对于同治帝死后竟没过继儿子，皇位也交给最年幼的堂弟继承，朝野上下都心怀不满。恭亲王当然是最不满的，但他的儿孙们离皇位很近，他利益攸关不敢出声。不过敢出声的大有人在。光绪元年正月十五，内阁侍读学士广安上奏，要求两宫太后立下铁券，保证日后一定要为同治帝过继儿子并将皇位交由其嗣子继承。这要求立即触怒了慈禧太后，对广安大加斥责，铁券也就化为泡影。
同治帝崩逝的次日——实际上就是当天深夜，年仅四岁的醇亲王嫡子载恬被浩浩荡荡的队伍迎进了皇宫，从此成为清王朝的又一位小皇帝。清王朝的年号也由“同治”进入了“光绪”。光绪帝生于同治十年六月二十八（公元1871年8月14日），是慈禧太后亲妹妹与醇亲王所生的第三个儿子，也是那位亲王之妻所生的四子一女五个孩子中唯一长大成人的一个。
由于这个小皇帝实在太小，就在他登基的同一天，礼亲王世驿便递上了一道奏章，要求两宫皇太后重新垂帘听政。慈禧太后立即将这项建议采纳下来。于是，朝堂上的那道帘子又重新垂下，清王朝的军国政务又一次交到了两宫皇太后的手里。
有了同治帝的教训，两宫太后对光绪帝的教育格外上心，在他5岁那年就选择了师傅教学，不但学儒书，还学骑射及满蒙汉各种语言。为防止光绪学习不用心，慈禧太后还派其生父醇亲王陪读，终于使光绪帝学有所成。当然，光绪帝学业有成之时，两宫皇太后已经只剩了慈禧太后一个。虽然性情较宽厚的慈安太后不在了，对于光绪帝的学业，慈禧太后给出的评语仍然远非同治帝所能企及。对亲生儿子的学业极为不满的慈禧太后如今却毫不吝惜地表扬少年光绪帝“孜孜念典，德业日新”“披阅奏章，论古断今。剖决是非，权衡允当。”然而，光绪帝学习成绩再好，慈禧太后也不情愿把手中的权力交到养子的手中。
和对待同治帝一样，为了不想太快让出权力，慈禧太后直拖到光绪十三年正月，光绪帝16岁时才为小皇帝举行了亲政典礼。典礼虽然举行了，慈禧太后仍然与礼亲王一唱一和，弄了个《训政细则》，以法令的形式打算在皇帝亲政后继续“训政”，也就是在幕后操控皇帝。
除了操控光绪帝的政事，慈禧太后还要操控光绪帝的婚姻。
光绪十四年（公元1888年），慈禧太后终于拖无可拖，要为年已17岁的光绪帝挑选后妃了。这年十月初五，经过激烈的竞争，五名秀女进入最后的淘汰赛，由太后与皇帝当面确定谁是皇后。
进入决赛的五名秀女中，最引人关注的就是慈禧太后之弟桂祥的女儿沁凤（或曰静芬）。当然，沁风令人关注的只是她的家庭背景，她本人的外貌风姿实在有些平平。另四位秀女则正好是两对姐妹，分别是江西巡抚德馨的两个女儿和侍郎长叙的两个女儿。这两对姐妹中，德馨的两个女儿貌美如花，站的位置也仅次于太后侄女；长叙的两个女儿站在最后面，相貌虽然不如德馨之女，却也比沁凤略强。
按照清宫规矩，皇帝将给自己最为中意的秀女一柄玉如意，确定她的皇后身份，再将两对荷包交给另两位秀女确定她们的妃子身份。
选后开始时，慈禧太后表现得非常大方，表示要让光绪帝自己做主。然而，当光绪帝拿着玉如意走向第二排，作势要将玉如意递给德馨长女的时候，慈禧太后却终于不顾场合地叫了起来：“皇帝！”这一声叫听在光绪帝耳中，抬头看去，慈禧太后不但喊了他，还在用眼神向他示意。光绪当然立即就明白了这位“亲爸爸”的用意，不得不极不情愿地勉强转过身子，将手中的那柄玉如意递在表姐沁凤的手里，使慈禧太后的侄女儿成为皇后，完成了慈禧太后“亲上加亲拉拔娘家”的打算。
按一般清帝初选后妃的惯例，一般要选一后三妃嫔成双数。从五名秀女在殿中站列的位置来看，慈禧太后的本意就是想让自己的侄女正位中宫，由她完成自己这个姑妈一生都未能达成的心愿，做大清朝的叶赫那拉氏元配皇后。因此，这位侄女儿站在了最前面。其次，慈禧太后也注意到了德馨之女的美貌，有心要让她们都做妃嫔，也考虑到侄女的外表确实一般，因此让德馨的一双女儿站在第二列；最后，是长叙的一双美貌稍逊一筹的女儿位列第三行做为备选。然而，如今少年光绪毫不遮掩地表达出了自己对德馨之女的一见钟情，却使慈禧太后改变了原本的打算。慈禧不愿让德馨的女儿入宫了，怕她们会威胁到自己侄女的地位。因此慈禧立即下令终止选秀，自作主张地将一双代表嫔妃地位的荷包塞给了原本是充数的长叙之女，也不再考虑从德馨女儿中再选一位就让她们落选了。因此，光绪帝的第一次婚姻，只有一后二妃成单数，而且三个女子中没有一个是他最初心仪的对象。然而，无论是慈禧太后还是光绪皇帝，恐怕此时的他们都没有想到，终光绪帝一生，他名下的妻妾也只有此三位，比寻常土财主还少，使得这位皇帝成为中国王朝史上后妃最少的皇帝之一。
大婚迎娶皇后的日子定在光绪十五年正月二十六至二十八（公元1889年2月25日至27日）。按规矩，皇后入宫之时要有嫔妃跪接。因此，长叙的一双女儿提前在正月二十五日夜晚便进了宫，姐姐被封为瑾嫔入住永和宫，妹妹被封为珍嫔入住景仁宫。二十六日，太后侄女这位新皇后终于在隆重的仪式中进了宫，成为光绪帝的皇后了。
对于婚事的不由自主和婚礼的奢华，光绪帝本人非常愤懑。这对表姐弟虽然结了夫妻，彼此的关系却从一开始就陷于困境。
光绪帝大婚后的二月初三，慈禧太后在太和殿举行了归政仪式，正式撤帘。这一次，慈禧做得似乎很有诚意，不但举行了仪式，而且还驳回了御史屠仁守请她继续批阅奏折的折子，表态说要真正交权给皇帝。当然，这是因为慈禧已经对光绪帝的孝顺深表满意。此时的光绪帝虽然已经亲政，军国大事仍然主动向“亲爸爸”请示批准，慈禧太后根本不必公开理政犯众怒，当然也就乐得图个“不恋权位”的名声。既然光绪帝如此孝顺，珍嫔又年幼讨喜，虽有些小小过犯也还没有触及太后的底线，慈禧太后也就顺水推舟由他们恣意了。光绪二十年的时候，慈禧太后还在自己过六十大寿时循例将珍嫔晋封为妃。
然而这一切很快就结束了。光绪帝年少气盛，渴望能中兴王朝的统治。然而在慈禧太后看来，什么国家大事都没有她自己的尊荣重要。光绪九年至十一年的中法战争中，慈禧就曾经在中国军队大胜的情况下仍然坚持求和。
中法战争爆发时，光绪帝还是个孩子，对于这些军国大事不知所以。但是到了光绪二十年（公元1894年），慈禧太后与光绪帝两派在政见方面的不和，却因为中日甲午战争的爆发明显化。帝党主战，后党主和。在整个战争过程中，由于早已问题多多的清王朝各级官员为了保持自己的实力以及在整个对外作战过程中孜孜不忘派系斗争，更因为慈禧太后仍然掂记着自己要过六十大寿，不但不肯将自己庆寿的经费改做军用，还要从军费中克扣大笔钱粮用于庆寿，中国军队终于大败亏输。光绪二十一年三月二十三（公元1895年4月17日），全权大臣李鸿章在日本签下了《马关条约》，不但承认朝鲜成为日本殖民地，还将台湾、澎湖列岛、辽东半岛都割给日本，更向日本赔款两亿两白银。
甲午之战的大败，无论对光绪帝还是对慈禧太后，都是个很大的刺激。由于用玺盖印的是光绪帝本人，他的情绪就更为激烈。而国家的惨败给慈禧太后的刺激，却远远没有她自认为的尊荣受损来得重要——无处发泄的光绪帝在战争中途曾经处分过李鸿章，给予其拔三眼花翎、褫黄马褂、革职留任等处分，又曾经提出要将慈禧太后的寿诞用款改做军用。慈禧太后却根本将自己的个人利益置于王朝国家利益之上，反而据此认为养子无视自己的权威，对自己不够孝顺，因此对光绪帝极度不满。决定给光绪帝一点颜色看看。
决定教训光绪帝的慈禧太后在珍妃的身上找到了突破口。此时的珍妃，已经失去了慈禧太后的欢心。
与皇后及瑾妃对太后的依顺相比，珍嫔则是旗帜鲜明地站在皇帝一边，也毫不掩饰地尽情展现皇帝对自己的宠爱，不给皇后留什么面子。这自然也就入不了慈禧太后的眼。慈禧太后越来越觉得珍妃任性反叛，对她的好感也荡然无存。
随着年龄的增长，光绪帝越来越觉得有必要培养真正只忠于自己的臣下。光绪先后提拔了许多这样的人，他的老师翁同龢也进入了军机处。对于光绪帝的心思，珍妃不但全力支持，还主动推荐了不少人选给光绪帝，其中也包括她儿时的老师文廷式和她的哥哥志锐。在珍妃的大力举荐下，光绪十九年的时候，文廷式不但官升得快，还当上了江南乡试副主考。志锐则于甲午之战的当年正月直升礼部侍郎。
文廷式与志锐都是进士出身，提拔虽有私意，却也没什么明显的失当。但是珍妃在其它事情上的作法却明显失当：卖官。
早在光绪十八年尚未失去慈禧欢心时，珍妃就曾经将一个知县的缺卖给了文廷式的亲戚。此后由于得宠，珍妃卖官的规模也越来越大，成功率甚至比慈禧太后还高。光绪二十年初，有个叫耿九的人贿赂慈禧太后身边的太监王长泰、聂德平，想买得粤海关道之缺。两个太监居然不求慈禧太后，反去求珍妃，很快将此事办成。慈禧太后得知，既怒且羞，将两个太监发配黑龙江并在途中杀掉，借此警告珍妃。
然而两个太监的死并没有警醒正沉溺于帝宠中的珍妃。不久，珍妃居然将上海道兼管海关的肥缺卖给了一个从未踏足仕途的富商鲁伯阳，令朝臣侧目。光绪帝在此事上颇觉亏心，便打算在朝臣面前挽回些脸面。然而，光绪的挽回方式却是在四月时坚决否定了养母慈禧许诺给木商玉铭的四川盐茶道官职。从大义上来讲，光绪帝否决玉铭是正确的，然而有鲁伯阳之事在前，相比之下，慈禧太后遂再次羞怒交集。
同年十月，就在中日之战开始后不久，珍妃因卖官之事又得罪了皇后。
皇后的舅舅想要谋个福建将军的职位，皇后自知帝宠不如珍妃，就拉下脸面去求珍妃帮忙。然而，珍妃却回绝了这个百年难遇的后妃和解机会。原因是河南巡抚裕宽想升任四川总督，重金求到了珍妃这里。珍妃一心要办裕宽之事，不愿将机会分给皇后。于是，珍妃不但拒绝了皇后的请求，据说态度也颇不恭敬。
皇后本来就不是什么好性子的女人，受了皇帝的冷遇和珍妃的气哪里还忍得住，立即跑去向慈禧太后哭诉，并把珍妃卖官卖到总督一级之事也向慈禧太后兜了出来。慈禧太后立即抓住了这个机会，决定深入追查。
十月二十八，慈禧太后将珍妃召来，当众杖责，将她打得死去活来。第二天，慈禧太后召见军机大臣，颁布降珍妃姐妹为贵人的懿旨。十一月初二，慈禧太后再次召见军机大臣，严责光绪帝包庇宠妃，并将光绪帝及珍妃身边“涉案”的太监或杀或充军，死者达六十余人。
帝党当然不甘示弱。十二月，帝党成员纷纷上书，要求恢复珍妃的妃位。为了激起光绪帝的反抗之心，帝党成员甚至对光绪帝说：“太后虽穆宗（同治帝）之母，实文宗（咸丰帝）之妾。皇上入继大统为文宗之后，无以妾为母之礼。本非母子，宜收揽大权。”
这番“离间母子”的话很快传开。本已收手的慈禧太后怒不可遏，立即对帝党官员进行围剿，文廷式革职、翁同龢革职、汪鸣鸾革职……前方甲午战争，后方党派纷争，国事一败涂地，真是不亦乐乎。
光绪二十一年，慈禧太后总算消了气，重新恢复了珍妃姐妹的妃子名位。然而这个仇，却是从此结得大了。
由于甲午大败，原本对儒家书典信服无比的光绪帝转而恨透了典籍，认为国事皆败于此。恰在此时，以康有为居首的举人们反对《马关条约》，“公车上书”事件发生，康有为成为政治新星。光绪二十四年四月二十三（公元1898年6月11日），光绪帝采纳了康有为的建议，发布《明定国是诏》，宣布变法维新。
平心而论，光绪帝与变法书生们的本意是好的，但是整个变法过程却过急，激进到了极端的程度。光绪和康有为似乎当真认定只要是皇帝，谁就都得听他的。在短短一百零三天的时间里，光绪帝在康有为等书生的鼓动下，一连发了二百多道谕旨，似乎想要在如此之短的时间内就将两千年的封建王国马上变成君主立宪的资本主义国家，也不管这些计划可行不可行。且不说看起来似乎必要的裁撤机关之类得罪官员，另一些实在毫无必要的变革更将举国上下都得罪了个七七八八。其中最离奇的莫过于下令将所有的寺庙道观祠堂改为学校，连出家人和略有宗族意识的民众都得罪完了。再如废八股科举，得罪了天下所有一辈子寒窗苦读的读书人，数不清的读书人因此自杀寻死，数不清的出身科场的读书人切齿痛恨。科举制度是清入关之后为笼络汉族读书人的选择，甚至还规定进士前三甲一定出自汉族书生，因此巩固了王朝的统治，很多读书人为了求得功名，也就此放下了民族之争。如今既然没了仕途出身之路，满汉之分的老帐又开始算了起来，清王朝的统治愈发摇摇欲坠。
除此之外，光绪帝还急于起草宪法，建立“制度局”，实际上就是想要重新成立一个新政府，将后党的所有势力一扫而光。然而欲速则不达，更遑论此时的军权还掌握在后党人马手中。
八月初六，慈禧太后突然带领大队人马从颐和园赶往紫禁城中和殿，发动“戊戍政变”，将光绪帝囚禁在瀛台之中。慈禧太后再次“训政”。从此，光绪便离开了政治舞台。离开了政治舞台的光绪的结局是怎样的呢？光绪帝死的时间，仅比慈禧太后早一天。
对于这个蹊跷的去世日期，世人一直诸多猜测。更惹人猜测的是，光绪帝辞世的前一天深夜，患病的慈禧太后先已选定了光绪帝的继承人：光绪帝异母弟醇亲王载沣与荣禄之女瓜尔佳氏所生的儿子溥仪。溥仪入宫的次日，他的伯父、年方38岁的光绪帝就死了。所以，很多人认为光绪帝是被慈禧太后害死的。
当然还有一种说法，说光绪帝是自然死亡，时间纯属巧合。
慈禧皇太后终于死了，时年74岁。与光绪帝冷冷清清的身后事相比，这位执掌政权近五十载的皇太后的丧事办得异常奢华隆重，给她上的谥号也美伦美奂：“慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后”。
