杰克逊敲打过之后，情况有所改变。一切始于乔丹。乔丹开启超人模式，个人攻防均加强到季后赛水平，同时推动队友实现自我提升。整个12月，乔丹平均每场得28.4分，抢6.9个篮板，率领公牛打出11胜3负的成绩，当选联盟月最佳球员。而队友之中，最令他欣慰的莫过于罗德曼。“丹尼斯是我们本赛季的最有价值球员，”乔丹对媒体说，“没有丹尼斯，我们根本做不到现在这样。我从来没见过一名队友打得这么努力。”皮蓬缺席，罗德曼依稀有了点公牛二当家的意思，现在是他和乔丹携手并肩，率领公牛迎战全世界。赛季前15场，罗德曼场均抢12.5个篮板，而接下来18场，他场均能抢到18.4个篮板，其中有七场个人篮板超过20个。
公牛重新强硬起来，也强大起来。从1997年11月底赛季第16场球算起，到1998年1月份皮蓬复出之前为止，公牛打出一波16胜4负的表现，重回东部前列。这2 0场比赛，公牛不好看，不优雅，没有过去两个赛季不可一世的样子，但无论如何，他们能赢球。这段时间的公牛，对防守更加倚重，他们的失分是全联盟所有球队当中最少的。其中12月5日，公牛在连打七个客场之后重回联合中心，将来访的雄鹿防到只得62分，创下队史单场失分最低纪录。
12月中旬有场比赛很受关注，因为NBA又有一位“乔丹接班人”冒了出来，要和乔丹本尊一较高下，这次这个年轻人叫科比·布莱恩特（Kobe Bryant）。科比之前，有几位青年才俊得到过“乔丹接班人”的头衔，最早是绰号就叫“小乔丹”（Baby Jordan）的哈罗德·迈纳（Harold Miner），接下来有格兰特·希尔、“便士”哈达威、杰里·斯塔克豪斯，但这些人要么天赋实在有限，要么球风不像乔丹，总之并未获得最广泛的认同。科比此时是湖人队的二年级后卫，其身体条件、运动天赋、进攻动作都跟乔丹神似，甚至连接受采访的言谈举止也和乔丹年轻时一模一样，虽然防守与成熟度跟乔丹比还有很大差距，但他毕竟才19岁。这个赛季，科比在球队第六人的位置上干得很棒，由于湖人当家中锋奥尼尔前两个月受伤缺席了大量比赛，科比得到很多出手机会，一度场均能拿19分，是联盟中得分最多的替补球员。
12月17日，湖人做客芝加哥，直面乔丹，科比能干点什么呢？媒体热炒这一战，乔丹的斗志也被激发出来。“迈克尔喜欢这种东西，”哈珀说，“（科比）是个非常年轻的球员，有朝一日可能会登上王座，但我想迈克尔还没准备放弃自己的王座，他会让所有人看到，他依然是飞人乔丹。”
这场比赛，最终以公牛大胜21分告终，不过乔丹和科比之间还是擦出了火花。科比攻下33分，刷新职业生涯得分纪录，乔丹则得到36分，守护住自己的统治地位。其实乔丹想表现得克制一些，他说：“由于那些炒作，这成为一场挑战，但它同时也是一场‘不要被卷入炒作’的挑战，不要让它变成我和科比的一对一之争。有几次我感觉有点像，但我得克制住，尤其是他在我面前得分的时候。我能感觉到，有一种天生的性情驱使着我，到另一边去，在他面前得分……但是不可以。不被这种个人对决牵着鼻子走，这需要很强的纪律性。你得坚持体系，你得以球队为先来思考，努力做好你的事情。”
乔丹觉得有趣的是，湖人队自始至终不愿意包夹他，所以他终究得到了充足的单打机会，拿到了充足的分数，公牛队也赢下了比赛。更让乔丹惊讶的是，第四节，年轻的科比竟然在防守时向他讨教起来。“他问起我的背身单打动作，是这么说的，‘你两腿之间是迈开一点，还是收紧一点’。这有点让我震惊。”乔丹说，“当他这么问我的时候，我感觉像个老头儿。我告诉他，在进攻端，你始终要感知、要清楚防守球员在哪儿。背身单打转身跳投的时候，我总是用我的腿来感知防守在哪儿，我好根据防守做出反应。”
34岁的乔丹承认，他惊叹于19岁科比飞天遁地的身体天赋，“我问斯科蒂·皮蓬：‘我们有像那样跳过吗？我都不记得了。’他说，‘我想我们有过，但那是太久以前的事，我也记不起来了’”。
皮蓬的身体和心理到12月已渐渐恢复。杰克逊一直同他保持联系，既没逼他，也没替管理层说话，只是向他指出：真正的受害者不会是克劳斯或莱恩斯多夫，只会是皮蓬自己，还有队友们。月底，皮蓬调整好心态，决定归队，只是脚还没彻底康复。皮蓬之前的手术很成功，不过当他开始独自训练时，教练和训练师们惊讶地发现：过去四个月缺乏运动，让他的腿部肌肉萎缩得厉害，他失去了大约三分之二的垂直弹跳。这样一来，皮蓬竞技状态的恢复比所有人想象的要更难一些。从理论上脚伤痊愈，到真正做好比赛准备，皮蓬又多花了几周时间。
1998年1月10日，公牛主场迎战勇士，皮蓬重新披挂上阵，联合中心的观众给了他热烈的掌声。那场球，皮蓬打了31分钟，11投仅4中，拿了12分，助攻5次，他赛后说：“我一点节奏都没有。这么久不打球，队友们都不知道我什么时候会投篮，什么时候会传球。那些东西，过后会如期而至。”
其实用不了多久，公牛的进攻就因为皮蓬的回归而变得流畅自如。皮蓬的官方位置是小前锋，却是公牛实质意义上的进攻组织者。和昔日“魔术师”约翰逊的功能一样，皮蓬总能用传球调度让身边队友变得更好。76岁的助教温特说：“在我看来，有些时候—当然不是永远—有些时候，迈克尔是有损于队友的，你在皮蓬身上就不会看到太多这点，他完全无私。迈克尔应该自私，因为他是个那么出色的得分手。迈克尔是不受限制的，当他处于自己能够得分的位置上时，大多数时候迈克尔都会想着得分。而斯科蒂在很多情况下都会为了让队友融入进来而放弃这样的机会。这就是我称之为‘组织者’的角色。”
有皮蓬在，公牛队其他人知道自己该往哪儿站，该往哪儿动，旧有的自信回到他们身上。皮蓬归来前11场球，公牛打出9胜2负，重新成为联盟的标杆。
现在这支公牛，越是重大比赛，他们表现得越好，当然这也意味着，有些不太重要的比赛，他们反而容易注意力不集中。温特是个悲观主义者，永远觉得自己球队有问题，永远在发愁，永远不满意，球员们爱叫他“Coach No”（不教练）。季前有场热身赛，公牛同年轻的76人交手，76人拥有阿伦·艾弗森（Allen Iverson）、德里克·科尔曼（Derrick Coleman）、杰里·斯塔克豪斯等天才球员，那天他们打得非常好，温特便有些忧心忡忡。
“泰克斯，”杰克逊劝道，“他们赢下30场就很幸运了。”
温特说：“菲尔，他们可比我们有天赋。”
杰克逊说：“泰克斯，重要的不是天赋，重要的是心志之坚韧，是共同的态度。他们要能赢30场就很幸运了。”最终，76人这个赛季赢了31场。
温特问杰克逊：“你觉得没有斯科蒂，我们能赢多少场？”
“60场，”杰克逊回答，“只要斯科蒂回来打半个赛季。”杰克逊认为，顺利的话，公牛可以轻松赢得55胜，并且有机会冲击60胜。
皮蓬回归给公牛带来了新的凝聚力，减轻了乔丹的压力，不过麻烦并非与他们绝缘。皮蓬刚归队，科尔就锁骨骨折要缺战6周到8周。一周之后，被乔丹表扬过的罗德曼又在纽约一家脱衣舞俱乐部彻夜狂欢，缺席了赛前训练，杰克逊决定对罗德曼停赛一场，直接把他从新泽西遣回了芝加哥。事后罗德曼对媒体说：“我觉得这是公平的，我觉得菲尔让我回家也是正确的。我一个人飞回家，直接就去了训练馆，开始练球。我搞砸了，就是这样，就这么简单。”
罗德曼时不时扮演一下不和谐的角色，但杰克逊还是让队里其他人努力理解他。事实上，其他球员与教练达成了共识：为向冠军发起最后的冲击，所有人都做出了巨大的牺牲，要取得胜利，我们需要罗德曼。
2月3日，公牛客场迎战爵士的前一天，克劳斯突然决定向《芝加哥论坛报》专栏作家弗雷德·米切尔（Fred Mitchell）吐露心声。克劳斯强调，这个赛季过后，杰克逊一定不会再回来。“如果迈克尔因为换了个教练而选择离开，那么，这是他的选择，不是我们的，”克劳斯说，“我们希望他回来，我们不赶任何人走，我们没有把迈克尔从这里赶出去……我们愿意让迈克尔回来，不过，迈克尔不得不为其他人打球，不会再是菲尔。”
克劳斯坚称，杰克逊不是被赶走的。“菲尔同意这是他的最后一年，他不想经历重建，”克劳斯说，“没人赶菲尔走，这是一个经过慎重考虑后做出的好决定。”
克劳斯再次触动媒体的神经。第二天，记者们在盐湖城恭候球员的反击。乔丹再次强调，如果菲尔离开，那他也会离开，“管理层必须就此做个决断，他们究竟想对这支球队做什么，他们选择往哪个方向前进”。
当晚，公牛在一度领先24分的情况下被爵士逆转，常规赛对爵士两战皆负，这让他们丢掉了后来总决赛的主场优势。这场球打完，NBA进入全明星周末时间，公牛队其他人都飞回芝加哥休假，乔丹则前往纽约参加全明星赛。由于皮蓬此前缺席了太长时间，科尔又因伤参加不了三分球大赛，所以这一次，乔丹是公牛队唯一的全明星代表。
乔丹着凉了，差点溜回芝加哥养病，但全世界超过10 0 0名记者正在纽约等着他，于是他决定借这个机会向公牛队的“两个杰里”发起反击。星期天下午，全明星赛开打之前，乔丹在更衣室接受媒体群访，说了很多话。一上来，有人问他球队目前的处境，乔丹就说：“我完全看不见通道另一头的任何光亮。我想管理层表明了他们的立场，而我看不出那会如何对我有利。”
随后的采访中，乔丹明确指出，克劳斯的态度就是莱恩斯多夫的态度，“如果杰里·莱恩斯多夫不知道，杰里·克劳斯是不会说那些的。相信我”。
有记者问：为什么你如此坚定自己的立场？乔丹说：“你应该拿同样的问题去问他们。为什么你要换掉一个已经拿了五个冠军的教练，在他既受到球员尊重又得到球员理解的情况下，为什么？”
当晚，乔丹在NBA全明星赛上得到23分，送出8次助攻，抢下6个篮板，率领东部队以135比114取胜，职业生涯第三次当选全明星赛M V P。斯特恩在颁奖时说：“只有他答应回来，我才会把奖杯颁给他。全明星里的全明星，MVP，迈克尔·乔丹。”
乔丹又一次展现了他对这项运动的统治，从侧面攻击了克劳斯有关芝加哥公牛需要重建的说法。乔丹全明星周末的言论散播开来，莱恩斯多夫很快发表了一个声明，要求终止有关球队未来的过早讨论。公牛内部有传言说，因为这件事情，莱恩斯多夫对克劳斯很生气，克劳斯很没面子。
全明星之后，公牛管理层做了笔交易，把替补大前锋杰森·卡菲（Jason Caffey）送去勇士，换回一个名叫大卫·沃恩（David Vaughn）的三流球员以及两个第二轮选秀权。这一动作在纸面上令人无法理解，特别是对一支志在夺冠的球队而言。卡菲身高6英尺8英寸（2.03米），是个出色的篮板球手，尽管其他方面有缺陷，但运动能力是公牛内线需要的。内部有人觉得，克劳斯这么做，简直是在故意弱化球队，让公牛拿不到冠军，这样他们好开始重建。
乔丹怒火中烧，他对记者们说：失去卡菲就像失去一个家人。有记者问科尔：看上去像不像管理层又给球队设置了一道障碍，不让你们拿冠军？科尔笑了：“要设障碍，这可是个好办法。我们都有点沮丧，我们觉得伤害了我们的深度……他们有他们做事情的理由。在球员和管理层之间，没有非常好的交流。”
克劳斯不喜欢卡菲，有很多原因，其中之一是：卡菲即将成为自由球员，而他的经纪人正是皮蓬的经纪人吉米·塞克斯顿，克劳斯和塞克斯顿早就相看两厌。
意外的是，杰克逊似乎也不介意失去卡菲。当助教们拼命游说克劳斯留下卡菲时，杰克逊只是静静地同意了这笔交易。杰克逊知道，克劳斯绝对不会跟卡菲续约，他希望管理层在送走卡菲的同时，能找一个布莱恩·威廉姆斯那样的球员回来。卡菲在内线，身体既不够高也不够壮，和卡尔·马龙、肖恩·坎普等人交手，对抗很吃亏。杰克逊想要一个能顶中锋位置的大前锋，他私下承认：“我告诉他们那是我想要的。我们想要一个布莱恩·威廉姆斯型的球员。我手里一直有那种中锋，史泰西·金（Stacey King）和斯科特·威廉姆斯。”
当然，1998年再没有布莱恩·威廉姆斯可捡，于是杰克逊提出，一个“迪基·辛普金斯那种”球员就行。辛普金斯是公牛旧将，赛季开始前被送到勇士去换了布雷尔。很快，勇士默契地放弃掉辛普金斯，公牛几天后再放弃大卫·沃恩，把辛普金斯要了回来。
后来杰克逊解释说，他觉得卡菲这笔交易，会让罗德曼的责任变大。以往只要卡菲在，罗德曼就有个称职的篮板替补，于是他更有胆量胡作非为；现在卡菲走了，罗德曼心知自己一举一动事关重大，可能会在胡作非为之前对自己稍加约束。
卡菲这笔交易，加深了克劳斯和杰克逊之间的矛盾。克劳斯认为，杰克逊本该替管理层向球员做出解释，可杰克逊没有那么做，反而放任大伙儿猜想是克劳斯在蓄意破坏球队。“菲尔应该照顾好球队，而他没有做，”克劳斯说，“他应该向球员们解释，但他又一次让我当那个坏人。”
