以（黄）河水为例，两经记述迥然有别。其流向究竟是依前者还是后者，这个问题一直困扰着我国的历史地理学家。对此，顾颉刚先生曾提出过质疑，说“是不是作者把这幅图画颠倒看了呢？”是否是这样，这里我们姑且存疑。但有一点不可忽视的现象值得注意，那就是除了两经具有神话的地理因素和两经的作者不是同一个人，且据不同的史料来源外，我看与地质地理环境的变迁不无关系。这里特别要注意黄河发育形成的历史。
根据地质地理学的资料，黄河流经的地区在第三纪时，存在有众多大小湖泊；至第四纪早、中期，这些湖泊由于地壳变迁等原因，形成了银川、河套、汾渭等湖盆，之后，随着湖水的侵蚀袭夺，逐渐形成统一的大河——黄河。有史以来，据记载黄河的河道有过若干次的改道变迁。历史时期尚且如此，更何况在史前的传说时代及其以远，黄河的改道变迁也就可想而知了。众所周知，《山海经》是由不同的作者根据不同时期的相传史料编写的，由于相传史料来源相异且早晚不同，那么书中对“四水”流向不尽相同的记述则是应在意料之中的。
至于泽薮，在《山海经》中所见数量不及河川，然各经都有记载。现列于下：
《南山经》中有阏之泽；
《西山经》中有之泽、泑泽、稷泽；
《东山经》中有湣泽、余泽、湖泽、沙泽；
《北山经》中有秦泽、瀤泽、盐贩之泽和少泽；
《海内北经》有大泽；
《海内东经》有雷泽。
这些泽薮，在经中大凡都仅提其名，其位置、面积等情况少有提到。《尔雅》中所记中国北方有名的昭余祁薮在《山海经》中也没有记载。值得注意的是，《山海经》中这些水域的名称，都不采用湖、泊、池等，却称之泽薮，充分说明了《山海经》所记史实之原始性。《山海经》中所记泽薮还往往与神话相联系，例如《海内东经》载：“雷泽中有雷神，龙身而人头，鼓其腹。”即是其证。
三、神话民族学
作为原始人类群体组织形态的氏族、部族、部落、国（方国），在《山海经》中所见约120多个，但其名称大多稀奇古怪，诸如轩辕国、犬戎国、北狄国、大人国、小人国、卵民国、一臂国、三首国、三身国、女子国、丈夫国、羽民国、一目国、跂踵国、穿胸国、夸父国、君子国、黑齿国、无肠国、长臂国、长股国、巫咸国、头国、不死国、月母国等。除此之外，还有一些名称难以确定是氏族还是方国，如西王母、雨师妾（部族？）、三面民或三面之人等。
从以上这些所谓的国、族的名称看，大多是以人体的器官颜色、体形高矮、男女性别、肢体增减、崇拜图腾、神灵、宗教神话等定名。这些所谓的“国”、族的名号，除带有浓重的神话色彩外，也反映了与它们所处的社会组织形态、生产方式或生活方式、社会习俗、宗教信仰、功利主义等方面有着密切的关系。例如：
女子国和丈夫国，表现这些氏族或部落的社会组织还处在母系氏族或已进入父系氏族社会阶段。
大人国和小人国，也许反映了这些氏族或部族群体，在体质形态的高矮上有明显区别。
长臂国与长耾国，反映了这一群体在生产生活中的功利主义思想，他们希望自己臂长、腿长，以利于捕鱼。据《海外南经》云：“长臂国……捕鱼水中，两手各操一鱼。”这正是渔猎时代先民生产生活的写照。
三首国、三身国、穿胸国、“三面民”（三面之人）等，其体态异样，多肢多首多“面”多身，这应当是原始社会某些氏族和部族群体习于经常佩戴面具而在其称呼上的一种反映，这种称呼可能是自称，也有可能是其他群体对他们的称呼。这种社会习俗，在考古文化中是有很多明确物证的。例如甘肃仰韶文化马家窑类型的彩陶中发现的“四首四身”彩陶盆图像。陕西高陵杨官寨仰韶文化中发现的人的“三面”和“三鼻”三方联的彩陶器。至于穿胸国，浙江嘉兴大坟新石器时代良渚文化遗址出土有一件人像葫芦瓶，其胸前有一大窟窿，有学者认为这应当是穿胸国神徽习俗的反映。
一目国和深目国，这是对当时一些氏族、部族群体的体质形态面貌的确切描绘。《穆天子传》所记载的西王母，就是我国汉代或汉代以前的西方人种，其主要特征是深目高鼻。据《华阳国志》载：古蜀王鱼凫，其人为“纵目”，即他的体貌特征是眼睛突出，眼球外鼓。而考古发掘出土的四川广汉三星堆殷代蜀国青铜人面像，都以眼睛“纵目”为其特征。即是其证。
犬戎国和北狄国，由动物崇拜或祖先崇拜而得名。犬戎国和北狄国居民均为黄帝部族的后裔。《大荒北经》云：“有人名曰犬戎。黄帝生苗龙，苗龙生融吾，融吾生弄明，弄明生白犬，白犬有牝牡，是为犬戎。”《大荒西经》云：“有北狄之国。黄帝之孙曰始均，始均生北狄。”这里传递了一条重要的信息：在史前黄河流域各群体之间已有了文化的交往和融合。在历史的进程中，基于黄帝族群体的文化先进而使其率先步入了文明社会。《山海经》的作者所记的犬戎和北狄均为黄帝族子孙（或支系），这是史前时期以来民族融合的结果。《山海经》里所记述的这些古国、古族及他们组成和发展的曲折历程，对于研究和探讨上古时期民族发生、发展、融合肇始于何时，是一个很有价值的提示。
《山海经》中所记述的这些古国和民族并非虚构或子虚乌有，是有其史实依据的，只不过《山海经》的作者在记述这些古国时夸大和渲染了其神话部分。对于这些记述，我们应以民族学的观点科学地加以分析，拂去其神秘的尘埃，还其真实的本来面目。《山海经》所记述的这些带有神话色彩的古国以及古民族，应该是对我国黄河流域史前和传说时期原始民居的记录。对于这100多个古国或部落群体神化般的描述中，我们可以清楚地看到从中折射出来的原始社会先民的社会组织形态、体质特征、生产生活方式、社会习俗、原始宗教信仰、图腾崇拜等，是我们认识中国古代社会的重要资料。从这个意义上讲，《山海经》确实是一部保存了中国原始社会史料的重要古籍。
四、神话天文和气候学
我国的气候总体上来讲属于内陆性气候，四季分明。春种、夏作、秋收、冬藏是中国农业社会农事的特点，而“观象授时”的中国古代天文历法和气象物候，便伴随着农业的起源而产生。考古学资料表明，中国的原始农业起源于新石器时代的早期，那么“观象授时”的我国古代天文历法也应该始于其时。《史记·五帝本纪》云：“（黄帝）旁罗日月星辰。”《史记会注考证》：“凌稚隆曰：‘旁罗，乃测天度之器，如今之日晷地罗也。’”可见英雄时代的黄帝时就有观象授时的天文历法。
《山海经》的作者笔下所描述的神话天文学，是基于以下认识：他们认为自然界天体日月星辰的运动，昼夜的更迭，刮风下雨，打雷闪电，地上植物的春生夏长、秋枯冬凋，世间人们的生老病亡，这一切都是在天神的主宰下发生的。古人的这种认识源于其“物我混同”的原始思维。例如日月星辰的运行，《山海经》的作者认为就是由“嘘”和“噎”两位神灵所主宰的。《大荒西经》云：“方山……日月所出入也。”又：“日月山……天枢也……日月所入。有神，人面无臂，两足反属于头上，名曰嘘……下地是生噎，处于西极，以行日月星辰之行次。”
原始社会先民把地球不停地自西向东的运转而，形成的太阳东升西落的自然现象看作是神灵的操作。在《海外东经》和《大荒东经》中对此都有生动的描述：
汤谷上有扶桑，十日所浴……九日居下枝，一日居上枝。（《海外东经》）
汤谷上有扶木，一日方至，一日方出。（《大荒东经》）
这正是《山海经》对于天文学以神话的手法予以表现的例证。史前人类以神话的方式对日月星辰天体运行等天文现象的记载，在考古学文化中得到了有力的支持。例如在河北省磁县下潘汪仰韶文化遗址中曾发掘出土了一片绘有旭日东升和太阳西落的彩陶，可见当时人类已十分关注日出日落的天文现象，这是原始社会有关天文学的证据。
在历法方面：从《山海经》的记载看，历法在我国起源很早。《大荒东经》云：帝俊妻羲和“是生十日”；《大荒西经》云：“帝俊妻常羲，生月十二。”经中的“十日”、“月十二”是指什么抑或是什么意思呢？从神话的角度视之，有的学者认为“十日”为古之氏族或部族解。如果按照我上面的解释，“日、月”为天体，则两经中的“生十日”、“生月十二”，显然是以日、月天体为授时的历法。如是则进而言之，那“十日”和“月十二”又指什么或包含什么意思呢？对此，我认为这里的所谓“十日”、“月十二”就是指我国早期的十日为一旬的天干十日和一年为十二个月的地支的月十二。郭沫若在其《甲骨文字研究》一书中曾指出：我国“古人称十干为十日，称十二支为十二辰”。郭沫若同时引日本天文学家新城新藏博士言：“干支本来之目的，十干乃记一旬之日，十二支乃记一年之月之符号。”
《山海经》所记“羲和生十日”与古人“十日为一旬”之历法有关。常羲“生月十二”则是与古人观察月亮有阴晴圆缺的十二朔望月有关。撇开“生十日”、“生月十二”的神话色彩，究其实质，它应当是中国远古先民以十日为旬和观察月亮的运行而产生的历法。这种在神话传说的基础上产生的历法应是我国天干地支历法的开端。可以说，天干地支的历法不是郭沫若先生所称的“当创制于殷人”，而是肇始于夏代以前的五帝时期。
《山海经》中除记述了以日、月为授时的历法外，以星辰为授时的对象，在《山海经》中也有所描述。《山海经》中司星辰者为人格化的神人祝融。
南方祝融，兽身人面，乘两龙。（《海内南经》）
颛顼生老童，老童生祝融。（《大荒西经》）
而祝融其人（神）其事，据《左传·昭公二十九年》载：“火正曰祝融。”文中所谓“火正”，“火”指天体的火星，或曰火或曰大辰；“正”者，长也，就是氏族社会时期氏族或部落中专司天文历象以授农事的专职首领或人员。祝融是如何观测火星而定农时的呢？《诗·豳风·七月》：“七月流火，九月授衣。”火星在夏秋两季的运行位置不同。夏季居正南，快到秋季，日渐西移，随后逐渐消失，到了冬季便看不到了。古人对火星是非常崇拜的，河南陕县仰韶文化庙底沟类型的彩陶上发现的火焰纹，即是其证。
在气象物候方面：据《山海经》记述，原始社会的先民已经会观测风向，伺察气候，已有了东、西、南、北四方风内寓春夏秋冬季气候循环的感性知识。
东方曰折……处东极以出入风。（《大荒东经》）
南方曰因乎……处南极以出入风。（《大荒南经》）
有人名曰石夷——西方曰夷，来风曰韦。（《大荒西经》）
有人名曰——北方曰，来风曰——是处东北隅以止日月。（《大荒东经》）
《山海经》中所记的四方风，东方折风，南方因风，西方夷风，北方风。此四风之名称考之古文献与甲骨文，大体相合。（《尚书·尧典》）
载：仲春，“厥民析”；仲夏，“厥民因”；仲秋，“厥民夷”；仲冬，“厥民隩”。
《山海经》所记四方风与甲骨文中所记四方风之名称也有相合之处。《甲骨文合集》：“东方曰析，风曰；南方曰因，风曰；西方曰，风曰彝；北方曰[夗]，风曰。”（见《甲骨文合集》1494）
原始社会先民将四方风作为春、夏、秋、冬四季之候征，意在识别草木和农作物生长的特点和规律。正如《尸子》所言：“东方为春，春，动也。是故鸟兽孕宁，草木华生，万物咸遂……南方为夏，夏，兴也，南，任也。是故万物莫不任兴，蕃殖充盈……西方为秋，秋，肃也，万物莫不肃静……北方为冬，冬，终也，北，伏方也。是故万物至冬皆伏。”《尸子》对四季和四方风的描述，说明古人对风候（向）的观察由来已久，并已形成了较完备的气象知识，这和《山海经》对四方风的记述是一脉相承的。
在物候方面：暴雨、干旱、水患等自然灾害对社会生产力低下的原始社会先民的生产和生活带来的影响是很大的，很多自然灾害是不可抵御的。这些自然灾害的发生，古人认为是与神或神奇的动物相关联。《山海经》中对自然灾害或疫情的记述有几十处之多。例如：
有鸟焉，其状如翟而赤，名曰胜隅，是食鱼，其音如，见则其国大水。（《西次三经》）
黑水出焉……其中有鱼……其音如豚，见则天下大旱。（《南次三经》）
崇吾之山……有鸟焉，其状如凫，而一翼一目，相得乃飞，名曰蛮蛮，见则天下大水。（《西次三经》）
鲜山……有兽焉，其状如膜犬，赤喙、赤目、白尾，见则其邑有火，名曰即。（《中次十一经》）
如此等等，不再一一列举。
这种以动物的活动来观察自然天象气候的变化规律，气象学上称之为物候学。自然界动物的一些反常现象或异常活动，古人认为将预示气候的剧变或灾害的来临。如《南次三经》中所记述的“鱼”，“见则天下大旱”，为旱灾的象征。直到晋代，民间仍流传着“颙鸟栖林，鱼处川，俱为旱征”的说法。用动物来验证自然现象，古今有之，但在上古时代这种验证却带有浓厚的巫术色彩。《山海经》里对此记载甚多，这反映了当时古人对自然现象认识的局限性。
五、神话动植物学
《山海经》以搜奇罗怪为该书的一大特点。对动物的记述，罗列了许多非现实的光怪陆离的鸟兽鱼虫；对植物的记述中有不少奇异的物种；对矿物的记述，表现了古人对许多无机物的认识及利用。据统计，《山海经》中共记述有动物277种，植物158种，矿物12类92种。如此众多的物种，无可置疑地反映了远古人类对自然界动植物及矿物物种的认识和实践，极大地丰富了我国古代科技史的内容。
（一）动物学
《山海经》所记载的动物，在《五藏山经》中最为集中，就分门别类的鸟兽鱼虫看，约有120余种。然而它们多非现实生活中所见，大多数为虚构的神奇动物或人与动物的合体。按其形态，它们大致分为以下五种：
1.人和动物的合体型
有鸟焉，其状如鸟，人面。（《北次二经》）
2.动物与动物的合体型
有兽焉，其状如虎而牛尾，其音如吠犬，其名曰彘。（《南次二经》）
3.动物肢体和器官增减型
有鸟焉，其状如鸡而三首六目，六足三翼，其名曰。（《南次一经》）
有鸟焉，其状如枭，人面而一足。（《西次一经》）
有兽焉，其状如羊而无口……其名曰。（《南次二经》）
4.牝牡（雌雄）一体型
有兽焉，其状如狸而有髦，其名曰类，自为牝牡。（《南次一经》）
5.动物器官移位型
有兽焉，其状羊身人面，其目在腋下，虎齿人爪，其音如婴儿，名曰狍鸮。（《北山经》）
6.人体异形型
枭阳国……其为人人面长唇，黑身有毛，反踵，见人则笑。（《海内南经》）
《山海经》所记载的这些千奇百怪的动物，看上去并非虚构，是有形的已知动物与幻想中的未知动物的结合体。如此类推，交叉再结合，其幻想变化则更无穷。这些奇异的动物及其结合体的产生，历史地科学地讲，是出自原始社会初民“物我混同”的宇宙观，是他们将幻想中的动物与自身人体结合造化的结果。
《山海经》中记述的动物名称，还隐显着原始语言或古音的一些信息。这些名称稀奇古怪，如能对其加以破释，对中国古代语言学研究是颇有意义的。例如：
其状如鸠，其音若呵，名曰灌灌。（《南山经》记一飞鸟）
其状如蜂，枝尾而反舌，善呼，其名曰文文。（《中次七经》记一昆虫）
其状如牛而白尾，其音如，名曰那父。（《北山经》记一兽）
名曰山膏，其状如逐，赤若丹火。（《中次七经》记一动物）
