精忠。
三藩虽然表面上属于清朝，其实却是“独立王国”，从爱新觉罗·福临皇帝开始，大清朝廷每年要拨给三藩行政和养兵的开支，其中由平西王吴三桂的实力最为强大，朝廷拨给他的银子也最多。以清世祖顺治十七年（公元1660年）为例，国家赋税收入是875万两银子，而云南却要支出900多万两，因此，形成了竭全国财力，尚不能满足一藩需求的情况。到清圣祖爱新觉罗·玄烨执政之后，国家财政状况并没有好转，国家的大部分款项还是被三藩消耗。单凭这一条，清圣祖爱新觉罗·玄烨就有足够的理由撤藩。除此之外，三藩还私自设立税卡，私自铸造钱币，甚至圈占土地、掠卖人口。云南的平西王吴三桂还自行选派官员，成为“西选”，俨然一副皇帝的样子。除去鳌拜之后，三藩，尤其是吴三桂，便成为少年清圣祖爱新觉罗·玄烨最需要立刻处理的事情。否则，这些不把皇帝放在眼中的三藩早晚会威胁到大清在整个中国的统治地位。
撤三藩，并不能说撤就撤，因为三藩毕竟掌握着一定的军队。所以，清圣祖爱新觉罗·玄烨需要机会，清圣祖康熙十二年（公元1673年）二月，镇守广东的平南王尚可喜向清圣祖爱新觉罗·玄烨上书，以自己年迈为由要求回辽东老家养老，而让儿子尚之信继承自己的爵位。清圣祖爱新觉罗·玄烨知道机会来了，干脆命令尚可喜将所有家眷都带回故乡驻扎，也就是将他在广东的藩撤掉了。这个命令一发，其他两藩有些担心，他们认为清圣祖爱新觉罗·玄烨想要夺取他们的地盘。于是，两藩假意情愿撤藩而上书。面对吴三桂和耿精忠的上书，朝中大部分官员对撤藩持反对意见，他们认为三藩只要不谋反，还是应该留着，只有少数大臣支持清圣祖爱新觉罗·玄烨撤藩的想法。清圣祖爱新觉罗·玄烨力排众议，坚持自己的想法，他说：“吴三桂等蓄谋已久，如果不尽早除掉，将来必成祸患，现在撤藩他们会造反，不撤藩他们也会造反，还不如先发制人。”于是，下旨将“三藩”全部迁到山海关之外，并立刻派人去办。
然而这时并不是撤藩的最佳时机，因为，这时急于撤藩会加速吴三桂等人的谋反速度。而且，当时在京城里有杨起隆在举事，察哈尔有阿尔尼叛乱。除了战争，京城还在那个时候发生了大地震，太和殿也发生了火灾，清圣祖爱新觉罗·玄烨的爱后赫舍里氏去世。一时间，朝里朝外使皇帝头痛的事接二连三的发生，有些京城官员甚至为了避免战争连累到自己而把家眷都送到了江南。
就在这样慌乱的时刻，清圣祖爱新觉罗·玄烨再一次表现出了一代明君的气魄，不仅没有将撤藩的决定收回，反而坚定了撤藩的决心，下诏削夺吴三桂的官爵，并公布他的罪状。不久，又将留在京城的吴三桂之子吴应雄逮捕、处死。远在云南的吴三桂听到这个消息时正在吃饭，他很震惊，于是，吴三桂穿了明朝的衣冠，还率领自己的将士来到南明永历帝朱由榔的坟前大哭了一场。然后，杀掉大清朝廷派到云南的巡抚朱国治，拘禁了清圣祖爱新觉罗·玄烨派来的钦差折尔肯和傅达礼，以光复明朝为由发布了“兴明讨虏”的檄文。吴三桂谋反后，不止其他两藩表示支持与之呼应，各地吴三桂的人马也纷纷参加到战争之中。几个月的时间，南方大部便落入了三藩手中，告急文书不断传到清圣祖爱新觉罗·玄烨手中。
分析了局势后，清圣祖爱新觉罗·玄烨认为：吴三桂是所有叛军的头目，只要除掉他乱军也就不攻自破了。于是，他对耿继茂和尚之信采取了安抚的政策，召回派到广东和福建的撤藩使，以达到分化反叛大军的目的；而对于吴三桂，则采取重点打击的策略。
清圣祖爱新觉罗·玄烨亲自进行了军事部署，不过，在战争初期，清军并不占优势，常常吃败仗，直到清圣祖爱新觉罗·玄烨继续分化敌人势力，使吴三桂将领王辅臣投降，整个战争局势才开始好转。到了清圣祖康熙十七年（公元1678年），战局开始向不利于叛军方向发展。这年三月二十八日，吴三桂在衡阳称帝，并将国号定为“大周”。同年八月，刚刚当上“皇帝”不久的吴三桂突发中风，去世，他的孙子吴世璠即位，清圣祖康熙二十年（公元1681年），清军攻入昆明，吴世璠自杀，进行了八年的三藩叛乱终于被平，清圣祖爱新觉罗·玄烨进行的撤藩运动到此才结束。
虽然平三藩的战争最后是清圣祖爱新觉罗·玄烨领导的清军胜利了，但从百姓和国力的角度来讲，清圣祖爱新觉罗·玄烨急于撤藩的举动是一个错误，在八年的战斗中不仅消耗了国力，也使百姓的生活更加困苦。不过，从清圣祖爱新觉罗·玄烨当好一个皇帝的角度来讲，这场旷日持久的战争使一个没有像祖辈一样从小驰骋沙场的少年天子经历了战争，锻炼了他在国家遇到战乱时处理问题的能力，也再次显示出了清圣祖爱新觉罗·玄烨杰出的领导才能。
收复台湾
平定三藩之后，清圣祖爱新觉罗·玄烨的下一个目标是台湾。台湾自古是中国的领土，曾被荷兰人在明熹宗天启元年（公元1624年）侵占，清圣祖康熙元年（公元1662年）郑成功将荷兰人驱除。之后，郑氏家族就在台湾占统治地位。郑成功病逝后，立其子郑经继承了领导权。清圣祖康熙二十年（公元1681年），郑经死后，其部将冯锡范等杀死了郑氏的继承人，改立郑经次子郑克塽继承延平王位。郑克塽年幼，成为冯锡范的傀儡。由此，台湾出现了内乱，清圣祖爱新觉罗·玄烨在此情况下，决心为了国家统一收复台湾。
清圣祖康熙二十年七月（公元1681年），清圣祖爱新觉罗·玄烨下诏“以施琅为福建水师提督，与将军总督等统舟师进取澎湖、台湾”。施琅为原郑芝龙部将。
清圣祖康熙二十二年（公元1683年）六月，施琅率领战舰三百，精锐水师二万余人，一举攻占了澎湖，台湾失去了屏障，郑氏军事力量损失惨重。郑克塽（郑成功之孙，郑经之子）、刘国轩等向清军投降，清军进驻了台湾。
清圣祖康熙二十三年（公元1684年），在清圣祖爱新觉罗·玄烨的授意下，清政府在台湾设一府（台湾府）三县（台湾、凤山、诸罗），隶属福建省，并在台湾设巡道一员、总兵官一员、副将二员，驻兵八千。在澎湖设副将一员，驻兵二千。在清朝中央政府的统一管理下，台湾与大陆的关系更加密切。
亲征蒙古
清初，蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部。漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附清朝，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
从17世纪中叶以后，厄鲁特蒙古的准噶尔部逐渐强盛起来。特别到噶尔丹为汗时期，势力更加强大。噶尔丹不仅统治了厄鲁特四部，而且占领了天山南路各回城，势力达到青海、西藏地区。为了实现割据一方的野心，噶尔丹与正在对外扩张的沙俄勾结起来，于清圣祖康熙二十七年（公元1688年）春，噶尔丹引兵三万越杭爱山向喀尔喀蒙古土谢图部发动进攻，喀尔喀各部败溃，噶尔丹以追击为名，直抵距北京七百里的乌兰布通。在清政府的压力下，噶尔丹暂时退兵。
清圣祖康熙二十九年（公元1690年），噶尔丹在沙俄的支持下，率二万多骑兵，向内蒙古大举进攻。清圣祖爱新觉罗·玄烨决计亲征噶尔丹，以“除恶务尽”。
噶尔丹把几万骑兵集中在大红山下，后面有树林掩护，前面又有河流阻挡。噶尔丹把上万只骆驼，缚住四脚躺在地上，驼背上加上箱子，用湿毡毯裹住，摆成长长的一个驼城。噶尔丹军队就在那箱垛中间射箭放枪，阻止清军进攻。清军用火炮火枪对准驼城的一段集中轰击，炮声隆隆，响得震天动地。驼城被打开了缺口。清军的步兵骑兵一起冲杀过去，福全又派兵绕出山后夹击，把叛军杀得七零八落，纷纷丢了营寨逃走。噶尔丹一看形势不利，赶快派个喇嘛到清营求和。福全一面停止追击，一面派人向清圣祖爱新觉罗·玄烨帝请示。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝下令说：“快进军追击！别中了贼人的诡计。”果然，噶尔丹求和只是缓兵之计，等清军奉命追击的时候，噶尔丹已经带了残兵逃到漠北去了。噶尔丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵买马。清圣祖康熙三十三年（公元1694年），清圣祖爱新觉罗·玄烨约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。噶尔应扬言他们已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻。内蒙古各部亲王纷纷向清圣祖爱新觉罗·玄烨告发。
清圣祖康熙三十五年（公元1696年），清圣祖爱新觉罗·玄烨帝第二次亲征，分三路出击：黑龙江将军萨市素从东路进兵；大将军费扬古率陕西、甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；清圣祖爱新觉罗·玄烨帝亲自带中路军，从独石口出发。三路大军约定时期夹攻。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝的中路军到了科图，遇到了敌军前锋，但东西两路还没有到达，这时候，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹。随行的一些大臣就有点害怕起来，劝清圣祖爱新觉罗·玄烨帝班师回北京。清圣祖爱新觉罗·玄烨帝气愤地说：“我这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代；再说，我中路一退，叛军全力对付西路，西路不是危险了吗？当下，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝决定继续进兵克鲁伦河，并且派使者去见噶尔丹，告诉他清圣祖爱新觉罗·玄烨帝亲征的消息。噶尔丹在山头一望，见到清圣祖爱新觉罗·玄烨帝黄旗飘扬，军容整齐，连夜拔营撤退。
清圣祖爱新觉罗·玄烨帝一面派兵追击，一面赶快通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南）正好遇到费扬古军。昭莫多原是一座大树林，前面有一个开阔地带，历来是漠北的战场。费扬古按照清圣祖爱新觉罗·玄烨帝的部署，在小山的树林茂密地方设下埋伏，先派先锋四百人诱战，边战边退，把噶尔丹引到预先埋伏的地方，清军先下马步战，听到号角声起，就一跃上马，占据了山顶。噶尔丹向山顶进攻，清军从山顶放箭发枪，展开了一场激战。费扬古又派出一支人马在山下袭击噶尔丹辎重，前后夹击。噶尔丹死的死，降的降。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。
经过两次大战，噶尔丹叛乱集团土崩瓦解，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝要噶尔丹投降，但噶尔丹继续顽抗。隔了一年，清圣祖爱新觉罗·玄烨帝又带兵渡过黄河亲征。是为第三次亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策妄阿那布坦占领；他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹走投无路，只得服毒自杀。
到此，清圣祖爱新觉罗·玄烨为了对付噶尔丹叛乱，分别在清圣祖康熙二十九年（公元1690年）、清圣祖康熙三十五（公元1696年）、清圣祖康熙三十六年（公元1697年）进行了三次亲征。
噶尔丹叛乱被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。清圣祖爱新觉罗·玄烨为了加强对外蒙古地区的管理，沿袭了清太宗爱新觉罗·皇太极以来的盟旗制度，采取联姻、封爵、年班、围班等措施，以密切与蒙古领主贵族的关系，特别是尊重蒙古族信仰的喇嘛教，以笼络僧俗人等和广大牧民。清政府设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌里苏雅台等重镇，加强了对喀尔喀蒙古地区的管理和统治。
此后，满清政府又先后平息了噶尔丹的侄子阿拉布坦的叛乱、青海和硕特部罗卜藏丹津的叛乱和准噶尔贵族阿睦尔撒纳在伊犁发动的叛乱。并改西宁卫为西宁府，设立青海办事大臣，分蒙古族为二十九旗，加强了对青海的管理；在新疆设立伊犁将军、参赞大臣、劣谟大臣、都统等，率兵分驻伊犁、塔城等地，巩固了对天山北路的统治。清圣祖爱新觉罗·玄烨他深知西藏为蒙古各部尊奉的黄教领袖地位的重要，对准噶尔、和硕特等部插手西藏而使其政治动荡保持警惕。于是在清圣祖康熙五十二年（公元1713年），册封班禅呼图克图为班禅额尔德尼。
平定蒙古叛乱，显示了清圣祖爱新觉罗·玄烨皇帝的军事才能。在清圣祖爱新觉罗·玄烨执政期间留下了值得后人赞扬的篇章。
抗击俄国
